Aminocidos e a Ligao Peptdica:

a base estrutural das protenas

Os assuntos abordados nessa aula so:

Aminocidos proticos:
- propriedades gerais
- classificao
- ionizao e carter anfotro

Ligao peptdica versus ligao amida:

- ressonncia e coplanariedade

Ateno ! Use o modo apresentao de slides para ativar as animaes

 Protenas podem ser definidas como polmeros compostos de n unidades
monomricas, os aminocidos, ligados entre si por ligaes peptdicas

Protena (polmero)
Aminocido 1 Aminocido 2

(monmero)
aminocido

COO
um dipeptdeo
+
H3N C H
a
A ligao peptdica ocorre entre o grupo
R
a-carboxila de um aminocido e o grupo
Frmula geral de um a aminocido: a-amino de outro aminocido.
os grupos amino e carboxila esto
no carbono a. At 100 aminocidos (10 kDa) peptdeo
R a cadeia lateral R diferencia os Mais de 100 aminocidos protena
aminocidos entre si
 Para entender a complexidade estrutural de uma protena necessrio
primeiro compreender as propriedades de seus aminocidos constituintes.

COO
+
H3N C H Aminocidos proteicos so L- a - aminocidos
a
R

O Carbono a assimtrico, ou seja, tem 4 ligantes diferentes

Essa propriedade define o Ca como um centro quiral

e confere propriedades pticas s molculas.

Existem 2 ismeros pticos do Ca: formas L e D

so enantimeros (imagens especulares)

um do outro
no so interconversveis sem quebra de L- e D-ismeros de gliceraldedo (um
laos covalentes aucar) e do aminocido alanina
 Isomeria ptica COO Protenas naturais possuem
+ somente L-aminocidos
H3N C H
a
Substncias pticamente ativas D-Aminocidos ocorrem em
(possuem C quirais) interagem com a R peptdeos antibiticos
luz polarizada, girando o plano da luz
para esquerda (levgiros) ou para a L-a-aminocido
direita (dextrgiros)

Essa propriedade foi inicialmente +

4. Observador gira a
descoberta para cidos orgnicos e escala at coincidir com -
acares, com vrios C quirais. a luz emergente, para
determinar o desvio
1. Um plano de
Levgiro: indicado por ( - ) luz
selecionado
giro da luz para esquerda
Filtro 3. Plano da luz que
polarizador emerge da soluo foi
Dextrgiro: indicado por ( + ) desviado para a
Fonte
giro da luz para direita de luz esquerda ou para a
2. Soluo de direita pela substncia
substncia em soluo
opticamente ativa
causa rotao do
plano da luz
polarizada

Um polarmetro
 Isomeria ptica: os accares naturais so de srie D

* Glicose:
6 Carbonos quirais
16 ismeros possveis
Carbono 5 define a
D- Gliceraldedo
configurao D- ou L-
1 carbono quiral
D-glicose

a manose
As letras D- e L- indicam apenas
um ismero da
a configurao espacial de um
glicose no C2.
ismero, e no a sua atividade
ptica.
a galactose
Existem compostos D que so
um ismero da
levgiros (-) e compostos L que
glicose no C4.
so dextrgiros (+).
Ex: D (-) frutose
L (+) arginina D-manose D-galactose
 Aminocidos proticos so determinados geneticamente: cdigo gentico

os aminocidos se diferenciam entre si

Cadeia lateral quanto ao tipo de cadeia lateral, ou grupo
radical R, que apresentam.

amino a carboxila

Existem 20 aminocidos que ocorrem

naturalmente em protenas de todos os
tipos de organismos, e que so
determinados por cdons especficos
(triplets de nucleotdeos) no material
gentico dos seres vivos.

Os aminocidos proticos so classificados

de acordo com as propriedades de suas
cadeias laterais
 Aminocidos bsicos Aminocidos cidos Aminocidos polares neutros

Serina Treonina
(Ser S) (Thr T)
cido Asprtico cido Glutmico
(Asp D) (Glu E)
Histidina
Lisina
(His H)
(Lys K) Arginina Aminocidos especiais
(Arg R)

Os 20 aminocidos Asparagina Glutamina

(Asn N) (Gln Q)
protecos Cistena Glicina
(Gly G)
Prolina
(Pro P)
(Cys C)

Aminocidos hidrofbicos - apolares

Alanina Valina Isoleucina Leucina Metionina Fenilalanina Tirosina Triptofano

(Ala A) (Val V) (Ile I) (Leu L) (Met M) (Phe F) (Tyr Y) (Trp W)
 Estudando o slide anterior, identifique o critrio para classificao de:

Histidina, como um aminocido bsico

Valina, como um aminocido hidrofbico

cido glutmico, como um aminocido cido

Os aminocidos especiais possuem caractersticas intermedirias entre

os grupos dos aminocidos polares e apolares.

Alm disso:

a cistena o nico aminocido cuja cadeia lateral capaz de fazer

ligaes covalentes e com isso pode contribuir para a estrutura da protena.

a prolina no um aminocido tpico, e sim um iminocido, uma vez que

seu Ca e seu Na fazem parte de um anel heterocclico da molcula.

OBS: A classificao dos aminocidos pode diferir, conforme o autor. O importante em

cada caso entender os critrios para a classificao.
Visite o site:
http://www.wiley.com/legacy/college/boyer/0470003790/animations/animations.htm

Jogue o Amino Acid Game para aprender a reconhecer a estrutura dos aminocidos.

Identifique o aminocido cujo nome aparece na parte de baixo da tela, direita.

Use as setas para movimentar o foguete e a barra de espao para disparar tiros.
Os acertos valem 2 pontos. Cada erro retira 1 ponto do total.
Alm dos 20, existem mais 2 aminocidos proticos que so determinados geneticamente:
- pirrol-lisina (somente em Archaea)
- selenocistena (presente em animais, algumas bactrias;
mas ausente em plantas e Archaea)

Outros aminocidos, alm dos 20 codificados geneticamente, podem ocorrer em protenas e

peptdeos biologicamente ativos, ou como aminocidos ou derivados livres.

Esses aminocidos so produzidos enzimticamente, por modificao ps-traduo de um

dos 20 aminocidos clssicos. Exemplos:

Em muitas protenas: Neurotransmissores:

- aminocidos glicosilados (Ser, Thr, Asn, Gln) - GABA (c.g-aminobutrico)
- aminocidos fosforilados (Ser, Tyr)
-OOC-CH -CH -CH - NH+
2 2 2 3

- Glutamato
-OOC-CH -CH -CH - COO-
2 2
l
- Ac. g-carboxi-glutmico NH3+
(protrombina e fatores
da coagulao)
Intermedirio do ciclo da uria

- 3-hidroxi-prolina
- 4 hidroxi-prolina
(colgeno)
- 3-metil-histidina (actina)
 Protenas so molculas tridimensionais.

A forma da molcula determinante de sua funo.

A Lipase gstrica uma

protena solvel em meio
aquoso.

A Citocromo C oxidase uma

protena integral da membrana
interna de mitocndrias
Para entender a relao estrutura X funo de uma protena, como exemplo veremos
a mioglobina, protena armazenadora de O2 nos msculos dos mamferos.

A mioglobina da baleia cachalote uma protena de forma globular, de 153 aminocidos,

contendo um grupo prosttico heme. A protena bastante solvel em meio aquoso.
O interior da molcula forrado com cadeias laterais de aminocidos apolares, formando
um ambiente hidrofbico.

grupo heme
grupo heme

Mioglobina da baleia cachalote

Modelo simplificado Modelo com cadeias laterais dos aminocidos
(somente o esqueleto -N-C-C- da protena)
 A forma globular da mioglobina, formando um bolso hidrofbico em torno do
heme, fundamental para o desempenho da funo de armazenamento de O2.

Heme

Fe2+ + O2 (Fe3+)2O3
X
polar

Em um meio aquoso, o Fe2+ combina-se com O2

de maneira irreversvel, com oxidao do Fe2+ a
Fe3+, formando xido de ferro.

Fe2+ + O2 Fe2+.O2
O O2 liga-se ao tomo de Fe do heme. apolar

No meio apolar proporcionado pela mioglobina, a

Mutaes nas globinas que levam a trocas
de aminocidos no bolso do heme por ligao do Fe2+ ao O2 reversvel e no envolve
outros mais polares podem ser letais, pois oxidao do Fe.
afetam a interao da protena com o O2.
Por que a mioglobina solvel em gua ?

As cadeias laterais de aminocidos

polares, carregados ou no, voltam-se
para o meio aquoso e fazem contacto
(pontes de H) com as molculas de
gua do meio.

Aminocidos apolares voltados

para o interior da molcula.

protena

gua
Mioglobina da baleia cachalote
 As cadeias laterais de aminocidos
polares podem fazer pontes de H entre si e com molculas de gua
do meio, solubilizando protenas.

(+) (+)

(=)

(+)
A gua um dipolo
permanente, devido
diferena de (=) (+)
eletronegatividade
de seus tomos. Ponte de H formada
entre duas molculas
de gua

Tipos possveis de pontes de H

entre aminocidos e a gua
 Protenas organizam molculas de gua em torno de si, formando uma
camada de solvatao, que garante a solubilidade em meio aquoso.

H H H H H
O H H O O
H H O H O H O d+ d+ O H
H
O H d+ H H
d+ H H H O H
H d- d-
O H H O H O H O
H O- H
H
H H d+ d d-
O O
d+ H
O d+ H
H
d+
H d+ H-H

Molculas de gua
O
H d+ +
d-
d+ O
H

H
H H d+ O H H O H Od- O H H
interagindo no gelo. O H
O O- Na gua lquida, a
H
H
H d H O
H d+ d+
H H
H O rede de interaes H O H
O H O
H H O H
menos organizada. H H
H
Camada de solvatao de
um composto aninico Camada de solvatao de
um composto catinico
 Aminocidos
polares
Corte
transversal da
membrana
interna da
mitocndria
Aminocidos
apolares

A Citocromo C oxidase uma protena de membrana.

Protenas de membrana possuem uma regio de aminocidos hidrofbicos apolares,

cujas cadeias laterais projetam-se para fora e interagem com a poro lipdica de
membrana celulares. Outras regies dessas protenas ricas em aminocidos
hidroflicos polares projetam-se para os meios aquosos extra- ou intracelular, e
podem formar canais hidroflicos que atravessam a membrana, interconectando os
meios separados por ela.
 Responda s seguintes perguntas:

Como as protenas assumem uma forma tridimensional a partir

de suas estruturas lineares ?

Que tipo de foras fsicas mantm a estrutura tridimensional das

protenas ?

Calma ! Voc saber responder a essas questes at o final dessa disciplina.

.

aminocido

Estrutura primria: a sequncia dos o esqueleto covalente (fio do

aminocidos na cadeia polipeptdica; colar), formado pela seqncia dos
mantida por ligaes peptdicas tomos (-N-C-Ca-)n na protena.

Para entender a estrutura 3D das protenas, vamos dissec-la em

nveis organizacionais para facilitar o estudo:

x4

Estrutura secundria: Estrutura terciria: Estrutura quaternria:

Enovelamento de partes da
cadeia polipeptdica
Formada somente pelos
tomos da ligao peptdica,
atravs de pontes de H.
Ex: alfa-hlices e folhas beta.
Enovelamento de uma cadeia
polipeptdica como um todo.
Ocorrem ligaes entre os
tomos dos radicais R de
todos os aminocidos da
molcula
Associao de mais de uma
cadeia polipeptdica
No modelo, um tetrmero
composto de 4 cadeias
polipeptdicas
 As caractersticas fsico-qumicas
da ligao peptdica
das cadeias laterais dos aminocidos
determinam como o esqueleto covalente de uma protena vai
se enovelar
determinam os tipos de foras, covalentes e no covalentes,
que iro estabilizar a estrutura tridimensional de uma protena.

Os aminocidos apresentam vrias funes qumicas que podem se ionizar e

conferir carga eltrica molcula.
Todos os aminocidos possuem
Exemplo: um grupo carboxila
H+ cido asprtico e cido glutmico
-
Funo carboxila -COOH -COO possuem 2 grupos carboxila

+ Todos os aminocidos possuem

Funo amina -NH3 - NH2 um grupo amina
H+ Lisina possue 2 grupos amina

estado de ionizao depende do pH do meio

Comportamento cido-bsico de aminocidos: ionizao
Abaixo esto 4 formas de um aminocido variando o estado de ionizao do
grupo amino e do grupo carboxila.
Qual dessas formas de um aminocido no pode existir ? Porque ?

Meio alcalino
carga (-)
Pense
antes de
dar o
prximo
click !

Forma anfotrica (sem carga)

presente em pH fisiolgico
Meio cido
carga (+)
 Para entender por que a forma assinalada no pode existir, vamos
relembrar os conceitos de pK e constante de dissociao de um cido.
 DISSOCIAO DE UM CIDO

Considere a equao geral de dissociao de um cido HA dada abaixo:

v1
Desprotonao (1) HA H+ + A - Protonao (2)
v2

Quando a velocidade da reao 1 iguala-se a da reao 2, atingiu-se o ponto de

equilbrio. Pode-se dizer que a reao terminou, pois no h mais modificao
das quantidades dos reagentes ou produtos de ambas as reaes.

A Lei de Ao da Massas permite calcular a constante de equilbrio da reao

de dissociao do cido, ou constante de dissociao, como se segue:

[ H +] . [A-] (quando v1 igual a v2)

Keq = Kd =
HA

O pK igual ao logaritmo negativo da Kd

 Observe os valores de pKs da tabela abaixo.

a-Amino cido pK1 pK2 pKR

a-COOH a-NH3+ Cadeia Lateral (R)

Alanina 2.35 9.87

Arginina 1.82 8.99 12.48 (guanidino)
Asparagina 2.1 8.84
cido Asprtico 1.99 9.90 3.90 (b-COOH)
Cisteina 1.92 10.78 8.33 (sulfidrila)pK dos a-NH +
3
cido Glutmico 2.10 9.47 4.07 (g - COOH) valor mdio ~ 9.0
Glutamina 2.17 9.13
Glicina 2.35 9.78 pK dos a-COOH
Histidina 1.80 9.33 6.04 (imidazol) valor mdio ~ 2.0
Isoleucina 2.32 9.76
Leucina 2.33 9.74
Lisina 2.16 9.18 10.79 (e -NH3+)O que significa a
Metionina 2.13 9.28 diferena de 7 unidades
Fenilalanina 2.16 9.18 log desses pKs ?
Prolina 2.95 10.65
Serina 2.19 9.21
Alguns aminocidos
Treonina 2.09 9.10
apresentam grupos
Triptofano 2.43 9.44
ionizveis em suas
Tirosina 2.20 9.11 10.13 (fenol)
cadeias laterais
Valina 2.29 9.74
Valores pK dos grupos ionizveis dos a-aminocidos a 250 C
 Para o grupo carboxila, a forma cida sem carga se dissocia no on carboxilato:

R - COOH R - COO + H+
Considerando-se o pK mdio de 2,0, no equilbrio dessa reao, teremos:
[ R COO ] [H +]
Keq = ~ 10 -2 = 1 .

1 on carboxilato (-) para

R - COOH 100 cada 100 carboxilas
pK= -log Keq -log (10-2
-2) = 2.0 neutras

Para o grupo amino, a forma cida catinica se dissocia na forma neutra:

R - NH3+ R - NH2 + H+
Considerando-se o pK mdio de 9,0, no equilbrio dessa reao, teremos:

[ R - NH2 ] [H +] 1 1 grupo amino sem

Keq = ~ 10 -9 = .

1.000.000.000 carga para cada 100

R - NH3
trilhes com carga (+)
pK= -log Keq -log (10-9) = 9.0
Portanto, a diferena de 7 unidades logartmicas entre os pKs dos grupos a-amino e
a-carboxila reflete a diferena de afinidade que as funes qumicas em questo
apresentam pelo prton H+.

A afinidade por prtons do grupo amino (pk ~ 9) 107 vezes maior do que a do
grupo carboxila (pK ~2).

forma bsica forma cida forma neutra

Observe nas formas possveis do aminocido, que o grupo NH3+ s se dissocia se o

grupo COOH j estiver completamente dissociado em COO-.
 Meio alcalino

carga

As formas inicas de um aminocido se -1

interconvertem, variando a carga da molcula
na dependncia do pH do meio e do pK de
cada grupo:
+H+ - H+

0 -1
H+ 0
-
-COOH - COO

+H+ - H+
H+
+
-NH3 - NH2
+1
+1 0

Meio cido
 Aminocidos, peptdeos e protenas so bons tampes

Um tampo definido como um composto ou conjunto de compostos que

impedem variaes da concentrao de [H+], ou seja do pH, do meio.

Para ter essa propriedade, os compostos devem ter grupos ionizveis

capazes de doar e de receber prtons H+

A faixa de pH em que um composto apresenta poder tamponante depende do pK

de seus grupos ionizveis. A Lei de Henderson-Hasselbach estabelece a
correlao entre o pH do meio e o pK do tampo.

[ H+ ] . [A-]
pH = pK + log
[ HA ]
Quando [ H+ ]. [ A- ] = [ HA ]

[ H+ ] . [A-]
Temos que =1, substituindo na equao: pH = pK + log 1 pH = pK
[ HA ]
zero
Traduzindo:
quando o pH do meio igual ao pK do grupo ionizvel, este est 50% dissociado

o poder tamponante mximo no pK pois h igual A - + H+ HA

proporo das formas doadora e aceptora de prtons: 50% 50%
 Poder tamponante e curva de titulao da glicina

A curva mostra a variao do pH de uma

soluo do aminocido glicina quando se
adiciona uma base, por exemplo, NaOH.
A glicina vai se dissociando, e libera
H+ para o meio.
O poder tamponante da glicina pode ser
observado em dois pontos da curva, em
que o aumento de pH mais lento.
Observe que o pH da soluo na metade
desses
Observe trechos
tambm daquecurva coincide
h um ponto dacom os
curva
valores
onde o pH de varia
pK dos grupos ionizveis
bruscamente. Nessa regioda
glicina.
ocorre O efeito isoeltrico
o ponto tampo nesses pHs
(pI) da ocorre
glicina,
por
emquequeh duasdas
100% formas de glicina
molculas presentes
apresentam
na soluo,
carga uma dissociada
zero, como visto abaixo.(50%) e outra
no, como mostra a figura.
-O
O
pK a -COOH = 2.34
H+ dissociados por mlecula C
pK a -NH3+ = 9.60
NH3+ - C a- H
Glicina
adio de NaOH (volume) (forma anfotrica carga zero)
H
 Como o estado de ionizao e a carga eltrica da glicina variam em
funo do pH do meio ?

Para a glicina os valores de pK so: Clculo do ponto isoeltrico

pK a - NH3+ = 9.60 pI = 2.34 + 9.6 = 5.97

2
pK a - COOH = 2.34

pH 0 - 2 pH 2,34 pH 3.0 - pH 9.0 pH 9.6 pH 10 - 14

HO O HO O O O
C 50% O O
C C 50% +
-H+ -H O O -H+ -H+ C -1
HC-H CH2 +1 C CH2
a +H+ +H+
+H+ +H+ CH2
NH3+ NH3+ CH2 NH3+
+ O
+ NH2
O NH3 + O O
+1
C 50% C
50% Aumentando mais o
Em pH < 2,34, todosCH os 2 CH2 -1
Diminuindo a [H+] do meio, a a-COOH pH,Em
at pH > 109,6,
o valor
grupos ionizveis da glicina Em pH 5,97 ocorre o ponto predomina
(pK do NH3+a), forma
haver
comea a desprotonar. No pH 2,34,
NH
esto protonados. A molcula + isoletrico da glicina. 100% NH2
das 50%de de
glicina com de
molculas
3 metade das COOH desprotonaram,
apresenta carga +1. molculas esto
gerando com carga
a glicina zero. zero.
com carga carga
glicina com -1.
carga -1.
 Como o pH do meio afeta a carga de aminocidos com cadeias laterais ionizveis ?

HO O
Como exemplo, veremos a
C pK a-COOH = 2.18
ionizao da Lisina: pI = 8.85 + 10.53 = 9.69
H Ca- NH3
+ pK a -NH3 = 8.95
+
2
pK R- NH3+ = 10.53 (ponto isoeltrico)
(CH2)4
NH3+
pH 2 .18 pH 8.95 pH 10.53
pH < 2 pK a-COOH pH 3 - 8 pK a -NH3+ pH 9.69 pK R- NH3+ pH > 11

HO O O O O O O O O O O O O O
C C C C C C
C
-NH3+ -NH3+ -NH3+ -NH2 -NH2 -NH2
-NH2
H+ H+ H+ H+ H+ H+
NH3 + NH3 +
NH3+ NH3+ NH3+ NH2 NH2

(+2) 50% (+1) (+1) 50% (zero) 100% (zero) 50% (-1) (-1)
todos os 50% (+2) 50% (+1) 50% (zero) todos os
predomnio ponto
grupos grupos
carga +1 isoeltrico
protonados desprotonados
predomnio predomnio
carga +2 carga -1
 Exerccio:

Usando os valores de pK tabelados e as frmulas dos aminocidos

apresentados alguns slides atrs, calcule o ponto isoeltrico e desenhe
as formas ionizadas em pH 1, 7 e 12 de um aminocido:
a) Hidrofbico
b) Hidroflico neutro
c) cido
d) Bsico
e) da prolina (grupo especial)
 O lao covalente que liga os aminocidos no esqueleto covalente de
uma protena a ligao peptdica.

A ligao peptdica uma amida.

O
-C
Aminocido 1 Aminocido 2 NH2

As distncias interatmicas na
ligao peptdica so menores que
as de uma ligao amida comum.

um dipeptdeo O O
C C
A ligao peptdica ocorre entre o grupo N N
a-carboxila de um aminocido e o grupo H H
a-amino de outro aminocido.
Esse fato evidencia ressonncia eletrnica,
com uma nuvem de eltrons oscilando entre o
C e o N. Isso atribue ligao simples C N
um carcter parcial (50%) de dupla ligao
Como resultado da ressonncia da ligao peptdica, ela mais rgida
que uma ligao simples, colocando todos os tomos participantes no
mesmo plano espacial.

Assim, o esqueleto covalente de uma

protena, representado pela seqncia linear
dos tomos (-N-C-Ca-)n, apresenta restries
de mobilidade que so importantes
determinantes do enovelamento da molcula.
Carbono a

A figura mostra duas ligaes peptdicas CO N -,

com os tomos alinhados no plano determinado pela
ressonncia da ligao.

O nico ponto de rotao possvel da cadeia peptdica

em torno do Ca, entre as ligaes peptdicas,
definindo dois ngulos de rotao:
Y- (psi ) ngulo de rotao entre o Ca e o C
F (fi) ngulo de rotao entre o Ca e N
 Na dcada de 1950, o fsico Ramachandran fez uma
teoria sobre os ngulos possveis de toro da ligao
Grfico de Ramachandran peptdica. Sua teoria previa que somente nas reas
sombreadas no grfico abaixo poderia ocorrer um
enovelamento estvel das protenas.

Observe no grfico
Posteriormente, comqueanasdeterminao
regies
A B C D indicadas pelosdos
experimental crculos
ngulos Y e F (pontos
vermelhos, em que
no
Ramachandram
grfico) em diversaspreviu que no
protenas, seria
a sua teoria
possvel existir estruturas estveis, at hoje
foi comprovada.
no se descobriu nenhuma protena.
Nas regies de A a F ocorrem algumas
formas
Veja notridimensionais
prximo slidetpicas
o quedeacontece
protenas,
como
com a veremos na prximanessas
ligao peptdica aula. regies.

2 1 A B C

Folha b paralela Folha b antiparalela

Colgeno
D E tripla hlice
3 F
4

E F a-hlice a-hlice
(esquerda) (direita) Anel
 ngulos de rotao da cadeia polipepttica em torno de um carbono alfa

(1) (2) (3) (4)

F=180o, Y=0o F=0o, Y=0o F=0o, Y= -180o F= -60o, Y=180o

Y- (psi ) ngulo de rotao entre o Ca e o C

F (fi) ngulo de rotao entre o Ca e N

Algumas das restries de rotao da ligao peptdica implicam em coliso da

nuvem eletrnica do O ou N (ex: 2 e 4), ou ainda no posicionamento dos
tomos de tal modo que no possibilita a formao de pontes de H (ex: 1 e 3).
Encerramos aqui a primeira aula da disciplina Biofsica de Protenas.

Os assuntos abordados nessa aula foram:

Aminocidos proticos:
- propriedades gerais
- classificao
- isomeria ptica
- ionizao
- comportamento cido-base e tamponamento

Ligao peptdica versus ligao amida:

- ressonncia e coplanariedade
- grfico de Ramachandran