Pepsina

La pepsina digiere las protenas en el cido del estmago fuerte

La pepsina (arriba) y pepsingeno (abajo).

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Trata de vacaciones

Durante la temporada de vacaciones, a menudo nos colocamos mayores demandas en

nuestras enzimas digestivas que en otras pocas del ao. Nuestro sistema digestivo contiene
una gran cantidad de enzimas duras, estables con vistas a buscar a esos ricos dulces
navideos y romper en trozos pequeos. La pepsina es el primero de una serie de enzimas
que digieren las protenas. En el estmago, las cadenas de protenas se unen en la ranura
profunda sitio activo de la pepsina, visto en la ilustracin superior (desde la entrada
PDB 5pep ), y se rompen en pedazos ms pequeos. A continuacin, una variedad de
proteasas y peptidasas en el intestino terminar el trabajo. Los pequeos fragmentos -
aminocidos y dipptidos - son absorbidos por las clulas para su uso como combustible
metablico o la construccin de nuevas protenas.

Un asunto complicado

Las enzimas que digieren las protenas suponen un verdadero reto. La enzima debe ser
construido dentro de la clula, pero controlado de alguna manera para que no se inicia
inmediatamente la digestin de las protenas propias de la clula. Para resolver este problema,
la pepsina, y muchas otras enzimas de corte en protenas se crean como "proenzimas,"
inactivos que pueden luego ser activadas de manera segura una vez fuera de la clula. La
pepsina se construye con un extra de 44 aminocidos, que se muestra en verde en la
ilustracin inferior (de entrada 3psg ), que bloquean la ranura grande sitio activo y Hobble la
enzima. En el estmago, esta cadena extraa es cortado y la enzima comienza su campaa
destructiva.

Un poco de historia cientfica

Por varias razones, las enzimas digestivas son candidatos atractivos para el estudio
cientfico. Son fciles de aislar y presente en grandes cantidades en los jugos
digestivos. Tambin son extraordinariamente estables, ya que desempean su trabajo en las
duras condiciones presentes en el sistema digestivo. Las reacciones catalizadas por enzimas
digestivas tambin son fciles de seguir: se puede aadir a una protena tal como gelatina y
ver que pierda su consistencia gelatinosa. En el siglo 18, la pepsina fue la primera enzima de
ser descubierto, y ms tarde, la pepsina fue la segunda enzima a cristalizar (despus de
ureasa). Estos cristales jugaron un papel importante en lo que demuestra que las enzimas
eran protenas y que tenan una estructura definida. Hoy en da, la estructura de la pepsina,
determinado a partir de cristales similares, est disponible en PDB entrada 5pep y varios otros.

Acid proteasas: pepsina (superior izquierda), la quimosina (superior derecha), la catepsina D (inferior
izquierda), y endotiapepsina (inferior derecha).

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Las proteasas cidas

La pepsina es un ejemplo de un grupo de enzimas denominadas "proteasas cidas". En el
caso de la pepsina, este nombre es doblemente apropiado. La pepsina funciona su mejor en
cido clorhdrico fuerte. Pero la similitud con las otras enzimas representadas aqu se refiere a
un segundo tipo de cido. El sitio activo de las proteasas cidas se basan en dos cidos
aspartato aminocidos cidos, que activan una molcula de agua y lo utilizan para escindir
cadenas de protenas. Estos aspartatos se representan en la siguiente pgina.

Las proteasas cidas han evolucionado para llenar varios papeles funcionales en diferentes
organismos. La pepsina, que se muestra en la parte superior izquierda (PDB entrada 5pep ),
se optimiza para la digestin de los alimentos en el ambiente cido del estmago. Es muy
promiscua, escindir protenas en muchos lugares diferentes. Quimosina, que se muestra en la
parte superior derecha (AP entrada 4cms ), se realiza por terneras jvenes para descomponer
las protenas de la leche. Una forma purificada de la quimosina, tomada de estmago de
ternera, se ha utilizado durante siglos para cuajar la leche en la produccin de queso. La
catepsina D, que se muestra abajo a la izquierda (entrada PDB 1lyb ), digiere las protenas
lisosomas en el interior, las diminutas estmagos dentro de las clulas. Otras proteasas de
cido celular, tales como la renina (que no se muestra, PDB entrada 1Hrn ), estn diseados
para hacer cortes muy especficos en una protena particular, ayudando en la maduracin de
una hormona o protena estructural. Endotiapepsina, que se muestra abajo a la derecha
(entrada PDB 4ape ), se hace por un hongo y se excreta en el medio ambiente circundante,
rompiendo las protenas que rodean y permitiendo que el hongo se alimentan de las piezas.
La pepsina utiliza un par de residuos de aspartato para llevar a cabo la reaccin de escisin
de la protena. En un ejemplo de evolucin paralela (donde dos organismos se desarrollan de
forma independiente el mismo mtodo para resolver un problema), el mecanismo es similar a
la utilizada por la proteasa de VIH, discutido en una molcula anterior del mes . En la
ilustracin superior, desde PDB entrada 5pep , los aspartatos del sitio activo son vistos como
espacial compacto esferas en el centro de la ranura del sitio activo de profundidad, en blanco y
rojo. En la ilustracin inferior, se muestran tambin tres puentes disulfuro. Estas reticulaciones,
formados entre tomos de azufre (amarillo) en los aminocidos cistena, fortalecer la cadena
de protena.

Estas ilustraciones fueron creadas con RasMol. Puede crear ilustraciones similares haciendo
clic en el cdigo de acceso AP y elegir una de las opciones para la visualizacin en 3D. Para
poner de relieve los aspartatos del sitio activo, seleccione residuos numerados 32 y 215 en
este archivo de estructura.