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http://tragodefilosofia.blogspot.com.br/2009/10/o-seculo-da-biotecnologia.html

Mais do que nunca a bioinformtica uma rea absolutamente estratgica para o

desenvolvimento cientfico nacional. Em um recente artigo, um dos mais prominentes
pesquisadores da rea, Lincoln Stein, definiu que simplesmente todos os bilogos vo se
transformar em bioinformatas num futuro bastante prximo [1].

O acmulo de dados em biologia molecular e a crescente multido de tecnologias e

programas de computador para a anlise cientfica que tm aflorado nos ltimos anos
exigem que todo pesquisador se torne capaz de compreender anlises complexas de dados e
metodologias eficientes para manipul-los de forma a extrair ao mximo a abundante
informao que a natureza nos presenteia e que o material de questionamento de todo e
qualquer cientista. O cosmosde Carl Sagan: a ordem no universo que se apresenta a todos
ns para o questionamento e avaliao.

As recentes tecnologias para anlise de genomas, diversidade bacteriana e anlises

complexas de dado atravs da inteligncia artificial -- por exemplo -- tm nos permitido
compreender de forma cada mais fina as regularidades apresentadas pela natureza. Estamos
definitivamente na era da biotecnologia. Braos metlicos so ligadas ao crebro de
macacos que, depois de algum tempo, tornam-se capazes de control-los, mesmo
distncia. Micromquinas esto sendo desenvolvidas para entrarem dentro de nossa
corrente sangunea e acusar um infarto antes mesmo que ele ocorra; algumas outras
vasculham nossa corrente sangunea e destroem partes de gordura alojada nas artrias.
Conhecemos de forma cada vez mais fina o funcionamento dos seres vivos em nvel
molecular e celular. Somos capazes de produzir novos organismos que nem mesmo a
natureza foi capaz at hoje.

Richard Dawkins em seu livro "O gene egosta"

(1976) parece ter sido o primeiro naturalista a
teorizar sobre a origem da vida atravs de uma
molcula replicadora ancestral. O desafio da
evoluo molecular no sculo XXI ser descobrir
toda a cadeia de eventos que levou desta
molcula grande complexidade molecular
observada hoje nos genomas dos organismos.
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"O que a natureza faz s cegas, devagar e impiedosamente, o homem pode fazer com
cuidado, rapidez e carinho", diz Francis Galton em meados do sculo XIX. Mal imaginava
onde chegaramos com todas as novas tecnologias de manipulao biolgica. Mal
imaginamos onde chegaremos. O sculo XXI, estou convencido, ser o sculo da
biotecnologia. Seremos capazes possivelmente de aprimorar o que somos: poderemos
controlar mquinas apenas com o pensamento, conseguiremos nos comunicar
eficientemente com os animais e compreender suas compreenses. Engenharemos
geneticamente microorganismos que sero capazes de reduzir os lixes, digerindo os mais
diversos e ainda txicos metablitos, transformando-os em -- se tivermos sorte e a natureza
nos permitir -- gua e gs-carbnico.

A engenharia gentica de microorganismos pode nos ajudar certamente a reduzir o estrago

que estamos fazendo no mundo. Mudaremos tambm o mundo e inseriremos
microorganismos nele que jamais existiram antes. Estes microorganismos ento se
recombinaro geneticamente com outros gerando um mundo ainda inimaginvel. A prpria
natureza vem combinando organismos entre si desde sua origem e, at hoje, parece ter tido
sucesso em sua empreitada. claro que o homem, ao acelerar e direcionar os processos de
evoluo dos organismos, pode causar algum desequilbrio ecolgico de escala planetria e
mundial, mas impossvel saber exatamente o risco que corremos em produzirmos algo que
acabar com nossa espcie. Ele pode estar to prximo de zero como de um; com o zero
representando uma chance nfima de modificarmos toda a arrojada estrutura de super-
organismo da Terra e o um como um alerta de que a qualquer momento todo o sistema
pode se desestabilizar. A vida no estvel. A vida nunca foi estvel. caracterstica da vida
e dos seres vivos a instabilidade. H quatro bilhes de anos, desde que a vida surgiu, ela
consiste num emaranhado inter-conectante de organismos que modificam o meio ambiente
e que ento modifica os organismos. Organismos e ambientes co-evoluem desde a origem
da vida. E, ao menos nestes ltimos 4 bilhes de anos, nada de muito catastrfico ocorreu.

Quer dizer, aconteceu. A atmosfera redutora da Terra primitiva foi modificada para uma
atmosfera oxidante desde que as cianobactrias surgiram com suas enzimas especializadas
em absorver a energia do sol e transform-la em acares e oxignio atravs da via
maravilhosa bioqumica da fotossntese. A fotossntese um fenmeno surgido a partir da
evoluo de genes contendo o cdigo para a fabricao de enzimas, ocorrido em um
organismo ancestral. Tais genes tinham uma funo ancestral ainda desconhecida e foram
duplicando e modificando-se ao adquirirem mutaes. Provavelmente participavam de
alguma via bioqumica importante que foi se especializando ao longo do tempo at produzir
esta rede complexa e intrincada de enzimas e metablitos intermedirios em que consiste a
fotossntese.

Outra das questes biotecnolgicas para este prximo sculo est justamente focada
na evoluo dos genes. Como tero os genes se modificado a partir de um organismo
ancestral para produzir outros genes ao longo das geraes? O estudo de evoluo dos
genes ainda encontra-se em uma fase muito incipiente e os cientistas ainda no so capazes
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de estudar a ancestralidade antiga de genes. Enquanto para os organismos vivos temos hoje
uma estrutura muito bem definida para explicar suas relaes de ancestralidade no passado,
o mesmo no se d para os genes.

Richard Dawkins em seu clssico livro de 1973 (O gene egosta) teorizou que a vida teria se
iniciado quando uma molcula tivesse adquirido a capacidade de auto-replicao. Essa
molcula seria, portanto, capaz de produzir outra molcula razoavelmente idntica a ela. E
esta nova cpia, ento, teria obviamente herdado a capacidade da original em se auto-
duplicar: a partir de um seriam gerado duas; de duas, quatro; e oito; e dezesseis... e assim
crescendo exponencialmente. Dawkins continua sua argumentao explicando quais seriam
os principais fatores que a seleo natural favoreceria nessas molculas, tais
como: velocidade de cpia, estabilidade no meio (tempo de vida) e fidelidade da cpia.

Stephen Jay Gould foi um dos maiores

tericos e divulgadores da cincia
evolutiva no sculo XX. Gould teorizou
sobre o fato da evoluo no ter um
sentido de progresso, embora progrida
em direo complexidade. Ele
explicou o conceito atravs da metfora
do bbado na Sarjeta.

De Gould agora, roubamos a idia da evoluo como um bbado na sarjeta. Imagine um

sujeito embriagado andando -- passo torto pra c, passo torto pra l -- tarde da noite ao
longo de uma rua com um meio-fio ao seu lado esquerdo. Se o bbado for na direo do
meio-fio e topar com ele, vai cair no cho. Deste ponto, ele no mais sair; bbado que est.
Por outro lado, se nosso heri dirigir-se na direo oposta da sarjeta, ele poder dar
muitos passos em falso, sem tropear em nada; continuando assim seu caminho. Gould
argumenta que a evoluo funciona assim: o organismo, assim como o bbado, anda numa
via de complexidade (rua) onde ele pode cair, caso dirija-se muito para a esquerda... mas
esta via bem larga, caso o bbado v para a direita. Gould tenta sugerir com isso que a
evoluo no sinnimo de progresso, embora ela progrida. Ou seja, se um organismo ficar
excessivamente simples, ele cai na sarjeta da complexidade mnima para a existncia de um
organismo vivo. Essa simplificao no mais compatvel com a vida. Porm, se ele dirigir-se
para o outro lado, ele vai ficando cada vez mais complexo. inevitvel supor o aumento de
complexidade apenas devido a fatores aleatrios e considerando que existe um limite
mnimo, porm no mximo, para a complexidade. O bbado cai na sarjeta esquerda, mas
pode andar indefinidamente para a direita, tornando-se cada vez mais complexo.

Voltando a Dawkins: aquelas molculas replicadoras que se modificaram de forma a ficarem

mais simples e, por exemplo, perderam a capacidade de auto-replicao; estas cairam na
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sarjeta da complexidade e, incapazes de se reproduzir, deterioraram-se e no esto

representadas hoje nos organismos vivos. Os genes que temos hoje presentes em nossos
genomas so aqueles que foram bem sucedidos em produzir mquinas de sobrevivncia
eficientes no passado.

O que existe entre a molcula replicadora, entretanto, e os genomas modernos ainda hoje
um grande mistrio.As questes para a permanncia deste mistrio so muitas. Uma das
principais, entretanto, est relacionada a um fator histrico que ocorre na formao dos
bilogos de hoje em dia. Os bilogos esto acostumados a fazer perguntas sobre a origem
dos organismos, mas no sobre a origem dos genes. E assim seus mtodos e tcnicas esto
altamente direcionados para responder questes sobre a origem dos organismos,
esquecendo-se que os genes tambm so unidades autnomas evolutivas. tambm uma
faceta de antropocentrismo ou biocentrismo pensar que s organismos podem evoluir
darwinianamente. [2]

A questo de no termos a resposta ainda sobre a origem dos genes da fotossntese -- ou de

qualquer outra via bioqumica --, entretanto, vai alm de critrios paradigmticos da biologia
do sculo XX: h tambm um grande problema metodolgico. A questo que os genes so
descritos principalmente nos dias de hoje atravs de sequncias de letras qumicas que
podem representar ou o conjunto de bases A, C, G e T que existem em seus DNAs ou o
conjunto sequencial dos 20 aminocidos que compem as protenas. A questo que o
contedo de informao de um gene para que seja possvel reconstruir sua histria ancestral
pequeno. Devido ao pequeno tamanho dos genes -- que tm algo entre centenas a
milhares dessas bases nitrogenadas do DNA -- faz com que a ocorrncia frequemente de
mutaes em suas sequncias faa desaparecer qualquer trao que poderia ter de seu
passado remoto.

Para exemplificar o que acontece, usarei uma metfora simples e forada, porm que serve
como demonstrao do que ocorre na realidade. Imagine que uma sequncia qualquer de
100 caracteres (letras) seguidas. E imagine que a cada ano que passa, algum aparea para
trocar 20 dessas letras ao substitu-las por outras quaisquer. Depois de cinco anos esperar-
se-ia que boa parte das 100 letras tivessem sido trocadas e que o novo texto nada tivesse de
similar ao texto original. Toda a informao do passado do texto foi perdida. E algo bem
parecido com isso que acontece com os genes. Eles tm um contedo informacional que
pode ser considerado pequeno e a taxa de mutao em suas letras qumicas
razoavelmente alta. Embora possamos criar um chamado "relgio molecular" para
definirmos quantas mutaes acontecem a cada ano e assim podermos calibrar nossas
medidas de divergncia de genes, este relgio s funciona bem para identificar
acontecimentos num passado recente, sendo que ele se atrapalha quando voltamos muito
no tempo e perdemos a informao da molcula original. E por isso que ainda no
sabemos qual teria sido a ordem de origem dos genes desde o primeiro replicador
dawkiniano at hoje.
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Genes podem ser observados como entidades estanques (separadas) presentes no nosso
genoma. As estimativas mais recentes dizem que o ser humano tenha algo entre 25.000 a
30.000 genes que codificam protenas. Cada um deles foi produzido, principalmente, atravs
da duplicao de algum gene ancestral seguido posteriormente por mutaes que
transformaram, muitas vezes, tanto o "gene pai" quanto o "gene filho". As teorias sobre
evoluo de genes falam principalmente sobre o que chamados de neofuncionalizao e
subfuncionalizao. Vale lembrar aqui que, quando um gene duplicado no genoma, ele
passa a ficar livre para mutar mais rapidamente. Genes esto informacionalmente presos
pela seleo natural uma vez que mutaes deletrias que ocorram em seu contedo
codificado produziro protenas menos eficientes e diminuiro o fitness do indivduo que as
porta. Quando so duplicados, entretanto, passa-se a produzir duas vezes mais molculas do
que a quantidade necessria para determinada funo molecular; o nicho ecolgico ocupado
pelo gene (protena). Agora uma das duas cpias capaz de se modificar ligeiramente e de
forma mais livre para qualquer outra sequncia em proximidade molecular. (Em meu
laboratrio fazemos estudos de evoluo de genes no computador para testarmos como
acontece a evoluo de genes e entendermos exatamente como funciona essa "proximidade
molecular".) Uma das cpias deste gene pode ento adquirir rapidamente uma grande
quantidade de mutaes e; caso acontea desta nova protena produzida ser capaz se ligar
de forma mais perfeita a algum substrato, essa protena pode ter encontrado um nicho
molecular vago e diz-se que este gene realizou uma neofuncionalizao, ou seja, encontrou
uma nova funo molecular. de se esperar que esta nova funo adquirida seja bastante
parecida com a funo do gene que o originou, mas ela pode ser mais fina ou mais otimizada
para um caso em especial. Sobe-se assim na escada da complexidade e nosso gene anda
para direita na via da complexidade de Gould, afastando-se da sarjeta molecular. Outro
destino dos genes duplicados pode se dar tambm atravs do processo que se chama sub-
funcionalizao.

Embora os nomes dos genes sejam hoje dados a eles para representar a funo que ele
tenha sido "descoberto" ter no ambiente celular, muitos pesquisadores acreditam que todo
e qualquer gene tenha muito mais de uma s funo. Se pensarmos que praticamente todas
as molculas da clula podem funcionar como antgenos (epitopos), fica claro que dentro do
ambiente celular protenas ligam-se e desligam-se a diversas molculas do meio. Quando
ento h o excesso de protenas causado pela duplicao gnica, abre-se o espao para que
a sequncia do DNA mute sem alterar a funo celular. Genes so cadeias unidimensionais
de nucleotdeos A, C, G e T cuja ordem define um cdigo para a fabricao de protenas. Se
imaginarmos que as mutaes acontecem ao longo da sequncia gnica de maneira
razoavelmente aleatria ficar simples compreender que pode acontecer que mutaes
ocorram na parte inicial (5') em um gene; ou na parte final de outro (3'). Se ambos os genes
mutassem a parte inicial deles, entretanto, perder-se-ia a funo desempenhada por esta
regio da protena na clula e o fitness do organismo provavelmente diminuiria. Se regies
diferentes mutassem em cada cpia do gene, entretanto, possvel supor que as regies
no mutadas em cada um deles seriam suficientes para manter a funo celular/molecular --
necessria para o bom funcionamento da clula -- intacta. E ento cada gene mutaria em
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uma parte diferente (um no 5', outro no 3') e manteria uma parte idntica sequncia
ancestral; nesse caso, os genes teriam se sub-funcionalizado. As novas partes, entretanto,
ficariam agora livres para testar a aleatoriedade evolutiva e buscarem novos pontos de
adaptao.

Todas essas questes esto ainda em aberto nas cincias biolgicas de hoje e preciso que
nos desenvolvamos mais e produzamos novos descritores gnicos que nos permitam estudar
com mais nitidez o processo de evoluo de genes. Sabe-se hoje que o estudo comparativo
das estruturas secundrias e tercirias das protenas entre genes pode nos permitir observar
uma ancestralidade ainda mais antiga entre genes; do tipo que no podem ser vistas por seu
contedo informacional enquanto sequncias unidimensionais de caracteres representando
formas qumicas. preciso que criemos ainda novos descritores gnicos que nos permitiro
observar a evoluo dos genes em temos remotos. Por enquanto no sou capaz de
vislumbrar muito bem para onde ir esse estudo, mas sei que mais cedo ou mais tarde
seremos capazes de encontrar tais descritores e que a diversidade gentica em nvel gnico
ser razoavelmente bem explicada; embora eu creia que -- devido justamente a esses
problemas metodolgicos e paradigmticos -- sempre conheceremos mais sobre a evoluo
de espcies do que de genes. Qui eu possa estar enganado.

O que me parece certo, entretanto, que a descrio, anlise e comparao dos contedos
informacionais de genes atravs de diversos descritores (tamanho, estrutura, contedo
gnico) ser utilizado e estudado atravs de modelos computacionais. A filogentica e
sempre foi uma cincia da informao presente nos organismos biolgicos; ela compara
caractersticas espaciais e funcionais de genes andando num espao temporal. Entidades
que dividem maior contedo informacional estaro mais prximas evolutivamente e tero
ancestrais comuns mais recentes, ou seja, sero oriundas de entidades presentes num
passado mais recente. A base do estudo em evoluo dos organismos -- e tambm dos genes
-- baseada no estudo formal e comparativo da quantidade de informao dividida entre
entidades. Quanto mais informao dividem, mais prximas so e menos tempo tem se
passado desde que surgiram por duplicao seguida de modificao de entidades no
passado. A concluso que apenas com o estudo da quantidade de informao nessas
molculas, feito atravs da catalogao de suas caractersticas seguida por anlises
matemticas coalescentes que seremos capaz de reconstruir a histria evolutiva dessas
entidades. Essas anlises matemticas coalescentes sero feitas atravs de algoritmos e
simulaes computacionais e nos permitiro, cada vez mais, compreender a histria da
evoluo da vida em nosso planeta. O sculo da biologia foi inaugurado, a cincia da
informao ser imprescindvel para nos permitir compreender toda a vida e a biologia, cada
vez mais, ser explicada por modelos complexos computacionais. O bilogo que no se
transformar em um bioinformata estar ficando para trs no sculo XXI. Ouamos as
palavras de Stein [1].

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[1] Stein, LD. Bioinformatics: alive and kicking. Genome Biology 2008, 9:114doi:10.1186/gb-
2008-9-12-114
[2] preciso compreendermos o que chamado de darwinismo universal, ou seja, a
aplicao de modelos de evoluo darwiniana a uma srie de outras entidades do mundo
visvel, tais como os genes, os genomas, as palavras, as linguagens, o conhecimento. E cada
unidade bsica com relao a tais meios de evoluo produz unidades indivisveis tais quais
os organismos biolgicos que podem ser consideradas seres ou entes. O pensamento
teleolgico nos faz pensar que genes ou genomas sirvam para alguma coisa especfica
enquanto eles devem ser pensados, ao que me consta, como unidades fundamentais de um
processo evolutivo. So de certa forma entidades, entes, tais como ns e tm uma vida
prpria despeito do utilitarismo com o qual os enxergamos e permitimo-nos classific-los.
Um gene no tm uma funo da mesma forma que uma vaca no tem uma funo; ou
mesmo um ser humano. Somos entidades vivas, simplesmente; e evolumos darwinianamente
atravs do contato e interao com outras entidades e com o meio ambiente. Somos entes
quando considerados em ns mesmos e essentes quando considerados em nossa co-evoluo
com o mundo externo a ns.
Postado h 10th October 2009 por Prs