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TEMA 8
CIDOS NUCLEICOS
Georgette Fragoso
Jos Miguel Gmez
Argelis Kurz
Csar Louis
Mayo 2016
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ESTRUCTURA GENERAL DE LOS RIBONUCLETIDOS Y
DESOXIRRIBONUCLETIDOS
Nucletidos:
Se definen como molculas orgnicas constituidas por una base
nitrogenada, una pentosa y un grupo fosfato.
Ribonucletido:
Es un nucletido cuya pentosa es la ribosa. Constituyen al ARN.
Desoxirribonucletidos:
Son los monmeros que constituyen el ADN. Poseen en su estructura
a la desoxirribosa.
Elementos constituyentes:
Bases nitrogenadas que pueden ser:
Purinas: Estn compuestos por dos anillos fusionados
-Adenina (A)
-Guanina (G)
Un grupo fosfato
Enlace fosfodister
Puentes de hidrogeno
Fuerzas de Van der Walls
Fuerzas de apilamiento
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ESTRUCTURA PRIMARIA DE LAS CADENAS POLINUCLEOTDICAS
Tipos de nucletidos que constituyen las cadenas de cido
Desoxirribonucleico (DNA) y cido ribonucleico (RNA)
Estos son los ribonucletidos y desoxirribonucletidos que
fueron definidos anteriormente. Como se puede observar en el
Cuadro 1, los desoxirribonucletidos son representados por una letra
d minscula seguido de las iniciales del nucletido.
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DESCRIBIR LA ESTRUCTURA DEL DNA
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Solenoide: empaquetamiento que sufre la fibra de cromatina para
formar una fibra de 300 nm. Los solenoides a su vez se empaquetan
an ms formando los cromosomas.
Cromosoma: Condensacin del ADN. Molcula de ADN
extremadamente compactada. El ser humano tiene 23 pares y cada
uno tiene una forma caracterstica. 22 pares son autosomas y 1 par
es sexual. Vase los niveles de organizacin del ADN en la Figura 2.
Figura 2. Niveles
de organizacin del ADN. Tomado de
http://recursos.cnice.mec.es/biosfera/alumno/2bachillerato/biomol/con
tenidos18.htm
REPLICACIN DEL ADN
Replicacin.
La replicacin es el proceso mediante el cual las hebras de ADN
son desenrolladas con el fin de cada una de ellas sirva de molde para
elaborar una cadena complementaria, llegando as a la duplicacin
del ADN.
G1, S, G2, M.
Punto de origen:
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Eucariotas: Mltiples puntos de origen
Compleja:
Iniciador
DNA Polimerasa
Helicasa girasa
SSB
Primasa
DNA Polimerasa I
Ligasa
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CARACTERSTICAS DE LAS DNA POLIMERASAS
DNA polimerasa III: Extiende los cebadores (sintetiza la
mayora del DNA)
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Despus interviene la ADN polimerasa III, que a partir de este
cebador comienza a sintetizar en direccin 5 3 una hebra de
ADN partir de nucletidos trifosfato. La energa necesaria para
el proceso es aportada por los propios nucletidos que pierden
dos de sus fsforos. Esta nueva hebra se sintetiza en el sentido
que se abre la horquilla de replicacin, es de crecimiento
continuo y se denomina hebra conductora.
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complementaria y eso permite que la polimerasa en la cadena de
ADN comience la elongacin o extensin de la molcula de ADN.
SENTIDO DE LA REPLICACIN
La replicacin siempre se realizara en direccin 53
FIDELIDAD DE LA REPLICACIN
La replicacin es un proceso extraordinariamente fiel; la
secuencia de nucletidos ha de estar conservada de unas clulas a
otras: si tenemos una clula, cuando se divida va a dar dos clulas
con un material gentico en cada una idntico al de la primera, en
tamao y en secuencia; si no fuera as se pondra en peligro la
supervivencia de la clula y por lo tanto de la especie. Esto es ms
importante an pues el DNA slo se replica una vez. Cmo se
consigue esta fidelidad? La tasa de errores de las DNA polimerasas
es muy baja, adems tienen asociada una actividad correctora de
errores (exo 3' 5) que aumenta an ms su fidelidad (son las
nicas enzimas que poseen esta capacidad). Ejemplo: E. coli (cepa
k12).
TRANSCRIPCIN
Proceso mediante el cual los genes que se encuentran en el
ADN de los cromosomas son selectivamente localizados,
reconocidos y transcritos, produciendo ARN mensajero, ribosomal
(estructural) y de transferencia (adaptadores). Puede ser descrito
como mecanismo bsico de complementariedad de bases,
aadidas en forma gradual, unidireccional y antiparalela, sin
necesidad de un iniciador y acoplada a la hidrlisis del pirofosfato.
UBICACIN SUBCELULAR DEL PROCESO DE
TRANSCRIPCION EN CLULAS PROCARIOTAS Y EUCARIOTAS
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Definir gen
Los genes son unidades funcionales del ADN celular,
encargados de codificar ARN, la cadena intermedia que la clula usa
para fabricar protenas. El gen es tambin la unidad de
almacenamiento de informacin del organismo, que se transmite a la
descendencia mediante los cromosomas.
Comparar la estructura de los genes procarioticos y
eucarioticos
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Comparar los distintos tipos de RNA de acuerdo a su
estructura
Mensajero (mRNA),
Ribosomal (rRNA),
Transferencia (tRNA),
Heterogneo Nuclear (hnRNA),
Pequeo Nuclear (snRNA)
El ARN se compone de una cadena de nucletidos, que a su vez se
componen de un azcar ribosa, una base y un fosfato. Esto es vlido
para los tres grupos de molculas de ARN. Las bases de ARN son
adenina, citosina guanina y uracilo. A diferencia de la estructura de
doble hlice del ADN, el ARN es una sola cadena de nucletidos. Sin
embargo, en el ARNm y ARNt, las hebras se pliegan para formar
estructuras ms complicadas con tallos y bucles. Estas estructuras
dan soporte a las funciones de las molculas al proporcionar sitios
para la interaccin con las protenas, aminocidos u otras molculas
de ARN.
Comparar los distintintos tipos de RNA de acuerdo a su
funcin
Mensajero (mRNA), Ribosomal (rRNA),
Transferencia (tRNA), Heterogneo
Nuclear (hnRNA), Pequeo Nuclear (snRNA)
El ARNm contiene el cdigo gentico que determina el patrn de
aminocidos necesarios para crear una protena. La cadena de ARNm
es una replicacin del segmento de ADN que codifica para esa
protena. Este cdigo se compone de cadenas de codones, que son
conjuntos de tres bases adyacentes en la cadena de ARNm. Los
codones piden aminocidos especficos. El ARNt trae los aminocidos
apropiados para el ARNm, basndose en los codones presentes. El
ribosoma, que contiene ARNr, despus se mueve a lo largo del ARNm
e inserta los aminocidos llevados por el ARNt para ensamblar la
protena.
Describir las caracteristicas generales de la transcripcin
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Asimtrica, parcial, continua, conservativa (el ADN utilizado va a
permanecer intacto),
sentido: 3-5, unidireccional: 5-3.
Enumerar los requerimientos necesarios para llevar a cabo el
proceso de transcripcin
La transcripcin es el proceso bioqumico de la transferencia de
la informacin en una secuencia de ADN a una molcula de ARN. La
molcula de ARN puede ser el producto final o, en el caso de ARN
mensajero (ARNm), se puede utilizar en el proceso de traduccin para
producir protenas. La ARN polimerasa es una protena compleja que
lleva a cabo el trabajo principal de la lectura de un molde de ADN y la
sntesis de ARN aunque tambin son necesarias las protenas
accesorias. La transcripcin tiene tres grandes fases: iniciacin,
elongacin y terminacin
Iniciacin
Justo antes del inicio, la ARN polimerasa y las protenas
accesorias se unen a una molcula de ADN arriba del punto de inicio.
El ADN se desenrolla para separar y exponer la hebra que se
transcribe. Entonces, el complejo de ARN polimerasa se une a una
secuencia promotora, que establece el inicio de la transcripcin. La
polimerasa comienza a sintetizar una hebra de ARN complementario
a un lado de la de ADN, entrando en la porcin de la secuencia
codificante del gen que se transcribe.
Elongacin
Durante la elongacin, el alargamiento de una molcula de ARN
se produce por la polimerasa del ADN, que lee el cdigo de tripletes
de ADN en la plantilla de hebra. La polimerasa seguir la lectura de la
plantilla hasta que alcance una secuencia que proporciona
una seal que indica que la regin transcrita lleg a su fin. Otro ARN
polimerasa se puede unir a la promotora para comenzar la sntesis de
otros ARN antes de que el primero haya terminado.
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Terminacin
Factores de transcripcin
Regulacin de la transcripcin
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formado por lariat-intrn-exn. En el complejo casi no hay producto
empalmado, lo que sugiere que al corte del sitio 3' y al empalme de
los exones les sigue inmediatamente la liberacin del producto. Al
igual que el ribosoma, el spliceosoma depende de interacciones RNA-
RNA as como protena-RNA y protena-protena. Algunas reacciones
requieren que sus RNAs apareen sus bases directamente con
secuencias del RNA que est sometido al splicing; otras reacciones
necesitan reconocimiento entre los snRNPs o entre sus protenas y
otros componentes del spliceosoma.
Modificaciones post-transcripcionales de los rRNA y de los
tRNA en eucariotas
Modificacin post-transcripcional o modificacin Co-
transcripcional es un proceso en biologa celular por el cual, en
clulas eucariotas, el ARN transcrito primario se convierte en el ARN
maduro. Un ejemplo notable es la conversin de ARN mensajero
precursor en el ARN mensajero maduro (mRNA), que incluye el
splicing (empalme) y se produce antes de la sntesis de protenas.
Este proceso es vital para la traduccin correcta de los genomas de
eucariotas, incluyendo seres humanos, debido a que el transcrito de
ARN primario que se produce, como resultado de la transcripcin,
contiene tanto exones, que estn, ya sea codificando secciones de la
transcripcin o son secuencias importantes que intervienen en
traduccin, e intrones, que son las secciones no codificantes del
transcrito de ARN primario.
Proceso mRNA
La molcula pre-mRNA pasa por tres modificaciones principales
que son: nivelacin, poliadenilacin y empalme RNA que ocurren en
el ncleo celular antes de que el RNA sea traducido
Nivelacin de la pre-mRNA implica la adicin de 7-
metilguanosina (m7G) al extremo 5'. Para lograr esto, el terminal
fosfato 5 requiere la eliminacin, que se realiza con la ayuda de una
enzima fosfatasa. La transferasa guanosil enzima cataliza a
continuacin la reaccin, que produce el fin difosfato 5. El difosfato de
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extremo 5 'a continuacin, ataca el tomo de fsforo alpha de una
molcula de GTP con el fin de aadir el resto de guanina en un 5'5'
enlace trifosfato. La enzima (guanina-N7 -) - metiltransferasa ( "cap
MTasa") transfiere un grupo metilo de la S-adenosil metionina al anillo
guanina. Este tipo de tapa, con slo el (m7G) en la posicin que se
llama una tapa. 0 estructura. La ribosa del nucletido adyacente
tambin puede ser metilado para dar un tapn. La metilacin de
nucletidos aguas abajo de la tapa productos molcula de ARN 2, la
tapa 3 estructuras y as sucesivamente. En estos casos los grupos
metilo se aaden a los 2 grupos OH del azcar ribosa. La tapa protege
el extremo del transcrito de ARN primario del ataque de ribonucleasas
que tienen especificidad a la 3'5 'el 5 enlaces fosfodister.
Procesamiento
La escisin y poliadenilacin
La poliadenilacin
El procesamiento de pre-ARNm en el extremo 3 'de la molcula
de ARN implica la escisin de su extremo 3' y a continuacin, la
adicin de alrededor de 250 residuos de adenina para formar una cola
de poli (A). Las reacciones de escisin y de adenilacin se producen si
una secuencia de seal de poliadenilacin (5 'AAUAAA-3') est
situado cerca del extremo 3 'de la molcula de pre-ARNm, que es
seguido por otra secuencia, que normalmente es (5'-CA- 3 ') y es el
lugar de la divisin. Una secuencia GU-ricos tambin suele estar
presente ms aguas abajo en la molcula de pre-mRNA. Despus de
la sntesis de los elementos de la secuencia, dos protenas de
mltiples subunidades llamadas de escisin y el factor de
poliadenilacin especificidad (CPSF) y el factor de estimulacin de
escisin (CstF) se transfieren a partir de ARN polimerasa II de la
molcula de ARN. Los dos factores se unen a los elementos de la
secuencia. Una protena de formas complejas que contiene factores
de escisin adicionales y la enzima poliadenilados de la polimerasa
(PAP). Este complejo escinde el ARN entre la secuencia de
poliadenilacin y la secuencia de GU-rico en el sitio de escisin
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marcado por las secuencias (5 '-CA-3'). El poli (A) polimerasa
entonces aade alrededor de 200 unidades de adenina al nuevo
extremo 3 'de la molcula de ARN usando ATP como un precursor.
Como se sintetiza el poli (A) de la cola, se une mltiples copias de poli
(A) la protena de unin, que protege el extremo 3 'de la digestin de
ribonucleasa.
Empalme de ARN
Empalme de ARN es el proceso por el cual los intrones, regiones
de ARN que no codifican protenas, se eliminan de la pre-mRNA y los
exones restantes conectados a volver a formar una sola molcula
continua. Aunque la mayor parte de empalme de ARN se produce
despus de la sntesis completa y al final de la nivelacin de la pre-
ARNm, transcripciones con muchos exones pueden empalmarse co-
transcripcionalmente. La reaccin de empalme es catalizada por un
gran complejo de protenas llamado el splicesosoma ensamblado a
partir de protenas y pequeas molculas de ARN nucleares que
reconocen sitios de empalme en la secuencia de pre-mRNA. Muchos
pre-ARNm, incluyendo aquellos que codifican anticuerpos, se puede
empalmar en mltiples formas de producir diferentes ARNm maduros
que codifican diferentes secuencias de protenas. Este proceso se
conoce como corte y empalme alternativo, y permite la produccin de
una gran variedad de protenas a partir de una cantidad limitada de
ADN.
Qu es un polirribosoma?
Es una estructura multirribosmica la cual presenta una
secuencia lineal de ribosomas los cuales se mantienen unidos por el
mRNA, estos polirribosomas constituyen complejos activos en la
sntesis proteica celular y son capaces de incorporar aminocidos a
los polipptidos.
Comparacin entre replicacin y transcripcin:
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-Es unidireccional ya que se lee 5-3
-Carece de solapamiento, es decir los tripletes no comparten bases
nitrogenadas.
-Esta degenerado, pues hay varios tripletes para un mismo
aminocido, es decir, hay codones sinnimos.
Requerimientos para llevar a cabo la traduccin:
mRNA: proporciona informacin sobre el orden de los aminocidos
con su secuencia de nucletidos.
Ribosomas: son clomplejos de ribo nucleoproteinas y consisten en dos
subunidades una mayor y una menor.
tRNA:funciona como adaptador entre aminocidos y mRNA
Aminocidos activados: para sintetizar un polipptido existen 2
procesos
-El grupo carboxilo de cada aa debe ser activado para facilitar la
formacin del enlace polipeptdico.
-Cada nuevo aa debe ser incorporado de acuerdo con la informacin
contenida en el mRNA.
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adenina y guanina y forman una hlice alrededor de las protenas. El
pre rRNA da tres formas de rRNAs maduros (28S, 18S y 5,8 S); junto
al 5S.
Subunidad mayor: es 50 S. Est formada por dos molculas de ARN,
una de 23 S y otra de 5 S. Adems hay 34 protenas bsicas de las
cuales slo una se repite en la subunidad menor.
Subunidad menor: es de 30 S y tiene una molcula de ARNr de 16 S
adems de 21 protenas.
En cambio, en las clulas eucariotas, los ribosomas son 80 S. Su peso
molecular es de 4.200 Kd. Contienen un 40% de ARNr y 60% de
protenas. El pre-rRNA forma los 16S, 28S, y 5S los cuales forman el
ribosoma de las procariotas.
Subunidad mayor: es 60 S. Tiene tres tipos de ARNr: 5 S, 28 S y 5,8 S
y tiene 49 protenas, todas ellas distintas a las de la subunidad menor.
Subunidad menor: es 40 S. Tiene una sola molcula de ARNr 18 S y
contiene 33 protenas.
Estructura terciaria del tRNA
Tiene forma de L, sus extremos 3 y 5 se encuentran juntos en
su estructura terciaria formando el denominado brazo aceptor, el cual
tiene una secuencia de bases CCA que es indispensable para el
reconocimiento y unin del aminocido especfico al grupo OH-
terminal a quien activa y lo transporta al ribosoma. El otro extremo es
el brazo del anticodn, el cual reconoce al triplete de bases del
mRNA. El anticodn es la secuencia de bases complementaria al
triplete de bases del mRNA. El proceso de reconocimiento se lleva a
cabo en el ribosoma, al reconocerse, el aminocido que es
transportado por el tRNA se unir a la cadena polipptida en
formacin. Su brazo D sirve para reconocer la aminoacil tARN
sintetasa (hay una para cada aminocido), la cual se encargar de
unir el aminocido a la secuencia CCA del brazo aceptor del tRNA. Su
brazo TC tiene un sistema de reconocimiento que sirve para que el
tRNA sea llevado hasta el ribosoma.
Describir el proceso de activacin de los aminocidos
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Las aminoacil tRNA sintetasa son las que llevan el papel ms
importante en el proceso de transcripcin, como se dijo
anteriormente existe una para cada aminocido. Ellas se encargan de
cambiar el anticodn a cdigo del aminocido. La activacin de los
aminocidos consiste en la unin de cada aminocido a su ARN-t
especfico mediante la intervencin de la aminoacil-ARN-t sintetasa y
el aporte de energa del ATP.
La unin del aminocido al ARN-t tiene lugar por el extremo 3'
del ARN-t. Las aminoacil-ARN-t-sintetasas tienen tres sedes distintas,
una para el reconocimiento del aminocido, otra para el ARN-t y otra
para el ATP. El ARN-t se une a la aminoacil-ARN-t-sintetasa a travs
del lazo dihirouracilo (DHU).
Explicar mecanismo de traduccin de las procariotas
El mRNA se introduce a la subunidad menor y el tRNA tomar
lugar en la subunidad mayor. El inicio tomar lugar en el sitio P. El
primer aminoacil tRNA ir al sitio P en donde el anticodn se unir al
codn del mRNA. El segundo aminoacil tRNA ir al sitio A, el
anticodn se unir al codn y el GTP que se encuentra en EF-TU se
hidroliza y se disocia en GDP Y Pi. El ribosoma se encargar de
catalizar la formacin del enlace peptdico entre los dos aminocidos.
La subunidad mayor se mover en el sentido en el que el sitio A se
encuentre libre. El EF-G se dirige al ribosoma y el GTP que contiene se
hidroliza, dando as la energa necesaria para que la subunidad menor
se mueva en el mismo sentido que la subunidad mayor. Al ocurrir esto
el nuevo aminoacil tRNA podr ser recibido en el sitio A y el tRNA que
antes estaba en la posicin P pero que ahora est en el sitio E es
liberado. Este proceso terminar cuando tota la cadena de mRNA es
traducida.
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Se define como un cambio de la cadena lineal de aminocidos
sintetizada por el ribosoma en donde esta cadena sufre un
plegamiento para poder llegar a una conformacin tridimensional y
llevar a cabo sus funciones. Se agregan grupos que le darn la
funcionalidad a la protena, entre los cuales podemos encontrar
grupos fosfato, metilo, hidroxilo, acetilo, carboxilo, amino, entre otros.
Luego de plegarse y poseer estos grupos se dice que la protena ya es
funcional.
Modificaciones post traduccionales del colgeno
Se agregan grupos OH- al colgeno mediante la enzima hidroxilasa.
La mayora de los residuos de lisina y prolina son hidroxilados
quedando transformados en hidroxiprolina e hidroxilisina. Cuando las
fibras colgenas llegan al Golgi, el sistema de glicosiltranferasas fija
pequeas cadenas polisacridas a los residuos de hidroxilisina. En los
sculos del Golgi tres cadenas se acercan para formar as la triple
hlice. Luego de esto se pasa a la etapa extracelular de la sntesis del
colgeno.
Mutacin
Una mutacin se define como todo cambio que afecte al
material gentico. Pueden clasificarse segn cmo son provocadas y
segn la extensin.
Mutacin molecular (Gnica)
Son aquellas en las que se altera la secuencia de nucletidos.
Esta se puede dar por sustitucin, adicin o prdida de nucletidos.
Sustitucin de pares de bases: Puede darse por transiciones o
transversiones.
Transiciones: cambio de una base prica por otra prica o
pirimdica por pirimdica.
Transversiones: cambio de una base prica por una
pirimdica o viceversa.
Adicin: insercin de nucletidos.
Prdida: Eliminacin de nucletidos.
Estas dos ltimas cusan un corrimiento en la lectura.
Posibles consecuencias por mutacin a nivel de sntesis
de protenas
23
El codn ha sido cambiado y por lo tanto el anticodn ser
distinto, lo que querr decir que el aminocido utilizado ser
distinto y por ende la estructura de la protena.
Mutacin silente: Se refiere a un cambio en la secuencia de
bases pero en donde aun habiendo un cambio el triplete de
bases sigue codificando para el mismo aminocido.
Mutacin con prdida de sentido: Es un cambio en la secuencia
de las bases del ADN en donde se crea un triplete distinto que
codificar para otro aminocido (incorrecto).
Mutacin sin sentido: Cambio de bases del ADN en donde el
triplete nuevo determina la seal de fin, por lo cual la protena
dejar de ser sintetizada a partir de ese punto.
Hemoglobina falciforme. Mutacin puntual.
La hemoglobina S tiene una secuencia de aminocidos distinta
a la hemoglobina A. Existe un cambio entre el cido glutmico
(Hemoglobina A) por valina (Hemoglobina S).
El cido glutmico a pH fisiolgico tiene carga negativa
mientras que la valina tiene carga neutra. Esto causa que los
aminocidos con carga + que estaban unidos al cido glutmico
se separen y que los que estaba alejados con carga se
acerquen causando as una estructura diferente.
El hecho de que el cido glutmico haya sido cambiado por
valina significa que hubo en cambio referente a las bases del
ADN y que el triplete que antes codificaba para cido glutmico
ahora codifique para valina. En el siguiente cuadro se
observarn los codones que codifican para cada uno de estos
aminocidos. (Ver cuadro 2).
Valina cido Glutmico
GUU GAA
GUC GAG
GUA
GUG
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BIBLIOGRAFAS
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