Interaces envolvidas na estabilizao e na

compactao/descompactao do DNA

ndice

DNA- Importncia fisiolgica

Compactao do DNA
regulao gnica em sistemas biolgicos
Estrutura do DNA
Estrutura conformacional do DNA
Estabilizao estrutural do DNA
Interaces envolvidas na estabilizao do DNA
Interaces de co-solutos catinicos com DNA
Estratgias de compactao de DNA e interaces envolvidas
Estratgias de descompactao do DNA e interaces envolvidas
Transfeco de genes
Take home message
Bibliografia

DNA- Importncia fisiolgica

As funes fisiolgicas do DNA so:
Conduzir a sua prpria replicao, no ciclo celular;
Orientar a transcrio do RNA mensageiro (mRNA), sendo encaminhando
at ao ribossoma, ondo ocorre a sntese de protenas, num processo
chamado de traduo.

Compactao do DNA em sistemas biolgicos

O DNA tem cerca 6x109 pares de bases,

o que corresponde a um comprimento

da molcula de cerca de 2 metros;
In vivo, o DNA encontra-se compactado

sob a forma de cromatina (complexo

entre DNA e histonas);
O DNA enrola-se volta de octmeros

de histonas, formando o nucleossoma.

Retirado de http://www.qieducacao.com/2011/ 03/estruturado-dna-cromossomos.html (08/02/2014).

Compactao do DNA em sistemas biolgicos

Os nucleossomas adjacentes associam-se

com auxlio da histona H1:

Este nvel de compactao forma uma

estrutura helicoidal denominada solenide,

que a principal forma de organizao da
cromatina.
No ciclo celular ocorre o aumento da

compactao da cromatina at formao

de cromossomas.

Retirado de http://www.qieducacao.com/2011/ 03/estruturado-dna-cromossomos.html (08/02/2014).

Regulao gnica em sistemas biolgicos

Modificaes
ps-translacionais

Regulao
gnica

Alteraes conformacionais da
cromatina e na estrutura de
ordem superior da cromatina:
Diminuio na
compactao

Aumento da
transcrio

Acetilao
Metilao

Fosforilao
Ubiquitinao
-

Estrutura do DNA

Adaptado de http://www.educarchile.cl/ech/pro/app/detalle?id=137490 (08/02/2014).

Estrutura conformacional do DNA

Retirado de http://dc167.4shared.com/doc/094QykYI/preview.html (10/02/2014).

Estabilizao estrutural do DNA

Estudo da desnaturao trmica do DNA:
processo em que uma dupla cadeia em hlice do DNA (dsDNA)

forma duas cadeias separadas de DNA (ssDNA);

Obteno da temperatura de fuso, Tm.

Retirado de http://biologiateista.blogspot.pt/2010/09/complexidade-davida-parte-i-dna.html (15/02/2014)

Estabilizao estrutural do DNA

Teoricamente, usando os parmetros mais relevantes na estabilidade do DNA, a
temperatura de fuso pode ser obtido pela seguinte equao:

Tm= 16.6 log Cs + 41Xgc + 81.5

Cs- concentrao de sal em

molares
Xgc - fraco molar dos pares de
bases G-C no DNA.

Tm aumenta com a fraco molar em pares de bases G-C, devido a

este par formar 3 pontes de hidrognio contra 2 do par A-T;

Tm aumenta com a adio de sal- diminuio nas repulses

electrostticas dos grupos fosfatos.

Interaces envolvidas na estabilizao do DNA

A estabilizao do DNA por foras fracas;
As pontes de hidrognio so de grande importncia na especificidade

do emparelhamento entre as bases azotadas das duas cadeias

polinucleotdicas;
As interaces hidrofbicas desempenham papel central na

estabilizao da dupla hlice do DNA:

empilhamento das bases de forma planar e paralela, ficando as bases

parcialmente sobrepostas, atravs de interaces de Van der Waals.

Interaces envolvidas na estabilizao do DNA

O DNA um polielectrlito negativamente carregado em condies

de pH fisiolgico, devido aos grupos de fosfato negativamente

carregados;
Experimentalmente a temperatura de fuso aumenta com:
a adio de sal- blindagem das repulses electrostticas entre grupos

fosfatose e pelo facto de haver maior interaco dos caties, provenientes

da adio do sal, ao dsDNA que tem maior densidade de carga que o
ssDNA;
A concentraes elevadas de DNA- devido ao self-secreening
effect, em que a quantidade de contra-ies prprios do DNA suficiente para
estabiliz-lo em dsDNA;

Interaces de co-solutos catinicos com DNA

A interaco de co-solutos catinicos com o DNA tem tido aplicaes como na
precipitao para extraco e purificao de DNA e na tranfeco de genes;

H diferenas na interaco

de solutos catinicos com

ssDNA e dsDNA;
Maior interaco entre o

solutos catinico e o dsDNA

do que com o ssDNA.
Retirado de http://biologiateista.blogspot.pt/2010/09/complexidadeda-vida-parte-i-dna.html (15/02/2014)

Interaces de co-solutos catinicos com DNA

A auto-agragao dos surfactantes catinicos na presena de DNA faz com que:

CAC<CMC
Para surfactantes de cadeia longa e que formam micelas facilmente a temperatura de
fuso aumenta;
Para os surfactante pequenos, a temperatura de fuso diminui;
DTAB- Dodecyltrimethylammonium bromide
TTAB- tetradecyltrimethylammonium bromide

Retirado de: M., Dias, R. & Grac, M. DNA - Cationic Surfactant Interactions Are
Different for Double-. Biomacromolecules 6, 21642171 (2005).

Compactao e descompactao de DNA

Alterao conformacional de uma estrutura random coil para uma

conformao globular compacta;

O processo de compactao envolve um complexo aglomerado de
interaces:

perda de entropia na transio de estrutura;

rigidez do sistema que impe limites na curvatura do compactado;
repulses electrostticas entre grupos fosfatos do DNA;
hidratao que ajustada para acomodar a estrutura da gua que circunda
os grupos do DNA medida que se vai aproximando;

Morfologicamente o DNA compactado parece adoptar uma estrutura

toroidal.

Compactao e descompactao de DNA

mecanismo de compactao de DNA:

Nucleao
lenta

Crescimento
da estrutura
globular

Conformao em B-DNA, podendo haver alguma estrutura que possa ser

convertida em Z-DNA se as repulses electrostticas dos grupos fosfatos

forem praticamente neutralizados.

Estratgias de compactao de DNA e

interaces envolvidas
Envolve a utilizao de co-solutos catinicos como caties

multivalentes, surfactantes, policaties.

Estratgias de compactao de DNA e

interaces envolvidas
Os caties multivalentes que permitem a compactao do DNA

so de carga +3 ou superior:
Ex:Ru3+, Al3+, Cr3+, Fe3+, La3+, Eu3+, Tb3+ e Ga3+.

[Co (NH3)6]3+ o mais usado.

A compactao do DNA, devido a efeito de correlao io-io;
Interaces atractivas localizadas a alguns nucletidos

consecutivos do DNA.

Estratgias de compactao de DNA e

interaces envolvidas
Utilizao de policaties para a

compactao de DNA:

ex: protoaminas (protenas lineares ricas em

arginina); dendmeros.
Altamente carregados e interagem com

pores distantes do DNA ou com

diferentes molculas de DNA;

Os dendrmeros so monodispersos e

permitem a funcionalizao dos braos:

O mecanismo de complexao

aleatrio.

Retirado de http://www.scielo.br/scielo.php?s
cript=sci_arttext&pid=S0100-40421998000400017
(16/02/2014)

Estratgias de compactao de DNA e

interaces envolvidas
Surfactantes monomrico com apenas

uma carga positiva na cabea polar, no

eficiente na compactao do DNA;
Formao de micelas, actuam como

espcies multivalentes;

http://en.wikipedia.org/wiki/Micelle (16/02/2014)

Surfactante com cadeias hidrofbicas

maiores, tm menor valor de CMC,

torna a compactao de DNA
facilitada.

http://www.plmsc.psu.edu/felix/Colby/principal/polysurf_systems.html (16/02/2014)

Estratgias de descompactao do DNA e

interaces envolvidas
As estratgias de descompactao depende da metodologia

utilizada na compactao do DNA:

Utilizao de caties movalentes, polianies, ciclodextrinas e

surfactantes no inicos ou aninicos.

Estratgias de descompactao do DNA e

interaces envolvidas
a adio de sal, por exemplo NaCl, provoca descompactao

do polielectrlito;
Competio entre as diferentes espcies inicas;
Diminuio do efeito de correlao io-io, devido menor

carga do io monovalente e pela diminuio da correlao

com mais do que um composto inico.

Estratgias de descompactao do DNA e

interaces envolvidas
A estratgia de utilizao de polianies para a descompactao do

complexo DNA-policaties;
Competio entre o polianio e o DNA pelo policatio.
Exemplo: heparina, elevada densidade de carga e maior

flexibilidade.

Retirado de: http://dicionariosaude.com/heparina/ (16/02/2014)

Estratgias de descompactao do DNA e

interaces envolvidas
Utilizao de surfactantes aninicos e no-inicos para

descompactar o complexo DNA-Surfactantes catinicos;

O mecanismo de descompactao do DNA d-se atravs da

formao de micelas mistas, diminuio da interaco do

surfactante catinico com o DNA;

Surfactantes aninicos de cadeia longa so agentes mais eficientes

na descompactao do DNA:

formao de micelas a um menor valor de CMC.

Surfactantes no inicos, com maior cabea hidroflica so mais

eficientes na descompactao do DNA.

maior interaco entre o surfactante inico e o surfactante no inico

mais hidroflico ou polar.

Estratgias de descompactao do DNA e

interaces envolvidas
As ciclodextrinas so

compostas com capacidade para

se ligar e solubilizar molculas
hidrofbicas em solues
aquosos;
formao de um complexo de

incluso com o surfactante

catinico.

Retirado de http://www.scielo.br/scielo.php?s cript=sci_artt

ext&pid=S0100-40421998000400017 (16/02/2014)

Estratgias de descompactao do DNA e

interaces envolvidas
Manipulao in situ dos surfactantes que foram responsveis,

em primeira instncia, pela compactao do DNA;

Surfactantes sensveis variao de pH, surfactantes sensveis

a reaces redox, surfactantes sensveis luz:

reaces reversveis

Transfeco de genes
Compactao do DNA in vitro com

agentes qumicos (vectores no virais);

O mecanismo:
O DNA atravessa a membrana

plasmtica, sobretudo por endocitose e

libertao do DNA da vescula
endocitica para o citosol;
Percurso do DNA at atingir o ncleo;
Descompactao do DNA e sua

transcrio.

Tratamento de patologias

Retirado de http://www.solidstatements.com/discussing-pdmaemabased-gene-delivery-materials/ (16/02/2014)

Take Home message

As interaces intermoleculares que actuam na biomacromolcula

do DNA so complexas, sendo as interaces hidrofbicas e

electrostticas de maior relevncia, tanto na estabilizao da
macromolcula, como nos processos de compactao e
descompactao.

Na estabilizao do DNA as interaces hidrofbicas so as mais

importantes.

Como o DNA um polielectrlito de carga negativa, as

interaces electrostticas ocorrem com co-solutos catinicos,

como surfactantes catinicos, metais multivalente, policaties,
entre outros. Estas interaces electrostticas so em grande parte
responsveis pelo processo de compactao do DNA.

Take Home message

As tcnicas de descompactao tm como objectivo

contrariar a metodologia que foi empregue na compactao

do DNA, de modo que o co-soluto catinico, usada na
compactao do DNA, tenha uma interaco mais favorvel
com o agente de descompactao do que com o DNA.
A transfeco de genes, a tecnologia do futuro.

Bibliografia

L. Stryer, J. M. B. e J. L. T. Biochemistry. (2007).

Donald Voet, J. G. V. Biochemistry. (2006).
Bloomfield, V. a. DNA condensation. Curr. Opin. Struct. Biol. 6, 33441 (1996).
Rita S. Dias, B. L. DNA Ineractions with Polymers and Surfactants. (2008).
Kimura, T.,Yamaoka, T., Iwase, R. & Murakami, A. Effect of Physicochemical Properties of
Polyplexes Composed of Chemically Modified PL Derivatives on Transfection Efficiency In Vitro.
Macromol. Biosci. 2, 437446 (2002).
Regateiro, F. J. Manual de gentica mdica. (2010).
Rando, O. J. Combinatorial complexity in chromatin structure and function: revisiting the histone
code. Curr. Opin. Genet. Dev. 22, 14855 (2012).
Rosa, M., Dias, R. & Grac, M. DNA - Cationic Surfactant Interactions Are Different for Double-.
Biomacromolecules 6, 21642171 (2005).
Holmberg, K., Bo, J. & Kronberg, B. SOLUTION AND POLYMERS IN AQUEOUS Solution. (2003).
Gonzalez-perez, A. & Dias, R. S. Different strategies for controlling DNA conformation:
compaction and decompaction. Front. Biosci. 1, 228241 (2009).
Khan, M. O., Mel, S. M. & Jo, B. Anomalous Salt Effects on DNA Conformation: Experiment and
Theory. Macromolecules 32, 88368840 (1999).
Felgner, P. L. et al. Lipofection: a highly efficient, lipid-mediated DNA-transfection procedure. Proc.
Natl. Acad. Sci. U. S. A. 84, 74137 (1987).