FBCB-UNL

Bioqumica Bsica de Macromolculas

Gua de coloquios 2011

.
Unidad 1: Interacciones. Agua. Proteinas: pI, potencial zeta, solubilidad,
estructura y plegamiento
I- Introduccin
1. Enumere las caractersticas fundamentales de los organismos vivos.
2. Cul es la funcin que cumplen las tres macromolculas fundamentales (ADN,
protenas y polisacridos) y los lpidos.
II- Interacciones intermoleculares. El agua como disolvente.
1.Qu tipos de interacciones intermoleculares conoce? En qu fenmenos
intervienen? Analice adems la dependencia funcional con: la distancia entre los
tomos o molculas involucradas; propiedades moleculares y del medio; orientacin
relativa y rango de energa puesta en juego.
2. En las siguientes reacciones explique si el proceso implica la formacin o ruptura de
enlaces covalentes o interacciones no covalentes (y en este ltimo caso, de qu tipo)
a) ATP-4 + Mg 2+ ATP-Mg-2
b) glucosa (cristal) glucosa (aq)
c) glucosa +Mg-ATP glucosa6-P + Mg-ADP
d) glucosa + hexoquinasa glucosa-hexoquinasa
e) p-nitrofenil-fosfato p-nitrofenol + ortofosfato inorgnico
f) NaCl cristalNa+ (aq) +Cl (aq)
g) anticuerpo + antgenoAg-Ac
h) protena desplegada protena plegada.
3. Defina momento dipolar, polaridad, polarizacin, interaccin dipolo-dipolo e
interaccin dipolo-dipolo inducido.
4. Qu energas de interaccin son siempre atractivas, y cules pueden ser
indistintamente atractivas o repulsivas?
5. Cules son las interacciones de van der Waals?. Trace un diagrama de energa de
van der Waals vs. la distancia entre dos molculas o tomos no inicos. Qu
representa cada trmino en la ecuacin del potencial de Lennard-Jones? A qu se
llama radio de van der Waals?
6. Cundo consideramos a una interaccin (o la fuerza que se deriva de la misma) de
largo alcance?
7. Calcule en valor absoluto las mximas energas de interaccin dipolo-dipolo o indipolo entre los siguientes pares separados a una distancia de 5 , considerando que
el medio es el vaco. Que sucedera si considera que el medio es agua?:

a) Agua- glicina
b) Na+1-agua
c) Na+1-glicina.
***************************************************************************************************
Datos: agua = 6 10 30 Cb.m; glicina = 50 .1030 Cb.m
Mxima energa de interaccin dipolo-dipolo en el vaco, para dipolos en posicin fija:
E = [1 2 / r3(4E0)] ; 1/(4E0) = 9 .109 m2New / Cb2;
e = carga elemental = 1,6 . 10 19 Cb; D = 80
Compare los valores de energa calculados con la energa de agitacin trmica a
298 K.
***************************************************************************************************
8. Qu importancia tiene el agua en la estructura y funcin de los seres vivos?
Explique las caractersticas del agua como disolvente en relacin con su estructura
molecular.
9. a) Indique si el agua tiene propiedades fisicoqumicas distintivas respecto a otras
molculas y a qu se deben las mismas.
b) Uno de los problemas mayores del cambio climtico producido por el efecto
invernadero es que el aumento de la temperatura en la Tierra va a producir
derretimiento de los hielos y esto aumentar el nivel de los ocanos inundando
amplias zonas de la superficie terrestre. Este mismo fenmeno de inundacin se
producira si los ocanos estuvieran formados por tetracloruro de carbono o por
triacilglicridos? Justifique su respuesta.
10. Las constantes dielctricas y momentos dipolares permanentes de algunos
solventes son resumidos en la siguiente tabla.
Sustancia

Constante dielctrica

Momento dipolar (Debye)

Formamida
Agua
Dimetilsulfxido
Cloroformo
Tetracloruro de carbono

110
78,5
48,9
4,8
2,2

3,37
1,85
3,96
1,15
0

Como se puede observar en la tabla, en general, a medida que aumenta el momento

dipolar permanente (y como es lgico) aumenta la constante dielctrica. Sin embargo,
es notorio que el agua, con un momento dipolar permanente ms chico que el dimetil
sulfxido y no mucho mayor que el cloroformo tenga una constante dielctrica ms
elevada que el primero y diez veces mayor que el segundo. Analice a qu puede
deberse esta caracterstica.
11. Describa la unin puente hidrgeno indicando si depende o no de las orientaciones
relativas de los tomos involucrados. Describa para las protenas, cidos nucleicos,
hidratos de carbono y lpidos, cules son los tomos que estn presentes en esas
molculas y pueden formar uniones puente hidrgeno (indique el enlace, residuo,
funcin qumica o componente estructural del que forman parte en cada caso).

12. Qu solutos son solubles en agua? Cmo se encuentran en ese solvente?

Que significa que un compuesto sea caotropo o cosmotropo? Qu compuestos
biolgicos son anfipticos? Dibuje una micela cilndrica, una plana y un liposoma.
13. Justifique desde el punto de vista de las interacciones in-dipolo, por qu dos
iones de la misma carga como el Li+1 y el Na+1 tienen diferentes grados de hidratacin.
14. Explique el efecto hidrofbico o interaccin hidrofbica. Puede producirse una
interaccin hidrofbica en un solvente no acuoso? Qu trmino es ms importante en
la energa de interaccin; el entlpico o el entrpico? En qu fenmenos o
estructuras biolgicas esto ltimo juega un papel relevante?
15. Qu caracterstica fisicoqumica-estructural requieren respectivamente dos
tomos o molculas para establecer una interaccin de tipo van der Waals, inica,
puente hidrgeno, o bioespecfica? Explique ms detalladamente esta ltima
interaccin.
16. Cules de las siguientes interacciones o enlaces participan en la interaccin y
reconocimiento de una macromolcula con sus ligandos especficos:
a) Fuerzas inicas
b) Enlaces peptdicos
c) Puentes de hidrgeno
d) Interacciones hidrofbicas
e) Interacciones de van der Waals
f) Enlaces fosfodister
g) Puentes disulfuro
17. Qu diferencia existe entre los compuestos cosmotropos y los caotropos? Qu
relacin guarda esta caracterstica y su capacidad de precipitar - solubilizar protenas y
la de estabilizar o desestabilizar su estructura?
18. La constante de equilibrio de asociacin entre un antgeno y un anticuerpo es
Ka = 108 M-1.
a) Calcule la energa libre de esta reaccin y compare su valor con las energas de
interaccin de las uniones no covalentes.
b) Teniendo en cuenta que las interacciones que contribuyen a generar la interaccin
bioespecfica son de corto alcance: Qu importancia le asigna a la
complementariedad estructural en el valor que presenta la misma?
III- Protenas
Estructura, funciones, plegamiento y desnaturalizacin
1. Qu entiende por aminocido proteico y no-proteico? De ejemplos e indique qu
funciones biolgicas cumplen cada uno. Qu caractersticas tienen los aminocidos
que conforman una protena? Son importantes la estructura y caractersticas
comunes de los aminocidos para las propiedades de las protenas?

2. Qu son las protenas? Qu funciones cumplen? Qu enlaces covalentes

pueden poseer adems del peptdico? Que compuestos qumicos o grupos orgnicos
no peptdicos pueden formar parte de
la estructura funcional en protenas
conjugadas? Dada la estabilidad del enlace peptdico: cmo se puede romper?
3. Qu grupos qumicos le confieren la carga a las protenas? Asumiendo un pH=7 en
el medio intracelular, cules le conferirn carga negativa y cules carga positiva?
(suponga que el pK de los aminocidos no se altera por estar inserto en el estructura
macromolecular).
4. Qu se entiende por estado nativo de una protena? Qu evidencias permiten
suponer que el estado nativo es el termodinmicamente ms estable?
5. De qu depende la caracterstica hidrofbica o hidroflica de un aminocido; cmo
se puede evaluar? Qu es y qu utilidad tiene el diagrama de hidropata de un
polipptido?
6. Defina estructura primaria, secundaria, terciaria, cuaternaria. Qu tipo de
interacciones (y con qu grado de importancia) contribuyen a mantener cada una de
ellas?
7. Un residuo carboxilo de un polipptido puede formar un puente salino (interaccin
electrosttica atractiva) con un residuo amino de una lisina o guanidinio de una
arginina. Cundo tendr ms posibilidades de producirse la unin: si ambos estn
expuestos al solvente, o si se encuentran en el interior de la estructura proteica, en
una regin donde el solvente es casi inaccesible?
8. Qu tipos de estructuras secundarias conoce? Que ngulos definen
fundamentalmente la estructura secundaria? Qu representan los grficos de
Ramachandran?
9. Se pueden predecir las estructuras secundaria y terciaria de una protena?
10. Qu se entiende por dominio, qu por subunidad y qu por cadena polipeptdica?
11. Qu mtodos se pueden utilizar para cuantificar protenas en solucin? Analice
los fundamentos e interferencias ms importantes.
12. Qu procesos pueden ocurrir durante el plegamiento in vivo de una protena?
Qu modificaciones post-traduccionales pueden producirse? Qu son las
chaperoninas? Qu son los cuerpos de inclusin? Qu son los priones?
13. Qu condiciones pueden conducir a la desnaturalizacin de una protena? Qu
propiedades macromoleculares se alteran?
14. Que efectos produce el cambio de pH sobre la estructura proteica? Por qu un
cambio de pH puede producir prdida de funcionalidad sin que se haya
desnaturalizado la protena? Por qu en general todas las protenas se desnaturalizan
a pHs extremos?

15. Qu fenmenos moleculares proponen las distintas hiptesis para explicar el

plegamiento de una protena? Qu significa que el proceso de plegamiento sea
altamente cooperativo? Cmo se puede plantear el proceso de plegamiento y la
constante de equilibrio para el mismo?
16. Cmo se puede seguir el proceso de plegamiento-desplegamiento de una
protena y calcular la energa libre de desnaturalizacin?
17. Trabajando con una concentracin total de protena 2,0 . 10-3 M se evaluaron las
concentraciones de las formas nativa y desnaturalizada de una enzima a distintas
temperaturas como se indica en la tabla.
Temperatura (C)
50
100

[desnaturalizada] (M)
5,1 . 10-6
2,8 .10-4

Asumiendo que la forma nativa y desnaturalizada

responda:

[nativa] (M)
2,0 . 10-3
1,7 . 10-3
estn en equilibrio: D <=> N,

a) El proceso, en las condiciones de estado estndar, ser espontneo a 50 C?

b) Calcule H y S para la reaccin de plegamiento de la protena (asumiendo que
son constantes en el rango de temperatura estudiado) y analice sus valores en
relacin a la termodinmica del proceso plegamiento.
Punto isoelctrico. Potencial elctrico. Solubilidad
1. Qu entiende por carga neta promedio y cmo define el punto isoelctrico de un
anftero?
2. Calcular los puntos isoelctricos de los siguientes compuestos:
a) glicilglicina
pKC = 3,06
pKN = 8,13
b) arginina
pKC= 2,00
pKN = 9,00
pKR = 12,5
c) Cys-S-S-Cys (dos resduos de cistena unidos por un puente disulfuro). Para este
caso, busque los valores de pK en algn libro o base de datos digital.
3. Indique el estado de ionizacin y la carga aproximada de la lisina a pH 1,0; 7,0; 9.7
y 13,0. Los pK de la lisina son: 2,18; 8,95 y 10,53.
4. Cmo puede determinar, en forma experimental y/o terica, el punto isoelctrico de
una protena?
5. Plantee un modelo para un in en solucin. Escriba y explique el significado y
limitaciones de la ecuacin del potencial elctrico en funcin de la distancia para un
in sencillo y para un macroin .
6. Todas las protenas son solubles en agua? De qu depende su solubilidad en
soluciones acuosas? Describa las interacciones que mantienen a una protena en
solucin.

7. Trace una curva tpica de la solubilidad en funcin del pH y otra en funcin de la

fuerza inica. Los efectos solubilizantes y precipitantes, son independientes del tipo
de sal utilizada? Cuando se precipita con sulfato de amonio, se desnaturaliza la
protena? Por qu generalmente se utiliza sulfato de amonio en lugar de cloruro de
amonio o de cloruro de sodio en el fraccionamiento de protenas por precipitacin
salina?
8. Plantee una ecuacin que le permita analizar la variacin de solubilidad de una
protena con la fuerza inica y el pH.
9. Si desea analizar la variacin de la solubilidad con el pH, a los efectos de
determinar el pI de una protena, en qu regin de la curva de solubilidad trabajara?
10. En general, para precipitar una protena pequea, se requiere ms o menos
concentracin salina que para precipitar una grande?
11. Si se tiene una protena en solucin en su punto isoelctrico y luego de agregarle
alcohol precipita, cul puede ser la causa de tal comportamiento?
12. Se desea concentrar por precipitacin una protena que se encuentra en solucin,
cuyo pI = 5,5. Qu compuesto: sulfato de amonio, cloruro de sodio, urea, y qu pH de
trabajo: pH 4,0; 5,5 u 8,0 elegira para ese fin? Justifique.
13. La siguiente secuencia corresponde a una protena que posee un dominio inserto
en la membrana:
MYGKIIFVLLLSEIVSISASSTTGVAMHTSTSSSVTKSYISSQTNDTHKRDTYAATPRAHEVSEISVR
TVYPPEEETGERVQLAHHFSEPEITLIIFGVMAGVIGTILLISYGIRRLIKKSPSDVKPLPSPDTDV
PLSSV EIENPETSDQ.

Luego de ingresar a un servidor de identificacin y caracterizacin de protenas como

(http://ca.expasy.org)
a) Analice el perfil de hidrofobicidad utilizando la herramienta Protscale (secuencia
primaria) y la escala de Kyte and Doolittle. Identifique las regiones hidrofbicas
b) Analice si la misma posee un pptido trnsito. http://www.cbs.dtu.dk/services
/SignalP/ En caso positivo corte dicho pptido e indique de la secuencia madura cul
ser la regin transmembrana.
c) calcule aproximadamente el pI del pptido en negrita, asumiendo que los pK de los
residuos en la protena son los mismos que para los aminocidos libres. Ingrese
nuevamente al servidor (http://ca.expasy.org/tools/pi_tool.html) y con la herramienta
correspondiente calcule el pI del mismo.
14-Los valores de pKa de los aminocidos se encuentran tabulados, normalmente
para los residuos libres y en determinadas condiciones. Cuando se encuentran
formando parte de la estructura proteica estos valores pueden o no conservarse,
dependiendo del entorno en que se ubiquen. En la T4 lisozima los residuos Asp 70 e
His 31 se encuentran prximos en la estructura tridimensional y forman un puente
salino. Se determinaron los valores de los pKa de ambos residuos, alternativamente
en la protena nativa y en la protena desnaturalizada, obtenindose los valores que se
muestran en la tabla, junto con los tabulados para los aminocidos libres:

Estado
En la protena (estado1)
En la protena (estado2)
Residuos libres

Pka Asp
0.5
4
4.25

Pka His
9
6.8
6

a-Compare los valores de los pKas de los residuos cuando forman parte de la protena
con los tabulados para los aminocidos libres, y explique cul de los dos estados de
la tabla (1 o 2) supone que correspondern al del estado nativo o al desnaturalizado.
b-Una vez adjudicados los pKas a cada estado, explique para pH=5 , en cul de los
dos estados ser ms fuerte la interaccin inica entre estos residuos.
c-En el estado nativo, se formara este puente salino a pH=10?.