Documenti di Didattica
Documenti di Professioni
Documenti di Cultura
Genetica Bacteris
Genetica Bacteris
4: GENTICA BACTERIANA
La variabilitat gentica de les bactries s molt ms elevada que la dels organismes eucariotes.
Els bacteris sn genticament heterogenis tot i ser de la mateixa espcie.
El concepte despcie t us relatiu poden tenir diferencies gentiques del 10-30%. En canvi en
organismes superiors de la mateixa espcie la component gentica s molt semblant.
La variabilitat bacteriana es deguda a:
1. Alta velocitat de creixement que augmenta la
probabilitat de que hi hagi mutacions espontnies.
En condicions ptimes es divideixen cada 30 minuts.
Hi haur mutacions que afecten a la bactria, Algunes
seran deletries (efecte negatiu) per altres no i
seran transferides a la descendncia.
2. La transferncia de genomes:
Transferncia vertical duna generaci a la segent
Transferncia horitzontal una bactria passa un gen o un conjunt de gens, dun
individu a un altre que coexisteix amb el primer. Sol succeir entre individus duna mateixa
espcie, per no sempre. Aix que es poden intercanviar gens entre individus de diferents
espcies, per en general acostuma a ser entre properes (ex: entre gram+ entre elles i no
duna + a una -). Hi ha 3 mecanismes (transformaci, transducci i conjugaci).
Les mutacions que apareixen espontniament es poden transmetre verticalment (de generaci
en generaci)
Exemple: Quantes bactries duna colnia tenen una mutaci?
Probabilitat de que muti un nucletid o un gen: 10-8 o 10-9 (freqncia de gens mutats)
Cada bactria t un genoma. En un cultiu bacteri, hi ha 108 bactries /mL de cultiu per tant,
en una colnia hi hauria entre 1 i 10 indivius amb una mutaci.
Si parlem duna enterobacteria (Escherichia coli) s una bactria gram negativa que viu a lintest;
t un genoma de 4000 gens. Les protenes normalment tenen entre 200 i 500 aminocids. Si jo
considero que la protena t 333 aa, la mida mitja del gen s 1000 nucletids. Per tant, un genoma
t una longitud de 4106 nucletids.
En un cultiu bacteri, hi ha 1084106 nucletids per mL 41014 nucletids/mL.
Durant el procs replicatiu, se mestan produint 41014 10-9 errors en la replicaci = 4105 errors.
La majoria daquests errors acabaran reparant-se.
Hem de tenir en compte tamb el tipus de mutacions (espontnies o per agents mutagnics), ja
que no totes implicaran un efecte en el fenotip. Hi ha mutacions que sn silencioses. Les
mutacions ms freqents sn la substituci dun nucletid per un que no toca (mutacions
puntuals) i aquestes mutacions puntuals poden comportar:
Considerem com a punt de partida el cod TAC, que codifica per la tirosina.
Mutaci silenciosa: Si el canvi de base afecta a la tercera lletra
del cod i laa continua sent el mateix. Tot i que la mutaci no
es repari, no hi ha cap efecte en la protena final. Hi ha un canvi
en el genoma que no afecta al fenotip final.
Mutaci sense sentit: Introducci dun cod STOP. La traducci
de la protena saturar all on hi ha hagut la mutaci. Donar
lloc a una protena incomplerta que segurament no ser
funcional. Causa efectes fenotpics greus.
Mutaci de canvi de sentit: es canvia un aminocid per un altre
i poden tenir un efecte a nivell de la funci de la protena. Amb
posibles efectes en el fenotip
Canvis en el marc de lectura: la mutaci s una adici o
deleci dun cert nombre de bases nitrogenades. Tenen
conseqncies bastant drstiques sobre la protena, i per
tant, sobre el fenotip. Hi ha bactries que ho fan a posta, ja
que els hi pot aportar certes avantatges.
NOMENCLATURA:
Soca salvatge: Soca natural que allem dun ambient
natural i en la que suposem que no sha produt cap mutaci.
Soca mutant: soca salvatge que ha patit mutacions que poden ser:
- Espontnies: fruit dels errors de la replicaci
- Indudes: per agents mutagnics
Les mutacions poden revertir. Igual que hi ha mutacions que passen de soca salvatge a soca
mutant; pot ser que posteriorment una soca mutant passi a ser una soca salvatge per una altra
mutaci. Aix s una REVERSI. Tot i aix, aix t conseqncies en el fenotip.
Una REVERSI FENOTPICA: s la recuperaci duna activitat manifesta duna protena
(prviament perduda per una mutaci) com a conseqncia duna segona mutaci. Pot ser
causada per:
Una reversi genotpica: Si el genotip retorna a la situaci de partida, el fenotip tamb ho
far.
uposem que tenim una seqencia de partida (soca salvatge) s produeix una
primera mutaci que provoca un canvi en la protena Es fa una segona mutaci en el mateix
punt on hi havia la primera mutaci i la canvia a la base original. Com que em reverteix el
genotip, tamb em revertir el fenotip.
Supressi intra o intergnica: la segona mutaci no t lloc al punt de la primera mutaci, sin
a un altre punt (sanomena mutaci supressora, ja que suprimeix la primera mutaci).
Aquesta segona mutaci pot afectar al mateix gen on ha tingut lloc la primera mutaci
(supressi intragnica) o pot afectar a un altre gen (supressi intergnica).
Exemple intergnica: Suposem que el punt de partida s duna protena amb dos aminocids
que interaccionen entre ells per donar a la protena una estructura tridimensional per a que
sigui activa. Si ara es canvia un aminocid per un diferent, s molt probable que aquest nou
aminocid no pugui interactuar amb laltre aminocid, provocant que es canvi lestructura
tridimensional de la protena i que no sactivi. Si ara la segona mutaci afecta al segon
aminocid, pot ser que aquests dos nous aminocids puguin tornar a interactuar. La protena
amb una doble mutaci pot recuperar una estructura tridimensional activa.
MUTGENS QUMICS I FSICS
Les mutacions indudes augmenten la taxa de mutaci bacteriana. Els mutgens son substancies
qumiques o situacions fsiques que indueixen mutacions.
BLOC 4-4
Resultat
Incorporat com T
Incorporat com A
AT
AT
GC
GC
cid nitrs
Hidroxilamina
Agents alquilants
(etilmet sulfonat, etc)
Desamina A i C
Reacciona amb C
AT
GC
GC y GC
AT
Metila G
GC
AT
Entrecreuadors
(nitrosoguanidina, mitomicina, etc)
Entrecreuament
cadenes de DNA
Mutacions puntuals i
Delecions
Colorants intercalants
(acridines, bromur detidi, etc)
Microinsercions i
Microdeleccions
Formaci dmers de
pirimidina
Trencament cadena DNA
Agent
Anlegs de bases
5-bromouracil
2-aminopurina
AT
Radiacions
Llum UV
Anlegs de bases: substancies qumiques que sassemblen a les bases nitrogenades originals
per que no ho sn; dalguna manera poden enganyar a la maquinria replicativa.
Ex: 5-bromouracil anleg de la timina, per tant, sincorpora com si fos timina. En comte dun
CH3, la molcula t un Br. Una vegada incorporat com a nucletid en el DNA, t una alta
probabilitat daparellar-se amb guanines (en comptes dadenines).
MICROBIOLOGIA
GENTICA BACTERIANA
Radiacions
Llum UV: Formaci de dmers de pirimidina (T-T). Uni covalent entre les dos
timines, que produeix una distorsi de la doble hlix, que provoca lerror de la
polimerasa en la replicaci.
Radiacions ioanitzants (raigs X): Provoca trencaments en el DNA.
Les mutacions per radiacions normalment no sn reparades, en canvi, els altres
si.
MICROBIOLOGIA
GENTICA BACTERIANA
Mutants de bactries que en principi poden produir pigments i que les mutacions
impedeixen que produeixin el pigment. Moltes bactries ambientals que viuen a
en la nostra superfcie estan exposades a la llum UV, i poden produir pigments
protectors. Quan aquestes bactries estan en un medi de cultiu veiem que
formen pigments de colors. Quan muten, parlem duna mutaci perjudicial, ja
que no poden protegir-se de la UV i no poden colonitzar la nostra superfcie.
MICROBIOLOGIA
GENTICA BACTERIANA
Un mutant auxtrof per la lisina sanomena Lys-, i la bacteri origina seria Lys + i se
lanomena prottrof.
Aquest mutants tenen una utilitat practica molt gran, per tal de detectar mutgens
ambientals. Es fa mitjanant un test que est estandarditzat i acceptat duna manera
general, que sanomena test dAmes.
TEST DAMES
Sutilitza per avaluar la mutagenicitat de compostos qumics. Utilitza bactries
normalment E.Coli o Salmonella typhimurium. El punt de partida son mutants de
6
MICROBIOLOGIA
GENTICA BACTERIANA
MICROBIOLOGIA
GENTICA BACTERIANA
TRANSFORMACI
El DNA passa de forma lliure, sense cap contacte directe. Lorigen del DNA normalment
son fragments duna bactria donadora que ha mort i sha lisat. Algun daquests
fragments interaccionen amb receptors localitzats en la superfcie de la bactria
receptora. Per a que el fragment pugui entrar, la bactria receptora ha destar en un
estat competent
s aquell estat en que les bactries poden incorporar el DNA. La
paret bacteriana ha de ser permeable per tal que el DNA pugui entrar.
Aix es pot donar de manera espontnia a la natura, per de manera natural la majoria
de les bactries mai entren en estat competent, per hi ha altres espcies que si que hi
poden entrar de forma natural.
8
MICROBIOLOGIA
GENTICA BACTERIANA
Hi ha dos exemples:
-
Aquestes bactries son transformables noms quan arriben a la fase estacionaria del
seu creixement, s a dir, quan perden la capacitat multiplicativa i entren en estat de
reps.
A altres bactries, nosaltres podem induir la entrada de DNA en bactries, per aix ja
no seria una transformaci de manera natural. Es fa permeabilitzant la membrana de la
bactria receptora. Normalment es fa amb E.Colli.
La entrada implica la interacci entre la envolta de la membrana, i una de les dos
cadenes de DNA. Alguna nucleasa de la paret, degrada una de les dos cadenes i es la
cadena no degradada la que entra dins de la cllula. Per tant, noms hi ha un tros de
DNA monocatenari procedent de la bactria donadora.
Si donadora i receptora son de la mateixa espcie, comparteixen DNA i per tant, aquest
DNA monocatenari tindr seqencia homologa a la del receptor. Grcies a lacci de la
bactria que esta molt conservada RecA que interv en processos recombinatoris de
material gentic, afavorir que la monocadena de DNA que penetra des del exterior, es
produeixi un desplaament on la zona del cromosoma homologa, s a dir, una separaci
de les dos cadenes del cromosoma, de manera que la cadena monocatenria del exterior
saparelli a una de les dos que ha quedat lliure del cromosoma. Podem dir que hi ha un
desplaament de una de les dos cadenes del cromosoma per la monocadena de la
bactria donadora.
Desprs una endonucleasa tallar la cadena
que sha desplaat del cromosoma, i la lligasa
lligar els dos extrems a la monocadena.
Si hi ha una certa diferencia entre les dues
cadenes, el resultat ser un canvi genotpic.
Mitjanant aquest mecanisme, la bactria es
pot tornar ms virulenta.
Experiment de Grifith
Va assentar les bases, perqu anys desprs es demostres que el portador de la
informaci gentica es el DNA.
Es basa en una espcie bacteriana, el pneumococ, que es una de les especies
transformables naturalment, i el seu nom cientfic es el streptococcus pneumoniae. Hi
ha determinades soques virulentes, perqu produeixen cpsula, que s antifagocitria.
9
MICROBIOLOGIA
GENTICA BACTERIANA
Per tant, quan les cllules envaeixen el organisme hum, no poden ser fagocitades, i
per tant, son virulentes.
Per detectar una soca capsulada, veiem que en un medi de cultiu formen colnies llises
(voltant molt regular).
Hi ha mutants del mateix pneumococ que sn incapaos de formar cpsules, i per tant,
aquests seran fcilment fagocitats i no virulents.
Quan els sembrem el medi de cultiu, aquests formaran colnies amb el voltant irregular
(colnies rugoses).
En aquests experiment, va agafar un cultiu de cllules capsulades (virulentes) i els
injectava amb ratolins i morien. Si li injectaven cllules no virulentes el ratol sobrevivia.
A continuaci va agafar un cultiu de les cllules capsulars i els va tractar amb calor, per
tant, va destruir les cpsules i les cllules van morir, i al injectar-lo al ratol aquest
sobrevivia. Per ltim, al agafar cllules virulentes, les tractava per calor, i les mesclava
amb cllules no capsulades per tant no virulentes, al injectar-lo al ratol aquest moria.
Va treure sang dels ratol mor i va trobar cllules no capsulades i daltres capsulades.
Com podia ser aix si els hi havia posat cllules capsulades morta? Per la transformaci,
ja que el DNA de les virulentes arriba a les no virulentes, transformant-les en virulentes.
Temps desprs, altres investigadors, van demostrar que
la molcula transformadora de virulentes a no virulentes
era el DNA.
Aquest experiment ens indica que el fenomen de la
transformaci es pot donar en la natura, en aquest cas
en el interior dels ratolins, i que per exemple, es pot estar
donant contnuament en el nostre organisme (intest).
TRANSDUCCI
El DNA passa a travs dun vector, que en aquest cas ser un virus. Un virus s una entitat
submicrocopica, acellular, format per una coberta proteica, dins de la qual hi ha una
molcula dcid nucleic.
Els virus que afecten bactries sanomenen bacterifags, virus bacterians o fags.
PROCS DINFECCI
-
MICROBIOLOGIA
GENTICA BACTERIANA
CICLE LTIC
11
MICROBIOLOGIA
GENTICA BACTERIANA
lisar, per amb la peculiaritat, de que ara tots els virus tindran part del cromosoma
bacteri.
CONJUGACI
Contacte directe entre una bactria donadora i una receptora. Es freqent que passi a
part de DNA cromosmic, els plasmids.
Plsmid
Molcula de DNA circular de doble cadena amb capacitat de replicaci
autnoma, independentment de la replicaci del cromosoma. La diferencia entre els
cromosomes i els plasmids es que aquests sn ms petits que els cromosomes, i els
cromosomes son imprescindibles per a la vida, en canvi, els plasmids no, poden ajudar
a la bactria a adaptar-se a ambients, per no es necessari per a la seva vida.
Molts plasmids sn conjugatius, s a dir, que poden passar de una bactria a una altra
per mitj dun contacte amb una bactria que no cont plasmids. Al mateix temps, que
un plasmid passa a la bactria receptora, es fa una replicaci daquest, i una de les cpies
passa al receptor i laltra a la donadora.
MECANISME
Lexemple es fa amb el plasmid F, que es el primer que es va caracteritzar en E.Colli.
-
Prcticament tots els plasmids que tenen capacitat conjugativa passen per un cas molt
semblant a aquest.
12
MICROBIOLOGIA
GENTICA BACTERIANA
Un factor F que t capacitat per inserirse en una altra bactria ha de tenir una
regi tra, que per exemple, codifica per
la sntesis dels pilis sexuals. En aquesta
regi tra tamb es troben les molcules
caces de mobilitzar el DNA des de la
donadora a la receptora.
Una altra regi molt important, s la
regi oriT, que indica lorigen de
transferncia, i ser aqu on talli la endonucleasa, i ser lo primer que passi a la F-.
Tamb cont elements mbils, que son seqencies de DNA que tenen capacitat de
moures duna localitzaci a una altra. (IS3-IS2-Tn1000). Es a dir, poden passar duna
zona del plasmid a una altra, o a un altre plasmid, o fins i tot, al cromosoma.
El plasmid t una mida de un 3% de la mida de la bactria, i cont aproximadament 100
gens.
13
MICROBIOLOGIA
GENTICA BACTERIANA
ELEMENTS MBILS
Sn caracterstics de bactries. I poden ser de dos tipus:
-
Seqncia dinserci: s una regi de DNA de petit tamany, entre 800.000 bases,
que presenta en els dos extrems dos regions repetides en seqencia divergent,
s a dir, si llegim en un extrem de dreta a esquerra tindre el mateix que en el
altre extrem llegit al revs. Al mig queda el gen, que codifica per lenzim
transposasa, que permet la mobilitzaci cap a un nou lloc, i la integraci en el
nou lloc.
Els transposons: Sn ms complexes, perqu consten de dos seqencies
dinserci una a la esquerra i laltra a la dreta, i al mig una seqencia de DNA que
cont altres gens que codificaran per diferents funcions. Per tant, un transpos
sempre ser ms gran que la seqncia dinserci.
Els gens dels transposons codifiquen per resistncia a antibitics, per tant, en
molts casos seran aquests els responsables de la resistncia antibitica.
Exemple: IS50 que cont els gens Kan (que dona la resistncia a un determinat
antibitic ) str (dona resistncia a streptomicina?
Quan un transpos passa a una altra bactria, la bactria receptora adquiria
aquests gens i per tant, es tornar resistent.
Tamb sn mutagnics. Quan els
transposons sintegren en un lloc ho fan
al atzar, i hi ha la possibilitat de que ho
faci en mig dun gen, i per tant, aquest
estar partit per la meitat, i aix
provocar la seva inactivitat, i per tant,
parlem duna mutaci per transposici
dun element mbil.
14
MICROBIOLOGIA
GENTICA BACTERIANA
Quan aquesta bactria que cont el factor F integrat en el cromosoma, entri en contacte
amb una altra receptora, comenar donant-li el factor F per la regi oriT, per com es
veu lligat al cromosoma, tamb es transferir aquest sencer. Per tant, aquesta bactria
ser capa de transferir el cromosoma, grcies al factor F integrat a una nova bactria.
Una bactria que cont el factor F integrat
sanomena Hfr (high frequency og
recombination),
alta
freqncia
de
recombinaci de gens cromosmics. Quan una
bactria Hfr es junta amb una F-, es capa de
transferir-li el seu cromosoma.
Segons on sintegri el factor F, els gens del
cromosoma passaran amb diferent ordre.
Podria ser que acabs passant tot el
cromosoma, per aix s molt difcil, ja que el pont conjugatiu hauria daguantar tot el
temps necessari (90 minuts), i normalment no s tant estable. Per tant, lo normal es que
passi tot el factor F, per a mesura que comencem amb el cromosoma, es va tancant el
pont i per tant no entrar tot.
En funci del lloc del cromosoma on sintegra el factor F podem classificar les diferents
Hfr. (Hfr1 Hfr2 Hfr 3 Hfr 4)
El resultat de lencreuament entre Hfr amb una F- s que es mant Hfr + F , ja que no
t tot el plasmidi, noms presenta la meitat, i per tant, no presenta totes les funcions,
tot i que presenta benefici ja que cont gens duna altra bactria que contribueix a la
variabilitat.
El plasmid F no s un plasmid tpic, ja que la majoria de plasmid bacterians confereixen
a les bactries algunes propietats que son beneficioses per aquestes, s a dir nous
fenotips beneficiosos. Per el plasmid F no, ja que noms permet que es pugui
autotransferir, per no de resistir als antibitics, o metabolitzar a algun compost etc.
Lexemple tpic sn els factors R, R de resistncia, com per exemple als antibitics. Els
factors de resistncia a antibitics acostumen a ser especfics de la espcie, i per tant,
seran difcilment transmesos a altres especies, lo que no vol dir que mai, ja que en casos
especials ho poden arribar a fer. La majoria sn conjugatius, s a dir, que sn
transferibles, i aix permet que es dispersi conjugativament entre individus de la
mateixa espcie, i que els hi confereixi la resistncia antibitica. Molts factors de
resistncia a antibitics, conten gens que doten residncia a ms dun antibitic, per
tant, quan el factor R passi duna bactria a una altra, aquesta adquirir instantniament
i a la vegada residncia a diferents antibitics. MULTIRESISTNCIA
Exemple: factor R100 de E.Colli.
El factor R100 presenta caracterstiques del factor F, sumant-li noves coses, que seran
els que confereixin la resistncia. Per exemple, presenta la regi tra que igualment
15
MICROBIOLOGIA
GENTICA BACTERIANA
MICROBIOLOGIA
GENTICA BACTERIANA
17