Nombre: Ma.

Dolores Ozuna Arroyo

Asignatura: Filogeografa

Fecha: 14/072017

1. Elija dos trabajos cientficos en donde trabajen por un lado con modelos

demogrficos histricos, usando escaline plot, y por otro con anlisis de mezcla.

A) Compare ambas metodologas y discuta crticamente

Artculo 1. Utilizaron como marcador el Cyt-b maximum-likelihood (ML) and

Bayesian inference (BI) methods bootstrap with 1000 replicates, arkov chains were
run for 107 generations Se utiliz un modelo de reloj lognormal no correlacionado,
con un valor medio de 0,0062 sustituciones por sitio por milln de aos basado en
las tasas evolutivas de Cytb estimadas en salamandras. Como cadenas de Markov se
llevaron a cabo durante 10 9 generaciones con un intervalo de muestreo de 105
generaciones, y el primer 10% de los rboles fueron descartados como burn-in. La
convergencia de los parmetros muestreados se verific mediante el Tracer 1.
Artculo 2. Para determinar el tiempo para el ancestro comn ms reciente
(TMRCA) para las secuencias analizadas de DENV-2, se utiliz el mismo conjunto
de datos de secuencias marcador, los genes de protena E. La tasa de sustitucin de
nucletidos y TMRCA para DENV-2 cepas de origen centroamericano, as como
para todos los otros genotipos, se calcularon mediante el mtodo Bayesiano MCMC
empleado por BEAST ver. 1.6.1 [21] . Los datos se analizaron utilizando el modelo
GTR + 4 + I, utilizando relojes moleculares lognormal no correlacionados estrictos
y relajados. Bayesiano coalescente anterior y constante tamao de la poblacin
priores rbol se utilizaron para describir la DENV-2 demografa historia. Cinco
anlisis MCMC independientes, cada uno por 10.000, 000 repeticiones, se realizaron
para cada modelo de tasa de ramificacin y se combin con un valor de burnin
establecido en 10% generaciones. Se gener el mximo rbol de credibilidad del
clado (MCC) para cada modelo. Se obtuvieron los intervalos de 95% de densidad
posterior ms alta (95% HPD) para determinar la incertidumbre en las estimaciones
de parmetros.
En el caso del primer artculo tal vez el marcador del Cyt-b no es el mejor para
comprobar su teora pues dice que despus de la separacin de las especies y la
formacin de los linajes la poblacin de salamandras ha ido disminuyendo, eso no es
tan evidente en los skyline plots ya que se observa que la poblacin se ha mantenido
estable durante el tiempo. Los pasos metodolgicos como el nmero de generaciones o
el burn-in es significativo, sin embargo el artculo 2 tiene un mayor nmero de
informacin con respecto al nmero de generaciones, claro que todo depende que tan
bien se haya estabilizado la informacin. En ocasiones tantas generaciones no son
significativas.
B) Analice las hiptesis y emita las conclusiones

b) La divergencia de dos principales linajes de una salamandra de corriente

endmica, Batrachuperus tibetanus fue probablemente causada por la orognesis
de las montaas Qinling durante el Cenozoico tardo, y los dos linajes fueron
afectados posteriormente en diferentes niveles por las oscilaciones climticas del
Pleistoceno mostrando diferentes seales de expansin demogrfica. La
divergencia de los dos principales linajes fue probablemente causada por la
orognesis de las montaas Qinling durante el Cenozoico tardo, y los dos linajes
fueron afectados posteriormente a diferentes niveles por las oscilaciones
climticas del Pleistoceno mostrando diferentes seales de expansin
demogrfica (1).
En la figura 1 extrada del artculo se pueden observar los skyline plots que
determinan la poblacin efectiva de estos dos linajes de salamandras as como una
grfica de mis match complementaria que nos puede ayudar a descifrar que paso
con las poblaciones. Se puede observar en el test realizado para la poblacin del
occidente (a,d) que se encuentra en reciente expansin y es una poblacin estable,
esto se puede definir por el modelo multimodal que presenta la grfica de mis match
y en el plot se observa que si hubo una baja de poblacin hace 5e-2 aos atrs que
corresponde con el cenozoico donde ocurrieron varios eventos de orognesis ( 1 ).
Del mismo modo en el plot de la poblacin del occidente (b, e) se observa una
poblacin estable en la actualidad pero que sufri una disminucin de la poblacin
efectiva hace ms aos atrs que la poblacin del oriente mostrando en el grfico de
mis match una distribucin demogrfica unimodal lo que indica que la poblacin
sufri un evento de cuello de botella.
Mientras que el estudio para todas las poblaciones evidencia el efecto de estos
eventos geolgicos en la poblacin de salamandras pues en el mis match se observa
claramente con el pico hacia la derecha como la poblacin paso por un evento de
cuello de botella mientras que el skyline plot evidencia la baja en la poblacin que
existi mucho tiempo atrs durante el cenozoico tardo.
En los skyline plots del total de la poblacin de salamadras se puede observar cmo
se dio esta disminucin de la poblacin efectiva sin la recuperacin del total de esta.
 Figura 1.

En el segundo artculo se realizan estudios filogenticos que demuestran que en los

ltimos aos la circulacin de dos linajes diferentes de DENV-2 del genotipo AM /
AS se produjo en los pases de la regin. Tambin se discuten, por primera vez,
aspectos de la evolucin temporal de la DENV-2 en Amrica Central durante un
perodo de alta actividad del dengue en la regin (1999-2009) (2).
En la figura 2 se muestra en el skyline plot como durante los primeros aos hasta
1995 la poblacin efectiva del virus del dengue se haba mantenido estable hasta
aproximadamente 1998 cuando hubo un aumento considerable de la poblacin,
correspondiente a los aos que establecen los autores del artculo, aunque esta
poblacin del virus no se mantuvo creciente sino que 10 aos despus tambin tuvo
prdidas la poblacin, aunque en el 2005 volvio a aumentar en mayor medida al
crecimiento anterior.
Figure 2. Maximum clade credibility (MCC) tree and Bayesian Skyline plot of the analyzed
DENV-2.
A) Bayesian coalescent inference of genetic diversity and population dynamics using the
Bayesian Skyline plot available in BEAST 1.6.1., for DENV-2 strains of American/Asian
genotype in Central America. X axis represents years of study and y axis the relative
genetic diversity product of the effective population size. Black line represents the mean
estimate and the blue shadow, the 95%HPD. B) Maximum clade credibility tree derived
from the Bayesian analysis of the envelope protein of DENV-2 with the best fit model
(relaxed lognormal clock), showing the mean time to the most recent common ancestor
(TMRCA) in each principal node (mean and 95%HPD). The 95% highest probability
density (95%HPD) for each node age, are shown as blue bars. DENV-2 genotypes
(Sylvatic, American, Asian I and II, Cosmopolitan and American/Asian) are identified.
Clades 2a and 2b are highlighted in a green and red shadow, respectively.
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0027459.g003
 2. Sobre la base de la informacin abajo indicada, desarroll lo siguiente: A) Describa
la metodologa usada; B) Resultados y conclusiones.

Daktulosphaira vitifoliae, es un parasito de la uva Grape Phylloxera, mejor conocido como

pulgn.

Se recolectaron ms de 500 muestras de 19 estados y 34 muestras de hojas y de races de

plantas de uva infectadas con este pulgn de las regiones vincolas del este y centro de
amrica del rango introducido (Norte de California, Europa y Sudamrica) fueron
genotipados con una secuencia de 32 regiones repetidas, utilizado como marcador.

Se secuenciaron las regiones del marcador de los 500 individuos y se llev a cabo un
alineamiento. Con el fin de realizar el rbol de la figura B se realiz un anlisis con
MrModeltest para determinar el modelo de sustitucin nucleotidica y posteriormente
realizar un rbol filogentico de inferencia bayesiana.

Para realizar el PCoA de la figura A se construy la matriz en Excel de heterologa y

posteriormente se realizaron los anlisis con GeneTix y Cervus.

En los resultados se muestran sub especies muy diferentes, son cuatro especies las que se
encuentran bien definidas entre ellas (vulpina este, vulpina del sur, cinera, Arizona)
mientras que ripiara y especmenes sin asignacin de MGL podra decirse que se
encuentran agrupadas entre ellas tratndose de una sola poblacin.

Es posible que esta diferencia que existe entre las especies no sea tan benfico para los
vinicultores pues tienen que recurrir a mtodos diversos para combatir la plaga del pulgn,
en especial cuando se trata del pulgn vulpina del norte y del sur pues al tratarse de la
misma sub especie pdra pensarse en combatirla de la misma manera sin tener los mismos
resultados.
Fig 1. A) Principal Coordinate Analysis (PCoA) of grape phylloxera MLGs that were assigned to five
populations based on the q > 0.9 or that two STRUCTURE analyses (q > 0.7) found were associated. The Xaxis accounts for
22.51% of the variation, while the Y-axis accounts for 8.86%. Samples from the introduced range
(Austria, Brazil, Hungary, Uruguay and the California SAL (single adult lineage) lines 101R1, 101R2, FreR1 and
FreR2B) grouped within the V. riparia population marked with the green circle. Samples within the smaller black
circle (closer to V. riparia population) are from Argentina and Peru, and include the California SAL lines AxRR1 and
VinR1, which grouped as an admixture between the V. riparia and V. vulpina east populations. The California foliar
sample WEO4802 (un-circled black dot) was found to be an admixture between the V. riparia and V. vulpina west

populations. B) Neighbor-joining tree constructed from 466 unique MLGs. Samples that were determined to be an
admixture of two populations by STRUCTURE analysis with q-values less than 0.7 were not assigned to any
population and are presented in black. Two samples in black circles within the V. vulpina west population were not
considered part of that group by STRUCTURE analysis, however both neighbor-joining tree and PCoA considered
them part of V vulpina west population. Samples in green circles within the unassigned MLGs were considered to be
part of the V. riparia population by STRUCTURE, and neighbor-joining tree and PCoA placed them within
unassigned admixed samples.

Referencias

1. https://www.nature.com/articles/s41598-017-01799-w/figures/3

2.