IV.

EVOLUCIN DE GENES Y GENOMAS

1. Anlisis del cambio evolutivo a nivel
molecular.
2 El reloj
2.
l j molecular.
l
l
3 Teora neutral.
3.
neutral
4. El origen
g de nuevos genes.
g
5. El genoma como unidad de evolucin.
6. Evolucin comparada de genomas.

1. Anlisis del cambio evolutivo a nivel

molecular
CONTEXTO HISTRICO
Las primeras secuencias de protenas a fines de la dcada de 1950
Primeros estudios de variabilidad alozmica en la segunda mitad de la dcada
de 1960
Las primeras secuencias de DNA a fines de la dcada de 1970
SORPRESAS
Las poblaciones naturales son mucho ms variables de lo que se esperaba.
Para la teora sinttica solamente algunas clases de seleccin podran
mantener polimorfismos.
La divergencia de secuencias de protenas es proporcional al tiempo
aproximado de divergencia entre especies
La evolucin morfolgica,
f
mejor conocida, es errtica en su ritmo.

Anlisis del cambio evolutivo a nivel molecular

Las hemoglobinas transfieren oxgeno de los pulmones al resto del cuerpo
Hace 800 MA

hoy

Anlisis del cambio evolutivo a nivel molecular

Gran parte de la historia evolutiva de un organismo est documentada
en su genoma
Podemos estudiar la evolucin (molecular) de genes y, ahora, de genomas.

Qu factores modulan la evolucin de los mismos?

La Evolucin molecular investiga los mecanismos y las consecuencias de la
evolucin de las macromolcula. Relaciones entre estructura de los genes y
las protenas y las funciones de los organismos
organismos. Tambin utiliza la variacin
molecular para reconstruir la historia y estudiar los mecanismos y las
consecuencias de la evolucin.
La evolucin de las macromolculas dependen (ya visto) de la variacin
gentica introducida por las mutaciones.
Los cambios evolutivos en genes y protenas se identifican comparando las
secuencias de nucletidos o aminocidos de diferentes organismos.
Cuanto
C
t ms
titiempo esas secuencias
i h
han estado
t d evolucionando
l i
d en fforma
independiente, ms diferencias van a haber acumulado (a pesar de que los
distintos genes de una especie evolucionan de manera diferente).

Anlisis del cambio evolutivo a nivel molecular

El primer paso para investigar la
evolucin de los genes y las protenas
es alinear las posiciones homlogas de
las secuencias de nucletidos o
aminocidos que se van a estudiar.

Anlisis del cambio evolutivo a nivel molecular

Ejemplo de un alineamiento de nucletidos del gen odh de Drosophila

Anlisis del cambio evolutivo a nivel molecular

Ejemplo de alineamiento de aminocidos
S-kdr
musca

S-kdr
kdr
suscept

Drosophila,

Para
Eel
Ascidia
Squid
Rat1
Rat2
Rat3
Ratsm
Ratcm

906
K
K
K
K
K
K
K
K
K
K
K
K

S
S
S
S
S
S
S
S
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k
K

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G
G
G

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L
L
L
L
L
L
L
L
L
L
L

II-S4

musca

S-kdr
kdr
d
suscept

Drosophila,Para

Eel
Ascidia
Squid
Rat1
Rat2
Rat3
Ratsm
Ratcm

1002
I P
I P
I P
I P
L A
V P
V P
L T
L T
L I
L t
L L

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T
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T
T
T
T
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T
T

F
F
F
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L
L
L
L

II-S5

1014
kdr
F
F
F
F
V
V
F
V
V
V
V
V

932
V L
V L
V L
V L
V L
I L
V L
V L
V L
V L
V L
V L

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A
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L
L
L
L
L
L
L
L
L
L

L
L
L
L
L
L
L
L
L
L
L
L

1025
L
L
L
L
L
L
L
L
L
L
L
L

II-S6

Alineamiento de un dominio de la proteina del canal de sodio dependiente de voltaje

Diferentes regiones estn sometidas a distintas presiones de seleccin.

3. El reloj molecular
A

A) Relaciones evolutivas de las especies

en las que se ha estudiado el gen de
la -globina.
B) Regresin del nmero medio K de
sustituciones aminoacdicas en la
protena codificada por el gen de la globina desde la divergencia (que
aparece en millones de aos en el eje
de ordenadas) entre un linaje que
conduce a cada especie que
encabeza la columna que aparece en
la figura y el ancestro de las restantes
especies.
C) Nmero de sustituciones entre pares
de especies del citado gen, as como
divergencia media y tiempos de
divergencia en millones de aos.

El relojj molecular
EL RELOJ MOLECULAR
Zuckerkandl y Pauling,
g, 1965
Las molculas como documentos histricos

Para cualquier macromolcula dada los cambios se

acumulan a la misma tasa en todos los linajes evolutivos
Figura 2. Relacin entre el nmero estimado de sustituciones
aminoacdicas en la cadena de la globina entre parejas de
especies de vertebrados y su tiempo de divergencia (adaptado
de Kimura, 1983). La lnea recta se espera basada en la tasa
uniforme de sustituciones de amino cidos durante el periodo

Si una determinada molcula (proteica o de DNA) presenta

una tasa constante de evolucin, esta molcula puede ser
utilizada como reloj molecular ya que permite estimar el
tiempo de divergencia entre especies.

El relojj molecular
Observaciones
a) Parece existir una correlacin positiva entre el cambio molecular y
el tiempo evolutivo: reloj molecular.
b)) El cambio lo p
podemos medir de varias formas, p
por ejemplo
j p contando el
nmero absoluto K de diferencias entre pares de genes. Si K lo dividimos por
la longitud L de la secuencia entonces tenemos el nmero k de diferencias
por sitio.
c) El valor de k difiere entre protenas. La restriccin funcional es distinta para
cada una de ellas. Menor restriccin, mayor tasa de evolucin.

El relojj molecular
Reloj molecular para algunas protenas
Tasas de sustituciones por sitio cada 109 aos

Protena

Fibrinopptido
p p

9,0

Hormona del crecimiento

3,7

Lactoalbmina

2,7

Cadena de la hemoglobina

1,2

Mioglobina

0,89

Tripsina

0,59

Calcitonina

0,43

Citocromo c

0,22

Glutamato deshidrogenasa

0,09

Histona H3

0,014

Histona H4

0,010

El relojj molecular
El reloj molecular es igual de rpido (o lento) para todas las familias de genes/protenas?
El reloj molecular es igual de rpido (o lento) para todas las regiones del genoma?
L respuesta
La
t es NO en ambos
b casos.
Cada gen/regin tiene una tasa caracterstica. Relacin entre funcin y variabilidad
Hay que CALIBRAR cada reloj.

El relojj molecular
Las tasas de cambio en sitios silenciosos son mayores que en los sitios de
reemplazamiento
reemplazamiento

Sustituciones sinnimas (silenciosas): no

cambian el aminocido de la protena
No- sinnimas (reemplazamiento):
cambian
bi ell aminocido
i id
Las sustituciones sinnimas se producen
con ms frecuencia tanto en protenas de
evolucin lenta como rpida porque la
aparicin de mutaciones selectivamente
neutrales es ms fcil.

El relojj molecular

El relojj molecular

Las tasas de cambio en los sitios

silenciosos son mayores
y
que en
q
los sitios de reemplazamiento

Tasas de mutaciones sinnimas y nosinnimas en el gen H3 (hemaglutinina) del

virus de la gripe A a lo largo del tiempo.
Ambos tipos de cambio se comportan como
un reloj, pero es ms rpido el de las
mutaciones que no cambian la funcin.

El relojj molecular
Tasas de sustitucin nucleotdica para diferentes regiones de genes y
pseudogenes de mamferos
mamferos.

REGIONES GNICAS

PSEUDOGENES

El relojj molecular
No hay un reloj molecular universal
La propuesta inicial contemplaba el reloj como un
proceso Poisson con tasa constante.
Ahora sabemos que es ms complejo, con diferentes
tasas de evolucin en:
distintos sitios de una molcula,
diferentes genes,
distintas regiones de los genomas,
diferentes genomas de una misma clula,
distintos grupos taxonmicos para el mismo gen.
No podemos
p
hablar de un relojj molecular universal!

3. La
3
a teora
eo a neutral
eu a
Observaciones de la evolucin molecular que, segn Kimura, no podan ser
p
por
p seleccin natural:
interpretadas
1)

Alta tasa de evolucin gnica (estudiada como tasa de sustitucin aminoacdica

en protenas): 1,5 x 10-9/sitio y ao.

2)

Tasa de evolucin constante: reloj molecular (bajo seleccin esperaramos

evolucin episdica y siempre, correlacionada con cambios ambientales).

3)

Enorme variabilidad gentica intraespecfica.

4)

Evolucin ms lenta en las regiones funcionalmente ms importantes de las

protenas (Por seleccin natural (adaptativa) esperaramos lo contrario).

Teora neutral
En 1968, Motoo Kimura propone, para poder explicar esas observaciones,
la Teora de Evolucin Molecular Neutral:

- La inmensa mayora de la variacin molecular

que llega a fijarse en las poblaciones (cambio
evolutivo molecular)) es neutra yy,
- Por tanto, la deriva gentica gobierna la
evolucin a nivel molecular
- La tasa de evolucin molecular es igual a la
tasa de mutacin.
- La seleccin natural actuando sobre variantes
beneficiosas NO puede explicar el cambio
evolutivo a nivel molecular. Slo una proporcin
insignificante
g
de los cambios a nivel molecular
corresponde a mutaciones ventajosas.

Teora neutral
Tasa de evolucin o sustitucin (K):
Tasa a la que unos alelos generados por mutacin son sustituidos
por otros nuevos por efecto de la seleccin y/o de deriva gentica. Se
requiere la accin conjunta de la mutacin generando nuevos alelos
y la seleccin y/o la deriva fijndolos.
fijndolos

Teora neutral
Tasa de evolucin o sustitucin por deriva gnica
- Poblacin de Ne individuos diploides
- 2Ne alelos de cada locus (copias del gen, idnticas o no)
- Probabilidad
P b bilid d d
de fij
fijar un alelo
l l por deriva:
d i
1/(2Ne)
- Cantidad de alelos neutros nuevos que se generan por
mutacin cada generacin ser: 2Ne
Tasa de sustitucin
K

=
=

fijacin
1/(2N
( e)

x
x

mutacin
2Ne

K=
La tasa de sustitucin neutral por deriva es constante a lo largo
del tiempo,
tiempo independiente del tamao poblacional y coincide con
la tasa de mutacin neutral
RELOJ MOLECULAR

Teora neutral
Importancia
p
relativa de los distintos tipos
p de
mutaciones segn las teoras neutral y seleccionista.

Selection theory Neutral theory

4. El o
origen
ge de nuevos
ue os ge
genes
es
El origen de nuevos alelos es bastante directo, pero de dnde vienen los
genes nuevos?
La evolucin morfolgica ha ido acompaada por un aumento en el nmero de
g
genes.
Dos momentos de aumento drstico:
Aparicin de los eucariotas
eucariotas. Hace aproximadamente 1400 m
m.a.
a
(desde 1000-5000 genes a 10.000 o ms).
Aparicin de los primeros vertebrados
vertebrados. Inmediatamente despus del fin
del Cmbrico. Cada protovertebrado tendra en torno a 30.000 genes.

Las variaciones en el nmero de genes entre organismos indican que debe de

haber un proceso general para el origen de nuevos genes

El origen
g
de nuevos g
genes
Ohno propuso en 1970 que la duplicacin gnica es el
nico mecanismo por el que puede surgir un nuevo gen.

Evolution by Gene Duplication

Susumu Ohno, 1970

t l selection
natural
l ti merely
l modified,
difi d
while redundancy created

Actualmente se sabe que hay otros mecanismos para generar nuevas

funciones, pero la tesis de Ohno sigue siendo correcta porque la duplicacin
(gnica y/o genmica) es el mecanismo ms importante por el que se pueden
genes y nuevos p
procesos bioqumicos.
q
crear nuevos g
Es el modo de aumentar el tamao de los genomas, cuando no es por
transferencia horizontal. Una duplicacin puede implicar:
a. Parte de un gen
b. Un solo gen
X c. Parte de un cromosoma
X d. Un cromosoma entero
e. Todo el genoma

Duplicacin gnica interna o parcial

Duplicacin gnica completa
Duplicacin cromosmica parcial
Duplicacin cromosmica (aneuploidia o polisomia)
Duplicacin genmica o poliploida

El origen
g
de nuevos g
genes
La duplicacin ocurre a todas las escalas genmicas

Freccuencia aaparentee

inserciones

Duplicacin
de dominios
(exones)
Gen
Cluster gnico
Segmento
Chromosoma Genoma

El origen
g
de nuevos g
genes
Consecuencias de la duplicacin gnica
Destino de las copias:
A) retener la funcin original. De esta manera permite al organismo
producir ms cantidad de cierto producto.
B) sufrir mutaciones y volverse un pseudogen no funcional
funcional.
C) La ms importante para la evolucin de los genomas. La duplicacin
gnica puede dar lugar a la emergencia de nuevos genes.

duplicacin
p

Acumulacin
A
l i d
de
Mutaciones
deletreas

pseudogene

redundancia
Mutaciones
beneficiosas

Gen con nueva funcin

El origen
g
de nuevos g
genes
La duplicacin gnica hace necesario distinguir entre tipos de genes
homlogos,
g , puesto
p
q
que no evolucionan de la misma manera
Homlogos: derivados de una copia ancestral
O ogos de
Ortlogos:
derivados
ados de un
u suceso de
especiacin. Su evolucin refleja la
evolucin de las especies.
td

te

Parlogos: derivados de un suceso de

duplicacin. Su evolucin refleja la
evolucin del gen
gen.
A1 de las especies 1 y 2 son ortlogos
A2 de las especies
p
1 y 2 son ortlogos
g
A1 y A2 de la misma especie son
parlogos

Xenlogos: derivados de un suceso

de TH

El origen
g
de nuevos g
genes
Los ortlogos surgen por especiacin
Especiacin

ATCGGCCACTTTCGCGATCA

ATAGGGCAGTCTCGCGATTA

ACCGGCCACCTTCGCGATCG

Especie moderna A

Secuencia en el
organismo
ancestral
t l

Secuencias ortlogas

Especie moderna B

El origen
g
de nuevos g
genes
Los parlogos surgen por duplicacin
Duplicacin

ACCGGCCACCTTCGCGATCG

ATCGGCCACTTTCGCGATCA

Secuencia en el
organismo
ancestral

ATAGGGCAGTCTCGCGATTA

Duplicado moderno A Secuencias parlogas Duplicado

p
moderno B

El origen
g
de nuevos g
genes
Adquisicin de nuevos genes: mecanismos moleculares

2
1
3
4
5
6
7
(Long et al., 2003.Nature
Reviews 4:865-875)

El origen
g
de nuevos g
genes
1. Duplicacin gnica
Entrecruzamiento desigual: Un suceso de
recombinacin iniciado por secuencias
nucleotdicas similares localizadas en
posiciones distintas en un par de
cromosomas homlogos.

El origen
g
de nuevos g
genes
2. Creacin de genes mosaico
E t t
Estructura
de
d las
l protena
t

A) Duplicacin de dominios. El segmento gnico que codifica para un dominio

estructural
t
t
l es duplicado
d li d por cualquiera
l i
de
d los
l mecanismos
i
anteriores.
t i

p
de dominios hace el
La duplicacin
gen ms largo, lo que parece ser
una consecuencia de la evolucin
genmica.
Los genes de eucariotas superiores
son mas largos que los de
organismo inferiores.

El origen
g
de nuevos g
genes
B) Barajado de dominios. Cuando segmentos que codifican para dominios
estructurales de genes completamente diferentes son reunidos para formar una
nueva secuencia codificante que especifica una protena mosaico o hbrido.
Puede resultar una funcin completamente nueva

Ejemplo: TPA (activador plasminogen de tejido)

Cuatro exones, cada uno codifica para

un dominio
d i i estructural
t t l dif
diferente
t
1. Modulo de unin a fibrina
2. Dominio de factor de crecimiento
3y4
4. Estructuras de unin a cogulos
de fibrina.

El origen
g
de nuevos g
genes
3. Retrotransposicin
Este mecanismo crea genes duplicados en posiciones genmicas nuevas
mediante el mecanismo de la transcripcin reversa de genes parentales.
Como no llevan promotor tienen que
capturar una nueva secuencia
reguladora para ser funcional, o
convertirse en un retropseudogen.
Un gen originado por este mecanismo
siempre ser una quimera.

Origen de pseudogenes procesados.

Accin
A
i de
d la
l transcripcin
t
i i reversa
sobre mRNAs para dar DNA duplex,
que se integra en el genoma.

El origen
g
de nuevos g
genes
4. Elementos mviles

Es la integracin de elementos mviles en genes nucleares generando

nuevas funciones. El primer ejemplo descrito fue la integracin de un elemento
Alu en la regin codificante del gen DAF. Actualmente se ha visto que la
integracin de EM en genes nucleares es un fenmeno general y crea nuevas
funciones.

El origen
g
de nuevos g
genes

SETMAR stop

4
3
2

stop

SET

El origen
g
de nuevos g
genes
5. Transferencia horizontal
Transferencia Horizontal. Es el mecanismo ms comn en procariotas.
S han
Se
h encontrado
t d ejemplos
j
l recientes
i t en protozoos
t
y plantas
l t con flflores,
especialmente de genes mitocondriales. Esto podra indicar que La TH tambin
podra ser importante en la evolucin de genes eucariticos.

DNA con
diferente
composicin

El origen
g
de nuevos g
genes

La TH posee dos ingredientes seguros para provocar controversia

Cuestiona el rbol tradicional de la
evolucin
Es difcil probar su existencia sin
ambigedades

El origen
g
de nuevos g
genes
Adems de TH de procariota a procariota se puede dar:
De procariota a eucariota:
Endosimbiosis de mitocondrial y cloroplastos
Fagocitosis
Fagocitosis y digestin de algunos procariotas
Plsmido Ti
De eucariota a procariota: (infrecuente)
De eucariota a eucariota (difcil).
Para que haya TH efectiva tiene que ocurrir:
Llegada del DNA dador hasta el genoma receptor
Integracin del DNA dador
Expresin del DNA dador
No prdida por seleccin o deriva
La tasa de TH es diferente para cada gen y para cada especie.

El origen
g
de nuevos g
genes
6. Fusin y fisin gnica

Fusin gnica. Dos genes adyacentes pueden fusionarse en un nico gen

leyendo a travs de la transcripcin. Esto puede ocurrir por la delecin o
mutacin del codn de paro y de la seal de termino de la transcripcin del
gen upstream.
L fisin
La
fi i gnica
i ocurre cuando
d un gen puede
d di
dividirse
idi
en d
dos genes
independientes. Slo se han descrito varios casos en procariotas.

El origen
g
de nuevos g
genes
7. Origen de novo El gen jingwei
Se pueden crear nuevos genes por combinacin de uno o ms mecanismos
mecanismos.
Jingwei fue el primer gen nuevo descrito. Combina barajado de exones,
retrotransposicin y duplicacin gnica
D. jakuba

D. teissieri

D. melanogaster
1.
2.
3.
4.
5.

2MY
No se destruyen funciones previas
Estructuras quimricas pueden crear
di
diversidad
id d proteica
t i
Hay degeneracin de exones
Hay herencia de secuencias reguladoras
La secuencia evolucion rpidamente.
Seleccin positiva

El origen
g
de nuevos g
genes
Las globinas

El origen
g
de nuevos g
genes
Presencia de los genes globinas en distintos organismos y datos del
registro fsil
fsil.
600-800My la duplicacin ms antigua y dio lugar al
antepasado de los genes de la hemoglobina y la
mioglobina
450-500My la duplicacin al comienzo de la
evolucin de los vertebrados
Familia tipo el gen embrionario es el ms
divergente 300M y el se separ hace aprox.
260My. Los dos genes estn presentes en todos
los primates superiores por los que la duplicacin
ocurrira hace 40 MY

Evolutionary history of the globin genes. The dots indicate where

the ancestral genes were duplicated, giving rise to a new gene line.
The
e app
approximate
o
ate times
t es when
e the
t e duplication
dup cat o occurred
occu ed a
are
e indicated
d cated
in million years (MY)

Familia tipo una primera duplicacin generara un

proto y un proto hace 150-250My, ya que los
marsupiales solo tienen dos genes tupo .

La duplicacin que dio lugar a G y A ocurri tras la

separacin del linaje de humanos y monos del
Nuevo Mundo, hace aentre 20 y 40 My.Los monos
del nuevo mundo solo tienen un gen globina.

El origen
g
de nuevos g
genes
Ejemplo de duplicacin y divergencia: familia gnica de las globinas

El origen
g
de nuevos g
genes
Evolucin de la visin tricromtica en primates mediante duplicacin gnica del gen
LW-opsin

Autosoma
X

Dicromtica
Autosoma
X

Dicromtica o hembras tricromticas

(polimorfismo para el locus L)
Autosoma

X
X

X
Y

+
Tricromtica (duplicacin del gen L: L + M)
(machos ocasionalmente dicromticos)

daltnico

El origen
g
de nuevos g
genes
Poliploida: Duplicacin de un genoma completo WGD:
Autopoliploida:
A
t
li l id fusin
f i d
de gametos
t
diploides. Dar lugar a un
autotetraploide. El ncleo contiene
cuatro copias de cada cromosomas

tetraploide

Alopoliploida: fusin de gametos de dos especies distintas (hibridacin).

Dar lugar a un alotetraploide. Muy comn en el reino vegetal.

El origen
g
de nuevos g
genes
Origen de un tetraploide a partir de un diploide por
unin de dos gametos diploides
Origen de un alotetraploide(anfidiploide) a partir de
la hibridacin de dos especies prximas
prximas.

5. El genoma como unidad de evolucin

El genoma es el contenido total de DNA de una clula,
incluyendo los genes y las regiones intergnicas

El componente nuclear y mitocondrial del

genoma humano

Genoma: depsito donde se almacenan las instrucciones que, interactuando

con el ambiente celular, determinan la estructura y funcin de los seres vivos.
La parte fundamental de ese deposito, parte cifrada, es el DNA.

El g
genoma como unidad de evolucin

Unidades de longitud para las molculas de DNA

Como el DNA es de doble cadena
cadena, la longitud de las
molculas se definen en pares de bases (bp)
1 Kilobase Kb = 1000 bp
1 Megabase Mb = 1000 Kb = 1
1.000.000
000 000 pb
1 Gigabase Gb = 1000 Mb = 1.000.000 Kb

(103 bp)
(106 bp)
(109 bp)

El g
genoma como unidad de evolucin

Virus
Archaea
Bacteria
Eucarya

103

104 105

106

107

108

Tamao del genoma (pb)

109

1010

1011

El g
genoma como unidad de evolucin

El g
genoma como unidad de evolucin
El tamao del genoma de un organismo se define como el valor C
o cantidad
tid d d
de DNA por genoma haploide.
h l id
Se denomina C por constante o caracterstico, para indicar el
hecho de que el tamao es prcticamente constante dentro de una
especie.
Puesto que el DNA es el material de los genes, se puede razonar lo
siguiente:
Organismos mas complejos requerirn ms genes y tendrn
ms DNA, por lo que los genomas sern mayores.

ESPERADO
Relacin entre tamao del genoma y la complejidad del
organismo
i
(nmero
(
de
d genes).
)

El g
genoma como unidad de evolucin
El genoma en procariotas

Bacterias de vida
libre y patgenos
no obligados

Patgenos
obligados

Mutualistas
obligados

Arqueas

El g
genoma como unidad de evolucin
El genoma en procariotas

El g
genoma como unidad de evolucin
Resumen en procariotas

Genomas ms grandes tienen ms genes

Genomas con ms genes son ms complejos
El nmero de genes refleja el estilo de vida
Bacterias ms grandes son generalistas y
pueden tener cierto desarrollo (i.e. esporulacin
in B. subtilis)
Bacterias ms pequeas son especialistas
(parsitos obligados y endosimbiontes)

El g
genoma como unidad de evolucin
Procesos implicados en la evolucin del tamao del genoma bacteriano
Aumento del contenido de
DNA implicando seleccin
de funciones gnicas

Eliminacin del DNA por

medio de mutacin y deriva

Prdida de fragmentos
codificantes

Adquisicin de genes
Genoma bacteriano

Duplicacin

Inactivacin para Erosin por sesgo

formar pseudogenes delecional

El g
genoma como unidad de evolucin

El g
genoma como unidad de evolucin
Resumen en eucariotas
En eucariotas no existe una correlacin precisa entre tamao del
genoma y nmero de genes esperado segn la complejidad de los
organismos.
g
En algunos organismo sobra mucho genoma.
El DNA extra se debe, principalmente a la gran cantidad de DNA
repetido que almacena el genoma de muchos organismos.
La fraccin repetida ms abundante del genoma est constituida por
secuencias no codificantes, principalmente elementos transponibles.
Los genomas aumentan de tamao principalmente por duplicacin del
material gentico y por sucesos de transposicin.

El g
genoma como unidad de evolucin
Taxon

Rango de tamao (Kb) Ratio

En eucariotas los
tamaos varan en
un rango de
80 000!
80,000!

La ameba
ameba, una de las
criaturas ms simples
tiene el genona de
mayor tamao

El g
genoma como unidad de evolucin
Los protistas muestran la mayor
variacin en los valores C
Reptiles aves y mamferos la
Reptiles,
menor

Organismos similares en complejidad pueden tener variaciones considerable

en sus valores C
La mosca de la fruta
D
Drosophila
hil
melanogaster

180 Mb

El saltamontes
P di
Podisma
pedestris
d ti

18.000 Mb

El g
genoma como unidad de evolucin
Qu pasara si representramos el tamao de los
organismos en funcin del tamao de su genoma?

Las amebas poseen 200 veces mas DNA que los humanos
Puede una ameba ser ms compleja que un humano?

El g
genoma como unidad de evolucin

Una gran proporcin del DNA es no codificante

El g
genoma como unidad de evolucin

6. Evolucin comparada
p
de g
genomas
La evolucin del g
genoma es el resultado bsicamente de dos p
procesos no
independientes: aumento de tamao y reorganizacin.
El tamao del genoma ha aumentado a lo largo de la evolucin, pero no lo ha
hecho de un modo continuo ni en paralelo al incremento de novedades
funcionales.

La comparacin de genomas y de conjuntos completos de protenas entre

distintos taxones nos permite descifrar los cambios que han posibilitado
avances evolutivos fundamentales.
Los estudios comparados entre genomas completos constituyen el enfoque
definitivo que permite descifrar globalmente la dinmica evolutiva de la
reorganizacin del genoma
genoma.

Evolucin comparada
p
de g
genomas
GENOMAS BACTERIANOS: 925
Haemophilus influenzae (1830Kb)

GENOMAS DE ARQUEAS: 68
Methanocaldococcus jannaschii (1664Kb)
(White et al., 1996)
posible ORFs 1750.

(Fleishmann et al., 1995)

posible ORFs 1850.

Mycoplasma genitalium (580Kb)

(Fraser et al., 1996)
posible ORFs 468.

Nanoarchaeum equitans (491 KB)

(Waters et al.,
al 2003)
posible ORFs 552.

Escherichia coli (4639Kb)

(Blattner et al.,
al 1997)
posible ORFs 4288.

Buchnera aphidicola APS (652Kb)

(Shigenobu et al., 2000)
ORFs 571.

Bradyrhizobium japonicum (9105Kb)

(Kaneko et al., 2002)
posible
ibl ORF
ORFs 8317.
8317

Buchnera aphidicola BCc (422Kb)

(Prez-Brocal et al., 2006)
ORFs 362.

Carsonella Rudii (160Kb)

(Nakabachi et al., 2006)
posible ORFs 182.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Evolucin comparada
p
de g
genomas
El concepto de especie
L cepas d
Las
de E
E. colili O157:H7
O157 H7 y K12 son ms
diferentes
dif
t entre
t s que dos
d
mamferos cualesquiera.

4456

5315
1387

3928

O157:H7
(nasty pathogen)

K12
528 (friendly gut
bacterium)

(859 kb mayor)
Los dos genomas difieren en el 26 o el 12% de sus genes
La mayora de los genes nicos a cada cepa derivan, sin lugar a dudas, de sucesos de
t
transferencia
f
i horizontal.
h i
t l
La cepa 0157:H7 de E. coli presenta varias islas de patogenicidad que son las que
producen actividades enzimticas implicadas en las hemorragias intestinales.

Evolucin comparada
p
de g
genomas
E. coli

No se puede mostrar la imagen. Puede que su equipo no tenga suficiente memoria para abrir la imagen o que sta est daada. Reinicie el equipo y , a continuacin, abra el archiv o de nuev o. Si sigue apareciendo la x roja, puede que tenga que borrar la imagen e insertarla de nuev o.

No se puede mostrar la imagen. Puede que su equipo no tenga suficiente memoria para abrir la imagen o que sta est daada. Reinicie el equipo y , a continuacin, abra el archiv o de nuev o. Si sigue apareciendo la x roja, puede que tenga que borrar la imagen e insertarla de nuev o.

Non-pathogenic

Uropathogenic

3%
8%

21%
Core

40%
7%

3%

Pangenoma
Total Genes = 7638
40% in all three
13% in 2 out of 2
47% in 1 out of 3

18%

No se puede mostrar la imagen. Puede que su equipo no tenga suficiente memoria para abrir la imagen o que sta est daada. Reinicie el equipo y , a continuacin, abra el archiv o de nuev o. Si sigue apareciendo la x roja, puede que tenga que borrar la imagen e insertarla de nuev o.

Enterohaemorrhagic

Evolucin comparada
p
de g
genomas
Eucariotas: Secuenciacin de organismos modelo
Saccharomyces cerevisiae (Consorcio internacional, 1997)
12 Mb, 6.294 posibles ORFs

Caenorhabditis elegans
(The C. elegans Sequencing Consortium, 1998)
97 Mb, 19.099 posibles ORFs (43% similar genoma humano)

Drosophila melanogaster (Celera Genomics, 2000)

180 Mb, 14.100 posibles ORFs
177/289 genes implicados en enfermedades humanas

Arabidopsis thaliana (Arabidopsis Genome Initiative, 2000)

115 Mb
Mb, 25.498
25 498 posibles ORFs
70% genes duplicados

Evolucin comparada
p
de g
genomas
Homo sapiens
12 de Febrero de 2001. La empresa Celera
Genomics publica la secuenciacin del genoma
en Science. El consorcio pblico HuGo hace lo
mismo en Nature.
HuGo:
31.780/22.000 genes

Celera Genomis:
38.500/26.588 genes

Mus musculus (Waterston et al.,

al 2002)
2,5 Gb, ~ 30.000 posibles ORFs
Prcticamente todos los genes tienen su homlogo en humanos

Evolucin comparada
p
de g
genomas
Humano
Chimpanc
Ratn
Rata
Las diferencias entre humanos chimpancs es 10
menor que entre los ratones y las ratas.
Slo es unas 10 veces mayor que entre dos
personas cualquiera.
96% de similitud:
sustituciones nucleotdicas: 1,23%
repeticiones:
ti i
3 00%
3,00%

Evolucin comparada
p
de g
genomas
Se relaciona la complejidad del organismo con el nmero de genes?

Tampoco hay una total correspondencia entre el nmero de genes y la

complejidad del organismo: Paradoja del valor G o N
Organismos ms complejos tienen ms funciones gnicas

Evolucin comparada
p
de g
genomas
El avance evolutivo en los vertebrados no se consigue necesariamente
aumentando el nmero de genes codificantes
codificantes, sino posiblemente estableciendo
relaciones ms complejas entre los genes en un entramado que permite una
mayor sofisticacin en la regulacin de la expresin gnica, posibilitada por el
aumento de la cantidad de DNA que permite la aparicin de nuevas seales,
creando cascadas de factores reguladores que intervienen en la expresin
gnica diferencial.
Clave es la aparicin de los vertebrados.
Tamao

N de genes

162 Mb

15.500

Ciona intestinales

Cordado invertebrado

C. elegans

Invertebrado

97 Mb

19.000

D
D.melanogaster
l
t

I
Invertebrado
t b d

180 Mb

13 600
13.600

Anfioxus

Invertebrado-vertebrado

520 Mb

21.900

Cualquier vertebrado posee de 2 a tres veces el nmero de genes de C. intestinalis

Evolucin comparada
p
de g
genomas
La hiptesis 2R
Una duplicacin
p
genmica en el origen
de los vertebrados

Otra duplicacin
genmica tras la
divergencia con la
lamprea

Sucesos de
poliploida durante la
evolucin de los
eucariotas

Invertebrados
marinos
Poliploidas