BIOQUMICA GRUPOS C Y D

EXAMEN DICIEMBRE 2004 (1er PARCIAL) RESUELTO

1. Explica brevemente cmo proporciona el ATP la energa a las reacciones en las que participa.
El ATP proporciona la energa normalmente por transferencia del grupo fosfato, y no por simple
hidrlisis, que solo generara calor. Las reacciones acopladas a la hidrlisis de ATP constan de al
menos dos pasos: un primer paso donde el grupo fosfato es transferido desde el ATP a uno de los
compuestos implicados en la reaccin, y un segundo paso donde este compuesto as activado lleva a
cabo el proceso que requiere energa.
Calcula el punto isoelctrico del siguiente pptido: H-His-Asp-Asp-Leu-Lys-Glu-Leu-Ala-GlyTrp-OH. pKa (-COOH) = 2; pKa (R-COOH) = 4; pKa (R-His) = 6; pKa (-NH2) = 9; pKa (R-NH2) = 11.

2.

Puesto que la forma neutra del pptido se consigue cuando se desprotonan dos de los tres grupos
carboxilos laterales, podemos calcular el pI aplicando la ecuacin de H-H al equilibrio de dichos
grupos:
R-COO2
pI = pKa R-COOH + log ------------- = 4,0 + log ----------- = 4,3
R-COOH
1
3. Describe brevemente las principales interacciones implicadas en el plegamiento de una protena.
1. Restricciones impuestas por el propio enlace peptdico.
2. Enlaces de hidrgeno internos, entre tomos del propio enlace peptdico y muchas de las
cadenas laterales de los aminocidos.
3. Interacciones electrostticas, atractivas o repulsivas, entre grupos cargados de las cadenas
laterales.
4. Interacciones de van der Waals, al estar las protenas tan densamente empaquetadas que
permiten el contacto mximo entre los tomos de las cadenas laterales.
5. Interacciones hidrofbicas, agrupndose los grupos hidrofbicos en el interior de la protena.
6. Enlaces disulfuro. Contribuyen a estabilizar la estructura tridimensional final de la protena.
4. Qu diferencias hay entre un mecanismo enzimtico de tipo secuencial y uno de tipo ping-pong?
Indica un ejemplo de cada uno.
En el mecanismo secuencial todos los sustratos se incorporan (de forma ordenado o no) a la enzima
antes de que salga el primer producto. En el de tipo ping-pong salen productos antes de que hayan
entrado todos los reactivos.
Otra diferencia fundamental es que en los mecanismos de tipo ping-pong, la enzima cicla entre dos
conformaciones diferentes, siendo habitualmente una de estas conformaciones una forma de la enzima
modificada covalentemente con un resto de la primera molcula de sustrato.
Secuencial: Hexoquinasa
5.

Ping-pong: Transaminasas

Explica cmo afecta un inhibidor acompetitivo a los valores de Vmx y KM de una enzima.

KM disminuye y Vmx aumenta. El inhibidor acompetitivo se une exclusivamente al complejo ES. Por
tanto, el equilibrio de formacin del complejo ES se desplazar a la derecha, observndose una
disminucin aparente de la KM (o lo que es lo mismo, "un aumento de afinidad de la E por el S"). Por
otra parte, siempre habr una poblacin del complejo ES que tengan unido el inhibidor, y que no podr
llevar a cabo la catlisis, por lo que el efecto neto ser como si hubiramos reducido la concentracin
de E total, y por tanto la Vmx que puede alcanzarse en el ensayo.

6. Cuando se comparan secuencias de protenas homlogas, a qu hace referencia la expresin

sustitucin conservadora de aminocidos? Enmarca en la siguiente comparacin de secuencias
las sustituciones que consideres conservadoras.
Sustituciones conservadoras son aquellas en las que en la posicin de un aminocido aparece otro de
estructura y/o propiedades similares.
Gly-Leu-Ser-Asp-Gly-Glu-Trp-Ile-Tyr-Thr-Ala-Ala-Val-Arg-Arg-Asn-His-Glu-Ala-Gly-Thr-Met-Cys-Val
Gly-Asp-Thr-Glu-Gly-Lys-Trp-Ile-Phe-Met-Ala-Gly-Ile-Glu-Lys-Gln-His-Glu-Ala-Leu-Trp-Met-Pro-Ala

7. Escribe la ecuacin de Gibbs y describe cada uno de sus trminos.

G = H-TS
G es la energa libre, es decir, la cantidad de energa del sistema capaz de realizar trabajo. G es la
diferencia de G entre el final y el principio del proceso. Nos indica si la reaccin est o no favorecida
termodinmicamente.
es la entalpa, el contenido calrico del sistema reaccionante. En sistemas a volumen y presin
constante (como los biolgicos) se puede considerar igual al contenido de energa (energa interna).
H es, por tanto, la diferencia de entalpa entre el final y el principio del proceso.
S es la entropa, que es una expresin del desorden del sistema. S es, por tanto, la diferencia de
entropa entre el final y el principio del proceso. Los procesos tienden a ocurrir con un aumento de
entropa.
8.

Qu son los zimgenos? Indica un ejemplo, explicndolo brevemente.

Son precursores inactivos de enzimas que son activados mediante rotura proteoltica. Esta estrategia
reguladora se usa cuando las enzimas activas representan un peligro en condiciones en que su
actuacin no es necesaria. Este proceso, al contrario que los otros procesos de regulacin, es
irreversible.
Un ejemplo es la activacin de las proteasas implicadas en nuestro proceso digestivo. Todas se
sintetizan como precursores inactivos y su activacin en cascada es coordinada por la tripsina.
9.

Una mezcla de tres protenas, A (pI = 5,5), B (pI = 6,5) y C (pI = 8,5), se carga en una columna de
CM-celulosa equilibrada a pH 5,0. Predecir el orden de elucin de estas protenas al aplicar un
gradiente de sal a la columna. Responder a la misma pregunta pero considerando que la
cromatografa se desarrolla a pH 7,5.

A menor pI, menos positiva es la protena y tendr menor afinidad por la CM-celulosa. Por tanto,
saldra primero la protena A, despus la B y por ltimo la C.
A pH 7,5 las protena A y B estaran cargada negativamente y, por tanto, no se pegaran en la columna.
A ese valor de pH slo eluira, por tanto, la protena C.
10. Qu diferencia al transporte activo primario del secundario? Indica un ejemplo fisiolgico de cada
uno de estos tipos de transporte.
El transporte activo primario es el que se produce directamente ligado a un aporte de energa,
habitualmente la hidrlisis de ATP, mientras que el transporte activo secundario aprovecha la energa
almacenada, en forma de gradiente inico, por el sistema anterior para llevar a cabo el transporte
contra gradiente de una gran variedad de metabolitos.
Un ejemplo muy representativo de transporte activo primario son las diferentes ATPasas de iones, que
generan gradientes de iones (H+, Na+, K+, etc) a costa de la hidrlisis del ATP. Como ejemplo de
sistemas de transporte activo secundario serviran los cotransportes de Na+ y glucosa en nuestro
organismo o de protones y diferentes metabolitos (lactosa, prolina, etc) en bacterias.

11. Explica brevemente los dos modelos fundamentales que se proponen para explicar la transicin
alostrica de las enzimas, resaltando sus diferencias.
Secuencial: La unin de sustrato por una subunidad, que cambia de T a R, favorece el cambio de
conformacin en la subunidad adyacente.
Concertado: Toda la molcula tiene dos estados diferentes, T y R, que estn en equilibrio. Lo que hace
el sustrato es desplazar el equilibrio hacia la forma R, de mayor afinidad por el sustrato.
La diferencia fundamental entre los dos modelos es que en el secuencial pueden coexistir en la
molcula subunidades en el estado T y en el R, mientras que no se admite esa posibilidad en el
concertado.
12. Qu efecto produce el 2,3-bisfosfoglicerato sobre la hemoglobina? Explica brevemente su modo
de accin.
El 2,3 BPG es un efector alostrico de la hemoglobina que disminuye su afinidad por oxgeno. El BPG
se une en la cavidad central de la desoxihemoglobina, entre las subnuidades , donde encaja
perfectamente e interacciona electrostticamente con hasta ocho grupos positivos. Lo que hace de esta
forma es estabilizar la forma tensa (T) de la hemoglobina, desplazando el equilibrio:
T

hacia la izquierda y haciendo que la hemoglobina pierda afinidad por el oxgeno.

13. Cuando se ensaya la actividad de una enzima con distintas [S], en presencia de un cierto inhibidor
a una concentracin de 100 M, y se representan grficamente los resultados mediante la
representacin de dobles inversos, la pendiente de la recta obtenida es 3 veces mayor que cuando
el experimento se hace en ausencia del inhibidor, pero la interseccin en el eje de abcisas es la
misma. Qu tipo de inhibicin se ha producido? Calcula la Ki del inhibidor.
Sabemos que KM no vara, puesto que el corte en abcisas es el mismo. Para que aumente la pendiente,
que es KM/Vmx, tiene que disminuir Vmx, as que se trata de inhibicin no competitiva. Si la
pendiente aumenta 3 veces quiere decir que Vmx ha disminuido 3 veces. Como Vmx = Vmx /
(1+[I]/Ki), eso implica que 1+[I]/Ki = 3. De aqu podemos despejar el valor de Ki = 50 M.
14. De qu da idea el potencial de xido-reduccin de un par redox? Indica ejemplos de un par muy
reductor y uno muy oxidante.
El potencial de xido-reduccin de un par redox es su tendencia a ceder electrones. Se mide en voltios.
Un par fisiolgico muy reductor es el par NAD+/NADH, con un potencial de -0,32 V
Un par fisiolgico muy oxidante es el par Cit a3ox/Cit a3red, con un potencial de +0,55 V
15. Al someter a electroforesis en presencia de SDS a una protena de masa molecular (M) igual a 240
kDa, se observaron 3 bandas, de M 40, 50 y 70 kDa respectivamente. Se ha determinado la
presencia de hierro en la enzima en una proporcin de 3 moles de hierro por mol de enzima.
Deducir la estructura cuaternaria ms probable, indicando dnde estaran los tomos de hierro.
La nica combinacin posible de esas tres subunidades para que den una M de 240 kDa es de 3
subunidades de 40, una de 50 y una de 70 kDa. Dada la estequiometra de 3 moles de Fe por mol de
enzima, lo lgico es pensar que la enzima contiene un tomo de Fe en cada subunidad pequea.

16. Describe brevemente los centros sulfo-frricos, indicando alguna protena que contenga estos
grupos prostticos.
Son agrupaciones de hierro y azufre implicadas en el transporte de electrones. Son siempre
transportadores monoelectrnicos. Su estructura es muy variada, yendo desde centros con un Fe a los
centros Fe2S2 o Fe4S4. Su potencial redox es siempre muy reductor (desde -0,4 a -1,5 V). Una de las
protenas ms caractersticas con estos grupos son las ferredoxinas, pequeas protenas solubles que
transportan electrones con gran poder reductor en diferentes procesos metablicos: p.e. el aceptor del
fotosistema I en fotosntesis.
17. Define KM Qu informacin sobre la enzima nos proporciona este parmetro?
La KM es la concentracin de sustrato a la que la velocidad inicial de la reaccin catalizada es la mitad
de Vmx.
Es una medida de la concentracin de sustrato adecuada para una catlisis eficaz. Slo en el caso de
que k2 sea muy pequea en comparacin con k-1, KM dar una idea de la afinidad de la E por el S.
18. . En qu consiste el control por retroinhibicin de la actividad enzimtica? Indica un ejemplo.
Cules son las ventajas de esta estrategia de regulacin metablica?
Consiste, en una ruta con mltiples pasos, en la regulacin, por parte del producto final de la ruta, de la
actividad enzimtica de la primera enzima, bloqueando as toda la ruta cuando se acumula este
producto.
Un ejemplo de sto puede ser la ruta de sntesis de L-Isoleucina a partir de L-Treonina, que incluye
cinco pasos catalizados y en la que la L-Isoleucina, el producto final, inhibe especficamente a la
treonina deshidratasa, la primera enzima de la ruta.
La ventaja fundamental de esta estrategia es que al bloquearse la primera enzima de la ruta, se est
evitando que el resto de las enzimas sigan elaborando intermediarios que no van a ser usados en ese
momento, con el consiguiente ahorro de energa y de recursos.
19.

Qu son los giros en la estructura secundaria de protenas? Describe los tipos principales.

Son aquellos motivos estructurales que permiten cambios de direccin de la cadena polipeptdica. Los
giros permiten una inversin completa de la cadena polipeptdica en slo cuatro residuos; se forma
un puente de hidrgeno entre el carbonilo del residuo x y el protn amida de x+3. Se denominan as
porque suelen conectar lminas antiparalelas. En el giro la inversin ocurre en slo tres residuos (el
puente de hidrgeno se forma entre x y x+2). El giro casi siempre incluye una prolina, mientras que
glicina u otros aminocidos con R pequeas son frecuentes en ambos tipos de giro.
20. Enumera al menos cinco estrategias catalticas de las usadas por las enzimas, describindolas muy
brevemente.
a) Aproximacin y optimizacin de la orientacin orbital de los sustratos respecto a los grupos
activos de la enzima.
b) Catlisis por tensin electrosttica, al interaccionar grupos cargados del sitio activo con grupos
cargados del sustrato.
c) Catlisis cido-base. Transferencia de protones desde el sustrato a grupos del sitio activo o
viceversa.
d) Catlisis covalente. Acelera la velocidad de la reaccin mediante la formacin transitoria de un
enlace covalente entre la E y el S.
e) Catlisis por iones metlicos, que suelen actuar como agentes elecroflicos.