La organizacin operativa del colectivo y certificadora consta de tres niveles:
El primer nivel corresponde al Colectivo Cacmixtle A.C., el cual
cumple como eje rector compuesto por cinco coordinadores El segundo nivel corresponde al Comit de Certificacin y rea de investigacin, actualizacin y difusin; estar compuesto por 3 agentes ajenos al primer nivel y un presidente miembro del primer nivel. El tercer nivel corresponde a inspectores, evaluadores y equipo tcnico, el cual tendr como mnimo 4 miembros y el mximo lo determinar el Colectivo Cacmixtle A.C.
Todos los niveles estarn a consideracin de Colectivo Cacmixtle A.C.