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MONOGRAFIA
CURITIBA
2012
CURITIBA
2012
RESUMO
KOPP, M. Ernani. Construo de um cluster HPC para simulaes de CFD. 2012. 60 f.
Monografia (Especializao em Teleinformtica e redes de computadores) Programa de PsGraduao em Tecnologia, Universidade Tecnolgica Federal do Paran. Curitiba, 2012.
ABSTRACT
KOPP, M.Ernani. Construction of an HPC cluster for CFD simulations. 2012. 60 f.
Monograph (Specialization in Teleinformtica and computer networks) - Graduate Program in
Technology, Federal Technological University of Paran. Curitiba, 2012.
LISTA DE FIGURAS
Fig. 1 Paralelismo Real (Adaptado de SNOW,1992)............................................................... 16
Fig. 2 Pseudo Paralelismo (Adaptado de SNOW,1992 ............................................................ 17
Fig. 3 Arquitetura UMA (Fonte: SLOAN, 2004)..................................................................... 21
Fig. 4 Arquitetura NUMA (Fonte: SLOAN, 2004) .................................................................. 21
Fig. 5 Cluster Beowulf (Fonte:-cluster) .................................................................................... 23
Fig 6 Cluster simtrico (Fonte: SLOAN, 2004) ....................................................................... 24
Fig. 7 Cluster Assimtrico (Fonte: SLOAN, 2004) ................................................................. 25
Fig. 8 Cluster Estendido (Fonte: SLOAN, 2004) ................................................................. 26
Fig. 9 Estrutura tpica do Compute Cluster Server( Adaptado de RUSSEL, 2005).............. 29
Fig.10 Topologia 1 (Fonte Adaptado de RUSSEL, 2005) ....................................................... 30
Fig. 11 Topologia 2 (Fonte Adaptado de RUSSEL, 2005) ...................................................... 31
Fig. 12 Topologia 3 (Fonte Adaptado de RUSSEL, 2005) ...................................................... 32
Fig. 13 Topologia 4(Fonte Adaptado de RUSSEL, 2005) ....................................................... 32
Fig. 14 Topologia 5 (Fonte Adaptado de RUSSEL, 2005) ...................................................... 33
Fig.16 Tela do CFX (Fonte autoria Prpria) ............................................................................ 35
Fig. 17 Cluster HPC LACIT (Fonte Autoria Prpria) .............................................................. 37
Fig. 19 rea de trabalho Remota (Fonte: Autoria Prpria)...................................................... 40
Fig. 20 Topologia do cluster HPC no HPC 2008 Cluster Manager (Fonte Autoria Prpria) .. 41
Fig. 21 Gerenciamento de ns do cluster (Fonte Autoria Prpria) .......................................... 41
Fig. 22 Tela MPI CFX (Fonte Autoria Prpria). ...................................................................... 42
LISTA DE TABELAS
HPC
CFD
MPI
FLOPS
UMA
NUMA
FCFS
First-Come First-Served
SUMRIO
1 INTRODUO ...................................................................................................................... 11
1.1 TEMA ............................................................................................................................... 11
1.2 OBJETIVOS ..................................................................................................................... 12
1.2.1 Objetivos Gerais ......................................................................................................... 12
1.2.2 Objetivos especficos.................................................................................................. 12
1.3 PROBLEMA ..................................................................................................................... 12
1.4 JUSTIFICATIVA .............................................................................................................. 12
1.5 PROCEDIMENTOS METODOLGICOS ...................................................................... 13
1.6 ESTRUTURA DO TRABALHO ...................................................................................... 13
2 COMPUTAO DE ALTO DESEMPENHO ............................................................. 14
2.1 INTRODUO ................................................................................................................ 14
2.1 CONCEITOS SOBRE PROCESSAMENTO PARALELO ............................................. 15
2.2 MESSAGE PASSING INTERFACE (MPI) ........................................................................ 18
2.3 ESTRUTURA FSICA DE SISTEMAS COMPUTACIONAIS DE ALTO
DESEMPENHO ...................................................................................................................... 19
2.3.1 Arquitetura Com Um Processador ............................................................................. 20
2.3.2 Sistemas de Mltiplos Processadores ......................................................................... 20
2.4 AGLOMERADOS DE COMPUTADORES (CLUSTERS) ............................................. 22
6 CONCLUSO...................................................................................................................... 45
APNDICE A ESPECIFICAO HARDWARE DO CLUSTER .................................. 48
APNDICE B INSTALAO DO ACTIVE DIRECTORY ............................................. 50
APNDICE C - CONFIGURAO BSICA DO CLUSTER HPC ................................... 53
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1 INTRODUO
1.1 TEMA
Na ltima dcada, as redes de computadores se tornaram mais rpidas e mais
confiveis, o que possibilitou a interligao dos computadores pessoais de maneira
eficiente formando sistemas distribudos, tais como o cluster. Os clusters so
construdos com o intuito de oferecer uma imagem de um sistema nico (apesar da
distribuio de seus componentes), de forma que o usurio, em determinados casos,
no perceba que est trabalhando com vrios computadores ao mesmo tempo.
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1.2 OBJETIVOS
A seguir, ser apresentado o objetivo geral e especfico, que se pretende
atingir com este projeto de pesquisa.
1.2.1 Objetivos Gerais
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A aplicao que uma determinada tecnologia pode exercer pode revelar a seu
poder e importncia para aperfeioar as pesquisas. Tradicionalmente, estas aplicaes
emergem nas reas de cincias computacionais e engenharia, de interesse tanto de
instituies acadmicas interessadas em pesquisa cientfica e tecnolgica como de
indstrias de grande porte (JUNIOR,2004). Podem-se enumerar algumas delas:
Previso climtica,
Genmica e bioinformtica,
Minerao de dados,
consegue
processar
mais
FLOPS
por
segundo.
Atualmente
os
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16
17
uso do processador;
paralelo
No desenvolvimento de uma arquitetura paralela, aps a especificao do
problema a ser resolvido, deve-se decidir em quantas tarefas o problema ser dividido e
como essas tarefas iro interagir. Essas decises so diretamente afetadas pela natureza
do problema e pelas caractersticas do hardware disponvel.
Para a construo de uma arquitetura paralela eficiente devem ser levadas em
contas trs questes essenciais. A primeira com relao distribuio de dados pelos
processadores. O programador deve estabelecer uma distribuio adequada dos volumes
de rotinas de clculo e de comunicao. A segunda questo a ser analisada com
relao topologia de interconexo entre os processadores, para obter uma rede estvel
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para a troca de mensagens entre eles. A terceira questo a ser observada com relao
distribuio de controle entre os processadores. As tarefas devem ser alocadas aos
processadores respeitando o sincronismo entre as suas interaes.
2.3 MESSAGE PASSING INTERFACE (MPI)
19
20
21
22
Baixo custo
23
A figura 5 Apresenta um exemplo de cluster Beowulf, de estaes de
trabalho.
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escalonador de trabalho, o qual envia para um dos ns dentre aqueles designados para
o trabalho. A menos que dependncias entre as tarefas sejam definidas, estas so
servidas segundo a poltica FCFS (First-Come First-Served) (Russel, 2005)
No caso de vrias tarefas que no trocam informaes entre si (varredura
paralela e fluxo de tarefas), estas so alocadas n a n, at que os processadores de
cada n estejam todos ocupados (RUSSEL, 2005). Assim, se o n designado pelo
escalonador de trabalho dispe de quatro processadores, o mximo suportado pela
verso atual do Windows Compute Cluster Server, as quatro primeiras tarefas sero
alocadas nestes quatro. As quatro seguintes, nos quatro processadores do prximo n
designado, at que todos os processadores, em todos os ns, estejam ocupados. Caso
haja mais tarefas que processadores, estas devem aguardar a liberao de um
processador.
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5 APLICAO DO CLUSTER
Localizado na UTFPR campus Curitiba, O Laboratrio de Cincias Trmicas LACIT um grupo de pesquisa criado em 1999 com atividades na rea de Mecnica
dos Fluidos, Transferncia de Calor e Termodinmica. O grupo trabalha em diversas
reas de Engenharia Trmica e seus estudos envolvem no s investigao bsica, mas
tambm aplicada.
NO LACIT so feitas diversas simulaes de escoamentos monofsicos,
bifsicos, comportamento de bombas entre outras atividades referentes rea de
mecnica dos fluidos. As simulaes so realizadas atravs do software CFX um
programa comercial de CFD (do ingls Computational Fluid Dynamics). A figura 16
mostra um exemplo de simulao no CFX.
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tempo computacional para serem resolvidos, por exemplo, uma simulao rotineira de
um escoamento bifsico, gua e gs, leva em uma estao de trabalho com 4GB de
memria e processador de 4 ncleos de velocidade de 2.8Ghz cerca de 15 a 20 horas
para ser completada; dependendo do refinamento dos clculos esse tempo pode passar
facilmente de 20 para 30 a 40 horas, sendo portanto um inconveniente para o usurio
esperar tanto tempo at analisar os resultados da simulao.
H, portanto, necessidade de um sistema com um poder computacional mais
poderoso que permita executar essas simulaes em um intervalo de tempo menor,
neste contexto que o cluster HPC entra como soluo. Mais detalhe do cluster
mostrado nos captulos seguintes.
5.1 O CLUSTER HPC
8M Cache,
GB)
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Como os processadores possuem a tecnologia Hyper-Threading ou hiperprocessamento, tecnologia usada em processadores que o faz simular dois
processadores tornando o sistema mais rpido quando se usa vrios programas ao
mesmo tempo; como cada servidor possui 2 processadores Quad, 4 ncleos, ento
tem-se em cada processador, 4 ncleos fsicos e 4 virtuais portanto 8 processadores
fsicos e 8 virtuais em cada servidor num total de 16 processadores por servidor,
portanto o cluster possui 32 processadores.
5.2 WINDOWS HPC SERVER 2008 R2
por
um
perodo
de
meses
http://www.microsoft.com/hpc/en/us/trial/what-is-hpc.aspx.
no
seguinte
site:
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40
Para Gerenciar o cluster usa-se o programa HPC 2008 Cluster Manager, nele
possvel obter informaes sobre a topologia de rede usada, estado dos ns do cluster:
online ou offline, e nvel de uso do processador em cada n. Basicamente essas
informaes foram as mais usadas, porm o programa possui uma gama maior de
informaes disponveis para um completo gerenciamento do cluster, as figuras 20 e 21
mostram algumas caractersticas desse gerenciador.
41
Fig. 20 Topologia do cluster HPC apresentada no HPC 2008 Cluster Manager (Fonte
Autoria Prpria)
42
Aps abrir a simulao desejada clica-se em define run onde possivel definir o
nmero de processadores que sero usados para resolver as tarefas computacionais: em
type of run escolhe-se full em run mode coloca-se Submit to Windows CSS
Na figura 23 pode-se ver a distribuio de tarefas entre os ns
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Simulao
Tempo no cluster
Escoamento monofsico
3 horas
1 hora e 40 minutos
Escoamento bifsico
10 horas
6 horas e 50 minutos
Escoamento bomba
18 horas
15 horas
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6 CONCLUSO
Dependendo da aplicao, simular numericamente requer alto esforo
computacional. O desenvolvimento cientfico e tecnolgico na rea de informtica
levou ao surgimento de supercomputadores. Porm, sua utilizao invivel devido ao
alto custo associado a esta tecnologia.
Com o intuito de encontrar uma soluo alternativa vivel financeiramente,
estudos sobre computao de alto desempenho HPC (do ingls, High Performance
Computing) foram realizados. A partir destes estudos, foi proposta uma nova arquitetura
com alto poder computacional, o cluster. O cluster um sistema que compreende um
aglomerado de computadores pessoais ou servidores dedicados que trabalham em
conjunto para executar aplicaes ou realizar outras tarefas, mas, que visto como um
recurso nico pelo usurio. Devido a estas caractersticas estes sistemas tm sido
objetos de diversos estudos.
Como resultado de um destes estudos, a Microsoft lanou em o Windows
Compute Cluster Server que um sistema operacional voltado implantao,
configurao e gerenciamento de cluster. Windows Compute Cluster Server possui
vrias ferramentas que facilitam o gerenciamento do cluster. Apesar de se tratar de um
programa proprietrio o uso do Windows Compute Cluster Server permite o usurio
novato nos fundamentos de cluster entender o funcionamento destes luz das
tecnologias da Microsoft, porm os conceitos intrnsecos dos clusters como ns, headnodes, e escalonamento de tarefas so pertinentes tambm plataforma GNU/Linux,
portanto, no futuro tal usurio poder implantar clusters baseados em sistemas Linux
com um conhecimento mais slido sobre clusters. Em relao ao cluster HPC
construdo neste trabalho h algumas consideraes importantes a serem mencionadas:
Por se tratar de um trabalho inicial pode-se caracterizar como sendo um primeiro
passo as etapas realizadas neste trabalho, da teoria a pratica, pois se conseguiu montar a
estrutura bsica de um cluster HPC, o passo seguinte prev algumas melhorias a serem
feitas para atingir um nvel mais elevado de aprimoramento, so elas:
computacionais ao cluster;
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processadores;
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REFERNCIAS
JUNIOR, F.H.C. Computao de Alto Desempenho em Plataforma Windows, Artigo,
48
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RACK DELL
Rack com 42U de altura
50
Active
Directory
uma
implementao
de
servio
de
diretrio
no
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com
nome
DNS
completo
do
domnio,
por
exemplo:
meudominio.com.br
Clique no boto "Avanar".
h) Este parte poder demorar alguns minutos, pois o sistema ir procurar pelo
servidor DNS e verificar se o nome j existe.
i) Na janela de "Nome do domnio NetBIOS", aceite a opo padro (que o
primeiro nome do domnio DNS) e clique no boto "Avanar".
j) Na janela de "Pastas do banco de dados e log", lembre-se que a partio dever
ser NTFS e voc somente dever alterar os caminhos padres por motivos de
desempenho.
O caminho "\Windows\NTDS" o local onde sero armazenados os dados do AD.
k) Aceite as opes padres e clique no boto "Avanar".
l) Na janela de "Volume de sistema compartilhado", a partio tambm dever ser
NTFS e somente dever ser alterado caso haja problemas de desempenho.
m) O caminho "\Windows\SYSVOL" o local onde sero armazenados as GPOs e
scripts do AD e esta pasta replicada para todos os outros DC.
n) Aceite a opo padro e clique no boto "Avanar".
Passo2: Lembre-se que o servidor DNS requerido pelo AD deve aceitar registro SRVs e
atualizaes dinmicas.
Portanto, o mais recomendvel utilizar o servidor DNS do Windows Server 2003 e
deixar que o assistente faa a instalao e configurao do mesmo.
a) Selecione a opo "Instalar e configurar o servidor DNS neste computador e
definir este computador para usar o servidor DNS como seu servidor DNS
preferencial" e clique no boto "Avanar".
b) Na janela de "Permisses", selecione a opo "Permisses compatveis somente
com os sistemas operacionais de servidor Windows 2000 ou Windows Server
2003" e clique no boto "Avanar".
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Esta opo somente dever ser alterada caso voc tenha DCs rodando em plataforma
Windows NT, o que no o caso do presente trabalho.
c) Na janela de senha, digite e confirme a senha de administrador do modo de
restaurao; clique no boto "Avanar".
d) Esta senha importante, pois ela no a mesma senha do administrador do DC
e deve ser usada quando houver problemas no DC ou quando o DC for removido
do computador.
e) Na janela de "Resumo", verifique as opes selecionadas. Caso as opes
estejam corretas, clique no boto "Avanar".
f) Voc ir acompanhar o assistente executando as tarefas solicitadas.
g) Caso ocorra algum erro, aguarde o assistente finalizar e depois execute-o
novamente para desfazer as alteraes.
h) Clique no boto "Concluir".
Voc precisar reiniciar o computador para iniciar o AD. Clique no boto "Reiniciar
agora".
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Passo 1- no Windows HPC cluster manager, clica-se em configure your network, link
localizado em deployment to list como aparece em destaque na figura A1;
Passo 2- A primeira tela a de configurao da topologia, conforme visto na figura A2;
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Passo 3: Aps escolhido a topologia configura-se as interfaces de rede como visto nas figuras
A3, A4 e A5. Como a interface Enterprise est configurada para obter um endereo IP
automaticamente, as configuraes de IP que aparecem na Figura .A3 so referentes ao servidor
DHCP do servidor Serverlacit
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Passo 2: Aparecer a tela da figura 2, marque a opo Add compute nodes or brokes
nodes that already been configured;
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Passo 5: Aps todas as configuraes realizadas clique finish na tela que aparece na
figura A12; a figura A13 mostra o n computacional j adicionado ao cluster.
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