DNA Barcodes

Introduccin
El concepto cdigo de barras se est planteando para la identificacin de
cualquier organismo mediante su DNA; especialmente aquellos que tienen
inters econmico o estn implicados en alimentacin.

El trmino DNA Barcode es entendido como una o

varias secuencias cortas de DNA que pueden ser
descubiertas y caracterizadas para emplearse como
un marcador de identificacin nico para cada una de
las especies del planeta. La idea que est detrs es
que tenemos un cdigo de barras especfico de cada
especie, pero que puede ser extrapolable para todo
tipo de especies y todo tipo de organismos (es decir,
es universal).

Cmo se hace?

Por un lado, tenemos que tener claro que especies son

las que tenemos que analizar. Tenemos que conocer la
taxonoma y despus tenemos que procesarlo. Una
vez procesado, tenemos que encontrar una secuencia
relativamente corta que nos d informacin nica de cada una de las
especies.

Conceptos
DNA barcode: Los cdigos de barras en sentido estricto, son una o
ms secuencias gnicas cortas obtenidas de una regin estndar del
genoma que son empleadas para identificar especies. En un sentido
ms amplio, un cdigo de barras de DNA es cualquier secuencia de
DNA utilizada para la identificacin a cualquier nivel taxonmico
Biblioteca DNA barcode: es un conjunto de secuencias DNA
barcode obtenidas de especies cuyo origen taxonmico es conocido
y empleadas para comparar e identificar cdigos de barras de DNA
obtenidas de muestras desconocidas.
DNA metabarcoding: es el empleo de NGS (next generation
sequencing) para identificar multiples especies en una muestra
empleando cdigos de barras de DNA- Como todas las meta, se
emplea cuando tenemos una mezcla compleja de organismos y
especies.

Aplicaciones
La principal aplicacin es la identificacin de especies en muestras
desconocidas; sin embargo tambin sirve para cuantificar, puesto que
cuantas ms veces secuenciemos una determinada secuencia en una
muestra desconocida, ms abundante ser. Adems el empleo de las NGS

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en investigaciones de cdigos de barras genticos est permitiendo
responder a cuestiones biolgicas bsicas y a otras que no lo son tanto. Por
ltimo, uno de los usos que queremos darle es el anlisis de las trazas en
los alimentos; queremos saber qu es lo que estamos comiendo, y sobre
todo porque hay sitios que no se puede pescar.

El cdigo de barras tambin es til para hacer filogenias: hasta ahora hemos
considerado que dos individuos son de la misma especie a aquellos que
cuando se cruzan entre s dan lugar a progenie frtil. Sin embargo, los
cruces no son prcticos ni viables de forma continuada, por lo que algunas
veces lo que se hace es emplea r la taxonoma.

En animales la secuencia elegida es la que codifica para la subunidad 1 de

la citocromo c oxidasa (CO1). Esto se debe a que se trata de una secuencia
relativamente corta, de unas 600 bp que se encuentra en el genoma
mitocondrial y que permite identificar como distintas a casi todas las
especies. Sin embargo, esta no funciona ni en plantas ni en hongos, lo cual
contradice al concepto de cdigo de barras, segn el cual la secuencia
debera ser universal.

En plantas, el loci utilizado como cdigo de barras gnico es una

combinacin de rbcL de plastos, matK y trnH-psbA con un ITS nuclear
(nuclear internal transcribed spacer)

Aparentemente lo lgico sera pensar que se utilizase el RNA 16 o 18 S, sin

embargo, muchos organismos que clasificamos como distintas especies
tienen este RNA con una similitud mayor al 97%.

Uso de los cdigos de barras genticos en taxonoma

Los zologos y los taxnomos se fijan en caractersticas macroscpicas para

identificar las distintas especies, sin embargo, hay especies que se
denominan crticas puesto que aparentemente son muy parecidas a pesar
de ser de pertenecer a distintas especies. El empleo del mtodo de cdigos
de barras genticos nos permite identificarlas como distintas.

Por otro lado, en muchos casos, en algunos insectos no sabemos a qu

especie corresponden los huevos puesto que hay muchos cambios en las

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distintas fases, por lo que tambin podra ser til para la identificacin de
stos.

Tambin se est planteando su aplicacin

desde el punto de vista de la ecologa, para
conocer por ejemplo qu semillas dispersan
cada tipo de pjaro (se estudian las heces y
se ve de qu planta proceden las semillas) o
saber por qu tipo de flor tienen ms inters
las abejas, estudiando para ello de qu flor
procede el polen portan. En definitiva, el uso
de cdigos de barras de DNA permite ver interacciones entre organismos
que en el hbitat salvaje eran imposibles de estudiar.

Uso de los cdigos de barras genticos como herramienta para la

trazabilidad en alimentos

Desde el punto de vista bioqumico y biotecnlogo, nos importa saber todo

lo que tiene que ver con la trazabilidad de los alimentos, especialmente con
la comida procesada.

La validacin de la autenticidad de la comida confa especialmente en el

anlisis de protenas y/o en secuencias de DNA. Los mtodos basados en el
anlisis de protenas incluyen ensayos inmunolgicos y tcnicas
electroforticas y cromatogrficas, como por ejemplo la HPLC y la TLC. Los
mtodos basados en el DNA son ms efectivos y pueden ser utilizados
tambin en mezclas de alimentos. Adems, el DNA es ms informativo que
las protenas y puede ser fcilmente extrado incluso en forma de pequeas
trazas.

Hasta ahora lo que se haca era analizar las protenas, lo que era viable en
carne sin procesar, sin embargo, en las comidas procesadas a las que
adems se les aade conservantes, salsas y otros ingredientes, no
podamos aplicar ese mtodo.

Marcadores de DNA
Los marcadores de DNA se han convertido en el instrumento ms efectivo
en el anlisis de DNA en cultivos y en razas de animales, y tambin estn
siendo tiles para analizar las materias primas en los procesos industriales
relacionados con alimentacin.

Estos marcadores pueden dividirse en:

Marcadores basados en la hibridacin

Marcadores basados en la PCR

Sin embargo, el problema de cualquiera de ellos es la falta de

estandarizacin y universalidad. Es por ello que desde el 2003 empezaron a
hacer todo el proceso de estandarizar y encontrar secuencias que
permitiesen identificar cada una de las especies, es decir, comenzaron con

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el proyecto del DNA barcoding. Esta aproximacin trata de estudiar la
variabilidad en una regin estndar del genoma denominada DNA
barcode, por lo que necesitamos estudiar una regin del genoma lo
suficientemente variable como para diferenciar especies distintas pero lo
suficientemente igual como para reconocer individuos de una misma
especie.

Un cdigo de barras gentico ideal requiere dos caractersticas

fundamentales:

Cobertura taxonmica alta, es decir, cubrir taxonmicamente muchas

especies (tiene que ser universal)
Alta resolucin

Otro de los principios generales de estas secuencias es que deben tener una
variabilidad intraespecfica muy baja y una variabilidad interespecfica alta.

La idea del uso del cdigo de barras en la industria es la identificacin de los

organismos para asegurar los estndares de calidad en la industria
alimentaria y de mercado. El uso de cdigos de barras de DNA es efectivo
para certificar tanto el origen como la calidad de las materias primas y as
poder detectar adulteraciones, como por ejemplo la mezcla de materias
primas procedentes de distintos animales sin que haya constancia de ello.
Este tipo de situaciones en muchos casos es premeditado y otras veces es
casualidad, por lo que tenemos que establecer un umbral para considerarlo
traza o fraude. Tiene que tener por tanto una capacidad de cuantificacin.

Es un mtodo muy exitoso cuando se aplica a especies marinas puesto que

en comparacin con otras fuentes de animales el nmero de especies es
muy alto. Adems, en estos organismos la identificacin molecular puede ir
ms all que hasta la identidicacion de especies, permietiendo en algunos
casos la identificacin de variedades locales y por tanto identificando el
origen de los productos.