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Le prime cellule vennero scoperte da Hooke che guardando del sughero al microscopio
vide le celle dove un tempo risiedevano le cellule.
ORGANIZZAZIONE BIOLOGICA
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Popolazione: membri della stessa specie che vivono in una stessa aerea.
Nomenclatura binomia: Inventata da Carlo Linneo prevede: il nome del genere + termine
specifico.
EVOLUZIONE CELLULARE
La Terra si formata 4,5 miliardi di anni fa, mentre i fossili pi antichi risalgono a 3,5
miliardi di anni fa e i primi eucarioti a 2 miliardi di anni fa.
Sulla terra originariamente non cera ossigeno libero, lenergia era fornita dal sole e da
scariche elettriche e gli elementi pi presenti erano: metano, ammoniaca, idrogeno, acqua,
solfuro, azoto e anidride carbonica. Da questi elementi partita levoluzione chimica:
RNA si autoreplica
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RNA inizia ad essere utilizzato come stampo per sintetizzare proteine
Alcune proteine con funzione enzimatica hanno portato alla formazione di DNA
Fosfolipidi sfruttando la loro propriet anfipatica si sono organizzati a doppio strato
per separare alcune molecole dallambiente esterno
Alcune cellule iniziarono ad attuare la fotosintesi (futuri cloroplasti) altri ad
utilizzare ossigeno per degradare molecole (futuri mitocondri)
Le prime cellule eucariote si formarono attraverso invaginazioni della membrana
plasmatica che causarono la formazione di organuli con membrana, e attraverso
lendosimbiosi, che consiste nellinglobamento di alcune cellule procariotiche
(come i mitocondri) allinterno di cellule eucariotiche ancestrali.
A supporto della teoria endosimbiotica sta il fatto che i mitocondri presentano una doppia
membrana e del DNA circolare.
Le biomolecole sono la materia prima di cui sono costituite le cellule del nostro corpo
(composte principalmente da sponch come carbonio, idrogeno, ossigeno, azoto, fosforo,
zolfo) e sono suddivise in: zuccheri, lipidi, proteine e acidi nucleici. Le biomolecole pi
grandi sono dette polimeri, che derivano dallunione di pi monomeri. Le cellule spesso
devono sintetizzare o demolire dei polimeri: per sintetizzarli ricorrono alla
condensazione in cui per ogni coppia di monomeri che si unisce viene eliminata una
molecola dacqua; per demolirli invece ricorrono allidrolisi che rompe una molecola in
due sub unit aggiungendo molecole dacqua.
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PREREQUISITI
Tutte le sostanze della materia sono formate da atomi, in cui il nucleo formato da
neutroni e protoni (caricati positivamente) e attorno ad esso negli orbitali ci sono gli
elettroni (molto piccoli e di carica negativa).
Il numero atomico di un atomo il suo numero di protoni, mentre la sua massa
atomica il numero dei protoni + quello dei neutroni.
La distribuzione degli elettroni nei gusci esterni dellatomo condizione come due
diversi atomi possono interagire tra di loro. Il primo guscio pu contenere solo due
elettroni perch ha un solo orbitali, mentre il secondo e il terzo ne contengono fino ad
8 perch hanno pi orbitali. Un atomo che ha lo strato pi esterno inerte. Atomi che
non hanno lo stato esterno completo potranno raggiungere questo stato perdendo o
acquistando elettroni con un legame ionico o condividendo elettroni con un legame
covalente.
Gli orbitali:
Primo guscio: 1 orbitale s
Secondo guscio: 1 orbitale s e 3 orbitali p
N.B. lorbitale energetico 4s pi basso di 3d, quindi viene riempito prima il 4s. Nella
cellula per non abbiamo atomi che arrivano a questi orbitali
Principio di minima energia: ogni elettrone deve occupare il livello e lorbitale
disponibile che ha la minima energia.
Principio di Pauli: al massimo due elettroni per orbitale con spin diverso
Un legame chimico un legame che permette agli atomi di legarsi tra di loro e formare
molecole. Secondo la teoria di Lewis nei legami si usano gli elettroni di valenza, se gli
elettroni vengono trasferiti si tratta di un legame ionico, se gli elettroni vengono
condivisi si ha un legame covalente.
Regola dellottetto: ogni atomo tende ad avere il suo orbitale pi esterno completo.
Solo le molecole apolari possono passare attraverso la membrana perch sono affini
ai fosfolipidi (con code idrocarburiche apolari)
Legame ionico: tra tomi che hanno grande differenza di elettronegativit. Latomo che
riceve gli elettroni diventa uno ione negativo, mentre quello che li cede diventa uno
ione positivo.
Legame covalente: atomi che non hanno una grande elettronegativit o
elettropositivit che mettono elettroni in compartecipazione. Gli elettroni non sono
Gli amminoacidi
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Amminoacidi polari con carica negativa o positiva (gli istoni contengono
amminoacidi con carica positiva per legarsi con il DNA)
Le Proteine
Gli isomeri sono molecole con la stessa formula molecolare ma con diversa formula di
struttura. Ci sono diverse tipologia di isomeria:
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Enantiomeria (ottici): una limmagine speculare dellaltra. Queste
molecole che non possono essere sovrapposte vengono dette chirali.
Presentano stesse propriet fisiche e chimiche, tranne quando
interagiscono con altre entit chirali Essi sono capaci di ruotare il
piano della luce polarizzata (passata da un prisma di Nicol) per questo
vengono detti otticamente attivi. Un miscuglio al 50% di enantiomeri
(racemo diversi non otticamente attivo)
Acido Grasso
Fosfogliceridi: formati da una coda apolare composta da 2 acidi grassi legati con
un legame estereo ad un glicerolo a cui anche legato un gruppo fosfato che forma
la testa idrofoba del fosfogliceride.
Sfingolipidi: meno numerosi dei fosfolipidi al posto del glicerolo presentano una
molecola centrale di sfingosina che possiede di per s una catena idrocarburica e a
cui si attacca un acido grasso e un gruppo fosfato con una molecola polare.
Questi fosfolipidi grazie alla loro natura anfipatica tendono a disporsi a doppio strato
separando due ambienti acquosi. Le membrane cellulari presentano anche glicolipidi (con
una porzione lipidica allinterno della membrana e una parte glucidica che sta fuori
andando a formare con le altri parti glucidiche il glicocalice).
Gli steroidi, derivati del colesterolo, ormoni di natura liposolubile. I lori meccanismi di
azioni differiscono da quelli degli ormoni proteici.
I Carboidrati
Gli acidi nucleici sono le principali molecole informazionali di una cellula. Negli organismi
gli acidi nucleici sono il DNA e lRNA,polimeri lineari di subunit dette nucleotidi composti
da:
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Nucleosidi: formato dalla condensazione di uno zucchero e una base azotata in posizione
1. Prendono il nome in base alla base azotata (adeninina,citidina,uridina,guanosina,timidina).
Fondamenti di termodinamica:
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Primo principio della termodinamica: lenergia non pu essere n creata n
distrutta, ma pu essere trasformata. Dunque la quantit di energia totale in un
sistema rimane sempre costante.
Le reazioni spontanee saranno dunque le reazioni che vanno verso entalpia minimo o
entropia massima. Lenergia liberata viene chiamata energia libera di Gibbs e viene
calcolata come: G= H - TS
Quando G<0 allora avremo a che fare con una reazione esoergonica spontanea,
mentre quando G>0 allora avremo a che fare con reazione esoergonica non
spontanea.
Gli enzimi
Affinch tutte le reazioni avvengano in tempi adeguati a quelle della vita della cellula
bisogna catalizzarle con un enzima (proteici o ribozimi). Per rendere pi veloce una
reazione questi riducono lenergia di attivazione.
Un enzima un catalizzatore biologico che possiede una parte chiamata sito-attivo a cui
si lega uno specifico substrato con un legame molto debole. Alla fine della reazione i
prodotti si staccano lasciando inalterato lenzima.
Costante di Michaelis: il suo valore corrisponde alla concentrazione del substrato quando
il valore della velocit della reazione met della velocit massima.
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Vie metaboliche: sono delle sequenze di reazioni chimiche catalizzate da diversi enzimi
in cui il prodotto della prima il reagente della seconda. (da un substrato iniziale si arriva a
un prodotto finale attraverso intermedi metabolici).
Gli enzimi possono essere inibiti da specifiche molecole in due diversi modi:
Un ulteriore tipologia di regolazione allosterica. Gli enzimi allosterici sono enzimi che
hanno un sito attivo e anche un sito di regolazione (o allosterico). La maggior parte di
questa regolazione di inibizione: quando delle molecole si legano al sito allosterico
cambiano la conformazione del sito attivo non facendo legare i substrati allaltro sito attivo.
In alcuni casi possiamo avere il substrato che si lega in modo covalente al sito attivo,
questi inibitori vengono chiamata substrati suicidi come per esempio la penicillina si
lega al transpeptidasi inibendo la sintesi dei peptidoglicani (parte principale della parete
cellulare) e non facendo pi formare la parete della cellula batterica. Per fare il legame
covalente la penicillina ha bisogno dellanello lattamico che si rompe quando si lega
allenzima. I batteri diventano immuni alla penicillina quando questi producono la
pennicillasi rompendo lanello lattamico.
Cofattori
I cofattori aiutano gli enzimi a catalizzare la reazione. Possono essere ioni metallici o
molecole organiche (coenzimi). In una reazione di ossidazione un reagente si ossida con
lazione di una ossidasi, mentre il coenzima aiuta la reazione legando a s un elettrone per
cederlo poi a una molecola che si sta riducendo (NAD: nicotinammide adenina
dinucleotide)
Classificazione enzimi:
Ossidoreduttasi
Transferasi
Idrolasi
Liasi
Isomerasi
Ligasi
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Fosfatasi: catalizza il distacco di gruppi fosfato dalle molecole
LA MEMBRANA PLASMATICA
La fluidit dipende strettamente dalla sua composizione, infatti pi le code dei fosfolipidi
che la compongono sono brevi, minore sar la loro tendenza ad interagire tra loro e
maggiore sar dunque la fluidit della membrana; pi saranno presenti fosfolipidi insaturi,
in cui la presenza di alcuni doppi legami crea un piccoli gomiti che impediscono la perfetta
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aderenza tra fosfolipidi, pi la membrana sar fluida; meno saranno presenti molecole di
colesterolo, molecole piccole e rigide che riempio gli spazi tra fosfolipidi, pi la membrana
sar fluida. Di conseguenza la membrana sar pi rigida in presenza di fosfolipidi con
lunghe catene idrocarburiche sature e di numerose molecole di colesterolo.
La fluidit importante per la funzionalit della membrana plasmatica, infatti congelando
(gelificare) la membrana ad una temperatura chiamata temperatura di transizione di
fase posso bloccare tutti i processi che avvengono in essa (pi fluida pi la T bassa).
Nella membrana presente nelle membrane plasmatiche. Nella membrana si dispone tra i
fosfolipidi con la sua parte polare (OH) a contatto con le teste dei fosfolipidi e la restante
parte idrofoba a contatto con le code. Tanto maggiore la quantit di colesterolo, tanto
sar rigida la membrana (non fluida) e permeabile.
PROTEINE DI MEMBRANA
Le proteine di membrana sono fondamentali per tutte le funzioni svolte dalla membrana
plasmatica e possono essere distinte in diverse classi:
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Oltre alle proteine sulla membrana sono presenti i glicolipidi e le glicoproteine che hanno
la porzione glucidica posta esteRNAmente alla membrana volta a formare il glicocalice:
con funzione protettiva, con il compito di complessarsi con molecole dacqua rendendo
scivolosa la membrana e fondamentale per i processi di riconoscimento e di adesione
cellulare.
Involucro nucleare
Reticolo endoplasmatico (RE)
Apparato di Golgi
Mitocondri
Cloroplasti (cellula vegetale)
Lisosomi
Perossisomi
INVOLUCRO NUCLEARE
RETICOLO ENDOPLASMATICO
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Il reticolo endoplasmatico RE diviso in due ampie categorie: il reticolo endoplasmatico
rugoso (RER) e il reticolo endoplasmatico liscio (REL).
Il reticolo endoplasmatico rugoso ha ribosomi legati alla superficie citosolica, mentre
quello liscio non li presenta. Il RER appare come un organello composto da estese
membrane e sacche appiattite (cisterne), mentre le membrane del REL sono molto
curvate e tubolari e formano un sistema di canali interconnessi che si diramano nel
citoplasma.
LISOSOMA
I lisosomi funzionano come organelli digestivi nella cellula animale. Un normale lisosoma
contiene circa 40 diversi enzimi idrolitici prodotti nel RER e indirizzati a questi organelli.
Gli enzimi di un lisosoma hanno in comune una propriet molto importante: tutti hanno
attivit ottimale a pH acido (mantenuto da una pompa protonica) e sono quindi delle
idrolasi acide.
Questi organelli hanno anche un ruolo chiave nel turnover (ricambio) degli organelli, cio,
nella loro distruzione regolata e sostituzione. Durante questo processo chiamato
autofagia, un organello viene circondato da una membrana diventando quindi un
autofagosoma. La membrana in questione fonde poi con il lisosoma e ne risulta che
lorganello inglobato viene degradato ed i prodotti di degradazione sono resi disponibili per
la cellula.
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PEROSSISOMI
Organelli presenti negli eucarioti che contengono enzimi ossidativi. Questi enzimi
catalizzano reazioni in cui vengono trasferiti elettroni dai substrati allossigeno O 2
formando la sostanza tossica perossido di idrogeno. I perossisomi si occupano poi di
detossificare la cellula facendo utilizzando la catalasi per ottenere 2 molecole dacqua
dallacqua ossigenata.
MITOCONDRI
Negli eucarioti, lutilizzo dellossigeno come strumento per estrarre energia ha luogo in
organelli specializzati, i mitocondri.
La membrana mitocondriale esteRNA contiene lipidi 40/50 % (fosfolipidifosfatidilcolina),
contro il 21 % presente in quella inteRNA.
La membrana mitocondriale inteRNA (simile alla membrana plasmatica dei batteri)
contiene cardiolipina ed quasi del tutto priva di colesterolo.
Questi organelli sono meglio conosciuti per il loro ruolo fondamentale nel generare ATP
con la fosforilazione ossidativa che comprende lutilizzo della pompa ATP-sintasi.
Sebbene questo enorme compito, non si tratta dellunico svolto in questi organelli, infatti
sono coinvolti anche nella sintesi di numerosi amminoacidi o gruppi eme oppure nella
cattura e nel rilascio di ioni calcio.
La struttura inteRNA di un mitocondrio contiene due membrane definite rispettivamente
mitocondriale esteRNA e mitocondriale inteRNA. Le membrane mitocondriali dividono
lorganello in due compartimenti ripieni di fluido, uno al centro del mitocondrio definito
matrice e uno tra le due membrane definito spazio intermembrana.
Oltre a diversi enzimi, la matrice mitocondriale contiene ribosomi e parecchie molecole di
DNA a doppio filamento solitamente circolari. Il DNA mitocondriale non cosa da poco,
infatti sintetizza 13 polipeptidi mitocondriali e codifica anche per 2 RNA ribosomiali e per
22 tRNA. Questo DNA ha formazione antichissima e sembrerebbe essere leredit di un
singolo batterio aerobico che si stabilito nel citoplasma di una cellula eucariota primitiva.
Ciclo vitale e biogenesi: dopo una breve fase di accrescimento, i mitocondri si
dividono in mitocondri pi piccoli. Vita media 9-10 giorni negli epatociti di ratto; 5-6 giorni
nel cuore di ratto. Una volta invecchiati sono eliminati mediante autofagia: prima, sono
inglobati nella membrana del RE e poi degradati ad opera degli enzimi litici lisosomiali
RIBOSOMI
IL TRASPORTO DI MEMBRANA
Diffusione semplice
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Diffusione facilitata (o trasporto passivo)
Trasporto attivo
Diffusione semplice
un trasporto che non richiede energia (esotermico, spontaneo) che consiste nel
passaggio di sostanze attraverso la membrana per ristabilire luguale osmolarit nei due
ambienti separati dalla membrana. Questo fenomeno interessa esclusivamente molecole
che possono passare attraverso la membrana (apolari idrofobe) come lossigeno,
lanidride carbonica, piccole molecole polari prive di carica, ioni e molecole cariche molto
piccole.
Diffusione facilitata
Gradiente elettrochimico
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influenza il passaggio di tutte le molecole cariche, infatti i cationi tendono ad entrare nella
cellula mentre gli anioni ad uscire.
Trasporto attivo
I sistemi di trasporto attivo necessitano di una fonte di energia per trasportare sostanze
chimiche contro gradiente elettrochimico. Per svolgere questo trasporto sono
necessarie delle pompe alcune delle quali idrolizzano ATP per liberare energia. Pu
essere:
Trasporto di massa
Il potenziale di membrana dovuto dalla presenza di sottilissimi strati di ioni ai due lati
della membrana (negativi inteRNAmente, positivi esteRNAmente). I canali fautori principali
del potenziale di membrana sono quelli a perdita del potassio (pi concentrato dentro
che fuori) che non si chiudono mai del tutto facendo uscire un po di potassio che si
deposita sulla membrana esteRNA (pi cariche negative allinterno e pi cariche positive
allesterno). A condizione di equilibrio il potenziale di membrana -60Mv . Un'altra ragione
per il potenziale di membrana la pompa sodio potassio che butta fuori pi sodio che
potassio interno. Unaltra causa la composizione della membrana inteRNA (contiene
fosfatidilserina carica negativamente).
RESPIRAZIONE CELLULARE
La Glicolisi
Le prime tappe dellossidazione del glucosio vengono attuate dagli enzimi della glicolisi
localizzati nel citoplasma in maniera anaerobia in modo da avere la seguente reazione:
glucosio + 2NAD+ + 2ADP + 2Pi 2piruvato + 2ATP + 2NADH + 2H2O
Solo una piccola porzione dellenergia libera contenuta nel glucosio viene resa disponibile
alla cellula durante la glicolisi, la maggior parte infatti viene immagazzinata nel piruvato (e
anche nel NADH che viene ridotto ricevendo una coppia di elettroni ad alta energia).
Questi due prodotti finali della glicolisi possono essere metabolizzati in due modi diversi a
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seconda del tipo di cellula in cui essi sono stati prodotti e a seconda della presenza o
assenza di ossigeno.
La glicolisi composta da due fasi: reazioni in salita e reazioni in discesa. Nella prima
parte c bisogno di molecole di ATP per far avvenire delle reazioni, mentre nella fase in
discesa si avr produzione di ATP (reazioni esoergoniche) e riduzione di NAD.
LAcetil-CoA una volta formato entra nel ciclo di Krebs, in cui avvengono 4 reazioni in cui
una coppia di elettroni viene trasferita da un substrato (prodotto delle serie di ossidazioni
che subisci lAcetil-CoA) ad un coenzima accettore che si riduce: tre di queste reazioni
prevedono la riduzioni di NAD+ a NADH e una da FAD+ a FADH2 .
Fosforilazione ossidativa
Lossidazione degli enzimi ridotti NADH e FADH 2 che per deve essere diffusa in modo
graduale affinch possa essere immagazzinata dalla cellula. Per far avvenire questa
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liberazione graduale di energia presente la catena di trasporto di elettroni composta da 5
complessi proteici allinterno della membrana mitocondriale inteRNA:
NADH deidrogenasi (I): in esso gli elettroni sono trasferiti dal NADH alle
flavoproteine (polipeptidi in grado di accettare e cedere protoni ed elettroni, legate
a FAD e FMN) e successivamente vengono trasferiti al coenzima Q tramite le
proteine ferro-zolfo.
Succinato deidrogenasi (II): in esso il coenzima Q trasporta gli elettroni e
vengono trasferiti gli elettroni provenienti dal FADH 2.
Citocromo b-c1 (III): il citocromo b (proteina con il gruppo eme che ossida o
riduce il ferro per accettare o cedere elettroni) riceve elettroni dal coenzima Q e poi
li cede al citocromo c (che non fa parte di alcun complesso)
Citocromo c ossidasi (IV): il citocromo c porta gli elettroni al complesso IV dove
vengono trasferiti allO2
ATP-sintasi: i protoni che sono fluiti al difuori della membrana mitocondriale
inteRNA grazie alla produzione di energia, ora vengono fatti rifluire allinterno
secondo gradiente catalizzando la sintesi di ATP attraverso laccomppiamento
chemiosmotico.
Glicolisi:
X 2 VOLTE
Acetil-CoA + 3 NAD+ + FAD +
ADP + P 2CO2 + 3 NADH +
FADH2 + ATP
Totale: 38 ATP
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Il NADH ottenuto dalla glicolisi riesce a passare le porine della membrana esteRNA dei
mitocondri ma non riesce ad entrare nella matrice senza arrivare dunque alla catena di
trasporto. Per cedere i loro elettroni i NADH prodotti dalla glicolisi si ossidano riducendo il
lossalacetato che diventa malato che possiede un trasportatore nella membrana
mitocondriale inteRNA e pu dunque entrare nella matrice. Entrato nella matrice lacido
malico si ossida (ridiventa ossalacetato) riducendo un NAD + presente nella matrice
(diventa NADH che ceder i suoi elettroni hai diversi complessi proteici). Il glutarato
presente nella matrice cede allossalacetato un gruppo amminico trasformandolo in
aspartato che pu uscire dalla matrice. Uscito dalla membrana inteRNA laspartato
(diventa ossalacetato) cede il gruppo amminico ad un alfa-chetoglutarato che pu entrare
nella matrice
NB. I mitocondri possono anche demolire acidi grassi per ottenere ATP.
Fermentazione
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Pori nucleari
I pori nucleari contengono una struttura chiamata complesso del poro nucleare (CPN)
che consiste in due ruote composte da 8 proteine e con raggi e un trasportatore al loro
interno. Questo trasportatore riconosce particolari segnali localizzatori e veicola la
molecola allinterno o allesterno del nucleo.
Ciclo di importazione
Ciclo di esportazione
Sono presenti specifiche proteine che mantengono la concentrazione di Ran-GTP alta nel
nucleo e bassa nel citosol (GEF e GAP)
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Nucleolo
una regione del nucleo dove avviene la sintesi dei proribosomi (rRNA + proteine
ribosomiali) che diventeranno poi ribosomi nel citoplasma.
Il cromosoma a sua volta formato da cromatina, ovvero DNA combinato con proteine
chiamate istoni che essendo con carica positiva si legano perfettamente al DNA. La
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cromatina a sua volta formata da pi nucleosomi, ovvero DNA complessato con 8
istoni.
Ciclo nucleare:
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Eterocromatina facoltativa: contiene sequenze di DNA che non
sono trascritte solo in alcune cellule.
Durante linterfase invece, per favorire lattivit di sintesi proteica, la cromatina per lo pi
lassa sotto forma di eucromatina.
Genoma
Gene
Un gene una sequenza di DNA che viene trascritta in RNA, se questo RNA mRNA
allora posso dire che una sequenza di DNA che viene tradotta in una proteina (ma c
anche ltRNA). Nel gene si comprende anche la regione di controllo ovvero la parte che
viene prima della sequenza codificante per la proteina.
Cariotipo
prelievo di sangue
centrifugo per ottenere globuli bianchi perch quelli rossi non hanno nucleo
stimolo la mitosi della cellula (faccio compattare i cromosomi e li faccio attaccare al
fuso mitotico)
blocco la mitosi con la colchicina
le cellule vengono fatte scoppiare immergendole in una soluzione ipotonica (lisi
osmotica)
isolo la piastra metafasica centrifugando la soluzione.
uso dei coloranti che riconoscono particolari sequenze di nucleotidi nei cromosomi
(il Giemsa crea il bandeggio G che colora di pi le zone ricche di A e T)
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Al posto del colorante Giemsa si pu fare un cariotipo a fluorescenza con il quale si
potranno riconoscere i cromosomi omologhi per il loro colore uguale.
E il processo che permette di raddoppiare il patrimonio genetico di una cellula nella fase S
del ciclo cellulare preparandola alla mitosi. Questo processo viene chiamato
semiconservativo poich una catena del DNA parentale conservata in entrambe le
molecole di DNA figlie.
Problema dellaccorciamento
Poich la DNA polimerasi sintetizza un filamento dopo il primer solo in direzione 5-3 non
riesce a terminare lultimo pezzo di filamento. Sono quindi necessari dei meccanismi che
aiutino la replicazione delle sequenze terminali del DNA. Per far questo lenzima
telomerasi (proteina complessata con RNA) catalizza la sintesi dei telomeri (sequenze di
DNA terminale), sequenze non codificanti che, attaccate allestremit 3 del filamento
stampo, allungano il filamento stampo facendo s che le sequenze non replicate siano
quelle terminali non codificanti.
Il processo che vede laccorciarsi progressivo del DNA si chiama senescenza cellulare.
Esiste una patologia chiamata progeria che prevede linvecchiamento estremamente
rapido dei pazienti in quanto questi possiedono telomeri pi brevi.
Proofreading
TRASCRIZIONE GENICA
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La Trascrizione genica un processo che avviene nel nucleo e consiste nella
trascrizione di un gene in pre-mRNA (trascritto primaio, RNA eterogeneo pre-nucleare),
nei procarioti invece lmRNA subito maturo. Dopo essere uscito dal nucleo lmRNA verr
legato dai ribosomi.
Struttura RNA
RNA Polimerasi
Lenzima protagonista della trascrizione lRNA polimerasi che agisce come la DNA
polimerasi solo in direzione 5-3 catalizzando la formazione di un legame fosfodiesterico
tra il gruppo ossidrile (OH) in 3 dellultimo nucleotide della catena nascente e il gruppo
fosfato in posizione 5 del nuovo nucleotide che complementare a nucleotide del DNA
stampo.
LRNA polimerasi possiede la capacit di agire da elicasi aprendo il filamento di DNA per
iniziare a trascriverlo. Per un brevissimo lasso di tempo lmRNA sintetizzato rimane
attaccato al DNA per poi staccarsi facendo riformare la doppia elica di DNA ed evitando
dunque qualunque problema di superavvolgimento.
Nei procarioti c una sola RNA polimerasi mentre negli eucarioti (a parte la RNA
mitocondriale) abbiamo:
Analisi di un gene
Noi parliamo di gene, quando ci riferiamo a una sequenza di DNA che se trascritta in
mRNA porter alla sintesi di una proteina. Allinterno di un gene per non compresa
esclusivamente lunit di trascrizione del gene , ma sono presenti anche il promotore
(o regione di controllo, che fa legare la RNA polimerasi al DNA stampo) il sito di inizio, e il
segnale di fine.
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Il promotore
TFIID: (TF due D) formato dalla tata box binding protein (TBP) e dalla TAF,
riconosce e si lega alla tata box
TFIIA:
Entrambi si legano ai lati opposti del TFIID
TFIIB:
TFIIF: si lega alla polimerasi II e la trascina sul promotore
TFIIH: ha attivit chinasica infatti fosforila la RNA polimerasi attivandola
Maturazione dellmRNA
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per la sintesi proteica e aumenta la stabilit del messaggero (le nucleasi non
riconoscono i legami 5-5 ma solo i 5-3, quindi nel citosol non possono attaccare lmRNA)
Coda poli A: in estremit 3 la Poli A polimerasi taglia lmRNA dopo aver riconosciuta una
specifica sequenza e inserisce una serie di adenine a valle di tale segnale. Serve per
proteggere dalle nucleasi
Splicing: Negli eucarioti i geni sono composti da segmenti codificanti chiamati esoni e da
segmenti non codificanti chiamati introni. Nel processo di splicing gli introni vengono
rimossi: a livello degli introni si forma una struttura a cappio grazie allinterazione tra il
gruppo ossidrile unadenina vicina allestremit 3 dellintrone e lestremit 5. Lesone va
poi a rompere il legame tra esone e introne allestremit 3 e vengono legati dalla ligasi i
due esoni rimasti. Lintrone verr poi degradato nel nucleo. Nei batteri questo non avviene
perch il loro mRNA gi maturo. Anche nel mRNA maturo ci sono delle UTR
(untraslated region) che non verranno tradotte.
Splicing alternativo
in due cellule diverse, con funzioni diverse possibile che dallo stesso gene si ottengano
introni ed esoni diversi (stesso mRNA ma proteine diverse, isoforme proteiche)
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