Universidad Nacional de San Cristbal de Huamanga

ESCUELA DE POSGRADO
Maestra en Ciencias Agropecuarias
Mencin en Salud y Produccin Animal

BIOLOGA MOLECULAR
(MV-701)

Mg. Fidel R. Mujica Lengua

PROFESOR PRINCIPAL

Ayacucho, 16 de julio del 2016

02.- EL MATERIAL GENTICO
 DNA
estructura y protenas de unin
El DNA es la molcula que lleva la informacin gentica utilizada
por una clula para la creacin de protenas.

En interfase se encuentra bajo la forma de CROMATINA, estado

relajado del DNA unido a protenas llamadas histonas.

Las HISTONAS son protenas bsicas, de baja masa molecular,

muy conservadas evolutivamente entre los eucariotas y en algunos
procariotas; forman la cromatina junto con el DNA, sobre la base
de unas unidades conocidas como nucleosomas.

El NUCLEOSOMA es una estructura que constituye la unidad

fundamental de la cromatina , que es la forma de organizacin
del DNA en las clulas eucariotas.

Los nucleosomas estn formados por un octmero de histonas y

aproximadamente 147 pares de bases nitrogenedas de DNA; el
octmero est formado por dos molculas de cada una de las
histonas H2a, H2b, H3 y H4.
El DNA gira unos 147 pares de bases alrededor del ncleo de la histona y a
continuacin se desplaza unos 20-70 bp en un giro hacia la izquierda hasta alcanzar el
siguiente nucleosoma. La pieza intermedia, tambin denominada DNA de conexin
est desnuda, es decir, no est equipada con histonas. La histonas H1 se coloca
como pieza de cierre en cada nucleosoma y al mismo tiempo toma contacto con las
agrupaciones vecinas. De esto modo, las protenas H1 van grapando los
nucleosomas para formar un hilo denso: la fibra de cromatina.
Tipos de DNA
Tipos de DNA
 RNA
estructura y funcin
Tipos de RNA

1.- RNA mensajero.- Consiste en una secuencia

de nucletidos que corresponde a la
transcripcin de un trozo de DNA (gen).
Su funcin es la de transportar la informacin
gentica del ncleo a los ribosomas en que
son transcritos.

2.- RNA de transferencia.- Existen tantos ARNt

como aminocidos codificables. Cada tRNA tiene
en una parte de su estructura la secuencia que
codifica un aminocido (anticodn) que se unir
al codn del mRNA. En la parte opuesta tiene
una parte diseada para unirse al aminocido
que codifica el anticodn.
3.- RNA ribosmico.- Es un ARN estructural que
compone los ribosomas junto con protenas.
Los ribosomas procariticos tienen rRNA de tres
tamaos 16S, 5S y 23S, los eucariticos tienen
4 tamaos 18S, 5S, 5.8S y 28S. El ARNr es el que
contribuye a dar a los ribosomas su forma acanalad
al condicionar la posicin de las protenas,
posibilitando la unin a su estructura del mRNA,
de los tRNA ARNt y de la protena que se est
sintetizando. el 50% en eucariotas.

4.- RNA de interferencia.- Son micro RNAs que

suprimen la expresin de genes especficos ya sea
por degradacin del mRNA o por represin
de la traduccin.
Electroforesis en agarosa
Marcadores de tamao molecular
Electroforesis de RNA

Estado o calidad del ARN obtenido (degradacin)

Condiciones desnaturalizantes, evitan la formacin
de estructuras secundarias intracatenarias
Tpicamente se observa una banda
superior del RNA ribosomal 28S y
una inferior de 18S

28S rRNA
18S rRNA

El RNA total extrado contiene

varias subpoblaciones:
- 80% rRNA
- 2-10% mRNA
- tRNA y otros RNA estructurales
y funcionales no poliA
Componentes del DNA y RNA
Son polmeros de nucletidos (polinucletidos).

DNA : contiene la informacin gentica de la clula

RNA : acta como una molcula intermediaria

NUCLETIDO = PENTOSA +
BASE NITROGENADA +
FOSFATO

Pentosa : Desoxirribosa (DNA) o ribosa (RNA)

Bases : Purinas (A y G; bicclicas de 9C)

Nitrogenadas Pirimidinas (T, C y U; monocclicas de 6C)

Grupo fosfato : PO43-

 Pentosas

Purinas Pirimidinas
Bases nitrogenadas
Tipos de enlaces qumicos en el DNA

Enlaces covalentes N-glucosdicos:

Entre el C1 de la pentosa y el N9 de una purina;
o el N1 de una pirimidina.

Enlaces covalentes fosfodister:

Entre el C3 de una pentosa y el C5 de la
siguiente pentosa.

Puentes de hidrgeno intercatenarios:

G:C (triple) y A :T (doble) en el DNA
G:C (triple) y A :U (doble) en el RNA

Ncleos hidrofbicos:
En los pares de bases apilados.
Enlaces N-glucosdicos
 Enlace fosfodister y
extremos 3 y 5 de la pentosa
Enlace
fosfodister

Enlace fosfodister
Puentes de hidrgeno entre las BN
 Organismo Genoma (Mb) Cromosomas Genes
Escherichia coli 4.7 1 3,000
Agaricus bisporus 30.2 13 10,606
Musca domestica 750.4 12 12,000
Solanum tuberosum 705.9 12 39,000
Pan troglodytes 3,021.8 48 59,314
Homo sapiens 3,200 46 25,000

Genomas, cromosomas y genes

El DNA Procariota

Contiene aproximadamente 50 dominios

superenrrollados; un corte en un dominio, no afecta
al resto.

Pero tambin, bajo ciertas circunstancias, puede estar

relajado, es decir, abierto por la presencia de mellas
(nicks) debido a la ruptura del enlace fosfodister en
una de las dos cadenas.
La molcula de DNA circular mantiene un balance entre
ambos estados, el superenrrollado (para su confinamiento
dentro de la clula) y el relajado (para su replicacin).
El DNA Procariota

Escherichia coli
El DNA Eucariota

Se presenta en dos formas:

CROMATINA:
Que es la forma no empaquetada ("uncoiled") y tiene
un 50% de protenas.
CROMOSOMAS :
Que son DNA y protenas empaquetados (coiled") y se
forman durante los primeros estados de la divisin celular.

En las clulas humanas, el genoma tiene un tamao

molecular de 3,200 Mb (millones de pares de bases),
46 cromosomas, mide 2 m de longitud y contiene 25,000
genes.

Las protenas asociadas al DNA se conocen

colectivamente con el nombre de histonas.
El DNA Eucariota

Cromatina

Cromosoma
 Desnaturalizacin y renaturalizacin
del DNA

Consiste en la separacin de las dos hebras que puede lograrse mediante el calor. Cuando una
solucin de DNA doble helicoidal se calienta por encima de una temperatura determinada (90-
100C) las dos cadenas se separan y las propiedades del DNA se alteran. Los anillos aromticos
absorben la luz UV con menor intensidad cuando estn apilados en la doble hlice que cuando
estn libres en disolucin; ese aumento de absorcin luminosa, que puede llegar a ser hasta de 40
% en todas las longitudes de onda, recibe el nombre de efecto hipercrmico.
Una vez que el DNA ha sido desnaturalizado se hace descender lentamente la
temperatura hasta casi 25C por debajo, es decir a unos 65C, con lo que las
dos cadenas vuelven a unirse por completo. Esta restauracin de la doble hlice
es lo que permite la hibridacin si se parte de hebras de distintos DNAs.
 Replicacin del DNA

La doble hlice es desenrrollada y cada hebra hace de plantilla para la sntesis de la nueva
cadena. La DNA polimerasa aade los nucletidos complementarios a los de la cadena
original. Este proceso permite al DNA duplicarse, es decir, sintetizar una copia idntica.
RESUMEN

Un gran nmero de enzimas y protenas intervienen en el mecanismo molecular de la

replicacin, formando el llamado complejo de replicacin o replisoma. Estas protenas y
enzimas son homlogas en eucariotas y arqueas, pero difieren en bacterias . El proceso
se puede dividir en 3 fases: iniciacin, elongacin y terminacin.

La helicasa rompe los puentes de hidrgeno de la doble hlice, abriendo las dos hebras,
permitiendo el avance de la horquilla de replicacin.
La topoisomerasa relaja la tensin provocada por el superenrrollamiento del DNA al abrirse
las dos hebras.
Las protenas SSB estabilizan las cadenas abiertas y las mantienen separadas una de otra.
Los cebadores son fragmentos de ARN que se unen a la cadena molde por puentes de
hidrgeno para que la DNA polimerasa III reconozca dnde debe unirse para empezar a
aadir nucletidos.
La DNA polimerasa III sintetiza la cadena complementaria de forma continua en la hebra
adelantada y de forma discontnua en la hebra rezagada, ya que solo puede sintetizar en
direccin 5' 3'.
La DNA polimerasa I reemplaza los cebadores de ARN por nucletidos de DNA.
La RNA primasa sintetiza el cebador de RNA necesario para la sntesis de la cadena
complementaria a la cadena rezagada.
* La DNA ligasa une los fragmentos de Okazaki.
 TRANSCRIPCION

Es la sntesis de una molcula de RNAm complementaria a una de

las dos hebras del DNA molde, catalizada por la ARN polimerasa
(3 5), que tiene alta afinidad por un promotor.
Transcripcin
 RNA polimerasa de
Escherichia coli:

Es una protena multimrica

compuesta por cinco
sub-unidades de cuatro
diferentes tipos ( 2 s);
el factor sigma puede
disociarse reversiblemente
del ncleo de la enzima; y
no tiene actividad de
correccin de errores como
la DNA polimerasa.
Promotores:
Son secuencias precisas ubicadas en el DNA, donde la RNA
polimerasa se une para iniciar la transcripcin.

Se encuentran frecuentemente muy cerca y hacia arriba

(upstream) del punto en que se inicia la transcripcin,
en el extremo 3 de la hlice codificadora del ADN.

Son ms de 100 los promotores identificados y secuenciados

en E. coli.

Un promotor procariota estndar tiene tres partes:

(a) El punto de inicio (starpoint) de la transcripcin de la

secuencia de DNA, que se representa como +1 y casi
siempre es una guanina o adenina.
(b) Una secuencia consenso cercana al punto de inicio.
(c) Otra secuencia consenso ms alejada del punto de inicio.
 El enlazamiento de la ARN polimerasa provoca una fusin de la doble
hlice del DNA, lo que a su vez induce la ruptura de los enlaces de
hidrgeno entre los pares de bases formndose la llamada burbuja de
transcripcin que tiene una longitud de 17 pares de bases.

Los sustratos para la ARN polimerasa son los 5-trifosfatos de

ribonucletido: ATP, GTP, CTP y UTP. Se requiere la presencia de un in
metlico, ya sea Mg2+ o Mn2+, como cofactor. La reaccin est
impulsada por la hidrlisis del pirofosfato que se libera.

La cadena de RNAm crece en direccin 5 3.

Cuando la longitud del tramo hbrido DNA-RNA se aproxima a 12 pares

de bases, el extremo 5 de la cadena de RNA creciente se disocia de
su hebra de DNA complementario y vuelve a formarse el DNA doble,
liberndose el factor sigma.

La RNA polimerasa contina a lo largo del molde de DNA hasta que

encuentra una seal de terminacin, lo que hace que el RNA se
disocie del DNA molde.
Unidad Transcripcional
Es la secuencia de DNA transcrita en el RNA; el producto de RNA es el trnscrito
primario. Por ejemplo, la mayora de los genes en E. coli slo se encuentran
presentes en una copia y estn distribuidos en cerca de 1,000 unidades
transcripcionales.

UTR = Regin No Traducida; ORF = Marco Abierto de Lectura

Topologa tpica de un gen eucariota
Secuencia de Shine-Dalgarmo (SD)

Es una secuencia corta y rica en purinas, que se

encuentra en el extremo 5 del RNAm bacteriano,
la cual resulta ser complementaria a una secuencia
rica en pirimidinas, que se encuentra en el extremo
3 del rRNA 16S.
Esta secuencia es responsable, por lo tanto, de la
unin del ribosoma al RNAm y se encuentra antes
del codn de iniciacin (AUG).
Subunidad rRNA 16S del ribosoma procariota
Topologa tpica de una molcula
de mRNA eucariota

1) Regin no traducida 5 (extremo protegido con

una 7-metil guanosina).
2) Codn de iniciacin (AUG).
3) Regin codificadora (codones para los Aas).
4) Codn de terminacin (UAA, UGA o UAG).
5) Regin no traducida 3 (con una cola de 20-25 nucletidos de
adenina, poliadenilacin).
 TRADUCCION
Es el proceso que tiene lugar en los ribosomas, mediante el
cual los codones o tripletes del ARNm, que son palabras
en un lenguaje (secuencia de nucletidos) se convierten o
traducen por medio del ARNt, que tiene funcin de un
intrprete, a otro lenguaje (secuencia de aminocidos),
conservando el mismo significado. El cdigo gentico acta
como un diccionario y los codones de inicio y terminacin
son los signos de puntuacin.

(ribosomas)
NUCLEOTIDOS AMINOACIDOS
(ARNt)
El Cdigo Gentico:

Es una tabla que establece todas las combinaciones de tres bases

nitrogenadas del ARNm (tripetes o codones) que codifican para los
aminocidos comunes presentes en la estructura primaria de
una protena, despus de la traduccin.

Comprende 64 codones. De ellos, 61 tripletes corresponden a los

aminocidos comunes, mientras que 03 tripletes codifican para la
terminacin de
la cadena.

Puesto que hay 20 aminocidos y 61 tripletes que los codifican, es

evidente que el cdigo es muy degenerado.
Solamente el triptfano y la metionina estn codificados por un solo
triplete.

Los otros 18 aminocidos vienen codificados por dos o ms

tripletes. La leucina, arginina y serina son especificados por 06
codones cada uno.

El nmero de codones para un aminocido determinado est

correlacionado con su frecuencia de aparicin en las protenas.
ARN de Transferencia

* Cada ARNt es especfico para un slo aminocido, aunque

puede descodificar ms de un codn.
* Un aminocido se une a su ARNt correspondiente por
medio de la enzima aminoacil-ARNt sintetasa.
* Esta enzima cataliza la reaccin de aminoacilacin, que es
importante porque:
(a) Forma el enlace aminoacil-ster entre el aminocido
y el ARNt; y
(b) Al hidrolizarse este enlace, proporciona la energa que
se requiere para formar el enlace peptdico.
Etapas de la Traduccin
(Ciclo del Ribosoma)
* Las etapas fundamentales son tres:
1) Iniciacin
2) Alargamiento; y
3) Terminacin.
* Todas las etapas requieren energa metablica que
proviene de la hidrlisis del ATP o GTP.
* Todos los componentes pueden reciclarse.
Ciclo del ribosoma
1) Iniciacin

- Hay mecanismos para diferenciar un codn AUG iniciador

de otro AUG interno: en bacterias, el tRNA iniciador
transporta una metionina formilada; en eucariotas slo
transporta una metionina.
- Otro detalle es que en bacterias el codn AUG iniciador
est precedido por la Secuencia de Shine-Dalgarmo
(extremo 5 del mRNA, rico en purinas; y complementario
al extremo 3 del rRNA 16S); mientras que en eucariotas,
el codn AUG iniciador est casi siempre dentro de una
secuencia contexto (5CCA/GCCAUGG3).
- Los factores de iniciacin (IF, de 03 tipos) de procariotas
son diferentes a los de eucariotas (IF, de 10 tipos).
2) Alargamiento
- El ribosoma se mueve a lo largo del mRNA en direccin 5 3,
descodificando cada triplete y ensamblando la cadena del
polipptido en la secuencia correcta.
- Es un proceso cclico: se descodifica un codn o triplete y se
adiciona un aminocido al polipptido creciente.
- Se requieren factores de alargamiento (EF), protenas especficas
bastante similares entre procariotas y eucariotas.
- La subunidad menor del ribosoma tiene dos sitios de unin para
los aminoacil-tRNA: sitio A (aminoacilo) y el sitio P (peptidilo);
adems tiene actividad peptidil transferasa.
- Al comienzo slo se ocupa el sitio P con un peptidil-tRNA; a
continuacin el sitio A se alinea con el siguiente codn del mRNA,
para luego aparearse con el anticodn del aminoacil-tRNA correcto.
- La peptidil transferasa permite la formacin del enlace peptdico
en el sitio A, dejando vaco el sitio P; pero finalmente el pptido
es traslocado al sitio P, lo que permite que el ribosoma avance
un codn.
- Varios ribosomas pueden enlazarse a la misma molcula de mRNA
(polirribosoma o polisoma).
3) Terminacin

- Cuando el ribosoma encuentra un codn de terminacin en

el extremo 3 del mRNA, se suspende el alargamiento.
- La cadena completa del polipptido se desprende junto con
el ltimo tRNA y las subunidades ribosmicas.
- Participan factores de terminacin (RF), que son diferentes
en procariotas y eucariotas.
Traduccin en procariotas
Esquema del proceso de traduccin en procariotas
 MODIFICACIONES
POST-TRADUCCIONALES

La sola secuencia lineal de aminocidos no garantiza la funcionalidad de la

protena; deben ocurrir varios tipos de modificaciones covalentes.

a) Protelisis limitada

* Eliminacin del primer residuo del extremo amino (metionina o

formilmetionina).
* Activacin de zimgenos (precursores de enzimas) y hormonas.
* Eliminacin de pptidos seal (una secuencia de 15-20 Aas en el
extremo N-terminal) en protenas de secrecin: periplasma,
membrana externa, medio de cultivo.
 b) Plegamiento

Se refiere a la obtencin de la configuracin 3D correcta de la

protena. En muchos casos la estabilidad de debe a la formacin de enlaces
disulfuro entre dos cistenas
(disulfuro isomerasa).
c) Modificaciones qumicas

GLICOSILACION
Unin de un monosacrido u oligosacrido a un polipptido
para formar una glicoprotena (glicosiltransferasas). Importante para conferir
propiedades especiales a las protenas.
O-glicosilacin: cuando el carbohidrato se une al oxgeno
de una treonina o serina.
N-glicosilacin: cuando el carbohidrato se une al nitrgeno
de la amida de una asparagina.
ACILACION
Unin de cidos grasos a las protenas, por enlace ster con una treonina o una
serina; o bien por enlace tioster con una cistena. Importante para la formacin
de la bicapa lipdica.
ADICION DE GRUPOS PROSTETICOS
Por ejemplo, la mioglobina y su grupo hemo.
CONTROL GENTICO EN PROCARIOTAS

El sistema de control gentico mejor conocido es el

modelo del opern de la expresin gentica
propuesto originalmente por Jacob y Monod en 1961.

Un opern viene a ser un grupo de genes contigos

en el genoma bacteriano, que se transcriben regulados
por un solo promotor dando origen a un mRNA policistrnico.
Los elementos de un opern son:
3 ADN 5
Regulador Promotor Operador Gen 1 Gen 2 Gen 3

a) El gen regulador, que codifica al represor (una protena

interna) y tiene su propio promotor.
b) Una secuencia de nucletidos denominada promotor
la cual es el punto de unin de la ARN polimerasa,
con los siguientes elementos:

Secuencia 35 Secuencia 10 +1
______ TTGACA _______TATAAT ______ Inicio
Una secuencia de nucletidos denominada operador, la cual es el
punto de unin de la protena represora.
Los genes estructurales, que codifican para protenas especficas, las
cuales normalmente se transcriben una a continuacin de la otra dentro
de la misma unidad de transcripcin.
Aparentemente hay una sola ARN polimerasa.
La Secuencia de Shine-Dalgarmo, ubicada en el mRNA es propia de
procariotas y ayuda en la unin a los ribosomas.
La transcripcin es un proceso que est acoplado a la traduccin.
Modelo de Represin

(Lactosa)
Modelo de Induccin

Los operones regulan la transcripcin

de procariotas
CONTROL GENTICO EN EUCARIOTAS

No ha sido hallado un equivalente directo al modelo del

opern; tampoco parece existir una regin equivalente al
operador.

La unin de la ARN polimerasa est influida por la

presencia de elementos intensificadores o activadores
(enhancers), que aumentan la tasa de transcripcin.

Cada gen estructural es transcrito de manera

independiente, lo cual da lugar normalmente a un mRNA
monocistrnico.
Los intensificadores aumentan la tasa
transcripcional en eucariotas
Hay tres tipos de ARN polimerasa, siendo la de Tipo II
la equivalente a la ARN polimerasa de procariotas.

Los promotores son de mayor tamao:

Secuencia -80 Secuencia -25 +1

__ CAAT __ GGGCCGGG __GGGCCGGG __TATA __ Inicio

El gen estructural comprendido en la unidad transcripcional es

discontinuo; por ello debe ser entrecortado (splicing) a partir del
trnscrito primario.
Maduracin del mRNA eucariota
Expresin gnica en eucariotas