Tratan sobre una organizacin antiterrorista llamada Seccin 9, liderada por la Mayor Motoko Kusanagi, que opera en el Japn de la mitad del siglo XXI, en la ficticia ciudad de Niihama (mezcla de Hong Kong y Tokio). En este futuro, la tecnologa ha avanzado tanto que millones de personas poseen "cerebros cibernticos" que les permiten conectar su cerebro biolgico con redes computarizadas. La gente tambin puede alojar su cerebro en cuerpos robticos (cyborgs), como es el caso de la protagonista de la saga, la Mayor Motoko Kusanagi. Pero a la mayor le inquieta algo de su pasado en cualquier lado que ella valla siempre tiene imgenes de lugares que ella no recuerda y es en ese momento donde un fantasma del pasado regresa, ella tiene que detener a un asesino e impedir la muerte de ms gente de la seccin 9. Cuando la mayor Motoko logra atraparlo l le dice que le han borrado todos sus recuerdos y que todo lo que recuerda es falso, inventado, que nada es real, es cuando la mayor lo deja escapar y confundida por todo ella va con su creadora para que le diga la verdad de su pasado, al llegar a la seccin 9 la doctora le cuenta todo a la mayor Motoko, a la mayor le decepciono todo y en ese momento quiso ver de nuevo a ese hombre para que le contara todo lo que saba pero la seccin 9 se dio cuenta de eso y dieron la orden de destruirla. Pero la doctora que la haba creado no quera eso as que desobedeci la orden dada ella de ingreso todos sus recuerdos a la mayor y le digo que se salvara y que fuera libre, el mayor escapo pero asesinaron a la doctora por desobedecer las rdenes. La mayor pudo escapar, y llego una zona restringida y se dio cuenta de que en ese lugar era de donde provenan todos sus recuerdos y por casualidad del destino ah es donde se encontraba aquel hombre que en realidad era Hideo Kuze su novio cuando ella era humana y Kuze le conto a la mayor lo que en verdad haba pasado en ese entonces y que todos sus amigos les avan hecho lo mismo que a ellos, pero ellos no resultaron como lo pensaban y fallecieron. En ese momento empezaron a dispararles pero Kuze estaba daado por el ataque anterior as que no poda huir pero Motoko lo ayudo y empez a disparar de igual manera, lograron derrotar a sus perseguidores, en ese momento se empieza a despertar un robot de la forma de una araa y los empieza a perseguir pero, Kuze ya no poda ms as que se dio por vencido. Motoko lo deja en un lugar seguro para que ella lo distrajera y pudiera destruirlo, cuando lo logra va hacia Kuze que ya estaba ms daado y se recostaron, en ese momento le disparan a Kuze y muere, Motoko va hacia ellos y los destruye. Despus de todo Daisuke el jefe de la seccin 9 mata al seor Cutter por traicin, la mayor Motoko se recupera de los ataques tiempo despus y encuentra a su madre, al final la mayor sigue trabajando para la seccin 9 para atrapar delincuentes.