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Chimica Biologica

A.A. 2010-2011

Catena di Trasporto
degli elettroni

Marco Nardini
Dipartimento di Scienze Biomolecolari e Biotecnologie
Universit di Milano

Macromolecole Biologiche

- il catabolismo di tutti i combustibili metabolici


genera potere riducente (NADH e FADH2),
una forma di energia libera che viene convertita
in sintesi ATP nella fosforilazione ossidativa
- gli enzimi che catalizzano il trasporto elettronico
mitocondriale e la sintesi di ATP ad esso
accoppiata costituiscono:
la catena di trasporto degli elettroni:
ossidazione-riduzione sequenziale di centri redox
multipli localizzati in 4 complessi enzimatici
la fosforilazione ossidativa:
il trasporto di e- genera un gradiente protonico
transmembrana che promuove la sintesi dellATP

Respirazione

Macromolecole Biologiche

Respirazione

riduzione NADH produzione di ~2.5 ATP a partire da ADP + Pi


riduzione FADH2 produzione di ~1.5 ATP
Glicolisi
Glucosio + NAD+ + 2 ADP + 2 Pi 2 Piruvato + 2 NADH + 2 ATP + 2H2O + 4 H+
2 coppie di e-, produzione di ~ 7 ATP
Fermentazione omolattica
Glucosio + 2 ADP + 2 Pi 2 Lattato + 2 ATP + 2H2O + 2 H+
produzione di 2 ATP
Piruvato deidrogenasi
Piruvato + CoA + NAD+ Acetil-CoA + CO2 + NADH
2 coppie di e-, produzione di ~ 5 ATP
Ciclo acido citrico
3 NAD+ + FAD + GDP + Pi + Acetil-CoA 3 NADH + FADH2 + GTP + CoA + 2 CO2
8 coppie di e-, produzione di ~ 20 ATP

Respirazione

Macromolecole Biologiche

Il mitocondrio
- le proteine che mediano il
trasporto degli elettroni e la
fosforilazione ossidativa sono
legate alla membrana interna
- alcuni centri redox sono mobili
altri sono componenti di proteine
integrali di membrana
- la sequenza dei trasportatori di e- riflette grossolanamente i loro
potenziali di riduzione relativi
il processo di trasporto degli elettroni complessivamente esoergonico
- membrana interna liberamente permeabile solo a O2, CO2 ed H2O
permeabilit controllata a ioni e metaboliti
possibilit di generare gradienti ionici attraverso questa barriera

Respirazione

Macromolecole Biologiche

- gli elettroni sono passati dal NADH


ad altri accettori di e- di potenziale di
riduzione via via maggiore (incluso il
FAD) fino ad O2
- lossidazione di una mole di NADH
da parte di O2 (cio il trasferimento di
2 moli di e-) associata (in condizioni
biochimiche standard) ad un rilascio di
218 kJ di energia libera:
F = 96485 C/mol
(faraday: carica di una mole di elettroni)
n = n di moli di elettroni trasferiti per
mole di reagente convertito
1/2 O2 + NADH + H+

H2O + NAD+

E0 = 1.130 V

G = - nFE = - 218 kJ/mol processo fortemente esoergonico

Respirazione

Macromolecole Biologiche

ricordando che:

ADP + Pi ATP

G = 30.5 kJ/mol

e poich lossidazione di una molecola di NADH porta alla sintesi di ~2.5


molecole di ATP
efficienza termodinamica della fosforilazione ossidativa:
2.5 x 30.5 kJ/mol
218 kJ/mol

x 100 = 35%

in condizioni fisiologiche si ipotizza ~ 70%


(diverso pH, diverse conc. dei reagenti e prodotti rispetto alle in condizioni
biochimiche standard)

Respirazione

Macromolecole Biologiche

Ricapitolando
- gli e- sono passati dal NADH ad altri accettori di e- di potenziale di
riduzione via via maggiore fino ad O2 (accettore terminale di e-)
tali molecole hanno E0 compreso tra quello della coppia NAD+/NADH ed O2/H2O
- laccoppiamento fra ossidazione di NADH (catena di trasporto degli
elettroni ) e sintesi di ATP (fosforilazione ossidativa) catalizzato da
5 complessi mitocondriali (o complessi respiratori): I, II, III, IV, V
- la catena di trasporto riossida i coenzimi ed utilizza lenergia libera per
la sintesi dellATP (accoppiamento cascata trasporto e- / sintesi ATP)
- i trasportatori di elettroni (da NADH e FADH2 ad O2) sono associati alla
membrana mitocondriale interna (alcuni centri redox sono mobili altri sono
componenti di proteine integrali di membrana
- lossidazione del NADH a NAD+ da parte di O2 fornisce energia libera
sufficiente per la sintesi di 3 molecole di ATP (vedi dopo)

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Catena di trasporto degli elettroni


4 complessi proteici contenenti centri redox aventi per gli elettroni affinit
progressivamente crescenti
Complesso I
Complesso II (trasferisce e- da succinato a CoQ)
trasferimento e- mediante il CoQ (coenzima Q o ubichinone)
Complesso III
trasferimento e- mediante citocromo c (proteina periferica di membrana)
Complesso IV
gli e- viaggiano lungo questa catena da potenziali di riduzione pi bassi
verso potenziali pi alti

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Catena di trasporto degli elettroni


- CoQ altamente idrofobico e solubile nella
membrana grazie alla sua coda isoprenica
- si muove liberamente per diffusione nella
membrana mitocondriale interna.
- non stabilmente associato a proteine
- nei mammiferi Q10
(n=10 unit C5 isoprenoidi)
3 stati di ossidazione di CoQ:
- in grado di accettare e donare 1 o 2 epoich la forma di semichinone (radicale
contenente un elettrone spaiato) stabile

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Catena di trasporto degli elettroni


nero: vie trasferimento elettroni
rosso: vie di traslocazione protoni
Complesso II omesso perch
ad esso non associato alcun
trasferimento vettoriale di H+

- alcuni dei complessi respiratori accoppiano il trasporto elettronico al


trasporto di H+ da un lato allaltro della membrana mitocondriale interna
- i 4 complessi respiratori della catena di trasporto degli e- consistono di
parecchi componenti proteici associati a diversi gruppi prostetici attivi in
reazioni redox, con un potenziale di riduzione progressivamente crescente
- i complessi possono spostarsi lateralmente entro la membrana interna e
possono associarsi a formare multicomplessi

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Catena di trasporto degli elettroni

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Complesso I: NADH-CoQ ossidoreduttasi

- nei mammiferi: 46 subunit (massa totale ~900 kD)


- forma ad L, con un braccio inserito nella membrana
mitocondriale interna e laltro che si estende nella
matrice
- Coenzimi del complesso I:
a) 1 molecola di flavin mononucleotide (FMN)
b) 8-9 centri ferro-zolfo

matrice
mitocondriale

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Complesso I: NADH-CoQ ossidoreduttasi


- FMN differisce dal FAD solo per lassenza del gruppo AMP
- FMN ha 3 stati di ossidazione
in grado di accettare e donare 1 o 2 e- poich
la forma di semichinone (radicale contenente
un elettrone spaiato) stabile
- FMN legato saldamente alla proteina
FMN e CoQ sono quindi il punto di contatto
fra il donatore a 2 elettroni NADH ed i
citocromi accettori di un solo elettrone

matrice
mitocondriale

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Complesso I: NADH-CoQ ossidoreduttasi


Centri ferro-zolfo (gruppi pi comuni: [2Fe-2S], [4Fe-4S])
- gruppi prostetici in proteine con atomi
di ferro non eme
- atomi di Fe coordinati a 4 atomi di S (Cys)
disposti in modo quasi tetraedrico attorno
allatomo di Fe
- ossidazione o riduzione con perdita o acquisto di 1 e- forma ossidata e ridotta differiscono per una sola carica formale
(indipendentemente dal numero di atomi di Fe ) poich gli atomi di Fe del
centro formano un sistema coniugato e quindi possono assumere stati
di ossidazione tra +2 e +3

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Complesso I: NADH-CoQ ossidoreduttasi


- transito elettroni da NADH a CoQ: meccanismo a tappe seguendo il
potenziale di riduzione dei vari centri redox del Complesso I

-0.340
[2Fe-2S]N1a
[2Fe-2S]N1b
[4Fe-4S]N3, 4, 5

-0.250

[4Fe-4S]N6a, 6b, 7

-0.250

[4Fe-4S]N2

-0.100

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Complesso I: NADH-CoQ ossidoreduttasi


- il processo implica la riduzione transitoria dei vari centri redox del
Complesso I quando legano gli e- e la loro riossidazione quando gli
e- passano al gruppo successivo
- larrangiamento spaziale dei gruppi suggerisce il potenziale percorso degli
elettroni
- i centri redox non devono necessariamente essere in contatto al fine di
trasferire elettroni
- le propriet quanto-meccaniche dellelettrone gli permettono di passar
velocemente tra gruppi redox inseriti nella proteina che sono separarti da
meno di 14 .
- per distanze > 14 si ha una catena di centri redox

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Trasporto elettroni Traslocazione protoni

- nella conformazione ossidata i protoni si legano alle catene laterali degli aa


dalla parte della membrana che si affaccia sulla matrice
- con la riduzione si ha un cambio conformazionale che espone i gruppi
protonati sul lato citosolico della membrana e riduce i loro valori di pK
causando la dissociazione dei protoni
- il processo di riossidazione riporta la proteina nel suo stato conformazionale
originale

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Trasporto elettroni Traslocazione protoni


- accoppiamento fra trasporto di elettroni attraverso il centri redox del
Complesso I e la traslocazione di 4 protoni fuori dalla matrice nello
spazio intermembrana
- sistema di pompaggio promosso da variazioni conformazionali indotte
dal cambiamento dello stato redox della proteina (alterazione del pK
delle catene ionizzabili protoni presi o rilasciati mentre gli elettroni
sono trasferiti
- meccanismo di accoppiamento non ben compreso poich i gruppi redox
sono localizzati nel braccio idrofilico del Complesso I, mentre il trasporto
di protoni avviene nel braccio inserito in membrana
- H+ (nuclei atomici) non possono essere trasportati attraverso la
membrana come accade per gli ioni (Na+, K+) traslocazione
mediante saltellamento (hopping) lungo una catena di gruppi legati da
legami a idrogeno in un canale transmembrana

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Citocromi
- proteine contenenti un gruppo eme che alterna stati di ossidazione Fe(II) e
Fe(III) durante il trasporto di elettroni
- il gruppo eme di un citocromo ridotto ha uno spettro di assorbimento
prominente nel visibile consistente di 3 picchi: bande , , (Soret)
- banda (assente nelle forme ossidate) usata per differenziare i vari tipi
di citocromi (picco diverso a seconda dellintorno in cui si trova leme)

Catena di trasporto degli elettroni

Macromolecole Biologiche

Citocromi
- gruppo eme diversamente sostituiti a seconda del tipo di citocromo
citocromo b: protoporfirina IX (mioglobina ed emoglobina)
citocromo c: i gruppi vinilici formano legami tioetere con i gruppi
sulfidrilici di 2 Cys della proteina a scapito del doppio legame
citocromo a: lunga coda idrofobica di unit isopreniche e gruppo formile
al posto di un sostituente metilico

ligandi assiali: His/His

His/His

His/Met

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Catena di trasporto degli elettroni


Complesso I:
catalizza lossidazione di NADH da parte di CoQ
NADH + CoQoss NAD+ + CoQrid
E0 = 0.360 V G = - nFE = -69.5 kJ/mol

Complesso II:
FADH2 + CoQoss FAD + CoQrid
E0 = 0.085 V G = - nFE = -16.4 kJ/mol
la
reazione non III:
rilascia abbastanza energia libera
Complesso
per sintetizzare ATP (30.5 kJ/mol)
CoQridotto + (cit. c)oss CoQoss + (cit. c)rid
serve
per iniettare e- da FADH2
0
Enella
= 0.190
G = - nFE
catenaVdi trasporto
degli e-= -36.7 kJ/mol

Complesso IV:
(cit. c)rid + 1/2 O2 (cit. c)oss + H2O
E0 = 0.580 V

G = - nFE = -112.0 kJ/mol

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Complesso II:
Succinato-CoQ ossidoreduttasi
- contiene lenzima dellacido citrico succinato deidrogenasi ed altre subunit
- reazione 6 delciclo dellacido citrico
- unico enzima del ciclo dellacido citrico ad
essere legato alla membrana (gli altri sono
componenti della matrice mitocondriale)
scarica gli e- con potenziale relativamente
alto direttamente nella catena di trasporto
degli elettroni saltando il Complesso I
(nel processo il FADH2 viene riossidato a FAD)

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Complesso II:
Succinato-CoQ ossidoreduttasi
- transito elettroni da Succinato a CoQ:
meccanismo a tappe seguendo il potenziale di
riduzione dei vari centri redox del Complesso II

- catena FAD-[2Fe-2S]- [4Fe-4S]-[3Fe-4S]-Q (substrato-Q >40)


- 1 citocromo b560

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Complesso II:
Succinato-CoQ ossidoreduttasi
- il CoQ diffonde nel doppio strato lipidico
tra i complessi respiratori
serve come punto di raccolta di elettroni
- il Complesso II non catalizza alcun
trasferimento vettoriale di H+

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Complesso III: CoQ citocromo c


ossidoreduttasi (o citocromo bc1)
- passaggio di e- da CoQ ridotto a citocromo c
- Complesso III: struttura dimerica
- 1 solo citocromo c per dimero
(spazio intermembrana)
per ogni monomero si ha:
- 2 citocromi b (eme bL e eme bH)
(subunit di 8 eliche trabsnmembrana)
- citocromo c1 legato alla membrana da 1 elica
- proteina ISP incrociata con citocromo b e c1
di altra subunit
ISP = Iron-Sulfur Protein, con centro [2Fe-2S] di Rieske

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Complesso III: Ciclo Q


- riduzione da parte di CoQH2 (trasportatore a 2 elettroni) di 2 molecole
di citocromo c (trasportatore a 1 elettrone)
il CoQH2 subisce una riossidazione che avviene in 2 cicli in cui il
semichinone CoQ- un intermedio stabile
2 siti di legame per CoQ indipendenti nel Complesso III
sito Qo lega CoQH2 (localizzato fra il centro di Rieske [2Fe-2S] e leme bL)
vicino allo spazio intermembrana
sito Qi lega CoQ- e CoQ (localizzato vicino alleme bH)
vicino allo matrice mitocondriale
- la membrana mitocondriale contiene un insieme di CoQ, CoQ- e CoQH2 in
modo che lubichinone che viene rilasciato dal sito Qo pu non essere lo stesso
che si lega al sito Qi (capacit di CoQ di diffondere entro la membrana)

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

1 Ciclo Q
a) CoQH2 (dal Complesso I) si lega al sito Qo e
trasferisce 1 dei suoi 2 elettroni a ISP
rilascio di 2 protoni nello spazio
intermembrana con la generazione di CoQb) ISP riduce il citocromo c1 mentre CoQtrasferisce lelettrone rimasto al citocromo
bL formando CoQ (totamente ossidato)
c) il citocromo bL riduce il citocromo bH
d) CoQ lascia il sito Qo e si lega al sito Qi dove
prende lelettrone dal citocromo bH tornando alla
forma semichinonica CoQCoQH2+citocromo c1 (Fe3+)
CoQ-+citocromo c1 (Fe2+)+2H+

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

2 Ciclo Q

CoQH2+CoQ- +citocromo c1 (Fe3+)+2H+


CoQH2+citocromo c1 (Fe2+)+2H+
a) si ripete il ciclo 1: CoQH2 si lega al sito Qo ed 1 elettrone riduce ISP e poi il citocromo c1,
mentre il secondo elettrone riduce il citocromo bL e poi bH
b) il secondo elettrone riduce il CoQ- legato al sito Q prodotto nel primo ciclo con produzione di
CoQH2 (i 2 protoni utilizzati provengono dalla matrice mitocondriale)

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Complesso III: il Ciclo Q


ciclo 1:
CoQH2+citocromo c1 (Fe3+) CoQ-+citocromo c1 (Fe2+)+2H+

ciclo 2:
CoQH2+CoQ-+citocromo c1 (Fe3+)+2H+CoQH2+citocromo c1 (Fe2+)+2H+

reazione complessiva:
CoQH2+2 citocromo c1 (Fe3+)+2H+ CoQ+2 citocromo c1 (Fe2+)+4H+

per ogni 2 CoQH2 che entrano nel ciclo Q:


- 1 CoQH2 viene rigenerato
- 1 CoQH2 viene ossidato a CoQ
- 2 elettroni sono trasferiti al citocromo c1
appaiono 2 citocromi c1 ridotti e 4 protoni sulla parte esterna della membrana

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Complesso IV: citocromo c ossidasi


8H+matrice + O2 + 4 citocromo c (Fe2+) 4 citocromo c (Fe3+) + 2H2O + 4H+intermembrana
- dimero

di ~410 kD (complesso IV di mammifero)

spazio intermembrana

- 4 centri redox:
Subunit I:
citocromo a
citocromo a3
CuB (1 atomo di rame)
Subunit II:
centro CuA (coppia di atomi di rame)

- protomero di 13 subunit di cui 10 transmembrana


- area concava e ricca di aa acidi verso lo spazio
intermembrana interazione con residui Lys del
citocromo c (donatore di e-)

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Complesso IV: citocromo c ossidasi

1) 4 protoni chimici o scalari


presi dalla matrice mitocondriale durante la riduzione di O2 a 2 H2O
2) translocazione di 4 protoni pompati o vettoriali
dalla matrice allo spazio intermembrana
pompa vettoriale di protoni dalla matrice allo spazio intermembrana

Macromolecole Biologiche

Catena di trasporto degli elettroni

Catena di trasporto degli elettroni