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Introduccin a la Biologa
Molecular
Biologa molecular
La Biologa Molecular es el estudio de la vida a un
nivel molecular.
En qu se apoya la biologa
molecular?
Matemticas
Fsica
Bioqumica
Biologa
celular
Gentica
Biologa
molecular
Bioinformtica
Procesos biolgicos:
Metabolismo
Sntesis protenas
DNA
RNA
una serie de experimentos para confirmar que es el ADN la base del material
gentico (y no las protenas),
Promotores
Realzadores
Exones
Intrones
Sitio de inicio de
la Transcripcin
< 100 Kb
Sitio de terminacin
de la Transcripcin
La funcin del gen depende de los FACTORES de TRANSCRIPCIN (FT) que activan a las
ARN pol. Los FT son: los Factores de Transcripcin General (se unen a secuencias promotoras
genricas) y los Activadores de Transcripcin (se unen a secuencias promotoras especficas).
Los FT pueden activarse o desactivarse en respuesta a estmulos del entorno del organismo.
GENOMAS
El genoma de un organismo es el juego completo de
ADN.
La planificacin del Proyecto Genoma Humano se inici
en 1986, previsto para el 2007. En Junio de 2000 se present el 90% del borrador con la
secuenciacin de unos 30,000 genes y 3 mil millones de pares de bases (pb). Los genes
son secuencias especficas de bases que codifican instrucciones para hacer protenas.
Los genes son un 2% del genoma humano.
Entre una persona y otra el ADN solo difiere en
60%
0.2%
IDENTIDAD GENTICA
De 289 genes
humanos
implicados en
enfermedades,
hay 177
cercanamente
similares a los
genes de
Drosophila.
20%
70%
95% idntico
Humanos
30,000
genes
Chimpanc
30,000
genes
Ratn
30,000
genes
A. thaliana
25,000
genes
C. elegans
19,000
genes
D. melanogaster
13,000
genes
SINTESIS DE PROTEINAS:
TRANSCRIPCIN
Transcripcin:
1- Iniciacin: Una ARN-polimerasa comienza la sntesis del
precursor del ARN a partir de unas seales de iniciacin
"secuencias de consenso " que se encuentran en el ADN.
ARNpolimerasa
A
U
C
G
C
G
G
C
T
A
T
A
G
C
C
G
A
U
A
G
Transcripcin:
2. Alargamiento: La sntesis de la cadena contina en
direccin 5'3'. Despus de 30 nucletidos se le aade
al ARN una cabeza (caperuza o lder) de metil-GTP en
el extremo 5 con funcin protectora.
ARNpolimerasa
T A C G A A C C G T T G C A C A T C
A
m-GTP
Transcripcin:
3- Finalizacin: Una vez que la enzima (ARN polimerasa) llega a la
regin terminadora del gen finaliza la sntesis del ARN. Entonces,
una poliA-polimerasa aade una serie de nucletidos con adenina,
la cola poliA, y el ARN, llamado ahora ARNm precursor, se libera.
poliA-polimerasa
m-GTP
ARNm precursor
ARNm
maduro
precursor
cola
Cabeza
AUG
AAAAAA
UAG
ADN
Promotor
E1
I1
E2
I2
E3
Terminador
TAC
Cabeza E1
ARNm
precursor
ARNm
maduro
ATC
I1
E2
I2
cola
E3
AAAAAA
AUG
UAG
Cabeza
cola
AAAAAA
AUG
UAG
SINTESIS DE PROTEINAS:
TRADUCCIN
Iniciacin: La subunidad pequea del ribosoma se une a la regin lder del ARNm y el
ARNm se desplaza hasta llegar al codn AUG, que codifica el principio de la protena. Se les
une entonces el complejo formado por el ARNt-metionina (Met). La unin se produce entre el
codn del ARNm y el anticodn del ARNt que transporta la metionina (Met).
AAAAAAAAAAA 3
AU G CAA U G C U UA C GA UAG
UAC
Anticodn
(i)
Codn
ARNt
ARNm
1er aminocido
AU G CAA U G C U UA C GA UAG
UAC GUU
(i)
AAAAAAAAAAA 3
Elongacin II: Se forma el enlace peptdico entre el grupo carboxilo de la metionina (Met) y
el grupo amino del segundo aminocido, la glutamina (Gln).
ARNm
AU G CAA U G C U UA C GA UAG
UAC GUU
AAAAAAAAAAA 3
ARNm
AU G CAA U G C U UA C GA UAG
GUU
AAAAAAAAAAA 3
Elongacin IV: El ARNm se traslada, de tal manera que el complejo ARNt-Gln-Met queda
en la regin peptidil del ribosoma, quedando ahora la regin aminoacil (A) libre para la
entrada del complejo ARNt-aa3
ARNm
AAAAAAAAAAA
AU G CAA U G C U UA C GA UAG
GUU
ARNm
AU G CAA U G C U UA C GA UAG
GUU ACG
AAAAAAAAAAA 3
ARNm
AU G CAA U G C U UA C GA UAG
GUU ACG
AAAAAAAAAAA 3
ARNm
AU G CAA U G C U UA C GA UAG
ACG
(i)
AAAAAAAAAAA 3
Elongacin VIII: El ARNm corre hacia la otra posicin, quedando el complejo ARNt3-CysGlu-Met en la regin peptidil del ribosoma.
ARNm
AU G CAA U G C U UA C GA UAG
ACG
AAAAAAAAAAA 3
ARNm
AAAAAAAAAAA 3
AU G CAA U G C U UA C GA UAG
ACG
AAU
Leu
ARNm
AU G CAA U G C U UA C GA UAG
AC G AAU
AAAAAAAAAAA 3
Elongacin XI: Unin del pptido Met-Gln-Cys con el 4 aminocido, la leucina (Leu).
Liberacin del ARNt de la leucina. El ARNm se desplaza a la 5 posicin
ARNm
AU G CAA U G C U UA C GA UAG
AAU
AAAAAAAAAAA 3
ARNm
AAAAAAAAAAA 3
AU G CAA U G C U UA C GA UAG
AAU
GCU
ARNm
AAAAAAAAAAA 3
AU G CAA U G C U UA C GA UAG
GCU
Arg-Leu-Cys-Gln-Met
Finalizacin I: Liberacin del pptido o protena. Las subunidades del ribosoma se disocian
y se separan del ARNm.
ARNm
AAAAAAAAAAA 3
AU G CAA U G C U UA C GA UAG
GCU
Arg-Leu-Cys-Gln-Met
Finalizacin II: Despus unos minutos los ARNm son digeridos por las enzimas del
hialoplasma.
ARNm
AAAAAAAAAAA 3
A U G C A A U G C U U A C GA U A G
(i)
PPTIDO
Los amino cidos estn ligados linealmente a travs de una
unin peptdica.
CUATRO NIVELES
ESTRUCTURALES
ESTRUCTURA PRIMARIA:
FORMACIN DE UN ENLACE PEPTDICO
Una cadena polipeptdica consiste en una cadena lineal de
aminocidos unidos por enlaces peptdicos.
ESTRUCTURA SECUNDARIA
Se refiere al ordenamiento espacial de los aminocidos
que se encuentran cerca en la secuencia.
- hlice:
Esta estructura se forma al enrollarse
helicoidalmente sobre s misma la
estructura primaria. Se debe a la
formacin de enlaces de hidrgeno.
Forma-
Los aminocidos forman una cadena en forma de zigzag,
denominada disposicin en lmina plegada.
ESTRUCTURA TERCIARIA
ESTRUCTURA CUATERNARIA
ESTRUCTURA DE PROTEINAS
estructura
primaria
secuencia
de
aminocidos
estructura
secundaria
-hlice
estructura
terciaria
plegamiento
tridimensional
estructura
cuaternaria
ensamblaje de
subunidades
DESNATURALIZACIN DE
LAS PROTENAS.
Cambios en la estructura de
las protenas que incluye las
prdida de las propiedades
que determinan sus funciones.
Cambios de pH
Exposicin a rayos
UV
A qu se debe?
Renaturalizacin
Recuperacin de la configuracin
normal de las protenas al
restablecerse las condiciones de
T y pH (normales).
UNIDAD VIII
Organizacin de genomas- recombinacin- regulacin de la
expresin gnica
Recombinacin gentica
Es el proceso por el que los elementos genticos
contenidos en dos genomas separados, se juntan
en una unidad.
Trae como consecuencia un cambio.
Formas de Recombinacin
Transformacin
Este descubrimiento fue uno de los hechos mas relevantes, pues
condujo a experimentos que probaron que el DNA es el material
gentico. Fred Grifth (1920).
Trabajos con Streptococcus pneumoniae.
Transformacin: Etapas
1.
Transformacin
Experimento de Griffith
Neumococo vivo
capsulado. (S)
Neumococo muerto
por calor
Neumococo vivo
rugoso (R) no
capsulado
Neumococo (R)
vivo +
Neumococo muerto
Ratn muerto
Se aslan cepas lisas
Ratn vivo
Ratn vivo
Ratn muerto: se aslan
cepas S
Transduccin
Transduccin
Cuando un fago infecta a una bacteria,
capta fragmentos del genoma de la clula
hospedadora.
Al infectar a otra bacteria el fago
transductor puede transferir sus propios
genes y
tambin los de la clula
hospedadora de la cual procede.
Puede ocurrir de 2
formas:
1.
Transduccin
generalizada:
Cualquier porcin del
genoma de la clula
hospedera pasa a
formar parte del
genoma de la
partcula vrica.
Transduccin
Transduccin
2.
Transduccion
especializada:
El DNA de una
regin especifica del
cromosoma de la
clula hospedera se
integra
directamente en el
genoma del virus.
No todos los fagos
pueden transducir,
ni todas las
bacterias son
transducibles.
CONJUGACION
Implica el contacto clula
clula.
El material gentico
transferido puede ser un
plsmido, o una porcin
del cromosoma.
Una clula donadora
trasmite la informacin
gentica a otra clula, la
receptora.
La clula donadora posee
el pili o pelo sexual.
conjugacin
2.
Cambio de la
composicin de
nucletidos del DNA
de una sola clula,
unas cuantas clulas o
de un organismo
completo.
Seleccin de
combinaciones de
DNA valiosas.
Bacteria
adquiriendo DNA
PLASMIDOS
Tipos de plsmidos
Plsmidos conjugativos: codifican pili sexuales
y protenas necesarias para la transferencia de
DNA.
Plsmidos R (resistencia a los antibiticos,
mercurio).
Plsmidos de Produccin de bacteriocinas y
antibiticos.
Tipos de plsmidos
Plsmidos de funciones fisiolgicas:
Utilizacin de urea,
Fermentacin de carbohidratos.
Produccin de pigmentos.
Plsmidos de virulencia: produccin de toxinas,
enzimas, tumores.
DNA MITOCONDRIAL
GENOMA VIRAL
Los virus son organismos
intracelulares obligados
Su estructura incluye un
cido nucleico viral (genoma
viral) DNA o RNA pero nunca
ambos) ubicado dentro de
una cpside proteica.
1.
2.
3.
EXPRESION GNICA
MODELO OPERN
Jacob, Monod y colaboradores analizaron el sistema de la lactosa
en E. coli, de manera que los resultados de sus estudios
permitieron establecer el modelo gentico del Opern que permite
comprender como tiene lugar la regulacin de la expresin gnica
en bacterias. Jacob y Monod recibieron en 1965 el Premio Nobel
por estas investigaciones
Jacques Monod
Francois Jacob
Inducibles
Reprimibles
De acuerdo al mecanismo de
control
OPERONES INDUCIBLES
El Opern lactosa, que abreviadamente se
denomina Opern lac, es un sistema
inducible.
La protena reguladora, producto del gen
regulador , es un represor que impide la
expresin de los genes estructurales en
ausencia del inductor.
Operones reprimibles
Control de la
expresin gnica en eucariontes
Niveles:
DNA-cromatina
Transcripcional
Postranscripcional
Traduccional
Postraduccionales
Zonas superenrolladas
El superenrollamiento negativo del DNA hace que las bases
estn ms accesibles a las protenas.
A nivel de la transcripcin
Regulacin CIS
Regiones proximales
Secuencias de Regulacin
Muchos genes eucariotas estn controlados por secuencias de
regulacin localizadas a grandes distancias del sitio de inicio
de la transcripcin
Llamadas estimuladores (enhancers) si estimulan
Silenciadores (silencers) si la inhiben
Aqu se unen factores transcripcionales que regulan a la ARN
polimerasa
Pueden estimular o
inhibir la
transcripcin
situados corriente
arriba o abajo del
promotor, y
orientados en
cualquiera de los
dos sentidos
Regulacin TRANS
Factores transcripcionales:
Protenas de regulacin
transcripcional
Son protenas que reconocen secuencias
especficas del ADN, hay de 2 tipos:
Activadores de la transcripcin
Represores de la transcripcin
Factores de transcripcin
Factores de transcripcin que se unen
directamente a ADN:
FTIID
Represor
Dominio
represor
Dominio de
unin al ADN
DEDOS DE ZINC
Este motivo consiste en espaciamientos
especficos conformados por residuos de
cistenas e histidinas que permiten la unin de
cationes Zn2+ a la protena, producindose un
enlace coordinativo del metal en el centro de
ellos. Este fenmeno confiere al dominio
aspecto de un dedo, por lo cual es llamado
comunmente dedo de zinc. Estos dominios
pueden encajar en los surcos mayores del
ADN. El acople de estos factores regulatorios
abarca la mitad de una vuelta de la doble hlice
del ADN.
Splicing alternativo
Hace referencia a variaciones en la forma de
combinar exones que generan diversas formas de
una protena
El splicing alternativo de pre-ARNm es un importante
mecanismo de regulacin de la expresin de genes
en eucariotas superiores. Regulacin cualitativa
Explica por ejemplo la existencia de
aproximadamente 1.000.000 de anticuerpos
diferentes en humanos a pesar de que el genoma
humano contiene nicamente unos 30.000 genes
Regulacin post-transcripcional
Procesamiento (splicing) alternativo
A nivel de la traduccin
Regulacin en la traduccin
Un mecanismo de
regulacin es la unin
de protenas represoras
que bloquean la
traduccin
Otro mecanismo ocurre
al modular la accin de
los factores de
iniciacin de la
transcripcin
Sistemas de
reparacin de
DNA: NER
(Nucleotide
Excision Repair)
Mecanismos
de reparacin
de DNA: BER
(Base excision
Repair)
Reparacin de G:T
MutL de E. coli