Base nitrogenada

Apareamiento GC con tres puentes de hidrgeno.

Apareamiento A=T con dos puentes de hidrgeno. Los puentes de hidrgeno se muestran como lneas discontinuas.

Las bases nitrogenadas son compuestos orgnicos cclicos, que incluyen dos o
ms tomos de nitrgeno. Son parte fundamental de losnuclesidos, nucletidos, nucletidos cclicos
(mensajeros intracelulares), dinucletidos (poderes reductores) y cidos nucleicos. Biolgicamente
existen seis bases nitrogenadas principales (en realidad hay muchas ms), que se clasifican en tres
grupos, bases isoaloxaznicas (derivadas de la estructura de la isoaloxazina), bases
pricas o purinas (derivadas de la estructura de la purina) y bases pirimidinas (derivadas de la
estructura de la pirimidina). La flavina (F) es isoaloxaznica, la adenina (A) y la guanina (G) son pricas,
y la timina (T), la citosina (C) y el uracilo (U) son pirimidnicas. Por comodidad, cada una de las bases se
representa por la letra indicada. Las bases A, T, G y C se encuentran en el ADN, mientras que en
el ARN en lugar de timina aparece el uracilo.

Bases nitrogenadas
Bases nitrogenadas organizadas segn su estructura pirimidnica o prica.
Las bases nitrogenadas son compuestos orgnicos cclicos, con dos o ms tomos de nitrgeno, que constituyen
una parte fundamental de los nucletidos, nuclesidos y cidos nucleicos. Desde el punto de vista de la Biologa
existen cinco bases nitrogenadas principales, que se clasifican en dos grupos, bases pricas (derivadas de la
estructura de la purina) y bases pirimidnicas (derivadas de la estructura de la pirimidina).
La adenina (A) y la guanina (G) son pricas, mientras que la timina (T), la citosina (C) y el uracilo (U) son
pirimidnicas. Las cuatro primeras bases se encuentran en el ADN, mientras que en el ARNen lugar de timina existe
el uracilo.
Para mayor comodidad, cada base se representa con la letra indicada. Las bases nitrogenadas son complementarias
entre s, es decir, forman parejas de igual manera que lo haran una llave y su cerradura. La adenina y la timina son
complementarias (A-T), al igual que la guanina y la citosina (G-C). Como en el ARN no existe timina, la
complementariedad se establece entre adenina y uracilo (A-U). La complementariedad de las bases es la clave de la
estructura del ADN y tiene importantes implicaciones, ya que permite procesos como la replicacin del ADN y la
traduccin del ARN en protenas.

Las pirimidinas que tienen un anillo de seis miembros

 Figura: las pirimidinas.

Las purinas que tienen un anillo de 5 miembros fusionado a uno de 6:

 Figura: las purinas

Cada cido nucleico contiene 4 tipos de bases. Las mismas dos

purinas, adenina (A) y guanina (G) estn presentes en el ADN y en el
ARN. Las dos pirimidinas, en el ADN son citosina (C) y timina (T), en el
ARN, la timina se cambia por el uracilo (U). La nica diferencia entre
el uracilo y la timina es la presencia de un substituyente metil en la
posicin C5. De tal manera que en el ADN solo existen A,G,C y T,
mientras que en el ARN contiene A,G,C y U.

Propiedades fsico-qumicas de las bases nitrogenadas

1.Hidrofobiaydisposicincoplanardelosenlaces

El carcter hidrfobo viene dado por la naturaleza aromtica de los anillos purnicos y pirimidnicos. Por tanto,
son insolubles en agua a pH fisiolgico.

Son planas porque los C tienen orbitales moleculares sp2 (tres orbitales moleculares en un plano y
uno p perpendicular que sirve para formar el doble enlace). Lgicamente, es una estructura resonante.

2.Dipolos

Las bases tienen tomos muy electronegativos (N y O) dentro y fuera del anillo aromtico, por lo que existe
una atraccin asimtrica de los electrones de la molcula y, por tanto, se forman dipolos que permiten formar
puentes de hidrgeno.
De todos los posibles, los ms importantes son los que van a servir para formar los puentes de hidrgeno de
Watson y Crick para formar el DNA bicatenario a pH7. A diferente pH, la estructura se debilita al cambiar la
disposicin electrnica de las bases: por protonacin a pH cido, o por desprotonacin a pH bsico.
3.Tautomera

Watson y Crick postularon la tautomera de las bases para explicar que se puedan aparear de manera distinta
a la que ellos proponan y generar mutaciones espontneas. Hoy se sabe que dichas formas existen debido a
la migracin de los electrones por los dobles enlaces conjugados. Hay dos tipos de tautomera:

Tautomera ceto-enlica (lactama-lactima)

Interconvierte un grupo ceto (=O) y enol (OH) extracclicos cerca de un N cclico. Se puede
producir en la G, C, T y U. Las lactimas imprimen un fuerte carcter cido a las bases.
Tautomera imina-amina
Interconvierte un amino (NH2) extracclico en un imino (=NH) cerca de un N cclico. Se
puede dar en G, A y C.

Las formas tautomricas (enol e imina, respectivamente) son unas 10 000 ms inestables. La A slo presenta
un tipo de tautomera, y la G y C dos. La T presenta dos formas tautomricas, pero ambas cetoenlicas.

4.Nauralezabsica

Todas las bases nitrogenadas son bases dbiles al ser desprotonables a pH entre 9 y 10, aunque los grupos
ceto (=O) pueden tautomerizar a enol (OH), perder el protor y conferir cierta acidez. Al no tener ningn ceto,
la A es la ms bsica de todas. Las C y G son levemente cidas por tener un nico sustituyente ceto. Las T y
U son an ms cidas por tener dos grupos cetnicos. Un caso extremo es el cido rico, que, a pesar de ser
una base nitrogenada, tiene carcter cido debido a los tres grupos ceto que contiene.

5.Absorcindeluz

Los electrones deslocalizados de anillos aromticos se pueden excitar al recibir energa en forma de luz
ultravioleta. En torno a 260 nm todas ellas absorben luz UV desde los 259,5 nm de G hasta los 276 nm de C
y su coeficiente de extincin molar oscila entre el de la C ( = 9 103 M1cm1) y el de la A ( = 1,5 104 M
1
cm1); la media es 104 M-1 cm-1. Esta propiedad permite calcular la concentracin a partir del coeficiente de
extincin molar y la ecuacin de Lambert-Beer:
A=LxCx
(A es la absorbancia a 260 nm, L es el paso de la cubeta, normalmente 1 cm, C es la concentracin de la
muestra, y el coeficiente de extincin molar).

BASES
NITROGENADAS

DESCRIPCION

Bases nitrogendas
heterocclicas que
pertenecen a dos
tipos fundamentales:

1.- purinas

2.- pirimidinas

ejemplo:

1.- Bases pricas: Adenina, Guanina (DNA y RNA) Hipoxantina, Xantina y ac. Urico

(metabolismo).

2.- Bases pirimidnicas: Citosina (DNA y RNA), Timina (DNA) Uracilo (RNA);

adems ac. Ortico y dihidroortico ( metabolismo).

Abreviaturas

ADENINA (A) CITOSINA (C)

GUANINA (G) URACILO (U)

HIPOXANTINA ( I ) TIMINA (T)

OTRAS BASES

1.- Bases modificadas se encuentran preferentemente en el RNA y particularmente en

el tRNA.

a) metilaciones; metiladas o dimetiladas

b) Isopentenil derivados

c) Tioderivados; sobre todo en las pirimidinas

2.- Productos naturales: grupo importante con estructura de base prica son las

metilxantinas; cuya accin farmacolgica ms importante es la de inhibir la

fosfodiesterasa de cAMP prolongando la accin de este segundo mensajero hormonal.

3.-Anlogos sintticos de bases; que se emplean como agentes antineoplsicos que

actan por mecanismos de competitividad, o bien como agentes mutagnicos.

PROPIEDADES FISICO-QUIMICAS DE LAS BASES

1.- Disposicin coplanar de los enlaces. Son planas porque los C tienen orbitales moleculares sp2

(tres orbitales moleculares en un plano y uno perpendicular que sirve para formar el doble
enlace).

Lgicamente, es una estructura resonante.

2.- Poco solubles en agua.

El carcter hidrfobo viene dado por la naturaleza aromtica de los anillos purnicos y
pirimidnicos.

Por tanto, son insolubles en agua a pH fisiolgico.

3.- Dipolos. Las bases tienen tomos muy electronegativos (N y O) dentro y fuera del anillo
aromtico,

por lo que existe una distribucin asimtrica de los electrones en la molcula y, por tanto, se
forman

dipolos que permiten formar puentes de hidrgeno.

De todos los posibles, los ms importantes son los que van a servir para formar los puentes de

hidrgeno de Watson y Crick para formar el DNA bicatenario a pH7. A diferente pH, la estructura se

debilita al cambiar la disposicin electrnica de las bases: por protonacin a pH cido, o por

desprotonacin a pH bsico.
4.- Carcter dbilmente bsico. Todas las bases nitrogenadas son bases dbiles al ser
desprotonables

a pH entre 9 y 10, por lo que a pH intracelular carecen de carga elctrica significativa. Aunque los

grupos ceto (C=O) pueden tautomerizar a enol (COH), perder el proton y conferir cierta acidez. La

Adenina al no tener ningn grupo ceto, es la ms bsica de todas. Caso extremo es el del cido
rico,

que, a pesar de ser una base nitrogenada, tiene carcter cido debido a los tres grupos ceto que

contiene.

5.- Presentan tautomera.

Watson y Crick postularon la tautomera de las bases para explicar que se puedan aparear de
manera

distinta a la que ellos proponan y generar mutaciones espontneas. Hoy se sabe que dichas
formas

existen debido a la migracin de los electrones por los dobles enlaces conjugados. Hay dos tipos de

tautomera:
Tautomera ceto-enlica (lactama-lactima)

Interconvierte un grupo ceto (=O) y enol (OH) extracclicos cerca de un N cclico. Se puede

producir en la G, C, T y U. Las lactimas imprimen un fuerte carcter cido a las bases.

Tautomera imina-amina

Interconvierte un amino (NH) extracclico en un imino (=NH) cerca de un N cclico. Se puede dar

en G, A y C.

pKa de algunas bases nitrogenadas

Base grupo pKa

Uracilo N1 9.5

Timina N1 9.9

Guanina N1 9.5

Guanina N7 3.2

Citosina N3 4.5

Adenina N1 4.2 6.-Presentan un espectro de absorcin caracterstico, con mximos de absorcin

diferentes segn

las bases, pero centrados todos ellos en torno a los 260 nm.

7.- Reacciones qumicas de las bases

a) Desaminacin. Por ejemplo inducdas por el ac. nitroso hidroxilamina (citosina) adenina

guanina y citosina. La desaminacin produce los oxo-derivados: hipoxantina, xantina y uracilo.

b) Alquilacin. Agentes alquilantes: sulfato de metilo, que produce o-metil guanina; otros agentes

alquilantes son la dimetil nitrosamina y la mostaza nitrogenada.

LOS NUCLEOSIDOS. Estructura

a) Base nitrogenada + pentosa N-glicsido (Nuclesido)

b) Enlaces entre: C1

de la pentosa y N1

de las pirimidinas el N9

de las purinas.

c) La pentosa es invariablemente en forma furansica y la conformacin del enlace glicosdico

puede

ser tanto syn- como anti- (se refiere a la situacin relativa de los anillos de base y pentosa; siendo
syn-

del mismo lado y anti del lado contrario).

NOMENCLATURA

1- Purinas nombre del radical de la base + el sufijo -osina

2- Pirimidinas - nombre del radical de la base + el sufijo -idina

3- Para la 2-D-desoxirribosa se antepone el prefijo desoxi + nombre del ribonuclesido

4- Los carbonos de la pentosa se numeran como 1, 2, 3, 4 y 5 para distinguirlos de los tomos de
la

base.

-N-glicosdicoPropiedades qumicas

1.- Aumento de la solubilidad con respecto a las bases.

2.- La presencia de la pentosa permite la cuantificacin de los nuclesidos basados en reacciones

de

deshidratacin del anillo furansico. As, los ribsidos pueden ser cuantificados por la reaccin del

orcinol; y los desoxirribsidos por la reaccin de la difenilamina. Estas reacciones son aplicables

tambin a los nucletidos y a los ac. nuclicos.

3.- La estructura de nuclesido no modifica para nada las caractersticas de absorcin de luz

ultravioleta a 260 nm propias de las bases nitrogenadas.

Otros nuclesidos:

1.- Nuclesidos anormales en ac. nucleicos normales. Seudouridina () se forma entre el uracilo y
la

ribosa mediante un enlade glucosdico especial entre el C1' y el C5. Forma parte del brazo TC del
tRNA.
Inosina. Ribosa unida a hipoxantina. Interviene en el metabolismo de las purinas y aparece en
algunos

tRNAs

2.- Nuclesidos naturales. Por ejemplo la espongouridina y la espongotimidina presentes en las

esponjas

donde la pentosa es arabinosa. Asi mismo, los antibiticos cordicepina y puromicina.

3.- En teraputica antineoplsica tambien se utilizan multitud de anlogos estructurales de

nuclesidos. Por ejemplo el citosin arabinsido.

NUCLETIDOS

Generalidades y nomenclatura

1.- La esterificacin de grupos OH presentes en la pentosa de un nuclesido con

ortofosfato, pirofosfato o polifosfatos da lugar a las estructuras llamadas nucletidos.

Los ribsidos: tienen tres posibilidades; los carbonos 2, 3 y 5 dando lugar a 2, 3, y

5 nucletidos respectivamente.

Los desoxirribsidos : tienen dos posibilidades; los carbonos 3 y 5 dando lugar a los

3 y 5 desoxirribonucletidos.

En ocasiones, el mismo grupo fostato aparece esterificando a dos carbonos distintos en

la misma pentosa de un nuclesido se forman as los nucletidos cclicos.

El nombre sistemtico de los nucletidos se forma con

1.- El nombre del nuclesido

2.- Seguido del carbono esterificado a fosfato

3.- Terminado en monofosfato,-difosfato o trifosfato en su caso.

Abreviaturas
Ribonucletidos

(1) El nmero del carbono esterificado por fosfato

(2) La letra de la base

(3) el nmero de fosfatos que esterifican. Por ejemplo 5-AMP, 5-ADP y 5-ATP.

desoxirribonucletidos

Se antepone a la abreviatura del ribonucletido correspondiente una d minuscula por ej. 5-

dAMP.

Existe as mismo una nomenclatura especial para los 5-ribonuclesidos monofosfato, que consiste
en

aadir el sufijo lico al nombre radical de la base, en el caso de las purinas, o del nuclesido en las

pirimidinas. As:

Adenina ac. adenlico 5-AMP

Guanina ac. guanlico 5-GMP

Citidina ac. citidlico 5-CMP

Uridina ac. uridlico 5-UMP etc.

Propiedades fisico-qumicas

1.- Todos poseen un fuerte carcter cido a pH fisiolgico presentando carga negativa

Constantes de ionizacin de los ribonucletidos expresadas en forma de valores de pKa

2.- Presentan un mximo de absorbancia en torno a los 260 mm debido a la base nitrogenada.

3.- La presencia de fosfato incrementa an ms la solubilidad respecto a los nuclesidos.

4.- Los nucletidos se separan fcilmente por procedimientos cromatogrficos.

De todos los posibles, los ms importantes son los que van a servir para formar los puentes de hidrgeno de
Watson y Crick para formar el DNA bicatenario a pH7. A diferente pH, la estructura se debilita al cambiar la
disposicin electrnica de las bases: por protonacin a pH cido, o por desprotonacin a pH bsico.
3.Tautomera

Watson y Crick postularon la tautomera de las bases para explicar que se puedan aparear de manera distinta
a la que ellos proponan y generar mutaciones espontneas. Hoy se sabe que dichas formas existen debido a
la migracin de los electrones por los dobles enlaces conjugados. Hay dos tipos de tautomera:

Tautomera ceto-enlica (lactama-lactima)

Interconvierte un grupo ceto (=O) y enol (OH) extracclicos cerca de un N cclico. Se puede
producir en la G, C, T y U. Las lactimas imprimen un fuerte carcter cido a las bases.
Tautomera imina-amina
Interconvierte un amino (NH2) extracclico en un imino (=NH) cerca de un N cclico. Se
puede dar en G, A y C.

Las formas tautomricas (enol e imina, respectivamente) son unas 10 000 ms inestables. La A slo presenta
un tipo de tautomera, y la G y C dos. La T presenta dos formas tautomricas, pero ambas cetoenlicas.

4.Nauralezabsica

Todas las bases nitrogenadas son bases dbiles al ser desprotonables a pH entre 9 y 10, aunque los grupos
ceto (=O) pueden tautomerizar a enol (OH), perder el protor y conferir cierta acidez. Al no tener ningn ceto,
la A es la ms bsica de todas. Las C y G son levemente cidas por tener un nico sustituyente ceto. Las T y
U son an ms cidas por tener dos grupos cetnicos. Un caso extremo es el cido rico, que, a pesar de ser
una base nitrogenada, tiene carcter cido debido a los tres grupos ceto que contiene.

5.Absorcindeluz

Los electrones deslocalizados de anillos aromticos se pueden excitar al recibir energa en forma de luz
ultravioleta. En torno a 260 nm todas ellas absorben luz UV desde los 259,5 nm de G hasta los 276 nm de C
y su coeficiente de extincin molar oscila entre el de la C ( = 9 103 M1cm1) y el de la A ( = 1,5 104 M
1
cm1); la media es 104 M-1 cm-1. Esta propiedad permite calcular la concentracin a partir del coeficiente de
extincin molar y la ecuacin de Lambert-Beer:
A=LxCx
(A es la absorbancia a 260 nm, L es el paso de la cubeta, normalmente 1 cm, C es la concentracin de la
muestra, y el coeficiente de extincin molar).