Reviso da Prova!!

Arquivo fasta

Pega o tutorial no e-mail

Entra no Rast, depois do login voc vai na opo Upload New Job

Seleciona um arquivo fasta, exemplo, corynebacterium pseudotuberculosis PAT10.fasta para

ser transformado em EMBL
Seleciona o arquivo fasta e aperte a opo USE THIS DATA AND GO TO STEP 2
Aparecer essa janela que voc ir colocar na opo TAXINOMY ID: 1719
Feito isso voc ter que ir na opo FILL IN FORM BASED ON NCBI TAXINOMY-ID

Prximo passo colocar o STRAIN

O STRAIN ser o nome do seu arquivo demarcado pela numerao, exemplo, PAT10. E por fim
aperte use this data and go to step 3

No ultimo passo do RAST marcar as opes: AUTOMSTICALLY FIX ERRORS, FIX FRAMEDHIITS,
BACKFILL GAPS E TURN ON DEBUG. E por fim aperte a opo FINISH THE UPLOAD.
E espere o rast realizar a analise produzindo arquivos EMBL.

Abrir os arquivos GBK pelo Artemis e selecionar todas as CDS (Select > ALL CDS
Features)
 Criar uma locus_tag para as CDS (Edit > Automatically Create Gene Names)

Colocar o nome: XXXX_ > 1 clicar em OK > 1 clicar em OK > escrever

locus_tag > colocar 4 > Clicar em NO.
Clicar no Sim
 Selecionar todas as CDS (Select > ALL CDS Features)
1. File > Write > Amino Acids of selected features (arquivo que ser usado na
criao do .pep)

2. File > Write > Bases of Selection > FASTA Format (arquivo que ser usado na
criao do .nuc)
 3. File > Save Na Entry As > GFF Format (arquivo que ser usado na criao do
.function)

criar diretorio com mkdir

#copiar os arquivos .nuc, .pep, .function para o servidor anakin aps

criao de diretorio genomica
Coloque o arquivo, EML2FILES.JAR dentro da pasta junto com os arquivos PEP,NUC e
FUNCTION.

V no seu terminal , Abra o arquivo no terminal usando java -jar eml2files.jar

A ltima verso do PGAP est no servidor Anakin no usurio: luciano senha: 321
Linha de comando: perl PGAP.pl -strains Cp267+cp54b96+cp162 -input /luan -
output /ufpa --cluster --thread 5 --pangenome --function -method GF --evalue
0.00001 --identity 0.9 --coverage 0.9

V na pasta e procure o Pangenoma para saber o tamanho do arquivo Pan-genoma e

Coregenoma.

Abra o arquivo O Orthologs_Whole_Cluster_COG_Distribution

ABRA o programa BRIG

Crie uma pasta Output dentro dos arquivos do programa

Abra no Browse e coloque um arquivo fasta

Selecione no browse a pasta onde esto os seus arquivos fasta

Dei o caminho onde est a pasta OUTPUT, aperte Next

Aperte no ADD NEW RING

ESCREVA CG CONTENT e aperte add data

Aperte em add new ring e escreva sken

Aperte em add data e logo em seguida coloque o arquivo fasta referente

Aperte em ADD CUSTON FEATURES

Abrir essa janela

Coloque na opo label text PAI, logo aps na opo Start coloque 1 e na opo stop coloque
8.

Aperte Next e aparecer a janela que voc ter que colocar na opo Image title o nome da
sua imagem.
E por fim criar a sua imagem de patogenicidade