Biofisica3 PDF

Biofsica
Estrutura de macromolculas
Prof. Dr. Walter F. de Azevedo Jr.
2010 Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

azevedolab.net
Biofsica
Resumo
Massa molecular
Geometria dos aminocidos
Foras que estabilizam a estrutura de macromolculas biolgicas
PDB
Estrutura secundria de protenas
Estrutura 3D de protenas
Referncias

azevedolab.net
Massa molecular
Massa molecular. Alm das diferenas na carga, hidrofobicidade, polaridade
os aminocidos apresentam variao quanto sua massa molecular.
Normalmente usamos a unidade Dlton (D) para medir a massa molecular de
aminocidos e molculas biolgicas em geral. Um dlton equivale massa
atmica de um tomo de hidrognio. Para protenas usamos com freqncia
o kilodlton (kD). Considerando-se a massa molecular de cada resduo de
aminocido natural temos uma massa molecular mdia de 118,89 D. Este
valor mdio til na estimativa da massa molecular aproximada de protenas
e peptdeos, a partir do conhecimento do nmero de resduos de aminocidos
presentes na molcula, como representado na equao abaixo.

MW = 118,89 . Naa
Onde MW a massa molecular e Naa o nmero de resduos de aminocidos

presentes na molcula.
Distncia interatmica
ngstrom. Na nossa viagem pelo universo protico, comeamos com as
definies dos aminocidos, veremos agora diversos parmetros
geomtricos, que nos ajudam a entender a estrutura tridimensional de
aminocidos e posteriormente as protenas. Para definirmos os parmetros
geomtricos do universo protico precisamos de uma rgua. As unidades
de comprimento so expressas em metros no Sistema Internacional (SI), o
que no conveniente, devido s dimenses envolvidas, podemos usar
submltiplos do metro, o mais adequado para as dimenses proticas o
nanmetro, que 10-9 m. Esta unidade comum de ser encontrada em
textos de biofsica molecular, mas a mais comum, para ser utilizada no
estudo de protenas, o ngstrom (), 1 = 10-10m, ou alternativamente 1

= 0,1 nm . As informaes estruturais sobre protenas esto disponveis
numa base de dados chamada Protein Data Bank (PDB), disponvel em
www.rcsb.org/pdb.
Ligao peptdica
A estrutura ao lado indica a ligao
entre dois resduos de aminocido
consecutivos, onde somente os
tomos da cadeia principal so CA
mostrados (omitindo os hidrognios).
1,51
Esses quatro tomos esto num 1,32 N
plano, e a ligao covalente entre o 1,24
C 1,46
carbono da carbonila (C) e o
nitrognio (N) uma ligao
parcialmente dupla, o que deixa esta O CA
ligao sem liberdade de toro. As

distncias interatmicas so
indicadas na figura.
Ligao peptdica
Abaixo temos uma cadeia peptdica de 6 resduos de aminocido, onde lemos
a sequncia do N para o C terminal, essa conveno usada para numerar
os resduos na sequncia. Tal procedimento facilita a anlise de diversas
caractersticas das sequncias de aminocidos, tais como, conservao de
resduos de aminocido em determinada posio, identidade sequencial entre
diversas protenas, identificao de stios ativos, no caso de enzimas, entre
outros aspectos.
R2 R4 R6
N-terminal

R1 R3 R5 C-terminal
rea acessvel ao solvente
ASA. As protenas em soluo permitem a interao de molculas de gua
com sua estrutura. Um dos parmetros geomtricos, usados para analisar a
interao de molculas de gua, bem como outros ligantes, com a protena
a rea acessvel ao solvente (ASA). O conceito desse parmetro
relativamente simples. Imagine uma molcula de gua deslizando sobre a
superfcie da protena, uma molcula com um raio 1,4 com formato esfrico.

Molcula de gua
Superfcie acessvel ao solvente

Esferas representado tomos
ASA. Tal forma no realista, mas uma boa aproximao para nossos
propsitos. Na figura temos uma representao de uma parte da protena,
onde os tomos so representados como esferas com o raio de van der
Waals e a molcula de gua rolando sobre os tomos, a linha tracejada
representa a superfcie acessvel ao solvente traada pelo centro da esfera
que representa a gua.

Molcula de gua

A superfcie de van der Waals definida pela rea contnua das superfcies
esfricas, entre as esferas com os raios de van der Waals, representada em
cinza na figura abaixo. H uma equao simples, que relaciona a massa
molecular de uma protena monomrica, com sua rea acessvel ao solvente,
esta equao uma aproximao, mas pode ser usada para termos uma
idia preliminar da ASA,
ASA = 11,1 (MW)2/3

Molcula de gua

A figura representa a superfcie
acessvel ao solvente de uma droga
ligada a uma protena, com os tomos
neutros representados por ciano, os Protena
tomos polares negativos por
vermelho e os positivos por azul. A
superfcie acessvel ao solvente
(ASA) da protena est representada
em cinza. Vemos claramente o
encaixe da droga no stio ativo da
enzima.

Droga
Foras que estabilizam estruturas
Classe Caractersticas
Covalente Responsvel por ligaes qumicas entre os tomos. Uma ligao

forte, mantm a cadeia principal da protena e as cadeias laterais.

Estes tomos esto ligados covalentemente, cada ligao representada
por um basto ligando os tomos, representados por esferas.
Hidrofbica Literalmente temor gua tal fora impele os resduos hidrofbicos

para o interior da estrutura da protena. Resduos hidroflicos so
normalmente encontrados na superfcie da protena.

Visualizao do interior hidrofbico da protena,
representado no centro da figura.
Representao de tomos polares na superfcie da protena PNP.

Van der Waals Esta fora devido proximidade entre tomos. As nuvens
eletrnicas dos tomos passam a interagir.

RVDW RVDW
tomos muito prximos permitem uma interao entre as nuvens eletrnicas, o que causa a fora
de van der Waals. Quando a distncia menor que a soma dos raios de van der Waals (Rvdw) a
repulso surge entre os tomos.
Ligaes de H Esta fora de origem eletrosttica, onde ocorre o compartilhamento

de um H entre tomos no ligados covalentemente. principal fora
para estabilizao das estruturas em hlice e fita, presentes em
protenas.
Numa ligao de hidrognio temos sempre um tomo doador de H e
um aceitador de H. Na verdade no h transferncia do H do doador
para o aceitador, e sim um ao eletrosttica do prton (H) sobre o
aceitador. Na figura abaixo o oxignio o doador e o nitrognio o
aceitador. A distnica entre o doador e o aceitador varia entre 2,5 a
3,4
O
N
H
As ligaes de H so responsveis pela
estabilizao de diversas macromolculas
biolgicas. Entre elas a molcula de DNA.
Os pares de bases que estabilizam a
molcula de DNA apresentam um padro
de ligaes de H. Quando Watson e Crick
elucidaram a estrutura tridimensional do
DNA identificaram os pares de bases,
Citosina-Guanina (C-G) e Adenina-Timina
(A-T), que se conectam por ligaes de H.
A figura ao lado ilustra a estrutura do DNA.

As figuras ao lado mostram dois pares de
base, C-G e A-T, respectivamente. Nelas
vemos claramente as ligaes de
hidrognio que estabilizam os pares de
base. As ligaes de H so indicadas por
linhas pontilhadas. O par Citosina-Guanina
aprensenta trs ligaes de H, j o par Citosina-Guanina
Adenina-Timina apresenta duas ligaes.
Na figura ao lado identifique os tomos
doadores e aceitadores de hidrognio em
cada par de base.

Adenina-Timina
Base de Dados PDB
A resoluo da estrutura tridimensional de protenas, por meio da tcnica de

cristalografia por difrao de raios X, gerou uma grande quantidade de informao
estrutural sobre as protenas, na tentativa de armazenar a estrutura dessas
protenas foi criado em 1977 uma base de dados. Essa base de dados chamada
Protein Data Bank(PDB), armazena as coordenadas atmicas de quase todas as
protenas e outras macromolculas biolgicas determinadas at hoje. Tal base de
dados disponibilizada no site www.rcsb.org/pdb . O acesso publico o que
propiciou a disseminao das informaes contidas no site. Para preservar os
autores de estruturas tridimensionais de macromolculas biolgicas o PDB permite
que as coordenadas atmicas sejam depositadas e s liberadas aps um ano, o

que, normalmente, tempo suficiente para a publicao do artigo cientfico
descrevendo a estrutura.
Base de Dados PDB
O grfico ao lado representa a evoluo da base de dados PDB, vemos claramente

um crescimento do nmero de estruturas depositadas, devido ao aumento do nmero
de laboratrios trabalhando na resoluo de estruturas, bem como, devido evoluo
da tecnologia para a determinao da estrutura tridimensional de macromolculas
biolgicas, tais como, radiao sncrotron, tecnologia de DNA recombinante e
aumento de velocidade de processamento do computadores.
37500
35000
Estruturas depositadas no ano
32500
Total de estruturas depositadas
30000
27500
25000

22500
20000
17500
15000
12500
10000
7500
5000
2500
0
1976 1978 1980 1982 1984 1986 1988 1990 1992 1994 1996 1998 2000 2002 2004 2006
Hlice Alfa
A estrutura da hlice alfa foi prevista

teoricamente por Linus Pauling em
1950. Vale a pena lembrar, que
naquela data, no havia informao
estrutural sobre protenas, e sua
previso foi baseada na estrutura
cristalogrfica de aminocidos,
dipeptdeos e tripeptdeos,
determinados a partir de cristalografia

por difrao de raios X. A estrutura de
hlice alfa foi posteriormente
confirmada, quando a estrutura
cristalogrfica da mioglobina foi
determinada em 1959.
Hlice Alfa
O enovelamento da hlice alfa leva a uma

estrutura onde as cadeias laterais ficam
voltadas para fora da estrutura, criando
uma estrutura cilndrica compacta. Uma
anlise das preferncias dos resduos de
aminocido indicou que Leu, Glu, Met e
Ala, so encontrados preferencialmente
em hlices alfa, e os resduos Pro, Ile,
Gly e Ser, dificilmente so encontrados
em hlices alfa. A figura da direita ilustra

uma viso de hlice alfa ao longo do seu
eixo, indicando as cadeias laterais
voltadas para o lado de fora da hlice, tal
estrutura tem um dimetro aproximado de
5 .
Hlice Alfa
A estrutura tridimensional das hlices

alfa so estabilizadas por um padro
de ligaes de hidrognio,
envolvendo o oxignio da carbonila
do resduo i com o nitrognio do
resduo i+4, como ilustrado na figura
ao lado com linhas tracejadas.
Ligao de hidrognio

Hlice Alfa
H vrias representaes possveis

das hlices numa estrutura. A
representao CPK faz uso de
esferas para cada tomo, e bastes
para as ligaes covalentes, como
mostrada na figura ao lado. Tal
representao permite a identificao
de detalhes estruturais, possibilitando Ligao de hidrognio
destacar caractersticas estruturais,

tais como, ligaes de hidrognio,
orientao espacial e conectividade,
contudo, tal representao torna-se
pesada, ao olharmos para estruturas
completas, como a do prximo slide.
Hlice Alfa
Na figura ao lado temos a

representao em CPK da estrutura
C
da mioglobina. A presena da hlices
fica de difcil visualizao, devido a
grande quantidade de tomos. A
mioglobina tem 1260 tomos, ou seja,
uma esfera para cada tomo, o que
dificulta a identificao das hlices. N
Uma forma alternativa

representao estilizada da hlice,
onde usamos somente os tomos da
cadeia principal, ou somente os Representao grfica: CPK
carbonos alfa, para geramos uma Cdigo de acesso PDB: 1VXA
representao grfica da estrutura.
Hlice Alfa
A representao ao lado conecta os

carbonos alfa da estrutura, o que
C
facilita a visualizao das hlices.
Vemos na estrutura diversas hlices,
num total de 8. Usamos o programa
VMD com a opo trace. O programa
representa as hlices alfa em rosa.
N

Representao grfica: trace
Cdigo de acesso PDB: 1VXA
Hlice Alfa
Programas de visualizao grfica de

macromolculas, como o VMD
C
apresentam opes de representao
em cartoons, que perde os detalhes
mas facilita a identificao de
aspectos gerais sobre a estrutura 3D
da protena, como na figura, gerada
com o VMD, com opo de N
representao grfica new cartoons.

Os laos que conectam a estrutura
no apresentam o formato helicoidal,
sendo representado por um tubo Representao grfica: new cartoon
contnuo mais fino que a fita usada Cdigo de acesso PDB: 1VXA
nas representaes das hlices.
Hlice Alfa
Outra representao grfica possvel

para as hlices e a representao em
C
cilindro, onde cada hlice indicada
como um cilindro. A figura ao lado
representa a estrutura das hlice da
mioglobina como cilindros.

Representao grfica: cartoon
Cdigo de acesso PDB: 1VXA
Hlice Alfa
A funo de armazenamento de oxignio nos msculo atribuda mioglobina de

organismos da ordem Cetacea, principalmente da subordem odontoceti e gnero
Physeteridae. A concentrao de mioglobina nos tecidos musculares desses
mamferos marinhos chega a ser aproximadamente 10 vezes maior que em mamferos
terrestres, tal reserva de oxignio importante em longo mergulhos.
Fonte:http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/accounts/pictures/Physeter_catodon.html
Hlice Alfa
A distncia, ao longo do eixo da

hlice alfa, entre dois carbonos alfa
de resduos de aminocidos 1,5
consecutivos de 1,5 . Cada volta
de uma hlice alfa apresenta 3,6
resduos, assim temos que uma volta
5,4
completa na hlice alfa leva a um
deslocamento de 5,4 , ao longo do
eixo da hlice alfa.

Eixo da hlice alfa
Hlice Alfa (3,613)
Ligao de hidrognio
1 13
4 10
6 8 11 12
2 3 7 9
5
A hlice alfa envolve ligaes de hidrognio entre o resduo i e o resduo i + 4, a

anlise do padro de ligao de hidrognio indica que o mesmo envolve um
nmero fixo de tomos da cadeia principal, ou seja, numerando-se a partir do
oxignio da carbonila at o hidrognio da amida da cadeia principal temos 13
tomos, como mostrado na figura acima. Tal caracterstica fixa da hlice alfa cria
uma notao alternativa para represent-la, a hlice alfa uma hlice 3,613, tal
notao indica que temos 3,6 resduos por volta e 13 tomos entre as ligaes de
hidrognio.
Hlice 310
Ligao de hidrognio
1
4
6 8
2 3 7 9
5
10

Alm da hlice alfa temos duas outras hlices possveis, uma com trs voltas, e 10
tomos da cadeia principal entre as ligaes de hidrognio. Essa hlice chamada
de hlice 310, sendo bem menos comum que as hlices alfa. A ligao de
hidrognio envolve uma carbonila do resduo i com o nitrognio do resduo i+3.
Hlice Pi (4,416)
Ligao de hidrognio
1
4 10 14
6 8 11 12
2 3 7 9
5 13 15 16

A terceira hlice possvel apresenta 4,4 resduos por volta e 16 tomos entre as
ligaes de hidrognio. Essa hlice chamada de hlice Pi, apresenta notao 4,416.
A ligao de hidrognio envolve uma carbonila do resduo i com o nitrognio do
resduo i+5.
Hlices
Podemos pensar a hlice alfa como uma

mola em equilbrio, onde no aplicam-se
foras. Se comprimirmos a mola que
representa a hlice alfa teremos um
encolhimento da mola, resultando na
hlice Pi (representado em vermelho). O
estiramento da hlice alfa resulta na
hlice 310, (representado em rosa). A
representao ao lado usa a
representao CPK para os tomos e

desenha uma hlice imaginria passando
pelo tomos da cadeia principal. Tal Hlice Pi
representao grfica auxilia da abstrao Hlice Alfa
do conceito de hlice e comumente
usada em programas grficos para
visualizao de protenas. Hlice 310
Fita Beta
As fitas beta apresentam uma cadeia N

principal distendida, no havendo
hlices em sua topologia. Uma cadeia
distendida, como mostrada na figura
ao lado, no possibilita a existncia
de ligaes de hidrognio, como
observadas nas hlices, contudo, tal
arranjo, libera o oxignio da carbonila
e o nitrognio da cadeia principal para

fazerem ligaes de hidrognio, com
partes distantes da cadeia peptdica,
ou mesmo, com outras cadeias
peptdicas. A condio necessria a
proximidade do par doador-aceitador. C
Folha Beta Paralela
N
A disposio prxima da fitas beta N N
possibilita ligaes de hidrognio que
fortalecem a estrutura tridimensional
da protena. O arranjo mostrado ao
lado a base para a montagem de
uma folha beta, com vrias fitas beta.
Quando as fitas que formam a folha
apontam todas na mesma direo
temos um folha beta paralela.

C C C
Ligao de hidrognio
Folha Beta Paralela
Para simplificar a representao N

grfica, normalmente usamos vetores,
N
como os indicados ao lado, para N
representar a fitas que formam a
folha. A cabea do vetor indica o C-
terminal e o incio do vetor o N-
terminal.

C C C
Folha Beta Anti-Paralela
Outra possibilidade de formarmos

folhas beta e com fitas betas
alternadas, como mostrado na figura
ao lado. Na folha ao lado temos 3
fitas beta, onde a primeira segue com
o N-terminal na parte superior, a
segunda com o C-terminal na parte
superior, e assim vo alternando-se,
num padro anti-paralelo de fitas.

Folha Beta Anti-Paralela
Na representao com vetores fica

claro a alternncia do sentido das
fitas beta.

N
Superestruturas
-Combinaes de elementos de estrutura secundria
-Podem envolver hlices e fitas-
-Caracterizam classes de protenas

Grampo Beta (Beta-Hairpin)
O grampo beta uma folha beta anti-

paralela, que por aparecer com
frequncia na estrutura de protenas
recebeu um denominao especfica.
O grampo beta caracteriza-se pela
presena de duas fitas beta prximas,
formando um pequeno trecho de
folha, como mostrado na figura ao
lado.

C
N
Grampo Alfa (Alpha-Hairpin)
O grampo alfa apresenta duas hlices

alfa contnuas, como descrito na
figura ao lado. As duas hlices esto
ligadas por um trecho da cadeia
peptdica que no segue nem uma
estrutura em fita nem em hlice,
mostrada em amarelo.

C
C
N
N
Motivo Beta-Alfa-Beta
O motivo beta-alfa-beta apresenta em N

sequncia uma fita beta, uma hlice
alfa e por ltimo uma fita beta.

C
Nveis de Estrutura Protica
Primria Secundria Terciria Quaternria

Classes Estruturais
Classe Caractersticas Examples
Estrutura secundria de hlice alfa Mioglobina

Estrutura secundria de folha beta Quimotripsina
Presena de -- PNP
+ Ausncia de -- Papana

estrutura (irregulares) Ferrodoxina
Hemoglobina
A partir da elucidao da estrutura

tridimensional da hemoglobina (uma
protena da classe alfa) foi possvel
identificar as bases estruturais da
patologia conhecida como anemia
falciforme. Esta doena caracterizada
pela mutao de um resduo de
aminocido da hemoglobina. Esta
mutao de glutamato para valina, na
posio 6 da cadeia beta.

Fonte: http://www.rcsb.org/pdb/explore/images.do?structureId=2HHB
Hemoglobina
A hemoglobina sem esta mutao (HbA)

passa facilmente pelos capilares,
realizando a liberao de oxignio nas
clulas (figura de cima). A hemoglobina
mutada (HbS), ao passar para forma
desoxigenada, muda sua forma de disco
para uma forma de foice (figura de baixo).
Tal forma mais rgida, dificultando a
circulao.

Fonte: http://sickle.bwh.harvard.edu/scd_background.html
Hemoglobina
A presena de um resduo hidrofobico

(valina) onde antes havia um hidroflico
(glutamato), cria uma poro adesiva na
superfcie da hemoglobina. Tal superfcie
adesiva promove a formao de um
polmero de hemoglobinas, como
mostrado na figura ao lado.

Fonte: http://sickle.bwh.harvard.edu/scd_background.html
Referncias
ALBERTS, B. et al. Biologia Molecular da Clula. 4a edio. Artmed editora, Porto

Alegre, 2004 (Captulo 3).
LESK, A. M. Introduction to Protein Architecture. Oxford University Press, New York,

2001.

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Covalente Responsvel por ligaes qumicas entre os tomos. Uma ligao

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Representao de tomos polares na superfcie da protena PNP.

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Ligaes de H Esta fora de origem eletrosttica, onde ocorre o compartilhamento

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A resoluo da estrutura tridimensional de protenas, por meio da tcnica de

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O grfico ao lado representa a evoluo da base de dados PDB, vemos claramente

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A estrutura tridimensional das hlices

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H vrias representaes possveis

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Na figura ao lado temos a

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A representao ao lado conecta os

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Outra representao grfica possvel

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A funo de armazenamento de oxignio nos msculo atribuda mioglobina de

A distncia, ao longo do eixo da

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A hlice alfa envolve ligaes de hidrognio entre o resduo i e o resduo i + 4, a

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Podemos pensar a hlice alfa como uma

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As fitas beta apresentam uma cadeia N

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Para simplificar a representao N

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Na representao com vetores fica

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