LJU)

Tema 26

Diversidad del genoma: polimorfismos

26.1 In tro d u cci n ...... 365

26.2 D iversidad gentica d entro de una especie........................ 366
26.3 M ecanism os im p lica d o s en la va ria b ilid a d gentica................................................. 366
26.3.1 Duplicacin del material g e n tico....................................................................................................................367
26.3.2 Transposicin.................................................................................................. 367
26.4 C onsecuencias fu n cio n a le s del p o lim orfism o................. 368
26.4.1 Polimorfismo en regiones codificantes, opolimorfismo gnico..................................................................... 368
26.4.1.1 Sin efecto fenotpico....................................................................................................................... 368
26.4.1.2 Con alteracin del fenotipo............................................................................................................ 369
26.4.2 Ejemplos representativos de polimorfismo gnico.......................................................................................369
26.4.2.1 Polimorfismo de grupo sanguneo A B O ...... 369
a) Identidad d los grupos sanguneos y aspectos clnicos.................................................... 369
b) Gentica y bioqumica de! sistema A B O ................................................................................ 370
26.4.2.2 Polimorfismo en el locus de la galactosem ia........................................................ 373
a) Descripcin y bioqumica de la galactosemia........................................................................ 373
b) Gentica de la galactosem ia................................................................................................... 374
26.4.2.3 Polimorfismo de la ai-antitripsina................................................................................................. 376
26.4.3 Polimorfismo en regiones gnicas no codificantes......................................................................................376
26.4.4 Polimorfismo en regiones no gnicas........................................................................................................... 376
26.4.5 Polimorfismo en el genoma m itocondrial........................................................................................................ 377

26.1 INTRODUCCIN
El DNA genmico nuclear es una entidad extremadamente variable, no slo entre individuos de especies
diferentes (variacin mxima, interespecie), sino tambin entre individuos de una misma especie (variacin mnima,
intraespecie). Esta diversidad es responsable de fenmenos biolgicos de tanta trascendencia como la evolucin de las
especies y, dentro de cada especie, de la presencia de caractersticas diferenciales en cada individuo, nicas e
irrepetibles. La dive rsid a d o v a ria b ilid a d gentica se debe a variaciones en la secuencia del genoma; por tanto, en un
sentido amplio el concepto de d iv e rs id a d se hace sinnimo de p o lim o rfis m o (en su significado literal, muchas formas)
o, ms concretamente, polimorfismo gentico, cromosmico, de secuencia o de DNA. Los proyectos de secuenciacin
dei genoma ya tienen en cuenta esta diversidad; normalmente, se secuencia el genoma de individuos concretos,
representativos de distintas razas o etnias (pg. 240).
E! polimorfismo afecta tanto a regiones codificantes del genoma (p o lim o rfis m o gnico) como no codificantes
(,p o lim o rfis m o gentico en general). En ambos casos puede consistir en la variacin de un solo par de bases del DNA
o, menos frecuentemente, de millones de pb (macromutacin). El primer caso se conoce hoy da como polimorfismo de
un solo nucletido o SNP (acrnimo ingls de single-nucleotide polymorphism; coloquialmente, snip"). Cualquier
variacin puede tener lugar en clulas germinales o reproductoras, con lo que se transmite a la descendencia
(polimorfismo hereditario, por ejemplo en las enfermedades congnitas), o bien en clulas somticas, no reproductoras,
en cuyo caso no se transmite (polimorfismo no hereditario, por ejemplo en la mayora de los cnceres).
Inicialmente, la definicin de polimorfismo se refera a las protenas, y luego a sus genes. Hoy da, se debe definir
como a existencia simultnea en una poblacin de genomas con distintos alelos para un locus determinado, sea ste
gnico o no. Los alelos son variaciones de la secuencia de DNA presente en un locus o posicin definida en un cromosoma
(pg. 94); consecuentemente, en una clula diploide cada locus autosmico est ocupado por dos alelos, uno de origen
paterno y otro materno, situados en sendos cromosomas homlogos. El grado de p o lim o rfis m o de una poblacin es
366 DIVERSIDAD DEL GENOMA: POLIMORFISMOS!

tanto mayor cuantos ms individuos contenga, viene determinado por el nmero de alelos distintos existentes para un li
concreto y se refleja en el grado de heterocigosis, o proporcin de individuos heterocigticos que forman parte de
poblacin (pg. 96).

Lgicamente, la causa ltima de la existencia de polimorfismo es la mutacin del DNA. La distincin entre e l;
de los trminos m u ta cin y p o lim o rfis m o no es clara ni unnime, pero en general se asocia el primero con situad j
excepcionales, en especial patolgicas, mientras que se habla de polimorfismo cuando la presencia de la varia
gentica es razonablemente comn en la poblacin y, por tanto, estable y nada o poco perjudicial. Por convenio, se d
que un locus es polimrfico cuando la variabilidad afecta a ms de! 1% de la poblacin.

E jem plos h ip o t tico s de a frecuencia de alelos en 5 locus de una poblacin

alelo locus A locus B locus C locus D locus E
99,5% 98% 99,5% 93,5% 95,7%
1
norm al p o lim rfico norm al p o lim rfico p o lim rfico
0,5% 2% 0,3% 5% 4%
m utado p o lim rfico m utado p o lim rfico p o lim rfico
O 0,2% 1,5% 0,3%
m utado p o lim rfico m utado

Todo polimorfismo es, pues, reflejo del genotipo de los individuos (constitucin allica para un locus determinado:
para un conjunto de ellos). Surge, por tanto, el concepto de in d ivid u a lid a d gentica, entendida como la presencia
todo individuo de un genoma con una secuencia caracterstica, nica para ese individuo.
En este tema se presentan los fundamentos moleculares del polimorfismo y sus consecuencias funcional,
reservando para el tema siguiente la descripcin de las tcnicas empleadas para su deteccin.

26.2 DIVERSIDAD GENTICA DENTRO DE UNA ESPECIE

Nuestro objetivo es estudiar ia individualidad gentica de individuos en especies con reproduccin sexual, caso*
los animales superiores, incluyendo los humanos, en los que el polimorfismo se presenta en dos versiones. <\
Polimorfismo fisiolgico o normal, de Inters en estudios familiares, en la identificacin de individuos (indipr
criminales o investigacin biolgica de la paternidad), expresin de protenas fisiolgicas (describiendo, porejerri
el color de los ojos o la capacidad atltica o artstica), para el anlisis de ligamiento que conduce al mapeo gentj ^
etc. /
9 Polimorfismo patolgico, de inters en ei diagnstico presintomtico y prenatal de enfermedades genticas, e
deteccin de individuos portadores, para determinar la compatibilidad para trasplantes, etc. Igualmente, p|._
definir el riesgo para padecer enfermedades (Alzheimer, diabetes, etc.) y condicionar la respuesta a frrea
(existe un gran nmero de personas con graves problemas de salud debido a reacciones adversas a frmacos). T
Curiosamente, los primeros indicios de la variabilidad gentica en humanos surgieron, a principios del siglo XX,1
la observacin, en a alcaptonuria y otras patologas, de protenas distintas de las normales. Hoy sabemos que.es
diversidad proteica" es el resultado de que distintos individuos poseen alelos diferentes en el locus de! gen que codifi
la protena (polimorfismo gnico).

. ..!
26.3 MECANISMOS IMPLICADOS EN LA VARIABILIDAD GENTICA
Son varios los mecanismos que, actuando en combinacin, nunca aisladamente, dan cuenta de la variabli||
gentica durante el complejo proceso de la morfognesis (desde el cigoto a las primeras capas de tejidos embrionari
MECANISMOS IMPLICADOS EN LA VARIABILIDAD GENTICA 367

26.3.1 Duplicacin del material gentico

Se habla de duplicacin a gran escala cuando afecta a grandes porciones de un cromosoma. Sin entrar a
describir los aspectos concretos dei proceso (propios de una Gentica Molecular), debe indicarse que ha actuado
progresivamente durante la evolucin, mediante una variedad de mecanismos complejos.
La duplicacin a pequea escaa es de inters cuando tiene lugar en regiones codificantes del genoma, afectando a
genes especficos, por lo que tambin se llama duplicacin gnica, selectiva de genes especficos. La aparicin de
mltiples copias del gen, inicialmente idnticas, suele evolucionar posteriormente hacia la formacin de copias
ligeramente diferentes. De esta forma, una copia ancestral de un gen puede originar todos los miembros de una familia
multignica (genes que codifican polipptidos con secuencias relacionadas, pg. 110). Estas familias codifican diversas
protenas tpicas de eucariotas; por ejemplo, globinas (protenas de transporte y almacn de oxgeno en sangre y
msculo), actinas (parte del aparato contrctil en clulas musculares y del citoesqueleto en clulas no musculares),
opsinas (que detectan la luz a diferentes longitudes de onda en clulas de la retina), colgeno (en diferentes tipos de
tejido conjuntivo), albminas e nmunoglobulinas (en plasma sanguneo), etc.
El principal mecanismo responsable de la duplicacin de genes completos a lo largo de la evolucin y, en
definitiva, de la generacin de tan gran variedad y cantidad de DNA repetitivo en las regiones no codificantes y
codificantes del genoma eucaritico, es la recombinacin no homologa o desigual. sta ocurre durante a meiosis,
entre homlogos no correctamente alineados de un par de cromosomas, en los que, por tanto, no coinciden las regiones
equivalentes (como si ocurre en la recombinacin homologa), pero s se enfrentan regiones con similitud de secuencia.
Como consecuencia del sobrecruzamiento de cromtidas (pg. 106), un homlogo puede recibir mayor cantidad de material
gentico que el otro (lo que supone en ambos, respectivamente, una insercin o duplicacin y una delecin).

cambia la
I divisin secuencia de
meitica (t+II) cada cromosoma,
1 /'
pero no su
cantidad de DNA

par de cromosomas par de cromosomas cromosomas en las 4

homlogos recombinantes clulas hijas (gametos)
cambia la
secuencia y
recombinacin
divisin
adems la
no homologa cantidad de
meitica (I+1I)
o desigual DNA en cada
1 /
cromosoma

el gen verde se ha )
el gen verde se perdido (delecin,
ha duplicado reduccin, supresin
(insercin) gnica) J
Tambin han surgido por duplicacin gnica los genes que codifican, en tejidos diferentes, las isoformas (formas
alternativas de una proteina) o, en su caso, las isoenzimas o isozimas (formas alternativas de una enzima). Por ejemplo,
la fosfatasa alcalina, codificada por al menos 4 genes diferentes, que se expresan de forma diferencial en cada tejido.
Tres de ellos estn agrupados cerca del telmero del cromosoma 2q: ALPI de intestino, ALPP de placenta (con un 87%
de similitud entre s) y ALPPL, similar a la de placenta. El gen de la cuarta sozima, ALPL, de hgado, hueso, rin y
otros tejidos, est localizado cerca del telmero de 1p y muestra una similitud de secuencia de 57% con ALPI y 55% con
ALPP. Tan elevada homologa indica que estas formas especficas de la misma proteina enzimtica se originaron por
una duplicacin gnica ancestral.

26.3.2 Transposicin
Otra fuente importante de variabilidad gentica es el proceso de transposicin, bien conocido en bacterias pero
tambin presente en el genoma de las clulas eucariotas. Consiste en el desplazamiento, de un sitio a otro del
cromosoma, de fragmentos de DNA llamados elementos mviles, elementos transponibles o transposones', su longitud
es variada, desde unos cuantos cientos de nucletidos a decenas de miles. La transposicin es responsable en
eucariotas de una gran proporcin del DNA repetitivo no codificante, destacando las secuencias Alu y LINE-1
(pgs. 114-115), que por s solas suponen el 10% del genoma humano.
Existen dos mecanismos de transposicin en eucariotas:
En el mecanismo de cortar y pegar, que tambin se da en procariotas, el transposn se escinde del DNA
donador para insertarse en el DNA diana, de modo que la molcula donadora queda interrumpida, cortada, y el
transposn cambia de molcula. Los cortes y uniones estn catalizados por enzimas especficas, transposasas, que
368 DIVERSIDAD DEL GENOMA: P O M Q R q g illl

i m j o n a o o n a l e r t a s e a u e n o l a d e l o s e x t r e m o s d e l tr ri p o n , IHn a lg n o m m o i, Ib tta ri p o a a a e s t eo.tlfj

fc-w Iw r*mi#lw WMUWermt del

r6I3PreRItfl?lS1^'iT^EflwfC5IF5^1^

Regin 1 de DNA dplex

(donadora)
secuencias
reconocidas por Regin 1 de DNA dplex 'ili
arias
~ la tran sp o sasa (donadora)
, 0

Regin 2 de DNA (aceptara o diana), Regin 2 de DNA (aceptara o diana),

en ei mismo crom osom a o en otro distinto en el mismo cromosoma o en otro distinto

gO0 SOO
1RNA (hebra sencilla)

transposn trasladado
transcrfptasa
Inversa

<cDNA (hebra doble) ;,i

transposu traslad ad o y duplicado

Mediante el mecanismo de retrotransposfein, exclusivo de eucariotas, la regin deLDNA donadiS

transpondr se transcribe primero a RNA (por RNA polimerasas celulares). A partir de l, una transcriptas:
origina el correspondiente cDNA (pgs. 195 y 206), que luego se inserta en el DNA diana. Este mecanismo es
de la replicacin en retrovirus, de donde recibe el nombre. Debe destacarse que, a diferencia del mecansmo;4<
pegar anterior, en este caso el transposn no cambia meramente de lugar, sino que adems se duplica, Po
i
algunos retrotrarisposones codifican en su propia secuencia la transcriptasa inversa necesaria para su propaga
ejemplo, LINE-1).

26.4 CONSECUENCIAS FUNCIONALES DEL POLIMORFISMO

El polimorfismo puede tener distinta trascendencia desde el punto de vista funcional, dependiendo de si a
regiones no codificantes, reguladoras o codificantes del genoma y tambin del modo como afecte al mensaje
de estas ltimas. . . . ......

26.4.1 Polimorfism o en regiones codificantes, o polim orfism o gnico

De la parte codificante del genoma humano (alrededor de 100.000 genes), se cree que unas tres cuarta
son m onom orfos, genes nicos compartidos sin variacin por todos los individuos. stos constituyen la,"
genoma comn o "de referencia, que define la especie y determina sus caractersticas (por ej en humanos;p
de cabeza, tronco, extremidades, etc.). Tales genes son casi idnticos a los correspondiente en la especie ms
(en nuestro caso, el gorila). El resto, una cuarta parte del total (unos 25.000 genes), son polimorfos, sus vari
en muchos casos mnimas, determinan el polimorfismo gnico.
Dentro dei polimorfismo gnico, se pueden distinguir dos situaciones de acuerdo con su trascendencia
es decir, su efecto sobre el fenotipo.

;5
26.4.1,1 Sin efecto fenotpc
Aun estando la variabilidad localizada en una secuencia codificante, el polimorfismo puede Vi
consecuencias sobre el fenotipo (es decir, sobre el producto gnico), principalmente por dos motivos: que no se
secuencia proteica codificada (como consecuencia de la degeneracin del cdigo gentico, caso de las nii
silenciosas, pg. 348) o que la variacin ocurra eri una regin de la protena que no es esencial para su funci
otras, las mutaciones conservadoras, pg. 350). Podran incluirse tambin en este ltimo caso los polimorfa
afectan a los intrones, regiones gnicas pero no codificantes (que, por tanto, pueden considerarse/(t.
polimorfismos no gnicos, pg. 376).
CONSECUENCIAS FUNCIONALES DEL POLIMORFISIMO 369

Este tipo de polimorfismo es el ms comn, responsable de una diversidad gentica enteramente normal. Las
protenas formadas por los distintos alelos de un locus de este tipo son variantes relativamente comunes, con
secuencias y estructuras idnticas o similares y manteniendo una funcionalidad similar. Aparece, por ejemplo, en
protenas plasmticas como ininunoglobulinas, ai-antitripsina, haptoglobina, transferrina y ceruloplasmina, y en otras
protenas tanto intra- como extracelulares. Durante aos, estas formas mltiples o variantes de protenas fueron el
principal producto apreciable del polimorfismo, gracias a su separacin, principalmente mediante electroforesis.

26.4.1.2 Con alteracin del fenotipo

En otros casos, la variacin en la secuencia del gen modifica la secuencia de la proteina de tal forma que afecta a
su funcionalidad. Aunque esta modificacin puede ser beneficiosa (base de la evolucin), lo ms comn es encontrar un
polimorfismo patolgico o deletreo (perjudicial). La alteracin puede modificar las caractersticas bioqumicas,
fisiolgicas o incluso morfolgicas de la clula, pudiendo llegar a originar procesos patolgicos, en funcin de la gravedad
de dicho efecto fenotpico. Se puede distinguir entre:
Variaciones fenotpicas que no influyen en la susceptibilidad a enfermedades, caso de los polimorfismos
responsables de la estatura, el color de pelo, el grupo sanguneo, etc.
Variaciones fenotpicas que influyen de forma leve o mnima en la susceptibilidad a ciertos procesos patolgicos,
tales como los polimorfismos responsables de rasgos morfolgicos complejos.
Variaciones fenotpicas que desempean un papel importante en la aparicin de una patologia. Esto es lo que
ocurre, por ejemplo, con las hemoglobinas anormales, que se manifiestan en forma de enfermedades genticas.
Precisamente, el concepto de enfermedad gentica constituye la manifestacin ms obvia y a veces ms extrema
de un cambio gentico.

26.4.2 Ejemplos representativos de polim orfism o gmico

A continuacin se van a desarrollar en detalle tres ejemplos de polimorfismo proteico bien conocidos, algunos con
implicaciones patolgicas, originados por sendos polimorfismos genticos en regiones codificantes.

26.4.2.1 Polim orfism o de grupo sanguneo ABO

a) Identidad de los grupos sanguneos y a spectos clnicos

La existencia de los grupos sanguneos humanos del sistema ABO fue el primer caso descrito (1990) de
diversidad proteica determinada genticamente. La existencia de tres alelos determina cuatro fenotipos en la sangre
humana, denominados grupos sanguneos O, A, B y AB. stos se deben a la presencia diferencial de dos antigenos, A
y B, en la superficie de los eritrocitos. Estos antgenos son oligosacridos diferentes entre s, que forman parte de
estructuras glucdicas mayores en glcoprotenas y glicolpidos, situados anfo en la cara externa de la membrana del
eritrocito como de la mayora de las clulas del organismo (especialmente epiteliales y endoelaes), as como en
secreciones solubles (por ejemplo, en las mucnas, un tipo de glcoprotenas presente en saliva, jugo gstrico y
secrecin intestinal).
Una particularidad del sistema ABO es que en el plasma de una persona se encuentran habitualmente anticuerpos
contra los antgenos de los que carecen sus clulas. Se trata de lo que se conoce como anticuerpos que existen
naturalmente" (naturally occurring antibodies, NAO), es decir, que no son el resultado de una reaccin inmune. Son de
tipo IgM (a diferencia de los anticuerpos inmunes, IgG) y empiezan a producirse a partir de los 3 6 meses de vida. En
consecuencia, en cada individuo existe una relacin recproca entre los antgenos presentes en los eritrocitos y los
anticuerpos en el plasma.

Fenotipo Grupo A Gmpo B Grupo AB Grupo 0

Antgenos
presentes en
sus eritrocitos
# ! nte HV
A B Ay B ninguno

Anticuerpos
naturales en el
plasma anti-B
Y anti-A ninguno anti-A y anti-B
370 DIVERSIDAD DEL GENQMA: PQLiMQRFISIV

La trascendencia de estos anticuerpos naturales radica en que determinan la compatibilidad de trans

sanguneas y de trasplante de tejidos. Una combinacin compat.ble es aqulla en la que no coinciden antigenos de; I
eritrocitos del donante con anticuerpos del plasma del receptor. En consecuencia, el grupo O es donante universal y el AB|
re c e p to r u n iv e rs a l.

Compatibilidad en transfusiones
L os eritro citos del donante no deben encontrar anticuerpos contra sus antgenos en la
san g re del recep to r (si as fuese, se pro d u cira la agregacin de los eritrocitos donados).
s il
Receptor
resuiiauos
( + *= com patible ) grupo A grupo B grupo AB grupo 0
A
/ anticuerpos
anti-B anti-A ninguno anti-A que
D onante y anti-B contienen
g rupo A A W8SW& ' +
g rupo B
g rupo AB A y B
B NSfflm m
g rupo 0 ninguno
SifeiilSSii
antgenos
que p oseen

Esta compatibilidad es tambin la base del mtodo serolgico de determinacin de grupo sanguneo:
Si
E nsayo serolgico para determ inar el grupo sanguneo A B O
Al aadir plasma o, ms comnmente, suero de un grupo sanguneo conocido a los eritrocitos de una ,
muestra de sangre, stos forman agregados si el suero contiene anticuerpos contra los antgenos presentes
en la superficie de los eritrocitos.
R eactivo
S uero de
resultados
( + = a g r e g a c i n ) grupo A grupo B grupo AB grupo O
L ----------------- anticuerpos
anti-B nir.i-A ninguno anli-A | que
M uestra y anti-B contienen
grupo A A _ .... S p S p lI
g rupo B B '
E ritro cito s de V + . A L '
'.a ;

fe
Sl

g rupo AB Ay B lilil
g rupo 0 ninguno

antgenos E
que p o seen | ;f
;:A P

y .!
h) Gentica y bioqum ica del sistema A B O 11
Desde el punto de vista de la biologa molecular, es de sumo inters considerar las implicaciones en amba|:
de un sistema polimrfico tan representativo como el de los grupos sanguneos ABO.
El sistema ABO consiste, como se lia indicado, en un polimorfismo de oligosacricos (carbohidratos
resultado de un polimorfismo proteico en las glicosiltransferasas responsables de la sntesis de esos olig1
ste se origina, a su vez, en un polimorfismo gnico, la existencia de 3 alelos para el gen del sistema
codifica la glicosiltransferasa. Por otra parte, la expresin de los antgenos A y B est condicionada adems
otro gen polimrfico, el gen H, cuyo producto proteico es otra glicosiltransferasa que sintetiza el carbohidrato
(antgeno H) sobre el que actan las trarisferasas codificadas por el gen ABO. Los aspectos particulares de
sistema se muestran comparativamente a continuacin.
CONSECUENCIAS FUNCIONALES DEL POLIMORFISMO 37

Genes que determ inan los grupos sanguneos A, B y O:

Gen H: codifica la glicosiltransferasa que genera el oligosacvido
precursor o antgeno H.
Gen ABO: codifica la glicosiltransferasa que, a partir del
antgeno H, genera los antgenos A o B.
- - . - ----------------------------------------------

L ocus ABO : L ocus H:

en la banda crom osom ica 9q34,l en el brazo cromosmico 19q
El gen ABO cubre en total 19,5 kb, con 7 exones y 6 intrones. El gen H presenta dos alelos ( / / y h)
Las regiones codificantes (exones) sum an 1.062 pb. El producto gnico del alelo
Los alelos (A , B y O) se diferencian en varios nucletidos de los exones 6 y 7. dom inante H es un polipptido cot
Los productos gnicos de los alelos A y B son polipptidos de 354 am inocidos, con actividad fiicosiltransferasa.
una m asa m olecular de 41 IcDa y actividades glicosiltransferasas distintas. El producto del alelo li no es
funcional. (No se estudian aqu las
El producto del alelo O , con slo 117 am inocidos, no tiene actividad enzimtica.
diferencias entre H y h.)

Gen ABO
exones (codificante: 5%) $ i I | % %
i n t r o n e s (no codificante: 95% ) A ' i " " | j '' J); " l i f
D NA 5-
y transcrito primario
| elim inacin |
de intrones

mRNA
maduro O 2 3 4 5
13% 65% de la secuencia codificante
En estos 2 exones se M

J traduccin

proteina:
V sitan las mutaciones
responsables del A ir
polim orfism o de grupos
sanguneos ABO, que se
detallan a continuacin

glicosiltransferasa A H2N proteina formada por el alelo A (se.tom a com o referencia) -COOH

glicosiltransferasa B H,N proteina formada por el alelo B -j

prqtna formad:
proteina O H2N por el alelo O ; -COOH m utaciones en uno |
de los am inocidos
la secuencia'J
( est alterada

Para una mejor comprensin de las diferencias causantes del polimorfismo, se detallan los puntos pollmrficos (en
los exones 6 y 7) de las secuencias de mRNA y protena sintetizados por cada alelo, considerando el A como referencia
y el B y O como mutaciones de aqul.

Regiones causantes del polimorfismo, en los exones 6 y 7 del a le lo A (considerado como alelo de referencia):
exn 6 intrn exn 7
29 7 . . 352 526 703 796 803
5... jGTGpTGACCCCTffGGt... ... jacp c ... ;g g g [!cta |3 [g g ^ gc I... fcCCjSGCj... ...tTACpTGGGGGGG)...
DNA 3b..jCAC;CACirrGGGGA]iA.CC... ... CCCjftATjC ... * * * * "
... TGTAAG GGGjCCC ... ...ATG'GCpCCpCCj...

mRNA y proteina formados por el a le lo A :

mRNA
5... |30GS3UC3ACC):C|JGG... ... jACA!pUC|... ... GGGipUA^ ... ... GOGpGCl... . CCCipGCj... ... DAC]COG;GGG|3GGj...
nrotena " Val Val Tbr Pro Trp .... ... Thr Phe ... ... Gly L eu... ...V al A r g Pro Gly ... ... Tyr Leu Gly Gly ...
86 87 88 89 90 no
99 ion
IOO 11 1177 U
n vS n175
< 176 234 1235
7? 265 266 267 268
 DIVERSIDAD DE!. GENOMA: POLIMORFS1V

mRNA y protena formados por e! a le lo II:

Mutaciones con respecto a A: sustitucin sustitucin sustitucin sustitucin sustitucin)
(transicin) (transversin) (transicin) (trnnsversin) (transversln))
297 A--G 526 C->G 703 G-A 796 C-A 803
5... GGlGOGfCC'CCOOGGj... ...,Cp0C... ... |ggg) ... jGOGpGCj... ... CCCptGCj... ... pAC^GjGGGlGCG]. . . ; '
. Va! Va, h r Pro T ip ... ... Thr P ie.......... Gly Leu ... Val G y ... ...P ro S e r Tyr Met Gly i . i ...
86 87 88 89 90 99 100 117 118 175 176 234 235 265 266 267 268 /
silenciosa no silenciosas, de sentido equivocado .,

mRNA y protena formados por el a le lo O :

Mutacin con respecto a A:
delecin terminacin
cambio del marco de lectura
261 G prematura
5\..GGG^C(XjCO|GGlj... .GGGp].... ... CCGGC .
... Val Va Pro Leu Gly ... . His Ser ...
86 87 88 89 90 99 100 "
La regin C-termina! de la proteina O (residuos 88 a 117) tiene una secuencia completamente diferente
a las glicosiltransferasas A y B, y el tamao de la protena completa es 2/3 inferior (117 frente a 354);
como consecuencia de todo ello, la proteina O no tiene actividad glicosiltransferasa.

En cuanto al aspecto bioqumico de este polimorfismo, los aritgenos A y B se sintetizan por la accin erizimatCB'<-
de dos glicosiltransferasas distintas, codificadas por los alelos A y B. Ambas actan sobre el antgeno 'ftj
oligosacrido componente de glicoprotenas y glicolpidos que, a su vez, es generado previamente por fe'1
glicosiltransferasa codificada por el gen independiente del locus H. La especificidad antignica de A, B y H, que defifl
grupo sanguneo y determina la produccin de los anticuerpos, viene definida por los azcares terminales )
oiigosacridos. ga

Sustancia precursora / Gal r (R es un oligosacrido unido a

distintos productos segn el glicoproteina o a un glicolpii

C alelo del gen I lh que se posea

fucosiltransferasa
(producto del alelo H del gen Hh)
el producto del alelo li del {
- GDP-Fuc
k\ /
Hh no es funcional: no se-
' m odifica la sustancia precurs
no se forma antgeno II

Sustancia t
o Antgeno I I

distintos productos segn el

alelo del gen A BO que se posea

jjr UDP-GalNAc I# -UDP-Gal

I I el producto del ale
|a [, galactosaminiltransferasa jB galactosiltransferasa JO j del gen ABO :to c:
(producto del alelo A \ J (producto del alelo B \ 7 funcional: na s i
del gen ABO) del gen ABO) \ / m odifica el atitlgcii

/A ntgeno'A f Atgencr'; A tg en d li'-

CONSECUENCIAS FUNCIONALES DEL POLIMORFISMO 3"

Los aspectos considerados se pueden resumir mostrando las relaciones entre los dos locus gnlcos, sus alele
los productos gnicos de stos y los antgenos resultantes de la accin de esas enzimas:

Antgeno (oligosacrldo) !
Gen
Alelo Producto gnico (proteina, glicosiltransferasa) generado por la
(o locus)
(se indican varios nombres y su nmero de clasificacin EC) glicosiltransferasa
Hh H Fucoslltransferasa H
2 alelos: Galactsido 2-L-fucosiltransferasa
H dominante, EC 2.4.1.69
j h recesivo h No funcional ninguno
ABO A Galactosaminlltransferasa A
3 alelos: Transferasa del grupo histo-sanguneo A
Ay B Glicoprotena-fucosilgalactsido a-N-acetilgalactosaminiltransferasa
codominantes, EC 2,4.1.40
O recesivo B Galactosiltransferasa B
Transferasa del grupo histo-sanguneo B
Glicoprotena-fucosilgalactsido a-galactosiltransferasa
EC 2.4.1,37
0 No funcional ninguno

El gen ABO constituye un ejemplo clsico de multialellsmo: los alelos A y B son codominantes, mientras que O <
recesivo, por lo que los 6 genotipos posibles determinan 4 fenotipos. En cuanto al gen H, posee slo dos alelos, ui
dominante (H) y el otro recesivo (h), que producen 3 genotipos y 2 fenotipos.

Grupos sanguneos: genotipo, fenotipo, antgenos y anticuerpos presentes

Glicosiltransferasas Antgenos Anticuerpos en el ]
Genotipo Fenotipo
sintetizadas presentes plasma
AA
grupo A HyA H (poco)y A anti-B
AO
BB
Hl-I o Hh grupo B Hy B H (poco)y B anti-A
BO
AB grupo AB H, A y B H (poco), A y B ninguno
00 grupo 0 H slo H (mucho) antl-A y anti-B
AA
grupo 0 A ninguno antl-H, anti-A y anti-B
AO
BB
hh (*) grupo 0 B ninguno anti-H, anti-A y anti-B
BO
AB grupo 0 Ay B ninguno anti-H, anti-A y anti-B
00 grupo 0 ninguna ninguno antl-H, antl-A y anti-B
(*) En el caso de genotipo hh no se sintetiza el antgeno H por lo que no se pueden sintetizar los
antgenos A ni B, aunque existan glicosiltransferasas de tipo A y/o B. Por tanto, el grupo
sanguneo es aparentemente O; se ie llama fenotipo Oh Bombay.

26.4.2.2 Polim orfism o en el oeus de la galactosemia

a) D escripcin y bioqum ica de la galactosem ia

La galactosemia es una enfermedad autosmica recesiva causada por la imposibilidad de metabolizar I
galactosa, que como consecuencia se acumula en sangre, sntoma que determina el nombre de la enfermedad. E
teora (vase la ruta metablica), la galactosemia puede deberse a mutaciones en distintas enzimas; de hecho, as s
ha demostrado, aunque con escasa Incidencia. En la prctica, la causa ms frecuente son mutaciones en el gen qu
codifica la enzima galactosa-1 -fosfato urldlliltransferasa (GALT). En situacin normal, esta enzima, de 379 aminocido
y una masa de 43 kDa, forma un dmero que cataliza la reaccin
Gal-1-P + UTP ---- > UDP-Gal + PP
El nombre correcto de la enzima es uridiijltransferasa, porque se transfiere a la galactosa-1-fosfato un rest
uridilato (UMP); sin embargo, se suele usar uridUtransferasa. Obsrvese que sta es slo una de las 3 enzimas qu
transfieren un grupo uridilato.
374 DIVERSIDAD DEL GENOMA: POL;

RESUMEN DEL METABOLISMO DE L.A GALACTOSA

ruta global de utilizacin de la galactosa

D-galactosa D-glucos.
ATP ADP
Ole

ATP hexoquinasa^
galactoquinasa Glc-6-P;
fosfoglucomutasa ^
ADP-*!'

UTPv Gal-l-P
enzima 1

glucogenognesis
UDP-galactosa epimerasa
= UDP-glucosa epimerasa

enzima 1 : EC 2.7.7.10, UTP-hexosa-1-fosfato uridi 1i 1tiansEcrasa, o

galactosa-1-fosfato uridilillransferasa, o GALT
(sta es la enzima cuyo polimorfismo se describe aqu)
enzima 2 : EC 2.7.7.12, U D P-glucosa-hexosa-1-fosfato uridililtransferasa, o
uridil transferasa
enzima 3 : EC 2.7.7.9, U TP-glucosa-1-fosfato uridililtransferasa, o
glucosa-1-fosfato uridililtransferasa, o UDP-glucosa pirofosforilasa
/ " ' ' ' 7s
La deficiencia de cualquiera de estas enzimas dificulta la utilizacin de la galactosa y,
por tanto, es causa potencial de galactosemia:
GALT (enzima 1) epimerasa
enzima 2 < galactoquinasa
La nica de inters clnico es la deficiencia en la enzima 1

Los recin nacidos con galactosemia comienzan, en las semanas tras el inicio de la lactancia, a desai
problemas gastrointestinales, cirrosis heptica y cataratas; ms adelante la enfermedad provoca retraso mental f
frecuencia resulta fatal. Se puede evitar la mayor parte de estos efectos adversos eliminando de la alimentacin-
producios lcteos y toda fuente de lactosa o galactosa.

4
b) Gentica de la galactosem ia ^
Los nios afectados son homocigtlcos en el locus GALT para un alelo mutante. Se han encontrado al meno
alelos diferentes en este locus (situado en la banda cromosomica 9p13), con influencia variable sobre la acti
enzimtica y, consecuentemente, sobre la posibilidad de desarrollar la enfermedad. Las frecuencias de estos
varan mucho dependiendo de la poblacin considerada, corno suele ocurrir con todos los polimorfismos. Los alelS
frecuentes, N (normal), G (galactosemia clsica), D (Duarte o Duarte-2) y LA (Los ngeles o Duarte- 1*)'dajnf
a las siguientes situaciones:
CONSECUENCIAS FUNCIONALES DEL POLIMORFISMO 378

Genotipo Actividad enzimtica Fenotipo bioqumico

NN 100% normal
GG < 5% galactosema clsica
DD 50% normal, Duarte" (actividad reducida, sin trascendencia) (*)
LA LA 140% normal, Los ngeles" (actividad excesiva, sin trascendencia) (*)
NG 50% normal (actividad reducida, sin trascendencia)
ND 75% normal (actividad reducida, sin trascendencia)
N LA 120% normal (actividad excesiva, sin trascendencia)
GD 25% situacin lmite
G LA 70% normal (actividad reducida, sin trascendencia)
D LA 95% normal

(*) El fenotipo bioqumico Duarte" se identifica porque la enzima GALT se presenta en una isoforma
ms cida (coherente con la mutacin de asparragina a asprtlco que se explica despus), de punto
isoelctrico nienor, que avanza ms rpidamente en electroforesis y en isoelectroenfoque se sita
ms cerca del nodo. Las variantes Duarte 1 y 2 se diferencian en su actividad enzimtica.

Todos los fenotipos resumidos anteriormente son a su vez polimrficos. La reduccin de la actividad enzimtica
vara en distinto grado segn la combinacin de alelos que presente el individuo.

Detalle de las mutaciones causantes del polimorfismo en el locus GALT \

Se muestra la secuencia de la proteina GALT normal (locus gnico en la banda cromosomica 9p 13).
Los aminocidos murados que originan las variantes aparecen indicados en azul.
1 M SRSGTDPQQ RQ Q A SEA D A A A A T FR A N D H Q H IR Y N P L Q D E WVLVSAHRMK RPW QGQVEPQ
t 61 LLKTVPRHDP L N P L C P G A I R A N G E V N PQ Y D ST FL FD N D FP A LQ PD A PSPG PSD HPLFQA K j
\ 12.1 SARGVCKVM C F H P W S D V T L P L M S V P E IR A V V D A W A SV TEE L G A Q Y PW V Q I FENKGAMMGC
( 181 SN PH PH CQ V W A S S F L P D IA Q REERSQ Q A Y K SQ H G EPLLM E Y SRQ ELLRK E R L V L T SE H W L i
j 241 VLV PFW A TW P YQTLLLPRRH V R R L PE L T PA E R D D L A S IM K K L L T K Y D N L F E TSFPY SM G W j;
I 301 HGAPTGSEAG ANWNHWQLHA H Y Y P P L L R S A TVRKFM V GYE M LAQAQRDLT PE Q A A E R L R A \
| 361 L PE V H Y H L G Q K D R E T A T IA tN '"--..
i ' La secuencia se indica mediante las abreviaturas
| de una letra para los aminocidos (pg. 294). *
Cada bloque contiene 10 aminocidos
v..__ (numeracin del primero a la izquierda) ) jj
i- H PH (His-Pro-His) son aminocidos del centro activo (trada caracterstica; los dos residuos de histidina participan en I
? la catlisis). Se ha identificado una mutacin, H184Q (His->Gln, no descrita aqu), que afecta directamente al centro activo, i
i La m utacin Q188R (G ln-A rg, debida a una transicin CAG-t-CGG) es la ms frecuente en individuos con 5
! galactosemia clsica, especialmente en la raza blanca europea y norteamericana. Conduce a una proteina con actividad l
i: enzimtica casi nula (Gln-188 es un aminocido altamente conservado, por tanto esencial para la funcin, probablemente por jj
? su cercana al centro activo) y un fenotipo galactosmico.
; t
f La mutacin K285N (Lys-t>Asn, debida a una transversin A A G ->A A T) es la segunda ms frecuente en la poblacin j
europea. Tiene tambin efectos fenotpicos graves (galactosemia).
La mutacin S135L (Ser-Leu, debida a una transicin T C G -aT T G ) es especialmente abundante en los casos de ;
| galactosemia entre la poblacin norteamericana de raza negra (fenotipo Negro). La actividad enzimtica se ve reducida en 5
; distinta medida segn el tejido considerado. Se puede detectar este alelo mediante RFLP (pg. 381), aprovechando que la i
i, m utacin hace desaparecer una diana para la enzima de restriccin Taq I.

I La mutacin N314D (Asn->Asp, debida a una transicin A A C -G A C ) es caracterstica de los fenotipos Duarte (o j
l Duarte-2) y Los Angeles (o D uarte-1). El primero se caracteriza por una actividad enzimtica reducida (cerca del ,
i 50%), mientras el segundo muestra actividad superior a la de individuos normales (140%). El fenotipo Los ngeles suele j
presentar, adems de la anterior, una mutacin silenciosa L218L (Leu) por transicin CTA-YTTA, que parece ser j
I: responsable de una traduccin ms rpida y, por ello, de una mayor concentracin de enzima que explicara el aumento en I
I actividad enzimtica. Al igual que el caso anterior, se pueden detectar ambos alelos mediante RFLP, puesto que la mutacin \
i A >G hace aparecer una diana para la enzim a de restriccin Ava II. /
37 DiVERSIDAD DEL GENOMA: PQUMQftFlSl

26.4.2.3 Polimorfismo de la arantitripsina

La ai-antitripsina (a rA T o A1AT) es una protena plasmtica que inhibe la actividad de varias proteasas,'
tripsina, quimotripsina y elastasa. Acta principalmente regulando la elastasa leucocitaria, para evitar que sta desti
la elastlna y otras protenas del tejido conjuntivo pulmonar, produciendo dao en la pared alveolar. La deficiencia en oq|
A I se asocia con enfisema (enfermedad pulmonar degenerativa) y con enfermedades hepticas (cirrosis y cncer).'
ha podido determinar que tal deficiencia y sus sntomas clnicos corresponden a la presencia de algunos de los njltiplesi:
alelos existentes para el locus de la <xi-AT, denominado locus Pl (de Inhibidor de Proteasas) y situado en la bart
cromosmica 14q32.1. Estos alelos (se han identificado ms de 75) codifican variantes o isoformas de !a protein
algunas de las cuales se pueden distinguir por su migracin en electroforesls o isoelectroenfoque.

alelos posicin en la secuencia proteica

ms comunes 101 160 213(> 264 342 376 ?

M1A
Arg Tyr Ala Glu Glu Glu
(el ms antiguo evolutivamente)
iVHV isoformas
Arg Tyr Val Glu Glu Glu ligeramente diferentes, :',
(el ms frecuente hoy en da)
pero todas funcionali . =
M2 His Tyr Val Glu Glu Asp
normales \
IVES Arg Tyr Val Glu Glu Asp
M4 His Tyr Val Glu Glu Glu
Z concentracin en plasma (
Arg Tyr Ala Glu Lys Glu
(el ms frecuente de los patolgicos) reducida (<15%)
S Arg Tyr Val Val Glu Glu casi normal
Nulo (variante Granito Falls) Arg stop forma truncada, no funcional ;!?
I Las variantes M1A y Z pueden distinguirse del resto por RFLP (pg. 381), pues
la mutacin GCG (Ala) GTG (Val) hace aparecer una diana para Ssf ESI. TV
ih
Se ha podido establecer la base molecular de la alteracin funcional que sufre la isoforma Z. En la estruc
tridimensional de la protena normal, el residuo Glu-342 (con carga negativa) se sita prximo al Lys-290 (con carghi
positiva) y ambos forman un puente salino. La mutacin Glu(342)->Lys, caracterstica del alelo Z, impide este puente')',
salino, provocando la agregacin de la protena dentro de la clula, que impide su secrecin al plasma, disminuy
actividad y provocando la susceptibilidad a la enfermedad. El efecto se manifiesta especialmente, como es logreo, en i
homocigticos ZZ.

26.4.3 Polimorfismo en regiones gnicas no codificantes

Teniendo en cuenta la definicin ms completa de gen, la que se establece bajo un criterio funcional (pg. 24$j
existen reglones del DNA que forman parte del gen, pero no codifican su producto gnico. Tal es el caso de las regiones*
reguladoras (promotores), los ntrones y las regiones 5 y 3 que, aunque se conservan en el mRNA, no son traducida
Se debe por ello considerar la posibilidad de polimorfismos en estas regiones gnicas no codificantes. Evidentemente)"'
aunque tal polimorfismo no afectar a la secuencia de la protena, puede afectar a su expresin, dependiendo de la |
funcin que ejerza la secuencia no codificante que lo sufre. Muchos polimorfismos en los intrones no tendrn ef
alguno, y sern equivalentes al polimorfismo en regiones no gnicas, estudiado a continuacin. Otros podrn afectf.
corte y empalme, resultando un polimorfismo proteico. Las variaciones en secuencias promotoras probableme||
perturben la expresin del gen. Por tanto, el polimorfismo en regiones gnicas no codificantes puede manifestarse#!!
en un efecto fenotpico.
No parece conveniente complicar la exposicin profundizando en este aspecto, pero no debe dejarse de tene||
cuenta. Como ejemplo similar, se ha mencionado una mutacin en secuencias reguladoras del gen de! factor IX de?
coagulacin, causante de hemofilia B (pg. 348); aunque por su baja frecuencia no entra en la categora ,:d
polimorfismo, como ya se ha indicado el principio de la mutacin y el polimorfismo es el mismo. -

3
26.4.4 Polimorfismo en regiones no gnicas
La mayor parte de las mutaciones del genoma ocurren en regiones del DNA que no codifican ningn prodli
debido a su mayor abundancia en el genoma humano y de otros eucariotas (tema 10). Por tanto, los cambios de bas
en este DNA no tienen efecto fenotpico alguno: no se altera la secuencia, la estructura o la funcin proteicas, de ahi.q
tampoco tengan un Inters patolgico directo. Son, sin embargo, polimorfismos de gran inters aplicado; principalmente,!
para la bsqueda de genes relacionados con enfermedades y para la Identificacin gentica de individuos. "i
La elevada cantidad de loci polimrflcos que se encuentran en DNA no codificante, junto a la falta df
trascendencia funcional de sus alteraciones (que permite que se perpete libremente en sucesivas generacin
hacen que sea ste el DNA que ms difiere de unos a otros individuos. Como consecuencia, una de las propieda
 CONSECUENCIAS FUNCIONALES DEL POLIMORFISMO 377

ms notables del genoma de un individuo es la exclusividad de su perfil gentico (salvo para los hermanos gemelos
univitellnos, individuos clnicos que tendrn los mismos alelos en cada uno de sus loci, aunque incluso en este caso
pueden existir diferencias debidas a mutaciones somticas). Se puede, por tanto, utilizar el anlisis de estos
polimorfismos para la identificacin de una persona, con una fiabilidad igual o superior a la de las huellas dactilares, lo
que ha dado lugar al trmino huella gentica o huella dactilar gentica (pg. 385). Con este objeto se emplean
principalmente los polimorfismos en las regiones de DNA mini- y microsatlite (pgs. 114 y 221). Por otra parte, puesto
que las secuencias no codificantes no proporcionan informacin sobre caractersticas especiales de las personas
(posibles enfermedades, cualidades fsicas o psquicas, etc.), el anlisis basado en polimorfismos de regiones no
codificantes posee la ventaja de evitar cualquier conflicto tico.

26*4.5 Polimorfism o en e genoma mstocondral

..En el genoma mitocondrial pueden darse igualmente mutaciones que generen un polimorfismo. Su DNA
|exerimenta mayor proporcin de mutaciones que el nuclear, debido a la exposicin a especies reactivas de oxigeno,
ifiltantes del metabolismo oxidativo mitocondrial, a encontrarse ms desprotegido por carecer de histonas y a la
menor eficacia de los sistemas de reparacin mitocondriales. De esas mutaciones, aqullas que afectan a regiones
.'Codificantes (ms del 93% de la molcula de mtDNA) suelen tener consecuencias perjudiciales para la funcionalidad de
.protenas que codifican y para la vida de la clula. Las mutaciones en la regin no codificante se conservan con ms
facilidad, al no poseer efecto fenotpico. Aquellas mutaciones que no son perjudiciales dan lugar a polimorfismos
genticos; cada vez parece ms claro que stos tampoco son completamente inocuos para las diferentes funciones
[(Sla'res. Por ejemplo, una combinacin particular de alelos en varios loci polimrficos del cromosoma mitocondrial
jjmano (poco frecuente y denominada "haplogrupo T) da lugar a espermatozoides con motilidad reducida.
Como consecuencia, los polimorfismos ms comunes son aqullos que afectan a la nica regin no codificante del
fe
DNA mitocondrial, conocida como bucle D (pg. 160). En este corto tramo de DNA (1.112 pb en humanos, menos del
7%; del mtDNA total) se acumulan mutaciones con una frecuencia cinco veces superior a la del resto del DNA
locondrial. En particular, la tasa de polimorfismos es mxima en dos pequeas porciones del bucle D, denominadas
ipor ello regiones hipervariables.

asa de desplazam iento, b u cle D o D -lo o p (i 112 pb)

num eracin
1
576 1116.568 16.024, el crom osom a
' *-------- O h
ejPh P L D NA7S m itocondrial
rntDN^, (circular) se suele
m a representar num erado
hipervariable II hipervariable en sentido
antihorario. El
regin reguladora del nucletido 1 se
cromosoma: orgenes de sita cerca del centro
replicacin (O) y prom otores del bucle D
de transcripcin (P) de las
d o s re g io n e s , p a rtic u la rm e n te
hebras pesada (H) y ligera (L)
ric a s en p o lim o rfism o s ,
se u tiliz a n h a b itu a lm e n te
en p ru e b a s d e id e n tid a d

El anlisis de polimorfismos en las regiones hipervariables mitocondriales est encontrando gran aplicacin en
estudios familiares, antropolgicos evolutivos y tambin de identificacin. A este xito contribuye tambin la
conveniencia de obtencin y manejo de muestras mitocondriales, gracias a la existencia de un mayor nmero de copias
(cientos de mitocondrias por clula, cada una con decenas de copias de mtDNA), lo que disminuye la probabilidad de
que todas estn destruidas o daadas, traducindose en definitiva en una mayor estabilidad del DNA. Por otro lado, ai
.ser las regiones hipervariables mucho ms cortas en el mtDNA es improbable su degradacin en todas las copias de
DNA de la muestra.