Universidad Autnoma de Baja California

ALINEACIN DE SECUENCIAS DEL GEN PAX6 A TRAVS DEL

SISTEMA ONLINE CLUSTAL OMEGA
Saldaa Robles Rafael
Bioinformtica, Facultad de Ingeniera, Mexicali, Baja California, Mxico.
Recibido en Mircoles 5 de Junio de 2013. Aprobado en ------

Key words: Gen, Alineacin de secuencias, PAX6, Bioinformtica, Clustal

Omega, rbol Filogentico.

SUMMARY
In this article is presented as it is possible to carry out a sequence alignment and
comparison of similarity through phylogenetic trees, through a system which is
currently online, which is Clustal Omega, this system allows to introduce the sequence
a gene (protein), DNA or RNA sequence, comparison of these sequences is usually the
same gene but in different species (as in this case), although not always the case
because it can be sequenced and compared any sequences as long as they belong to
the same genus of biomolecules. This is exemplified by comparing the sequences of
PAX6 gene in different species of the animal kingdom.

RESUMEN
En este articulo se presenta como es posible llevar a cabo una alineacin de
secuencias y una comparacin de similitud a travs de arboles filogenticos, por medio
de un sistema que se encuentra actualmente en lnea, el cual es Clustal Omega; este
sistema permite introducir la secuencia de un gen (protena), RNA o DNA a secuenciar,
la comparacin de estas secuencias suele ser del mismo gen pero de diferentes
especies (tal como lo es en este caso), aunque no siempre es as debido a que se
puede secuenciar y comparar cualquier tipo de secuencias, siempre y cuando
pertenezcan al mismo gnero de biomolculas. Se ejemplifica eso comparando las
secuencias del gen PAX6 en diferentes especies del reino animal.

INTRODUCCIN
Un gen regularmente es conocido como una unidad de informacin, la
cual se pasa de generacin en generacin (Curtis, Et. Al., 2008), en este
concepto se matiza la idea de que el gen es una unidad de
informacin, la cual regularmente est conformada por una cadena de
DNA, la cual al pasar por los procesos moleculares (replicacin,
transcripcin, traduccin) codifica para una protena especifica, la cual
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puede estar ligada tanto al fenotipo como genotipo de la especie a la
que pertenezca el gen. Claro est que esto es solo estudiando los
aspectos moleculares del concepto del gen, mientras que en el rea de
la Bioinformtica, el gen es conocido como un subconjunto de nmeros o
comandos los cuales pueden ser sometidos a diversos procesos de
estandarizacin o clasificacin, los cuales pueden dar como resultados la
protena a codificar, o a la familia a la que pertenece el gen (para esto
se debe de tener un conocimiento previo de las protenas o la
clasificacin de los genes), esto se realizara a travs de diferentes
algoritmos computacionales especializados para cada caso en
especifico. (Lahoz-Beltra, 2010)

Fig. No. 1: Estructura de un gen en un ribosoma, el cual cuenta con sus segmentos
codificantes (exones) y no codificantes (intrones). (Curtis, Et. Al. 2008)

Existen una gran cantidad de genes en el dominio de los seres vivos,

cada gen suele tener una funcin en especfico, es por ello que es gran
importancia saber reconocer el tipo, que protena expresa, y donde se
encuentra en el organismo. En este caso el gen a utilizar es el
denominado PAX6, el cual es necesario para el desarrollo de ojos de
mamferos, del sistema nervioso y del pncreas, este gen contiene dos
dominios de unin a DNA. Su principal dominio de unin reside en su
extremo aminoterminal; los aminocidos de este dominio interactan
con una secuencia especfica de 20-26 pares de bases de DNA. Tales
secuencias de unin para PAX6 han sido encontradas en los
potenciadores de los genes cristalina del cristalino de vertebrados y en
los genes expresados en las clulas endocrinas del pncreas. (Gilbert,
2005).
Es probable de que este gen al ser expresados en diferentes animales,
su variacin en la secuencia se le atribuya a las diferentes morfologas
que hay entre los ojos de diferentes animales. Conocer esto es de gran

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importancia a la hora de que se presenten alteraciones en este gen, ya
que las alteraciones incluyen cambios en el fenotipo de los animales,
como por ejemplo ojos supernumerarios en alas o patas de moscas
adultas (Watson, Et. Al. 2006).

Fig. No. 2: Modelo estereoscpico de la protena PAX6 unindose a su elemento

potencializador en el DNA. La regin de unin al DNA de PAX6 se muestra en amarillo,
el DNA de doble hlice es azul. (Gilbert. 2005).

Como se ha mencionado antes, este gen se encuentra en todos aquellos

animales que desarrollen ojos, pero, no todos los animales tienen el
mismo tamao o color e incluso el espectro visible de la misma manera,
es por ello, que en este tipo de genes existen pequeas variaciones las
cuales delimitan el correcto funcionamiento de los ojos, obviamente este
gen no es el nico que se expresa para los ojos, si que va acompaados
con muchos mas (regularmente especficos de la especie) que realizan
una correcta actividad visual en las especies, pero la importancia de
este gen radica en que se presenta en todos en la etapa de desarrollo.
Por lo tanto la variacin de una a otra especie es crucial para determinar
parentesco o similitudes entre las especies, es necesario hacer una
comparacin de secuencias o tambin conocido como alineacin de
secuencias,

BIBLIOGRAFA
-Curtis Helena, Sue Barnes N., Schnek Adriana, 2008, Biologa, Editorial Mdica
Panamericana, 7ma. Edicin, pg. 207-209, 202.
-Lahoz-Beltra Rafael, 2010, Bioinformtica: Simulacin, vida artificial e inteligencia
artificial, Ediciones Daz de Santos, pg. 256.

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-Gilbert F. Scott, 2005, Biologa del desarrollo, Editorial Medica Panamericana, 7ma.
Edicin, pg. 125.
-Watson D. James, Baker D., Bell V., Gann Q., Levine T., Losick A., 2006, Biologa
Molecular del Gen, Editorial Medica Panamericana, pg. 661.