PRINCIPIOSDETAXONOMAEIDENTIFICACINBACTERIANA

Taxonoma: Ciencia de la clasificacin biolgica

Taxonoma:Cienciadelaclasificacinbiolgica
Clasificacin:estructuracindelosorganismosengrupos(taxones)
Subdisciplinas Nomenclatura:asignacindenombresalosgrupostaxonmicossegnnormasestablecidas
Identificacin:determinacindelapertenenciaonodeunmicroorganismoauntaxn
Identificacin: determinacin de la pertenencia o no de un microorganismo a un taxn

Fenotpica (Sistemafentico).Comparacindeunaltondecaracteres
Taxonomapolifsica.Clasificacin Filogentica:relacionesevolutivas.Utilizacindecronmetrosmoleculares
G
Genotpica:semejanzasgenticas.Comparacindegenomascompletoso
t i j ti C i d l t
genesindividuales
*Taxonomanumrica:agrupamientoentaxonesmediantetratamientoinformticodeunaltondecaracteres
(fenotpicosclsicosomoleculares)determinandoconcordanciadecaracteresentredosmicroorganismos

Coeficientedeasociacinparadosorganismos:

OrganismoB
1 0
1 presenciadelcarcter//0 ausenciadelcarcter
1 ab
OrganismoA a:ndecaracterespresentesenambos
0 cd b+ c:ndecaracterespresentesenunosolodeellos
d:ndecaracteresausentesenambos

a+d
Coeficiente de emparejamiento simple (SSM)=
Coeficientedeemparejamientosimple(S )=
a+b+c+d
 AGRUPAMIENTOSOBTENIDOSAPLICANDOTAXONOMANUMRICA

MATRIZDESIMILITUD DENDOGRAMA
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**Losorganismosseagrupanenfuncindesugradodesimilitud:fenn
Los organismos se agrupan en funcin de su grado de similitud fenn (fenn 90:semejanzaigualo
90 semejanza igual o
superioral90%,fenn 70:semejanzaigualosuperioral70%...)
*Losfenones formadosenunasemejanzadel80%suelenequivaleraespecie,peroenocasioneses
difcilcompaginarestosdatosconlasclasificacionestaxonmicasclsicasexistentes.
RANGOSTAXONMICOS(estructurajerrquicasinsuperposiciones):
Dominio/Phylum /Clase/Orden/Familia/Gnero/Especie(*enalgunoscasostambinSubespecie)

Nomenclatura:Sistemabinomial

*Enorganismossuperiores,Especie:gruposdepoblacionesnaturalesquepuedencruzarseentresiyqueestn
reproductivamenteaisladasdeotrosgrupos
Especie procariota: coleccin de cepas que comparten un alto nderasgos
Especieprocariota:coleccindecepasquecompartenunalton de rasgos establesyquedifierendeforma
estables y que difieren de forma
significativadeotrosgruposdecepas.
Cepa:descendientesdeuncultivomicrobianopuro
Cepatipo:unadelasprimerascaracterizadasymejorestudiadadelaespecie,sirvedereferenciaparaesaespecie

*Publicacinnuevasespecies:InternationalJournal ofSystematic andEvolutionary Microbiology

TCNICASEMPLEADASENLATAXONOMAYFILOGENIAMICROBIANAS:
Enfoqueclsico:caractersticasmorfolgicas,bioqumicas,fisiolgicas,genticas,ecolgicas..
q g , q , g ,g , g
Caractersticasmorfolgicas: Caractersticasfisiolgicas ymetablicas:

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Caractersticasecolgicas:
Preferenciasdehabitat:necesidadesdet,pH,oxgeno,concentracinosmtica
Naturalezadelasrelacionessimbinticas
Capacidaddecausarenfermedadenunhospedadorespecifico

Caractersticasgenticas (intercambiodegenesportransformacin,conjugacin,transduccin)
Transformacin:Indicarelacinmuyestrecha,normalmenteentreespeciesdeunmismognero(entregneros
distintosesmuyinfrecuente)
*Perolaausenciadetransformacinno sirveparaindicarfaltaderelacin,puedeserdebidaaotrosfactores
Conjugacin:Indicaproximidad(Escherichia soloconjugaconalgunosdelosotrosgnerosdeEnterobacterias)
Enfoquemolecular:estudiodelasecuenciadeDNA,RNAyprotenas

ContenidodeG+C(%)(composicindebasesdelDNA)
Sedeterminaapartirdelpuntodefusin(Tm)delDNA
AT,GC :> %G+C> Tm
altavariabilidad%G+Cmicroorganismos(25%80%)
alta variabilidad % G+C microorganismos (25% 80%)
diferencias>10%:genomasconsecuenciasmuydiferentes
*pero%similaresno indicansecuenciasDNAsimilares
utilidadenconfirmarclasificacionesprevias:
sihaygrandesdiferencias%G+Centreorganismosdeunmismotaxndeberadividirse
entreEspeciesdelmismoGnero variacin%G+C<10%

ssDNA

dsDNA

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 Hibridacindecidosnucleicos
ssDNA (obtenidopordesnaturalizacin)sereasociadandodsDNA sihaycomplementariedad entresusbases

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 Secuenciacindecidosnucleicos
SSUrRNA(rRNA16Sprocariotas,rRNA18Seucariotas):
p
mismafuncinentodoslosorganismos
evolucinlenta
noestnsometidosatransferenciagenticahorizontal
diferenciasdesecuencia>3%:diferentesespecies(~<7075%hibridacinDNAgenmico)
>5%:diferentesgneros
variables:comparacinorganismosrelacionados
anlisissecuencias
estables:comparacinorganismosdeparentesco
p g p
lejano

RibosomalDatabaseProject:>3.200.000secuencias
( p
(http://rdp.cme.msu.edu/)
p )
*AmplificacinporPCRgenquecodificarRNA(rDNA)(sepuede
obtenertambindemicroorganismosnocultivados)
Secuenciasfirma(secuenciassignatura):secuenciascortas
id tifi ti
identificativasdeungrupofilogenticoconcreto
d fil ti t

Anlisisdesecuenciamultilocus (MLST):
secuenciacinde57genesimplicadosenmantenimientocelular
tasadeevolucinmsrpidaqueSSUrRNA:diferenciasanivel
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decepaoespecie
Comparacindegenomas
*seconocelasecuenciacompletademasde>30.000degenomas
se conoce la secuencia completa de mas de > 30.000 de genomas
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4361730/pdf/10142_2015_Article_433.pdf)
 HuelladeDNA(DNAfingerprint) (diferenciasaniveldecepaoespecie)
Ribotipado
DigestinDNAgenmicoconendonucleasas derestriccinyseparacin
delosfragmentosmedianteelectroforesis
HibridacinconunasondadeSSUrDNA (codificaSSUrRNA)
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Polimorfismosdelongituddefragmentosamplificados(AFLP)
DigestinDNAgenmicoconendonucleasasderestriccin
AmplificacindelosfragmentosporPCR,separacinenelectroforesisycomparacindepatronesderestriccin
*Endonucleasas
Endonucleasasderestriccinreconocensecuenciasespecficas(patrnfragmentossecuencianucletidos)
de restriccin reconocen secuencias especficas (patrn fragmentos secuencia nucletidos)

AmplificacinporPCRsecuenciasrepetitivas(repPCR)
*Secuenciasrepetidasaltamenteconservadas:elementosBOX,Secuenciasconsensorepetitivasintergnicas de
enterobacterias (ERIC),

Electroforesis
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 Secuenciacindeprotenas
Comparacindelasecuenciadeaminocidosdeprotenasconigualfuncin
Seutilizanprotenascuyasecuenciaexperimenteuncambiolento(citocromos,histonas,protenasde
S ili i i bi l ( i hi d
choquetrmico)
*Lavelocidaddecambiodelasecuenciadeunaprotenadependedesufuncin
Porcadaposicinveinteaminocidosproporcionanmayorinformacinquecuatronucletidos
Mayordificultadtcnicaquelasecuenciacindecidosnuclicos
M difi l d i l i i d id li
*Sepuedenusarmtodosindirectosparalacomparacindeprotenas:movilidadelectrofortica,unin
aanticuerpos

NIVELDERESOLUCINDELAS
NIVEL DE RESOLUCIN DE LAS
DIVERSASTCNICAS

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RBOLFILOGENTICOUNIVERSAL(comparacinsecuenciasSSUrRNA)
( p )

Copyright2004Pearson EducacinSA
RBOLFILOGENTICOUNIVERSAL(comparacinsecuenciasSSUrRNA)

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LUCA:Last UniversalCommon Ancestor
Bergey's ManualofSystematicBacteriology2ndEdition
PublishedbySpringer,NewYork

Volume 1(2001)
TheArchaea andthedeeplybranchingandphototrophicBacteria
ISBN0387987711

Volume 2(2005)
The Proteobacteria
ISBN0387950400

Volume 3(2009)
The Firmicutes
ISBN0387950419

Volume 4(2010)
The Bacteroidetes,Spirochaetes,Tenericutes (Mollicutes),Acidobacteria,Fibrobacteres,Fusobacteria,Dictyoglomi,
Gemmatimonadetes,Lentisphaerae,Verrucomicrobia,Chlamydiae,andPlanctomycetes
ISBN0387950426

Volume 5(2012)
The Actinobacteria
ISBN0387950427
Bergey's ManualofSystematicBacteriology1stEdition
JohnG.Holt,EditorinChief
Williams&Wilkins,Baltimore,MD

Published in4volumes:
Volume 1(1984)
Gramnegative Bacteriaofgeneral,medical,or industrialimportance
ISBN 0 683 04108 8
ISBN0683041088

Volume 2(1986)
GrampositiveBacteriaotherthanActinomycetes
ISBN 0 683 07893 3
ISBN0683078933

Volume 3(1989)
Archaeobacteria,Cyanobacteria,andremainingGramnegativeBacteria
ISBN 0 683 07908 5
ISBN0683079085

Volume 4(1989)
Actinomycetes
ISBN 0 683 09061 5
ISBN0683090615