Es el nombre comn de tris(hidroximetil) aminometano.

Se
trata de un compuesto muy utilizado en el laboratorio para
preparar disoluciones tampn; el grupo cido-base que ejerce el
tamponamiento es el amino. Se comercializa en sus formas
bsica ("Tris base") y cida ("Tris hidrocloruro"), aunque la
primera es la de uso ms comn.

En la electroforesis, es el agente tamponante que mantiene el

pH. Se incluye tanto en el gel como en el tampn de cubeta.

Acrnimo de EthyleneDiamine TetraAcetic acid, cido

etilendiaminotetraactico (a veces AEDT en espaol). En sus
formas desprotonadas (2 y 4), es un conocido agente quelante
de cationes divalentes, en especial Ca2+ y Mg2+.

Dado que el Mg2+ es un cofactor requerido por la mayora de

nucleasas, su secuestro por el EDTA evita la degradacin del
DNA durante la preparacin y la electroforesis.

El dodecilsulfato sdico (Sodium Dodecyl Sulphate, SDS,

laurilsulfato sdico) es un detergente aninico que se une a las
protenas, desnaturalizndolas en una conformacin extendida
recubierta de molculas de SDS. Como consecuencia, el tamao
de la molcula de protena es directamente proporcional a su
longitud en aminocidos y su carga queda enmascarada por la
mayor carga del SDS que la recubre, que es tambin
proporcional a la longitud. Por lo tanto, la movilidad
electrofortica de la protena depende exclusivamente de su
masa molecular.

En la electroforesis SDS-PAGE se usa (en el tampn de

ruptpara desnaturalizar las protenas de la muestra antes de
aplicar sta y como componente del gel para mantenerlas
desplegadas durante la electroforesis.
 El glicerol (glicerina) se utiliza como agente denso en la
composicin del tampn de carga.

La muestra + tampn de carga se deopsita al fondo del pocillo

y no difunde por el tampn que llena la cubeta y cubre el gel.
De ese modo no se pierde y se mantiene concentrada.

-mercaptoetanol
Este compuesto (-mercaptoetanol, 2-mercaptoetanol, 2-
hidroxi-1-etanotiol, 2-sulfaniletan-1-ol) acta como agente
reductor de enlaces disulfuro. Facilita as la desnturalizacin
completa y el desplegado de las molculas de protena. Adems,
se separarn las subunidades de la protena si es que los
disulfuro las mantenan unidas.

Al tratar las muestras con mercaptoetanol, el resultado de la

electroforesis mostrar las subunidades componentes de las
protenas.

Tampn Tris-HCl

Un tampn denominado "Tris-HCl" se prepara con Tris base a

la concentracin indicada y con el HCl necesario para ajustar el
pH al valor indicado. La disolucin, por tanto, contiene Tris base,
Tris cido y cloruro.

En la electroforesis, es el tampn que mantiene el pH en el

gel.
Tampn Tris-Gly

Un tampn "Tris-glicina" se prepara con Tris base y con glicina,

ambos a la concentracin indicada. El pH debe resultar el
adecuado sin necesidad de ajustarlo (pues este tampn no debe
llevar cloruro). Una composicin frecuente es 125 mM Gly, 25
mM Tris, pH=8,3. En el caso de electroforesis desnaturalizante
lleva adems 0,1% de SDS.

En la electroforesis PAGE discontinua, es el tampn con el que

se llena la cubeta o tanque de electroforesis.

Tampn TAE

Es el medio usado para preparar el gel y desarrollar la

electroforesis. Recibe este nombre de las iniciales de sus
componentes.
El pH es alcalino, para que todos los grupos fosfato del DNA
estn ionizados por completo y ste se mantenga cargado
negativamente. La composicin habitual es Tris 40 mM, c.
actico 19 mM, EDTA 1 mM, pH=7,5

En la electroforesis, permite mantener las molculas de DNA

con una carga negativa uniforme y constante. Es, por ello,
componente del gel y del tampn de electroforesis, o tampn de
cubeta.

Tampn de carga

Es una disolucin que se mezcla con la muestra antes de

aplicarla al gel. Sus componentes cumplen varios propsitos:
En electroforesis de DNA:
Glicerol para aportar densidad a la muestra y facilitar su
aplicacin a los pocillos.
Azul de bromofenol (u otro colorante como el xileno-
cianol) como marcador del frente de avance de la
 electroforesis. Asimismo, su color es una ayuda visual
durante la carga de muestra en los pocillos.
Tampn para estabilizar el pH.
En electroforesis de protenas SDS-PAGE se denomina
tambin tampn de ruptura (ya que provoca la
desnaturalizacin):
Glicerol para aportar densidad a la muestra y facilitar su
aplicacin a los pocillos.
Azul de bromofenol como marcador del frente de avance
de la electroforesis. Asimismo, su color es una ayuda visual
durante la carga de muestra en los pocillos.
SDS para provocar la desnaturalizacin de las protenas
(ayudado por un calentamiento breve a 90-100 C).
-mercaptoetanol para romper los enlaces disulfuro.
Tampn para estabilizar el pH.

Agarosa

Se trata de un polisacrido sintetizado por algunas algas, que

forma parte del agar-agar (ingrediente de medios de cultivo).
Para su uso en electroforesis se emplea un producto ms
purificado. Tiene la propiedad de disolverse en caliente (50-
60C) y solidificar cuando se enfra, formando un gel de alta
porosidad. Ms detalles sobre su estructura.
En la electroforesis, forma la matriz del gel y provoca el
retardo dependiente del tamao que marca la separacin.

Poliacrilamida

La poliacrilamida es un polmero entrecruzado que forma geles

porosos. Se realiza una polimerizacin qumica de una mezcla
de acrilamida y bisacrilamida [ N,N-metileno-bis(acrilamida) ].
La acrilamida forma polmeros lineales pero la bisacrilamida
introduce uniones cruzadas entre las cadenas de poliacrilamida,
generando la malla, matriz o red tridimensional del gel.
Regulando la concentracin de ambos tipos de monmero y su
proporcin se consiguen distintas porosidades.
En la electroforesis, forma la matriz del gel y provoca el
retardo dependiente del tamao que marca la separacin.

Azul de Coomassie

El nombre completo es azul brillante de Coomassie R-250. Se

trata de un compuesto coloreado que se une a todo tipo de
protenas. Es poco soluble en agua, por lo que habitualmente se
disuelve en una mezcla de agua, metanol o isopropanol y cido
actico.
Tras realizar la electroforesis, el gel se "tie" sumergindolo
durante unos 30 minutos en la disolucin de Coomassie para
que ste penetre y se fije a las protenas. Dado que todo el gel
se impregna del colorante, es preciso despus realizar una
destincin, lavando varias veces con disolvente libre del
colorante.

Azul de bromofenol

Se trata de un compuesto coloreado y con carga, utilizado

para comprobar el progreso de la electroforesis. Ms detalles.
En la electroforesis, por su menor tamao, se mueve ms
rpido que las protenas o que la mayora de molculas de DNA
(siempre que stas sean superiores a 300 pb), es decir, marca el
"frente de avance". Puesto que su color azul-violeta es bien
visible, permite detener la electroforesis con la confianza de que
las molculas de protena o DNA no se hayan salido del gel.

Xileno-cianol y verde cianol

 Se trata de compuestos coloreados y con carga, utilizados
para comprobar el progreso de la electroforesis.
En la electroforesis el xileno-cianol se mueve
aproximadamente como las molculas de DNA de 3500 a
5000 pb (depende del tampn y el % de agarosa en el gel).
Ambos tienen un color azul turquesa que permite detener la
electroforesis con la confianza de que las molculas grandes de
DNA no se hayan salido del gel.

Bromuro de etidio

Se trata de un compuesto intercalante, es decir, que tiene

afinidad para unirse al DNA, pues se introduce entre sus bases
apiladas. Esto se debe a su geometra plana y su estructura
aromtica, que interacciona favorablemente con el interior
hidrfobo de la doble hlice. En menor medida, interacciona
tambin con DNA monocatenario.
Su utilidad deriva asimismo de su fluorescencia, exaltada al
encontrarse en un entorno hidrfobo, es decir, al estar unido al
DNA. Se excita con luz ultravioleta de onda corta, 254 nm, y
emite su fluorescencia como luz visible, de color rosado-
anaranjado.
En la electroforesis, se utiliza para "teir" el DNA, para revelar
su posicin en el gel. Se puede baar el gel tras la electroforesis
en una disolucin de bromuro de etidio, o bien incorporar ste a
la disolucin de agarosa con la que se prepara el gel.

GelRed

Es la marca comercial de un compuesto adecuado para revelar

el DNA en geles. Su estructura es un secreto comercial bajo
patente, pero es algo similar al compuesto mostrado a la
derecha.
Dos ncleos aromticos: le confieren capacidad
intercalante, es decir, que tiene afinidad para unirse al
DNA, pues se introduce entre sus bases apiladas. Esto se
 debe a su geometra plana y su estructura aromtica, que
interacciona favorablemente con el interior hidrfobo de la
doble hlice.
Una cadena aliftica larga que hace de conector entre
ambos ncleos intercalantes.
Por otra pare, su ligera carga positiva tambin facilita su
unin al DNA (recurdese que ste es una molcula
polianinica).
Su utilidad deriva asimismo de su fluorescencia:
En forma libre, los dos ncleos aromticos interaccionan
entre s y por ello la molcula apenas es fluorescente.
Al unirse al DNA los dos ncleos se separan y, al
encontrarse en un entorno hidrfobo, emiten una
fluorescencia intensa. Se excitan con luz ultravioleta de
onda corta, 254 nm, y emiten luz visible, de color rojo (de
ah el nombre del reactivo).

En la electroforesis, se utiliza para "teir" el DNA, para revelar

su posicin en el gel. Se puede baar el gel tras la electroforesis
en una disolucin de GelRed, o bien incorporar ste a la
disolucin de agarosa con la que se prepara el gel.