A recombinao homloga tem como funo reparar a quebra das
dupla-fitas de modo que ocorre a permuta fsica de sequncias de nucleotdeos do DNA, possibilitando o reincio da replicao e o rearranjo da informao gentica. Enquanto a recombinao homloga consiste na troca de seguimentos de nucleotdeos praticamente idnticos entre duas molculas de DNA quaisquer, a recombinao stio-especfica consiste na troca apenas de trechos particulares entre as molculas. Esses mecanismos de recombinao podem ter papel no s no reparo do DNA, na replicao e na manuteno da variabilidade como j foi mencionado, como tambm atuam na regulao da expresso de certos genes.
O efeito da recombinao varia entre os seres procariontes e
eucariontes, visto no primeiro grupo a recombinao homloga tem como papel principal o reparo da quebra das dupla-fitas e, at mesmo, evitando o colapso da forquilha de replicao de modo que as extremidades quebradas de DNA iniciam a recombinao com molculas que possuem trechos homlogos a molcula de DNA, reparando a quebra. A recombinao tambm pode ocorrer durante a conjugao, quando um fago transfere o material gentico de uma bactria para outra, contribuindo tambm para a diversidade gentica, embora ocorra raramente em populaes bacterianas selvagens. (Lehpag 1069 Watson pag376)