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Primi principi della teoria cellulare:

Ogni cellula regola processi metabolici


Si muove
Risponde a stimoli esterni
Si riproduce
Si evolve

Le prime cellule vennero scoperte da Hooke che guardando del sughero al microscopio
vide le celle dove un tempo risiedevano le cellule.

La cellula: lunit fondamentale e strutturale di tutti gli organismi viventi, circondata da


una membrana e ha molti composti chimici al suo interno. Essa utilizza fonti energetiche
per supportare la sua attivit, si pu muovere e adattare nellambiente e inoltre possiede la
capacit di duplicarsi trasmettendo le sue informazione ereditarie.Le cellule possono
essere divise secondo due diversi modelli di organizzazione (domini con i rispettivi regni)

Eucarioti: Grandi da 10 a 100 micron presentano una membrana plasmatica, un


citoscheletro (filamenti proteici che danno sostegno e permettono movimento) e
un complesso sistema di membrane interne, tra cui c linvolucro nucleare
(doppia membrana che ospita DNA lineare) che separa il nucleo dal citoplasma.
Alcuni organelli in essa presenti sono: mitocondri e cloroplasti (funzione
energetica attraversa metabolismo ossidativo e fotosintesi), lisosomi e
perossisomi (digestione di molecole), reticolo endoplasmatico (rugoso se ci
sono ribosomi che producono proteine) e apparato di Golgi (smistamento e
trasporto proteine). Una cellula rappresenta un individuo solo nei protisti, mentre gli
altri sono pluricellulari.
o Protisti
o Funghi
o Piante
o Animali
Procarioti: Queste cellule presentano solo una membrana plasmatica (esteRNA e
composta da peptidoglicani) e non possiede una membrana che divide il
citoplasma dal nucleo, che si trova invece nel nucleoide (regione nucleare con
DNA circolare detto plasmide). Non possiedono organelli, ma hanno ribosomi
composti da proteine e RNA. Essendo grandi da 1 a 10 micron posso vederli al
microscopio ottico. Si riproducono velocemente, si adattano allambiente e alcuni
sono aerobi. Una di queste cellule un individuo
o Eubatteri
o Archeobatteri: vivono in condizione estreme:
Metanogeni: trasformano CO2 e H2 in metano
Alofili: vivono in ambienti con elevata salinit
Termoacidofili: vivono in ambiente acido e caldo

ORGANIZZAZIONE BIOLOGICA

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Popolazione: membri della stessa specie che vivono in una stessa aerea.

Comunit: popolazioni di organismi che vivono in unarea particolare ed


interagiscono tra di loro.

Ecosistema: comunit insieme allambiente in cui si trova.

Biosfera: insieme di tutti gli ecosistemi esistenti sulla Terra

Nomenclatura binomia: Inventata da Carlo Linneo prevede: il nome del genere + termine
specifico.

Tassonomia: classifica gli organismi.

Sistematica: studia la biodiversit

EVOLUZIONE CELLULARE

La Terra si formata 4,5 miliardi di anni fa, mentre i fossili pi antichi risalgono a 3,5
miliardi di anni fa e i primi eucarioti a 2 miliardi di anni fa.
Sulla terra originariamente non cera ossigeno libero, lenergia era fornita dal sole e da
scariche elettriche e gli elementi pi presenti erano: metano, ammoniaca, idrogeno, acqua,
solfuro, azoto e anidride carbonica. Da questi elementi partita levoluzione chimica:

Sintesi di piccole molecole organiche


Formazione di polimeri (polipeptidi formatisi casualmente)
Origine di molecole autoreplicanti (RNA inizia ad auto replicarsi agendo da
ribozima)
Impacchettamento di molecole in protobionti circondati da membrana.

Esperimento di Miller: ricreando un ambiente primordiale (acqua+gas+scariche


elettriche) verific la sintesi abiotica di alcune molecole organiche (nucleotidi e
amminoacidi)

In seguito si verific una evoluzione biologica:

RNA si autoreplica
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RNA inizia ad essere utilizzato come stampo per sintetizzare proteine
Alcune proteine con funzione enzimatica hanno portato alla formazione di DNA
Fosfolipidi sfruttando la loro propriet anfipatica si sono organizzati a doppio strato
per separare alcune molecole dallambiente esterno
Alcune cellule iniziarono ad attuare la fotosintesi (futuri cloroplasti) altri ad
utilizzare ossigeno per degradare molecole (futuri mitocondri)
Le prime cellule eucariote si formarono attraverso invaginazioni della membrana
plasmatica che causarono la formazione di organuli con membrana, e attraverso
lendosimbiosi, che consiste nellinglobamento di alcune cellule procariotiche
(come i mitocondri) allinterno di cellule eucariotiche ancestrali.

A supporto della teoria endosimbiotica sta il fatto che i mitocondri presentano una doppia
membrana e del DNA circolare.

CHIMICA DELLA CELLULA

Le biomolecole sono la materia prima di cui sono costituite le cellule del nostro corpo
(composte principalmente da sponch come carbonio, idrogeno, ossigeno, azoto, fosforo,
zolfo) e sono suddivise in: zuccheri, lipidi, proteine e acidi nucleici. Le biomolecole pi
grandi sono dette polimeri, che derivano dallunione di pi monomeri. Le cellule spesso
devono sintetizzare o demolire dei polimeri: per sintetizzarli ricorrono alla
condensazione in cui per ogni coppia di monomeri che si unisce viene eliminata una
molecola dacqua; per demolirli invece ricorrono allidrolisi che rompe una molecola in
due sub unit aggiungendo molecole dacqua.

La cellula composta al 70% dacqua e poi al 30% da macromolecole, fosfolipidi e ioni


(sodio, fosfati e cloruri).

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PREREQUISITI
Tutte le sostanze della materia sono formate da atomi, in cui il nucleo formato da
neutroni e protoni (caricati positivamente) e attorno ad esso negli orbitali ci sono gli
elettroni (molto piccoli e di carica negativa).
Il numero atomico di un atomo il suo numero di protoni, mentre la sua massa
atomica il numero dei protoni + quello dei neutroni.
La distribuzione degli elettroni nei gusci esterni dellatomo condizione come due
diversi atomi possono interagire tra di loro. Il primo guscio pu contenere solo due
elettroni perch ha un solo orbitali, mentre il secondo e il terzo ne contengono fino ad
8 perch hanno pi orbitali. Un atomo che ha lo strato pi esterno inerte. Atomi che
non hanno lo stato esterno completo potranno raggiungere questo stato perdendo o
acquistando elettroni con un legame ionico o condividendo elettroni con un legame
covalente.

Gli orbitali:
Primo guscio: 1 orbitale s
Secondo guscio: 1 orbitale s e 3 orbitali p
N.B. lorbitale energetico 4s pi basso di 3d, quindi viene riempito prima il 4s. Nella
cellula per non abbiamo atomi che arrivano a questi orbitali
Principio di minima energia: ogni elettrone deve occupare il livello e lorbitale
disponibile che ha la minima energia.
Principio di Pauli: al massimo due elettroni per orbitale con spin diverso
Un legame chimico un legame che permette agli atomi di legarsi tra di loro e formare
molecole. Secondo la teoria di Lewis nei legami si usano gli elettroni di valenza, se gli
elettroni vengono trasferiti si tratta di un legame ionico, se gli elettroni vengono
condivisi si ha un legame covalente.
Regola dellottetto: ogni atomo tende ad avere il suo orbitale pi esterno completo.
Solo le molecole apolari possono passare attraverso la membrana perch sono affini
ai fosfolipidi (con code idrocarburiche apolari)
Legame ionico: tra tomi che hanno grande differenza di elettronegativit. Latomo che
riceve gli elettroni diventa uno ione negativo, mentre quello che li cede diventa uno
ione positivo.
Legame covalente: atomi che non hanno una grande elettronegativit o
elettropositivit che mettono elettroni in compartecipazione. Gli elettroni non sono

LE PRINCIPALI MOLECOLE BIOLOGICHE

Gli amminoacidi

Ne esistono 20 diversi in natura e sono caratterizzati dalla presenza di un gruppo


carbossilico (COOH) e un gruppo amminico (NH2) e vengono classificati in base al
numero di atomi di carbonio che separano questi gruppi , , . Gli amminoacidi
presentano anche un gruppo R (catena laterale) che cambia da amminoacido ad
amminoacido e ne determina le propriet chimiche. In base a questa catena gli
amminoacidi vengono classificati in:

Amminoacidi non polari


Amminoacidi polari senza carica (con gruppi OH)

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Amminoacidi polari con carica negativa o positiva (gli istoni contengono
amminoacidi con carica positiva per legarsi con il DNA)

Struttura amminoacidi: in soluzione la struttura reale degli amminoacidi la forma


zwitterionica a doppio ione (COO- ; NH3+ )
Legame peptidico: due amminoacidi alfa si possono legare andando a formare un
dipeptide e possono fare lunghissime catene (peptide<polipeptide<proteina) in cui conta
lordine (DA AD) e che terminano con N-terminale e C-terminale. Questo ordine
imposto dal processo di sintesi proteica dei ribosomi
La formazione di un legame peptidico una reazione di condensazione, infatti si elimina
una molecola dacqua.

Le Proteine

Le proteine sono biomolecole polimeri di alfa-amminoacidi, che talune volte possono


anche liberi nella cellula e non solo come monomeri (tirosina).
Le proteine hanno 4 livelli di struttura:

Struttura Primaria: sequenza lineare degli amminoacidi


Struttura Secondaria: ripiegamenti della sequenza lineare che avvengono grazie
allidrogeno legato allazoto (parzialmente positivo) e allossigeno legato al carbonio
(parzialmente negativo). Pu essere ad alfa elica (si avvolge su s stessa e i
legami avvengono tra monomeri distanti 2 amminoacidi) o beta foglietto (legami
tra porzioni che giacciono una affianco allaltra).
Struttura Terziaria: avvolgimento spaziale. Alfa elica o beta foglietti si riavvolgono
su di s con legami molto deboli (ponti disolfuro e legami a idrogeno)
Struttura QuateRNAria (non in tutte): pi strutture terziare anche diverse che
collaborano per comporre una macromolecola (Esempi: pompa sodio potassio,
emoglobina)

Gli isomeri sono molecole con la stessa formula molecolare ma con diversa formula di
struttura. Ci sono diverse tipologia di isomeria:

o Strutturale (stessi atomi, ma cambia il rapporto)


Di catena: cambiano i rapporti tra atomi di carbonio.
Di posizione: cambia la posizione di un gruppo funzionale rispetto alla
catena carboniosa
Di gruppo funzionale: cambia il gruppo funzionale che caratterizza la
molecola.
o Stereoisomeria (stessi atomi, stessi rapporti, ma cambia la posizione nello spazio)
Conformazionale (sfalsata/eclissata): causati dalla rotazione di un legame .
Configurazionale:
Cis-trans (geometrici): in cui si dice cis quando i gruppi pi pesanti
legati agli atomi di carbonio centrali stanno dalla stessa parte del piano
del doppio legame, contrariamente si dice trans.

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Enantiomeria (ottici): una limmagine speculare dellaltra. Queste
molecole che non possono essere sovrapposte vengono dette chirali.
Presentano stesse propriet fisiche e chimiche, tranne quando
interagiscono con altre entit chirali Essi sono capaci di ruotare il
piano della luce polarizzata (passata da un prisma di Nicol) per questo
vengono detti otticamente attivi. Un miscuglio al 50% di enantiomeri
(racemo diversi non otticamente attivo)

Acido Grasso

Molecola costituita da una catena idrocarburi (carbonio e idrogeno) con un gruppo


carbossilico terminale (COOH). Tutta la catena idrofobica (idrocarburica). Le catene
possono essere:

Sature: tutti gli atomi legati con legame semplice (tanti H)


Insature: con legami doppi

Gli organismi presentano acidi grassi sotto forma di:


- trigliceridi, ovvero 3 acidi grassi legati con legame estereo ad una molecola di glicerolo
- fosfolipidi, molecole anfipatiche (una parte idrofila e una parte idrofoba) che possono a
loro volta essere divise in:

Fosfogliceridi: formati da una coda apolare composta da 2 acidi grassi legati con
un legame estereo ad un glicerolo a cui anche legato un gruppo fosfato che forma
la testa idrofoba del fosfogliceride.
Sfingolipidi: meno numerosi dei fosfolipidi al posto del glicerolo presentano una
molecola centrale di sfingosina che possiede di per s una catena idrocarburica e a
cui si attacca un acido grasso e un gruppo fosfato con una molecola polare.

Questi fosfolipidi grazie alla loro natura anfipatica tendono a disporsi a doppio strato
separando due ambienti acquosi. Le membrane cellulari presentano anche glicolipidi (con
una porzione lipidica allinterno della membrana e una parte glucidica che sta fuori
andando a formare con le altri parti glucidiche il glicocalice).

Gli steroidi, derivati del colesterolo, ormoni di natura liposolubile. I lori meccanismi di
azioni differiscono da quelli degli ormoni proteici.

I Carboidrati

Sono molecole composte da carbonio, ossigeno e idrogeno e possono essere classificati


in:
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Monosaccaridi
Disaccaridi
Polisaccaridi

Presentano un gruppo carbonilico che pu essere aldeidico o chetonico e gruppi ossidrilici


(polari e quindi solubili). Possono presentare da tre fino a sette atomi di carbonio e gli
atomi che presentano pi di cinque atomi di carbonio possono assumere una struttura
ciclica di cui esistono due forme alternative o in base alla posizione del gruppo OH di
C1.

Il legame glicosidico si forma in seguito a una reazione di condensazione (OH di C1 e H


di C4) e si forma tra due atomi di carbonio di due saccaridi

Saccarosio: glucosio+fruttosio (legame alfa 1-2;


lossidrile in posizione alfa1 del glucosio si lega con
lh in posizione 2 del fruttosio)

Lattosio: glucosio+galattosio (legame beta 1-4,


lossidrile in posizione beta1 del glucosio si lega allh
in posi

Lamilosio un polimero lineare di molecole di


glucosio che si legano tra di loro mediante un
legame alfa1-4

La cellulosa invece un polimero di glucosio lineare


che si legano tra di loro mediante un legame beta1-4
amilosio

Il glicogeno un polimero ramificato di molecole di


glucosio che si legano tra di loro mediante legami
alfa1-6 e alfa1-4

Gli acidi nucleici

Gli acidi nucleici sono le principali molecole informazionali di una cellula. Negli organismi
gli acidi nucleici sono il DNA e lRNA,polimeri lineari di subunit dette nucleotidi composti
da:

Uno zucchero pentoso (D-ribosio o D-2-deossiribosio)


Una base eterociclica azotata (pirimidine come Citosina,Timina e Uracile che
sono singoli anelli esatomici o purine come Adenina e Guanina che sono anelli
condensati uno esatomico e uno pentatomico).
Un gruppo fosfato con un atomo di fosforo che conferisce acidit alla molecola.

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Nucleosidi: formato dalla condensazione di uno zucchero e una base azotata in posizione
1. Prendono il nome in base alla base azotata (adeninina,citidina,uridina,guanosina,timidina).

Nucleotide: formato dalla condensazione con la conseguente formazione di un legame


estereo di un nucleoside e un gruppo fosfato in posizione 5. Nome costituito dal
nucleoside pi la desinenza in. Due nucleotidi si possono legare in posizione 5-3 con un
legame fosfodiesterico formano un acido nucleico.
Due nucleotidi successivi si legano mediante legame fosfodiesterico tra lOH legato in
posizione 3 che si lega con il fosfato in 5 del secondo nucleotide.
Due filamenti antiparalleli si legano attraverso i legami a idrogeno che si formano tra le
diverse basi azotate (2 con AT e 3 con GC).

Metabolismo: (trasformazione) linsieme di reazioni chimiche che portano alla


degradazione o alla sintesi delle biomolecole. Il metabolismo pu essere suddiviso in:

catabolismo: (demolisco) tutte le reazioni che degradano biomolecole portando


alla formazione di prodotti di rifiuto. Queste reazioni sono esoergoniche e lenergia
che lasciano viene immagazzinata come ATP.
Anabolismo: (salita) tutte le reazioni di sintesi. Queste reazioni sono
endoergoniche e avvengono in seguito allo scindersi dellATP in ADP.

ATP: le cellule ottengono energia ossidando sostanze organiche e la immagazzinano nelle


molecole di ATP, molecola ad alta energia di idrolisi. LATP ha ribosio come zucchero,
adenina come base azotata, e tre gruppi fosfato: i legami tra fosfati sono ad altro livello
energetico che quindi se vengono distrutti rilasciano molta energia.

Fondamenti di termodinamica:

La termodinamica: studia come varia lenergia durante una reazione e i cambiamenti


chimici e fisici.

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Primo principio della termodinamica: lenergia non pu essere n creata n
distrutta, ma pu essere trasformata. Dunque la quantit di energia totale in un
sistema rimane sempre costante.

A riguardo di questo primo principio si definisce entalpia la quantit di un sistema


termodinamico (la cellula infatti un sistema aperto che scambia energia e materia) che
pu essere scambiata con lambiente. Una reazione spontanea avr sempre prodotti con
entalpia minore di quella dei reagenti.

Secondo principio della termodinamica: Quando lenergia viene convertita da


una forma allaltra una parte di energia viene dispersa nellambiente.

Lenergia dispersa nellambiente di cui parla questo principio aumenta il disordine


chiamato entropia. Una reazione spontanea avr dunque prodotti con entropia maggiore
rispetto ai reagenti.

Le reazioni spontanee saranno dunque le reazioni che vanno verso entalpia minimo o
entropia massima. Lenergia liberata viene chiamata energia libera di Gibbs e viene
calcolata come: G= H - TS
Quando G<0 allora avremo a che fare con una reazione esoergonica spontanea,
mentre quando G>0 allora avremo a che fare con reazione esoergonica non
spontanea.

Una reazione termodinamicamente sfavorevole pu essere accoppiata ad una


termodinamicamente favorevole come lidrolisi dellATP per renderla favorevole. Con le
reazioni accoppiate una cellula risolve il problema delle reazioni in salita.

Gli enzimi

Affinch tutte le reazioni avvengano in tempi adeguati a quelle della vita della cellula
bisogna catalizzarle con un enzima (proteici o ribozimi). Per rendere pi veloce una
reazione questi riducono lenergia di attivazione.

Un enzima un catalizzatore biologico che possiede una parte chiamata sito-attivo a cui
si lega uno specifico substrato con un legame molto debole. Alla fine della reazione i
prodotti si staccano lasciando inalterato lenzima.

Per abbassare lenergia di attivazione un enzima mette i reagenti in stretta vicinanza. A


substrato costante pi enzima ho pi la velocit di reazione aumenta. A enzima costante
invece aumentando il substrato ottengo una variazione parabolica (aumenta tanto
allinizio, poi arrivo ad un valore di Plateu in cui non aumenta pi, cio si arriva ad un
valore limite che ha un valore asintotico.)

Costante di Michaelis: il suo valore corrisponde alla concentrazione del substrato quando
il valore della velocit della reazione met della velocit massima.

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Vie metaboliche: sono delle sequenze di reazioni chimiche catalizzate da diversi enzimi
in cui il prodotto della prima il reagente della seconda. (da un substrato iniziale si arriva a
un prodotto finale attraverso intermedi metabolici).

Gli enzimi possono essere inibiti da specifiche molecole in due diversi modi:

Inibizione competitiva: la molecola occupa il sito-attivo non facendo attaccare i


prodotti. La molecola sar dunque simile ai substrati.
Inibizione non competitiva: la molecola inibitrice non si lega sul sito attivo
dellenzima, ma su unaltra sequenza di amminoacidi sempre in modo non
permanente. Lenzima viene lievemente modificato divenendo impossibilitato a
legare il substrato.

Un ulteriore tipologia di regolazione allosterica. Gli enzimi allosterici sono enzimi che
hanno un sito attivo e anche un sito di regolazione (o allosterico). La maggior parte di
questa regolazione di inibizione: quando delle molecole si legano al sito allosterico
cambiano la conformazione del sito attivo non facendo legare i substrati allaltro sito attivo.

In alcuni casi possiamo avere il substrato che si lega in modo covalente al sito attivo,
questi inibitori vengono chiamata substrati suicidi come per esempio la penicillina si
lega al transpeptidasi inibendo la sintesi dei peptidoglicani (parte principale della parete
cellulare) e non facendo pi formare la parete della cellula batterica. Per fare il legame
covalente la penicillina ha bisogno dellanello lattamico che si rompe quando si lega
allenzima. I batteri diventano immuni alla penicillina quando questi producono la
pennicillasi rompendo lanello lattamico.

Cofattori

I cofattori aiutano gli enzimi a catalizzare la reazione. Possono essere ioni metallici o
molecole organiche (coenzimi). In una reazione di ossidazione un reagente si ossida con
lazione di una ossidasi, mentre il coenzima aiuta la reazione legando a s un elettrone per
cederlo poi a una molecola che si sta riducendo (NAD: nicotinammide adenina
dinucleotide)

Classificazione enzimi:

Ossidoreduttasi
Transferasi
Idrolasi
Liasi
Isomerasi
Ligasi

Chinasi: catalizza laggiunta di gruppi fosfato alle molecole.

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Fosfatasi: catalizza il distacco di gruppi fosfato dalle molecole

Caratteristiche degli enzimi:

Si combinano brevemente con i reagenti


Sono liberati inalterati dopo aver catalizzato la reazione
Sono specifici
Sono saturati da tanto substrato
Alcuni necessitano di cofattori per la loro funzionalit

LA MEMBRANA PLASMATICA

La membrana plasmatica un sottile rivestimento che agisce da barriera selettiva in tutti


gli organismi viventi. Le sue principali funzioni sono:

Delimita lambiente intracellulare da quello extracellulare e nel caso della


membrana nucleare o della membrana citoplasmatica delimita spazi intercellulari
(compartimentazione). Gli ambienti separati dalle membrane presentano stessa
osmolarit (concentrazione), infatti contrariamente lacqua potrebbe abbandonare
la cellula o aumentare il volume di questa.
Trasporto di soluti: la membrana plasmatica presenta sistemi necessarie per
trasportare anche grosse molecole dallinterno allesterno di essa o viceversa.
Ricezione di segnali intercellulari: la membrana presenta infatti dei recettori.
Aiuta la motilit della cellula, infatti la membrana spostandosi permette lo
spostamento di tutta la cellula.

La membrana plasmatica composta da un doppio strato lipidico (fosfolipidi: fosfogliceridi,


sfingolipidi), che tende a formarsi per via della natura anfipatiche dei fosfolipidi: le loro
teste polari tendono a stabilire interazioni con lacqua, mentre le loro code apolari e
idrofobe tendono ad aggregarsi ad altre molecole idrofobe.
Caratteristica fondamentale del doppio strato lipidico il suo essere a mosaico fluido:
mosaico perch i due strati non sono uguali nella loro composizione (presenta infatti
diversi fosfolipidi, proteine e colesterolo); fluido perch la membrana permette movimenti
al suo interno.

Fluidit: i lipidi di membrana si possono spostare in diversi modi:


o Flip-flop: passaggio di lipidi da uno strato allaltro che avviene
raramente.
o Diffusione laterale
o Rotazione

La fluidit dipende strettamente dalla sua composizione, infatti pi le code dei fosfolipidi
che la compongono sono brevi, minore sar la loro tendenza ad interagire tra loro e
maggiore sar dunque la fluidit della membrana; pi saranno presenti fosfolipidi insaturi,
in cui la presenza di alcuni doppi legami crea un piccoli gomiti che impediscono la perfetta
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aderenza tra fosfolipidi, pi la membrana sar fluida; meno saranno presenti molecole di
colesterolo, molecole piccole e rigide che riempio gli spazi tra fosfolipidi, pi la membrana
sar fluida. Di conseguenza la membrana sar pi rigida in presenza di fosfolipidi con
lunghe catene idrocarburiche sature e di numerose molecole di colesterolo.
La fluidit importante per la funzionalit della membrana plasmatica, infatti congelando
(gelificare) la membrana ad una temperatura chiamata temperatura di transizione di
fase posso bloccare tutti i processi che avvengono in essa (pi fluida pi la T bassa).

Per calcolare la temperatura di transizione di fase utilizzo la calorimetria a scansione


differenziale: metto una cellula in una scatola ermeticamente chiusa (calorimetro) con cui
lassorbimento di calore della membrana quando cambia fase. Partendo da una
temperatura molto bassa a cui la membrana sar sicuramente gelificata, aumento
progressivamente la temperatura e osserver un picco di assorbimento di calore quando
ci sar la temperatura di transizione di fase

Nella membrana presente nelle membrane plasmatiche. Nella membrana si dispone tra i
fosfolipidi con la sua parte polare (OH) a contatto con le teste dei fosfolipidi e la restante
parte idrofoba a contatto con le code. Tanto maggiore la quantit di colesterolo, tanto
sar rigida la membrana (non fluida) e permeabile.

Lasimmetria (mosaico): i due strati lipidici hanno composizione e propriet diverse,


infatti lo strato interno di fosfolipidi negativo per la presenza della fosfatidilserina e a
ioni vicini alla membrana, mentre lo strato esterno carico positivamente. Questa
differenza forma il potenziale di membrana.

PROTEINE DI MEMBRANA

Le proteine di membrana sono fondamentali per tutte le funzioni svolte dalla membrana
plasmatica e possono essere distinte in diverse classi:

o Proteine transmembrana: proteine che sporgono da entrambi i lati della


membrana e presentano regioni idrofile (esposte allambiente acquoso) e
idrofobe con alfa eliche formati da amminoacidi apolari che passano attraverso
la membrana.
o Proteine associate alla membrana: che passano solo attraverso un solo stato
lipidico.
o Proteine estrinseche: non passano attraverso alcuno strato e sono legata a
lipidi o a proteine.

Le proteine di membrana si muovono liberamente grazie alla fluidit della membrana.


Questo stato dimostrato fondendo una cellula umana con una cellula di topo
(eterocarionte). Marcando anticorpi per la cellula umana e per la cellula di topo con
marcatori di colori diversi inizialmente leterocarionte sar per met di un colore e per met
dellaltro, ma successivamente i colori si distribuiranno lungo tutta la superficie cellulare.

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Oltre alle proteine sulla membrana sono presenti i glicolipidi e le glicoproteine che hanno
la porzione glucidica posta esteRNAmente alla membrana volta a formare il glicocalice:
con funzione protettiva, con il compito di complessarsi con molecole dacqua rendendo
scivolosa la membrana e fondamentale per i processi di riconoscimento e di adesione
cellulare.

BIOSINTESI DEI FOSFOLIPIDI

I fosfolipidi vengono sintetizzati sulla membrana del reticolo endoplasmatico liscio. Un


enzima produce fosfolipidi aggiunti al lato citosolico dei fosfolipidi del reticolo
endoplasmatico. Con la flippasi si trasferiscono molecole fosfolipidiche in modo che i
diversi strati abbiano lo stesso numero di fosfolipidi (vedi immagine). Il reticolo
endoplasmatico sede della produzione di fosfolipidi e quindi di tutte le membrane come
le vescicole per il trasporto di proteine.

SISTEMI DI MEMBRANE INTERNE E ORGANELLI CITOPLASMATICI

La cellula Eucariotica presenta un sistema di membrane interne e organelli citoplasmatici


provvisti di membrane:

Sistemi di membrane interne:

Involucro nucleare
Reticolo endoplasmatico (RE)
Apparato di Golgi

Organelli provvisti di membrane:

Mitocondri
Cloroplasti (cellula vegetale)
Lisosomi
Perossisomi

INVOLUCRO NUCLEARE

Linvolucro nucleare presenta membrana esteRNA e inteRNA che in alcuni punti si


fondono formando dei pori nucleari (fanno comunicare il nucleo con il citoplasma per
esempio facendo passare mRNA o la DNA polimerasi). Linvolucro a contatto con il
reticolo endoplasmatico e inteRNAmente il nucleo presenta filamenti proteici che formano
la lamina nucleare (da supporto meccanico al nucleo).

RETICOLO ENDOPLASMATICO

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Il reticolo endoplasmatico RE diviso in due ampie categorie: il reticolo endoplasmatico
rugoso (RER) e il reticolo endoplasmatico liscio (REL).
Il reticolo endoplasmatico rugoso ha ribosomi legati alla superficie citosolica, mentre
quello liscio non li presenta. Il RER appare come un organello composto da estese
membrane e sacche appiattite (cisterne), mentre le membrane del REL sono molto
curvate e tubolari e formano un sistema di canali interconnessi che si diramano nel
citoplasma.

Reticolo endoplasmatico liscio: Funzione: 1) Sintesi di fosfolipidi di membrana e di


vescicole di trasporto 2) Sintesi di ormoni steroidei 3) Detossicazione (alcol) 4) Deposito di
Calcio

Reticolo endoplasmatico rugoso: Funzione: 1) protagonista della sintesi delle


proteine. 2) Smistamento delle proteine allApparato di Golgi mediante trasporto
vescicolare.

SMISTAMENTO DELLE PROTEINE

La proteina viene prodotta dai ribosomi. Quando questa presenta il segnale di


smistamento (sequenza di amminoacidi) per il reticolo endoplasmatico, questa viene
riconosciuta dalla proteina SRP. Questo SRP si lega ai ribosomi e trasferisce la proteina
allinterno del RE attraverso un canale di traslocazione dove continua la sua traduzione.
Attraverso una vescicola la proteina andr nellapparato di Golgi che smister la proteina.
Nellapparato di Golgi infatti la proteina, dopo essere stata privata della sequenza di
riconoscimento viene glicosilata grazie allazione della glicosil-trasferasi.
Lappartato di Golgi formato da una parte cis, una parte mediana e una parte trans: la
vescicola arriva nella parte cis ed esce dalla parte trans andando verso i lisosomi o verso
la membrana plasmatica (dove potr buttare fuori il secreto fondendosi con la membrana o
potr entrare a far parte della membrana).

LISOSOMA

I lisosomi funzionano come organelli digestivi nella cellula animale. Un normale lisosoma
contiene circa 40 diversi enzimi idrolitici prodotti nel RER e indirizzati a questi organelli.
Gli enzimi di un lisosoma hanno in comune una propriet molto importante: tutti hanno
attivit ottimale a pH acido (mantenuto da una pompa protonica) e sono quindi delle
idrolasi acide.
Questi organelli hanno anche un ruolo chiave nel turnover (ricambio) degli organelli, cio,
nella loro distruzione regolata e sostituzione. Durante questo processo chiamato
autofagia, un organello viene circondato da una membrana diventando quindi un
autofagosoma. La membrana in questione fonde poi con il lisosoma e ne risulta che
lorganello inglobato viene degradato ed i prodotti di degradazione sono resi disponibili per
la cellula.

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PEROSSISOMI

Organelli presenti negli eucarioti che contengono enzimi ossidativi. Questi enzimi
catalizzano reazioni in cui vengono trasferiti elettroni dai substrati allossigeno O 2
formando la sostanza tossica perossido di idrogeno. I perossisomi si occupano poi di
detossificare la cellula facendo utilizzando la catalasi per ottenere 2 molecole dacqua
dallacqua ossigenata.

MITOCONDRI

Negli eucarioti, lutilizzo dellossigeno come strumento per estrarre energia ha luogo in
organelli specializzati, i mitocondri.
La membrana mitocondriale esteRNA contiene lipidi 40/50 % (fosfolipidifosfatidilcolina),
contro il 21 % presente in quella inteRNA.
La membrana mitocondriale inteRNA (simile alla membrana plasmatica dei batteri)
contiene cardiolipina ed quasi del tutto priva di colesterolo.
Questi organelli sono meglio conosciuti per il loro ruolo fondamentale nel generare ATP
con la fosforilazione ossidativa che comprende lutilizzo della pompa ATP-sintasi.
Sebbene questo enorme compito, non si tratta dellunico svolto in questi organelli, infatti
sono coinvolti anche nella sintesi di numerosi amminoacidi o gruppi eme oppure nella
cattura e nel rilascio di ioni calcio.
La struttura inteRNA di un mitocondrio contiene due membrane definite rispettivamente
mitocondriale esteRNA e mitocondriale inteRNA. Le membrane mitocondriali dividono
lorganello in due compartimenti ripieni di fluido, uno al centro del mitocondrio definito
matrice e uno tra le due membrane definito spazio intermembrana.
Oltre a diversi enzimi, la matrice mitocondriale contiene ribosomi e parecchie molecole di
DNA a doppio filamento solitamente circolari. Il DNA mitocondriale non cosa da poco,
infatti sintetizza 13 polipeptidi mitocondriali e codifica anche per 2 RNA ribosomiali e per
22 tRNA. Questo DNA ha formazione antichissima e sembrerebbe essere leredit di un
singolo batterio aerobico che si stabilito nel citoplasma di una cellula eucariota primitiva.
Ciclo vitale e biogenesi: dopo una breve fase di accrescimento, i mitocondri si
dividono in mitocondri pi piccoli. Vita media 9-10 giorni negli epatociti di ratto; 5-6 giorni
nel cuore di ratto. Una volta invecchiati sono eliminati mediante autofagia: prima, sono
inglobati nella membrana del RE e poi degradati ad opera degli enzimi litici lisosomiali

RIBOSOMI

Il ribosoma costituito da due subunit e partecipa alla costruzione dei polipeptidi


sintetizzando proteine. Nella sua subunit pi piccola presenta il sito di legame per
lmRNA e nella subunit pi grande il sito di legame per i tRNA.

IL TRASPORTO DI MEMBRANA

Il doppio strato lipidico della membrana plasmatica impedisce il passaggio di alcune


sostanze a seconda della loro idrofobia (gran parte delle molecole polari) e della loro
dimensione. I principali tipi di trasporto attraverso la membrana sono:

Diffusione semplice
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Diffusione facilitata (o trasporto passivo)
Trasporto attivo

Diffusione semplice

un trasporto che non richiede energia (esotermico, spontaneo) che consiste nel
passaggio di sostanze attraverso la membrana per ristabilire luguale osmolarit nei due
ambienti separati dalla membrana. Questo fenomeno interessa esclusivamente molecole
che possono passare attraverso la membrana (apolari idrofobe) come lossigeno,
lanidride carbonica, piccole molecole polari prive di carica, ioni e molecole cariche molto
piccole.

La diffusione semplice dellacqua attraverso una membrana semipermeabile viene detta


osmosi che porta lacqua a spostarsi da regioni a minore concentrazione (ipotoniche)
verso regioni con pi soluto (ipertoniche). Per pressione osmotica si intende la pressione
da applicare al comportamento ipertonico per impedire il movimento dellacqua.
Fondamentale che losmolarit sia uguale allinterno e allesterno della cellula, altrimenti
se la cellula fosse in una soluzione ipertonica si raggrinzirebbe, mentre se fosse in una
soluzione ipotonica si gonfierebbe fino a scoppiare.

Diffusione facilitata

Questo trasporto interessa le molecole idrofile (glucosio,amminoacidi,nucleotidi,ioni) che


non attraversano spontaneamente il doppio strato lipidico. Questo trasporto passivo si
verifica sempre da regioni ad elevata concentrazione a regioni a concentrazione inferiore
(secondo gradiente elettrochimico) . I trasportatori facilitanti possono essere:

Proteine trasportatrici o proteine vettore: dopo essersi legate al soluto subiscono


cambiamenti di conformazione per trasferire il soluto allinterno della membrana. Le
proteine possono trasportare un solo soluto (uniporto) o due soluti (cotrasporto);
queste seconde proteine possono far avvenire un simporto (entrambe le molecole
di soluto entrano o escono) o un antiporto (una esce e una entra)
Proteine canale o canali ionici: formano un poro idrofilo per il passaggio di ioni
allinterno della membrana. Questi pori sono selettivi, infatti esistono diversi pori per
diversi ioni e la loro apertura pu essere regolata da stimoli specifici. Possono
dunque essere: canali a controllo di voltaggio, canli a controllo di ligando,
canali a controllo meccanico

Gradiente elettrochimico

Per le molecole prive di carica la direzione di trasporto dipende dal gradiente di


concentrazione, mentre per le molecole elettricamente cariche entra in gioco il gradiente
elettrochimico. A cavallo della membrana infatti le cellule presentano un potenziale di
membrana (cariche negative inteRNAmente e cariche positive esteRNAmente) che

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influenza il passaggio di tutte le molecole cariche, infatti i cationi tendono ad entrare nella
cellula mentre gli anioni ad uscire.

Trasporto attivo

I sistemi di trasporto attivo necessitano di una fonte di energia per trasportare sostanze
chimiche contro gradiente elettrochimico. Per svolgere questo trasporto sono
necessarie delle pompe alcune delle quali idrolizzano ATP per liberare energia. Pu
essere:

Diretto: se accoppiato a una reazione esoergonica che fornisce energia. In questo


trasporto sono utilizzate pompe che spostano molecole specifiche.
Indiretto: se dipende dal trasporto simultaneo di un altro soluto (cotrasporto) che si
muove secondo gradiente. Per esempio nel trasporto del glucosio viene sfruttato il
gradiente del Na+ per trasportare il glucosio allinterno della cellula contro gradiente.
Questo avviene nel tratto intestinale dove le cellule sono gi ricche di glucosio. Il
sodio entra secondo gradiente e viene sfruttato dal glucosio che va contro
gradiente. Successivamente il sodio viene portato nel liquido interstiziale con la
pompa sodio-potassio, mentre il potassio rimane allinterno della cellula uscendo
con il canale potassio secondo gradiente.

Diversa tipologia di pompe:

protagoniste del trasporto attivo diretto ci sono diverse tipologie di pompe:

Pompe a P: Le pompe P vengono cos chiamate per indicare la parola


fosforilazione,infatti durante lidrolisi di ATP il gruppo fosfato rilasciato si aggancia
alla pompa cambiandone la conformazione. Un esempio di pompa a P l ATPasi
Na+/K+ dipendente o pompa sodio potassio: la responsabile della concentrazione
delleccesso di ioni Na+ allesterno e leccesso di K+ allinterno.Un altro esempio di
pompa di tipo P quella di calcio per rilasciare li ioni di calcio dal reticolo
endoplasmatico al citosol
Pompe V (vacuolo): sono pompe che stanno nella membrana di alcuni organelli.
Nei lisosomi la pompa fa entrare ioni H+ allinterno dei lisosomi (i suoi enzimi hanno
massima attivit a pH acido) 2 per ogni molecola di ATP.
Pompe F (fattore mitocondriale): sono pompe che funzionano allinverso, infatti
non idrolizzano lATP , ma la sintetizzano (ATPsintasi)
Pompe ABC (adp binding cassette): questa pompa lega lATP e poi lo idrolizza. I
loro compito quello di mandare fuori dalla cellula determinate sostanze. Possono
tramutarsi in pompe di resistenza ai farmaci.

Trasporto di massa

Le cellule eucariotiche sono in grado di assorbire macromolecole o particelle dellambiente


circostante attraverso lendocitosi, in cui la macromolecola viene circondata da una
regione della membrana plasmatica che poi si espande nella cellula stessa fino a formare
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una vescicola inteRNA. Con lesocitosi invece una vescicola contenente le sostanze da
esportare si fonde con la membrana plasmatica rilasciando il suo contenuto allesterno.

Genesi del potenziale di membrana

Il potenziale di membrana dovuto dalla presenza di sottilissimi strati di ioni ai due lati
della membrana (negativi inteRNAmente, positivi esteRNAmente). I canali fautori principali
del potenziale di membrana sono quelli a perdita del potassio (pi concentrato dentro
che fuori) che non si chiudono mai del tutto facendo uscire un po di potassio che si
deposita sulla membrana esteRNA (pi cariche negative allinterno e pi cariche positive
allesterno). A condizione di equilibrio il potenziale di membrana -60Mv . Un'altra ragione
per il potenziale di membrana la pompa sodio potassio che butta fuori pi sodio che
potassio interno. Unaltra causa la composizione della membrana inteRNA (contiene
fosfatidilserina carica negativamente).

RESPIRAZIONE CELLULARE

La respirazione cellulare un processo catabolico (tante reazioni) esoergonico che


richiede ossigeno ed utilizza lenergia estratta dalle molecole di glucosio per produrre
ATP. Lossidazione (perdita elettroni) del glucosio avviene in tante reazioni perch se
avvenisse in una singola reazione ci sarebbe troppa energia persa sotto forma di calore.

Le molecole di ATP si formano per fosforilazione a livello del substrato (allADP


aggiungo P, c una molecola che cede il fosfato) e soprattutto per fosforilazione
ossidativa (nel mitocondrio). Lossidazione di una mole di glucosio fornisce 680.000
calorie e la cellula riesce ad immagazzinarne solo il 40%.

Le tappe per ottenere le molecole di ATP sono:

La glicolisi anaerobia (nel citoplasma)


Formazione dellacetil coenzima A (nella matrice mitocondriale)
Ciclo di Krebs (nella matrice mitocondriale)
Fosforilazione ossidativa (sulle creste mitocondriali)

La Glicolisi

Le prime tappe dellossidazione del glucosio vengono attuate dagli enzimi della glicolisi
localizzati nel citoplasma in maniera anaerobia in modo da avere la seguente reazione:
glucosio + 2NAD+ + 2ADP + 2Pi 2piruvato + 2ATP + 2NADH + 2H2O
Solo una piccola porzione dellenergia libera contenuta nel glucosio viene resa disponibile
alla cellula durante la glicolisi, la maggior parte infatti viene immagazzinata nel piruvato (e
anche nel NADH che viene ridotto ricevendo una coppia di elettroni ad alta energia).
Questi due prodotti finali della glicolisi possono essere metabolizzati in due modi diversi a

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seconda del tipo di cellula in cui essi sono stati prodotti e a seconda della presenza o
assenza di ossigeno.

La glicolisi composta da due fasi: reazioni in salita e reazioni in discesa. Nella prima
parte c bisogno di molecole di ATP per far avvenire delle reazioni, mentre nella fase in
discesa si avr produzione di ATP (reazioni esoergoniche) e riduzione di NAD.

Ossidazione del piruvato

Il piruvato in presenza di ossigeno entra nel mitocondrio attraverso un trasportatore della


membrana inteRNA e subisce prima una decarbossilazione ossidativa (libera anidride
carbonica) e poi il restante frammento a due atomi di carbonio ossidato trasferendo i
suoi elettroni al NAD+ . lacetile ottenuto si lega poi al coenzima A attraverso un legame
instabile compiuto dal suo atomo di zolfo

Piruvato + CoA + NAD+ Acetil-CoA + NADH+H+ + CO2

Ciclo dellacido citrico o Ciclo di Krebs

LAcetil-CoA una volta formato entra nel ciclo di Krebs, in cui avvengono 4 reazioni in cui
una coppia di elettroni viene trasferita da un substrato (prodotto delle serie di ossidazioni
che subisci lAcetil-CoA) ad un coenzima accettore che si riduce: tre di queste reazioni
prevedono la riduzioni di NAD+ a NADH e una da FAD+ a FADH2 .

Acetil-CoA + 3 NAD+ + FAD + ADP + P 2CO2 + 3 NADH + FADH2 + ATP

Le attivit ossidative nei mitocondri prendono il nome di ossidazione perch laccettore


finale degli elettroni rimossi durante lossidazione del piruvato lossigeno.
Ora che si sono formati i coenzimi ridotti carichi di elettroni e quindi di energia si pu
verificare il processo che porta alla sintesi di ATP, ovvero la fosforilazione ossidativa.

Fosforilazione ossidativa

Questo processo di sintesi di ATP avviene in due fasi distinte:

I coenzimi ridotti NADH e FADH2 passano vengono ossidati da una serie


trasportatori, organizzati in una catena di trasporto di elettroni nella membrana
mitocondriale inteRNA; il trasferimento di elettroni libera energia, che verr
utilizzata per pompare al di l della membrana i protoni (derivanti dallossidazione
dei coenzimi) generando un gradiente elettrochimico. Gli elettroni vengono trasferiti
ad un accettore finale ovvero lossigeno che viene riotto ad H 2O.
I protoni secondo gradiente rifluiscono allinterno della membrana attraverso la
pompa ATP-sintasi che sintetizza ATP da ADP e P inorganico attraverso
laccoppiamento chemiosmotico.

Lossidazione degli enzimi ridotti NADH e FADH 2 che per deve essere diffusa in modo
graduale affinch possa essere immagazzinata dalla cellula. Per far avvenire questa

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liberazione graduale di energia presente la catena di trasporto di elettroni composta da 5
complessi proteici allinterno della membrana mitocondriale inteRNA:

NADH deidrogenasi (I): in esso gli elettroni sono trasferiti dal NADH alle
flavoproteine (polipeptidi in grado di accettare e cedere protoni ed elettroni, legate
a FAD e FMN) e successivamente vengono trasferiti al coenzima Q tramite le
proteine ferro-zolfo.
Succinato deidrogenasi (II): in esso il coenzima Q trasporta gli elettroni e
vengono trasferiti gli elettroni provenienti dal FADH 2.
Citocromo b-c1 (III): il citocromo b (proteina con il gruppo eme che ossida o
riduce il ferro per accettare o cedere elettroni) riceve elettroni dal coenzima Q e poi
li cede al citocromo c (che non fa parte di alcun complesso)
Citocromo c ossidasi (IV): il citocromo c porta gli elettroni al complesso IV dove
vengono trasferiti allO2
ATP-sintasi: i protoni che sono fluiti al difuori della membrana mitocondriale
inteRNA grazie alla produzione di energia, ora vengono fatti rifluire allinterno
secondo gradiente catalizzando la sintesi di ATP attraverso laccomppiamento
chemiosmotico.

Resa energetica dellossidazione del glucosio:

Da una molecola di NADH si ottengono 3ATP mentre da una molecola di FADH 2 si


ottengono solo 2ATP perch questultime saltano il complesso I e quindi promuovono lo
spostamento di meno protoni e quindi la formazione di meno ATP.

Glicolisi:

Glucosio + 2NAD+ + 2ADP + 2P 2Piruvato + 2ATP + 2NADH + 2H2O


Ciclo di Krebs:
Piruvato + CoA + NAD+Acetil-CoA + NADH + CO2

X 2 VOLTE
Acetil-CoA + 3 NAD+ + FAD +
ADP + P 2CO2 + 3 NADH +
FADH2 + ATP

Produce dunque 2ATP e 8NADH


e 2FADH2
Trasporto degli elettroni e
chemiosmosi:
10NADH + 2FADH2 34ATP +
10NAD+ + 2FAD

Totale: 38 ATP
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Il NADH ottenuto dalla glicolisi riesce a passare le porine della membrana esteRNA dei
mitocondri ma non riesce ad entrare nella matrice senza arrivare dunque alla catena di
trasporto. Per cedere i loro elettroni i NADH prodotti dalla glicolisi si ossidano riducendo il
lossalacetato che diventa malato che possiede un trasportatore nella membrana
mitocondriale inteRNA e pu dunque entrare nella matrice. Entrato nella matrice lacido
malico si ossida (ridiventa ossalacetato) riducendo un NAD + presente nella matrice
(diventa NADH che ceder i suoi elettroni hai diversi complessi proteici). Il glutarato
presente nella matrice cede allossalacetato un gruppo amminico trasformandolo in
aspartato che pu uscire dalla matrice. Uscito dalla membrana inteRNA laspartato
(diventa ossalacetato) cede il gruppo amminico ad un alfa-chetoglutarato che pu entrare
nella matrice

NB. I mitocondri possono anche demolire acidi grassi per ottenere ATP.

Fermentazione

Negli organismi anaerobi non ci sono i mitocondri quindi utilizzano il piruvato o


lacetaldeide (piruvato decarbossilato) per accettare elettori NADH + H + (si ossida) dando
origine alla fermentazione lattica che forma acido lattico o alla fermentazione alcolica
che forma alcol etilico. Anche nellorganismo umano avvengono in caso di sforzi eccessivi
queste reazione e lacido lattico viene trasformato in glucosio nel fegato.

NUCLEO (la prima domanda sar su questo argomento)

Presente esclusivamente negli eucarioti il nucleo deposito e sede di utilizzo


dellinformazione genetica. In esso avvengono processi fondamentali per la vita della
cellula (duplicazione del DNA, trascrizione del DNA, maturazione del RNA e
assembramento dei ribosomi) per questo motivo contoRNAto da una doppia membrana
plasmatica (involucro nucleare) che protegge il materiale genetico dalle forze del
citoscheletro e fa avvenire i processi subiti dal DNA in un ambiente isolato. I prodotti del
nucleo e le sostanze che devono entrare nel nucleo passano linvolucro nucleare
attraverso i pori nucleari.

Linvolucro nucleare consiste in due membrane (inteRNA ed esteRNA) che agiscono da


barriera per impedire il passaggio di molecole indesiderate dal citoplasma. Le due
membrane sono unite a livello dei pori nucleari attraverso il quale alcune molecole
possono passare. La sua membrana nucleare esteRNA tappezza di ribosomi ed in
continuit con il RER mentre la membrana nucleare inteRNA coperta dalla lamina
nucleare, rete fibrosa che agisce da supporto strutturale al nucleo.

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Pori nucleari

I pori nucleari contengono una struttura chiamata complesso del poro nucleare (CPN)
che consiste in due ruote composte da 8 proteine e con raggi e un trasportatore al loro
interno. Questo trasportatore riconosce particolari segnali localizzatori e veicola la
molecola allinterno o allesterno del nucleo.

Ciclo di importazione

Le proteine sintetizzate nel citosol e destinate al nucleo contengono una particolare


sequenza chiamata segnale di localizzazione nucleare (NLS) che le indirizza ai pori
nucleari. La proteina cargo si lega dunque alla importina, proteina capace di trasportare
le molecole allinterno del nucleo. Entrata la molecola legata allimportina nel nucleo, la
proteina Ran-GTP si lega allimportina inducendo il rilascio della proteina cargo allinterno
del nucleo. Il complesso Ran-GTP-importina ritrasportato nel citosol dove viene
idrolizzato di Ran-GDP e importina.

Ciclo di esportazione

La proteina cargo qui possiede una sequenza chiamata segnale di esportazione


nucleare. Allinterno del nucleo la proteina esportina si lega al Ran-GTP promuovendone
il legame con il suo cargo; successivamente il complesso esportina-Ran-GTP-cargo esce
nel citosol attraverso un poro nucleare. Nel citosol Ran-GTP rilascia lesportina, che rientra
nel nucleo, e il cargo idrolizzandosi in Ran-GDP .

Sono presenti specifiche proteine che mantengono la concentrazione di Ran-GTP alta nel
nucleo e bassa nel citosol (GEF e GAP)

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Nucleolo

una regione del nucleo dove avviene la sintesi dei proribosomi (rRNA + proteine
ribosomiali) che diventeranno poi ribosomi nel citoplasma.

Compattamento del DNA

Il compattamento del DNA consente la concentrazione in uno spazio ridotto di tutto il


materiale genetico, cosa che utile in alcuni fasi del ciclo della cellula come in quella della
mitosi. Quando condensato completamente il DNA associato a proteine viene chiamato
cromosoma.

Il cromosoma a sua volta formato da cromatina, ovvero DNA combinato con proteine
chiamate istoni che essendo con carica positiva si legano perfettamente al DNA. La

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cromatina a sua volta formata da pi nucleosomi, ovvero DNA complessato con 8
istoni.

Il DNA pu avere diversi livelli di compattazione:

1. Intervengono gli istoni (che possono essere: H1,H2A,H2B,H3,H4) otto proteine


uguali tra loro (tranne H1) formano un nucleo attorno al quale si avvolge la doppia
elica formano un nucleosoma (un nucleosoma 146 paia di basi). Listone H1 serve
per agganciare il DNA in modo stabile. Struttura a collana di perle
2. La collana di perle si avvolge a spirale, si spiralizza formando domini e viene
stabilizzata dagli istoni H1. Struttura a solenoide.
3. Si spiralizza a sua volta il solenoide formando il supersolenoide.
4. Le ansie del supersolenoide si compattano ulteriormente formando il cromosoma
metafasico.

I cromosomi contengono tutto il nostro genotipo. Nel cromosoma metafasico la


cromatina tutta condensata possiamo individuare due cromosomi fratelli tenuti a stretto
contatto dal centromero. A seconda della posizione del centromero possiamo classificare
diversi cromosomi:

Metacentrico (in centro)


Subcentrico (un po pi sotto)
Acrocentrico (i cromatidi si uniscono alle loro estremit) con stalk che non sono
trascrivibili perch sempre compatti.

Ciclo nucleare:

Nellinterfase c intensa sintesi proteica (DNARNA)


quindi ci sar DNA lasso. Nella fase di
sintesi viene duplicato il DNA a partire da DNA lasso.
Nella fase G2 fino alla mitosi il DNA inizia a compattarsi in
un cromosoma metafasico. Nella fase mitotica si
ha il massimo grado di compattamento.

La cromatina dunque una struttura molto dinamica che


durante il ciclo cellulare acquisisce livelli di
condensazione diversi propedeutici alle attivit della fase in cui si trova. Infatti, in
preparazione alla mitosi altamente condensata per favorire la distribuzione dei diversi
cromosomi fratelli; in questo stato viene chiamata eterocromatina. Esistono per due
diverse tipologie di eterocromatina:

Eterocromatina costitutiva: contiene sequenze di DNA che non


sono mai trascritte in nessuna cellula (sempre condensata)

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Eterocromatina facoltativa: contiene sequenze di DNA che non
sono trascritte solo in alcune cellule.

Durante linterfase invece, per favorire lattivit di sintesi proteica, la cromatina per lo pi
lassa sotto forma di eucromatina.

In tutte le femmine di mammifero uno dei due cromosomi X sempre completamente


condensato (corpo di Barr) e questa disattivazione avviene gi nelle prime fasi di vita.
Quindi alcuni gruppi di cellule avranno inattivo il cromosoma materno e alcune quello
paterno. Nella produzione di cellule germinali (non si sa come) il corpo di Barr viene
riattivato. Linattivazione del cromosoma X del tutto casuale, infatti clonando uno di quei
gatti si avrebbero peli diversi.

Genoma

Il genoma linsieme di tutto il DNA di un organismo. Il genoma umano costituito da


2+108 coppie di nucleotidi distribuite in 46 cromosomi (23 coppie di cromosomi
omologhi=22 coppie di cromosomi autosomici + 1 coppia di cromosomi sessuali) ed un
genoma diploide. Ogni coppia di cromosomi omologhi contiene un cromosoma di origine
pateRNA e uno di origine mateRNA. Due cromosomi omologhi contengono gli stessi geni
nello stesso locus che per possono essere in diverse versioni chiamate alleli (se questi
sono uguali si avr un omozigote, se sono diversi eterozigote). La dimensione del genoma
non dipende dallevoluzione dellorganismo (il pollo ha un genoma pi grande).

Gene

Un gene una sequenza di DNA che viene trascritta in RNA, se questo RNA mRNA
allora posso dire che una sequenza di DNA che viene tradotta in una proteina (ma c
anche ltRNA). Nel gene si comprende anche la regione di controllo ovvero la parte che
viene prima della sequenza codificante per la proteina.

Cariotipo

Rappresentazione visiva dei cromosomi di un organismo attraverso coloranti. Per


analizzare un cariotipo:

prelievo di sangue
centrifugo per ottenere globuli bianchi perch quelli rossi non hanno nucleo
stimolo la mitosi della cellula (faccio compattare i cromosomi e li faccio attaccare al
fuso mitotico)
blocco la mitosi con la colchicina
le cellule vengono fatte scoppiare immergendole in una soluzione ipotonica (lisi
osmotica)
isolo la piastra metafasica centrifugando la soluzione.
uso dei coloranti che riconoscono particolari sequenze di nucleotidi nei cromosomi
(il Giemsa crea il bandeggio G che colora di pi le zone ricche di A e T)

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Al posto del colorante Giemsa si pu fare un cariotipo a fluorescenza con il quale si
potranno riconoscere i cromosomi omologhi per il loro colore uguale.

REPLICAZIONE DEL DNA

E il processo che permette di raddoppiare il patrimonio genetico di una cellula nella fase S
del ciclo cellulare preparandola alla mitosi. Questo processo viene chiamato
semiconservativo poich una catena del DNA parentale conservata in entrambe le
molecole di DNA figlie.

La replicazione inizia in pi origini contemporaneamente dove si formano le bolle di


replicazione (o repliconi) per la rottura dei legami a idrogeno tra nucleotidi e termina
quando tutte le bolle si sono unite. Chiamiamo replicone il DNA compreso tra una bolla di
replicazione e le sue terminazioni.
Lapertura progressiva dellelica di DNA avviene grazie allenzima DNA elicasi, questa
apertura per rappresenta uno dei principali problemi della replicazione, infatti lapertura
delelica di DNA causa uno srotolamento di questa a livello della forcella e quindi un
superavvolgimento a monte della forcella. Il problema del superavvolgimento viene
risolto dallazione della topoisomerasi I che presenta una molecola di tirosina con un
gruppo ossidrile libero che va a rompere il legame fosfodiesterico trai nucleotidi allinizio
del superavvolgimento per poi staccarsi quando non pi necessaria.
Lenzima principale della replicazione la DNA polimerasi che sintetizza in direzione 5-3
legando insieme i nucleotidi. La sua azione non perfetta, infatti talune volte la DNA
polimerasi compie errori che per corregge con la sua attivit esonucleasica in direzione
3-5. La DNA polimerasi non pu inoltre iniziare la sintesi del filamento figlio, quindi
necessita di un primer, un breve frammento di RNA sintetizzato dal primasi, che lascia
libero allestremit 3 un gruppo ossidrile a cui la DNA polimerasi aggiunger un
nucleotide. Il primer alla fine verr rimosso dallattivit esonucleasica della DNA polimerasi
sostituendo i ribonucleotidi con deossiribonucleotidi.
Allestremit delle bolle replicative troviamo strutture a Y chiamate forcelle di
replicazione dove i filamenti parentali vengono separati e dove vengono sintetizzati i
filamenti figli in entrambe le direzioni (due forcelle per ogni bolla).
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Per il fatto che la DNA polimerasi sintetizza i filamenti figli esclusivamente in direzione 5-3
nelle due forcelle di replicazione di una bolla ci sar un filamento sintetizzato
linearmente (filamento leading) e uno sintetizzato discontinuamente (filamento
lagging) con frammenti detti frammenti di Okazaki, sintetizzati in direzione opposta
rispetto al movimento della forcella di replicazione.
Successivamente ogni primer dei frammenti di Okazaki verr
sostituito da deossiribonucleotidi per azione della DNA polimerasi
che idrolizza tutti i legami fosfodiesterici tra i primer e gli elimina.
Tutti i frammenti verranno uniti grazie allazione della DNA ligasi
perch la DNA polimerasi non riesce ad attaccare lestremit 3 con
lestremit 5 di un frammento di Okazaki.

Diversi tipi di DNA polimerasi

Nei procarioti ci sono tre polimerasi tra cui la pi importante la


terza, mentre negli eucarioti: lalfa polimerasi fa il primo pezzo, la
delta polimerasi fa il grosso della replicazione e la beta polimerasi
ha attivit esonucleasica in direzione 5-3 rimuovendo i primer e correggendo il DNA in
caso di errore.

Problema dellaccorciamento

Poich la DNA polimerasi sintetizza un filamento dopo il primer solo in direzione 5-3 non
riesce a terminare lultimo pezzo di filamento. Sono quindi necessari dei meccanismi che
aiutino la replicazione delle sequenze terminali del DNA. Per far questo lenzima
telomerasi (proteina complessata con RNA) catalizza la sintesi dei telomeri (sequenze di
DNA terminale), sequenze non codificanti che, attaccate allestremit 3 del filamento
stampo, allungano il filamento stampo facendo s che le sequenze non replicate siano
quelle terminali non codificanti.
Il processo che vede laccorciarsi progressivo del DNA si chiama senescenza cellulare.
Esiste una patologia chiamata progeria che prevede linvecchiamento estremamente
rapido dei pazienti in quanto questi possiedono telomeri pi brevi.

Proofreading

Lattivit di proofreading permette alla polimerasi di trovare appaiamenti errati e di


rimuoverli tagliando i legami fosfodiesterici. Lattivit esonucleasica ha direzione 5-3 come
quella di sintesi.

TRASCRIZIONE GENICA
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La Trascrizione genica un processo che avviene nel nucleo e consiste nella
trascrizione di un gene in pre-mRNA (trascritto primaio, RNA eterogeneo pre-nucleare),
nei procarioti invece lmRNA subito maturo. Dopo essere uscito dal nucleo lmRNA verr
legato dai ribosomi.

Struttura RNA

LRNA un polimero di ribonucleotidi uniti da legami fosfodiesterici. Questi ribonucleotidi


possono presentare diverse basi azotate: Adenina, Uracile, Citosina, Guanina. Esso
presenta inoltre una struttura ripiegata tridimensionale causata dai legami a idrogeno
tra basi complementari.

RNA Polimerasi

Lenzima protagonista della trascrizione lRNA polimerasi che agisce come la DNA
polimerasi solo in direzione 5-3 catalizzando la formazione di un legame fosfodiesterico
tra il gruppo ossidrile (OH) in 3 dellultimo nucleotide della catena nascente e il gruppo
fosfato in posizione 5 del nuovo nucleotide che complementare a nucleotide del DNA
stampo.

LRNA polimerasi possiede la capacit di agire da elicasi aprendo il filamento di DNA per
iniziare a trascriverlo. Per un brevissimo lasso di tempo lmRNA sintetizzato rimane
attaccato al DNA per poi staccarsi facendo riformare la doppia elica di DNA ed evitando
dunque qualunque problema di superavvolgimento.

Nei procarioti c una sola RNA polimerasi mentre negli eucarioti (a parte la RNA
mitocondriale) abbiamo:

RNA polimerasi I: trascrive gli RNA ribosomiali tranne il 5S


RNA polimerasi II: trascrive gli mRNA e alcuni rRNA
RNA polimerasi III: trascrive tRNA, lrRNA 5S e alcuni snRNA (con attivit
enzimatica, ribozimi)

Analisi di un gene

Noi parliamo di gene, quando ci riferiamo a una sequenza di DNA che se trascritta in
mRNA porter alla sintesi di una proteina. Allinterno di un gene per non compresa
esclusivamente lunit di trascrizione del gene , ma sono presenti anche il promotore
(o regione di controllo, che fa legare la RNA polimerasi al DNA stampo) il sito di inizio, e il
segnale di fine.

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Il promotore

Il promotore, o regione di controllo, una sequenza di DNA che sta immediatamente a


monte del sito di inizio della trascrizione. Grazie ai fattori di trascrizione (TF) che
riconoscono e si legano ai promotori lrna polimerasi si lega al promotore. Anche nei
procarioti avviene qualcosa di molto simile (il fattore di trascrizione solo uno e si chiama
fattore sigma che si lega allrna polimerasi per poi legarsi al promotore)

Trascrizione negli eucarioti

La trascrizione negli eucarioti ha inizio mediante lazione di riconoscimento del promotore


da parte dei fattori di trascrizione. Negli eucarioti il promotore il TATA box (sequenza
di timina e adenina) a monte del sito di inizio e sono presenti diversi fattori di trascrizione
sono:

TFIID: (TF due D) formato dalla tata box binding protein (TBP) e dalla TAF,
riconosce e si lega alla tata box
TFIIA:
Entrambi si legano ai lati opposti del TFIID
TFIIB:
TFIIF: si lega alla polimerasi II e la trascina sul promotore
TFIIH: ha attivit chinasica infatti fosforila la RNA polimerasi attivandola

I fattori di trascrizione formano il complesso basale o costitutivo (senza questo non


parte la trascrizione) della trascrizione. Una volta attaccatasi al promotore la RNA
polimerasi inizia la trascrizione che termina quando viene raggiunta la sequenza di
terminazione.

Maturazione dellmRNA

LhRNA o mRNA immaturo subisce 3 maturazioni allinterno del nucleo:

Viene aggiunto in posizione 5 un cappuccio


Viene aggiunta in estremit 3 una coda poli A
Splincing

Cappuccio: il primo nucleotide vede legarsi una molecola di 7-metilguonosina con un


legame 5-5 perch lOH legato al CH2 5 va a formare un legame fosfodiesterico con il
fosfato legato in 5. Questo legame importante perch verr riconosciuto dai ribosomi

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per la sintesi proteica e aumenta la stabilit del messaggero (le nucleasi non
riconoscono i legami 5-5 ma solo i 5-3, quindi nel citosol non possono attaccare lmRNA)

Coda poli A: in estremit 3 la Poli A polimerasi taglia lmRNA dopo aver riconosciuta una
specifica sequenza e inserisce una serie di adenine a valle di tale segnale. Serve per
proteggere dalle nucleasi

Splicing: Negli eucarioti i geni sono composti da segmenti codificanti chiamati esoni e da
segmenti non codificanti chiamati introni. Nel processo di splicing gli introni vengono
rimossi: a livello degli introni si forma una struttura a cappio grazie allinterazione tra il
gruppo ossidrile unadenina vicina allestremit 3 dellintrone e lestremit 5. Lesone va
poi a rompere il legame tra esone e introne allestremit 3 e vengono legati dalla ligasi i
due esoni rimasti. Lintrone verr poi degradato nel nucleo. Nei batteri questo non avviene
perch il loro mRNA gi maturo. Anche nel mRNA maturo ci sono delle UTR
(untraslated region) che non verranno tradotte.

Lo spliceosoma il complesso di proteine e snRNP (small nuclear ribonucleoprotein


particles, piccole particelle ribonucleoproteiche) protagonista dello splicing. Queste piccole
particele ribonucleoproteiche contengono snRNA che hanno attivit catalitica e sono
dunque dei ribozimi.

LRNA messaggero monocistronico negli eucariotici perch da un RNA messaggero si


sintetizza solo una proteina, mentre nei procarioti non c la catena poli A, il capuccio ed
policistronico perch da un mRNA si possono sintetizzare pi proteine. Queste proteine
sintetizzate dallo stesso filamento sono spesso enzimi coinvolti nella stessa via metabolica
(per esempio loperone LAC).

Splicing alternativo

in due cellule diverse, con funzioni diverse possibile che dallo stesso gene si ottengano
introni ed esoni diversi (stesso mRNA ma proteine diverse, isoforme proteiche)

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