Parametrizacin

de Molculas

Simulacin Molecular I

Valeria Mrquez Ingrid Araya Melissa Alegra

 Obje>vos
Los aminocidos, bases nucleoBdicas, algunos azcares, lpidos y modelos de agua
estn incluidos en el campo de fuerza CHARMM27. Sin embargo, muchas
molculas, especialmente drogas, recin han sido incluidas en la l>ma versin,
CHARMM36.
Qu sucede cuando un ligando que queremos estudiar no se encuentra incluido
en el campo de fuerza?
Es necesario construir un archivo de Topologa, que nos indique la conec>vidad de
los tomos de una determinada molcula o residuo, para poder construir el archivo
de conec>vidad PSF a par>r de un PDB. Tambin es necesario obtener un archivo
de Parmetros, que con>ene las constantes de Fuerza y Equilibrio para poder
resolver la ecuacin de Campo de Fuerza y as realizar una Dinmica Molecular.
Obje>vos del Laboratorio :
1) Construir el archivo PDB de una droga (Usando Gaussian View)
2) Subir el archivo al servidor Paramchem, para obtener el archivo de Topologa
de la droga.
3) Construir el archivo de conec>vidad PSF.
 Molculas a Parametrizar

1) Tamiu 2) Relenza

Nombre comercial del Nombre comercial del
Oseltamivir Zanamivir
 Gaussian View
hep://dl.dropbox.com/u/48254706/GaussianView3.7.zip Permite crear molculas
con conec>vidad semi-
op>mizada

File -> New -> Create

Molgroup
 Gaussian View
Para hacer molculas con anillos, pinchar aqu

Despus aqu para

cambiar de
molcula

Seleccionar una
molcula
 Gaussian View
Para agregar nuevos tomos: Se pincha en un hidrgeno para
Seleccionar Herramienta tomo conver>rlo en Oxgeno

Para seleccionar el >po de tomo

 Gaussian View
Herramienta para Modicar Enlaces Se seleccionan 2 tomos

Se elige el >po de enlace

 Gaussian View
Para agregar Hidrgenos :
Seleccionar Herramienta para Agregar Hidrgenos

Pinchar el tomo al
cual se le agregaran
Hidrgenos
 Gaussian View
Cuando la molcula este terminada :
File -> Save As -> molecula.mol2
 Gaussian View
Guardar la molecula.mol2 en formato PDB:
1) Cargar la molcula.mol2 en VMD
2) File -> Save Coordinates -> File type: pdb

Pinchar Save y
guardar
molecula.pdb
 Paramchem
www.paramchem.org
Es un si>o que asigna
parmetros a
molculas orgnicas
u>lizando el Campo
de Fuerza General de
Charmm
 Paramchem
Subir una molcula :
User: eibi2011
Pass : eibi2011%
Paramchem
Seleccionar
archivo :
molecula.pdb

Upload File:
molecula.pdb

 Paramchem
Pinchar ac para obtener la topologa y Se desplegar un archivo de texto. Copiar en un
parmetros del nuevo residuo editor y guardar como molecula.top
 Paramchem
La topologa del nuevo residuo es obtenida por homologa a par>r del campo de fuerza
General de CHARMM.

Archivo de Topologa : top_all36_cgen.rt
Archivo de Parmetros: par_all36_cgen.prm

Para construir el archivo PSF de la nueva molcula se usa el archivo de topologa
top_all36_cgen.rt y el archivo que acabamos de obtener a par>r de Paramchem.

Archivo molecula.top
Cambiar el nombre del
residuo a MOL
 Paramchem
En el archivo molecula.pdb deben ajustarse bien el nombre del residuo (MOL), el nombre
de la cadena (X) y el nmero del residuo (1)

Se reemplazan las ocurrencias de 0 X 0 por MOL X 1

El nombre del residuo debe ser el mismo que el que se asign en el archivo de topologa,
para que se reconozca al hacer el PSF.
 Construir Archivo PSF
Archivo de Topologa del Campo de Fuerza
General
Archivo de Topologa de la Molcula obtenido
desde Paramchen
Se construye el segmento u>lizando
el archivo molecula.pdb

PDB de salida
PSF de salida

NOTA : El archivo de Parmetros par_all36_cgen.prm es necesario al realizar

mecnica molecular de nuestra molcula. Es en ese momento cuando el programa que
usemos (NAMD por ejemplo) necesita los datos de Constantes de Fuerza y Equilibrio
para resolver la ecuacin de Campo de Fuerza en cada iteracin)
 Construir Archivo PSF
Ejercicio:

Tratar de realizar el PSF sin u>lizar el archivo top_all36_cgen.rt . Por qu no
funciona?

Tratar de descargar la molcula desde el si>o Chemspider.