ANLISIS DE LA INTERACCIN ENTRE FRMACOS Y KINASAS INVOLUCRADAS EN

LA ENFERMEDAD DEL ALZHEIMER EMPLEANDO HERRAMIENTAS DE DOCKING

Presentado por:
DIEGO OSPINA
C.C 1037524245
JUAN PABLO ARTEAGA
C.C 1037584907
LAURA OCAMPO
C.C 1037591541

Asesor
MARA BERNARDA SALAZAR SNCHEZ
BIOINGENIERA

Presentado a:
DEPARTAMENTO DE BIOINGENIERIA

UNIVERSIDAD DE ANTIOQUIA
2012

Pgina
1

Tabla de contenido

1.OBJETIVOS:.....................................................................................................2
2. INTRODUCCION..............................................................................................3
3. ANTECEDENTES.............................................................................................5
4. MARCO TEORICO...........................................................................................8
5. JUSTIFICACIN............................................................................................20
6. METODOLOGIA.............................................................................................23
6.1. Primera Etapa: Bsqueda de Kinasas.....................................................23
6.2. Segunda etapa: Bsqueda de medicamentos y de sus efectos inhibitorios

23

6.3. Tercera etapa: Identificacin de dominios..............................................23

6.4. Etapa final: Modelo y anlisis..................................................................23
7. CRONOGRAMA DE ACTIVIDADES.............................................................25
8. RECURSOS....................................................................................................26
8.1 Informticos:...............................................................................................26
8.2 Humanos:....................................................................................................26
9. RESULTADOS................................................................................................27
9.1 Simulacin de Kinasas..............................................................................27
9.2. Medicamentos arrojados por STITCH Y STRING, que actan sobre cada Kinasa
............................................................................................................................33
10. BIBLIOGRAFIA............................................................................................37
11. ANEXOS.......................................................................................................39

Pgina
2

1. OBJETIVOS.

OBJETIVO GENERAL: identificar frmacos que acten de manera efectiva en la inhibicin

de algunas Kinasas involucradas en Alzheimer mediante la utilizacin de herramientas de
Docking, para brindar una posible solucin al tratamiento de la enfermedad

OBJETIVOS ESPECFICOS:
Realizar una bsqueda exhaustiva de herramientas bioinformticas de libre acceso para
analizar las posibles interacciones frmaco Kinasas.
Encontrar en estudios recientes sobre la enfermedad del Alzheimer tres Kinasas relacionadas
con dicha enfermedad.
Buscar herramientas de Docking de libre acceso y compararlas teniendo en cuenta el grado
de confianza de los resultados obtenidos en las simulaciones.
Realizar un protocolo para la preparacin de muestras segn la herramienta de Docking a
utilizar.
Modelar la interaccin frmaco Kinasa por medio de diferentes herramientas de Docking.

Pgina
3

2. INTRODUCCION.

La enfermedad del Alzheimer, es una enfermedad neurodegenerativa; se caracteriza por un

progresivo deterioro cognitivo, conductual y emocional; acompaados por difusas
anormalidades estructurales en el cerebro debido a daos neuronales. En 1906 el Dr. Alois
Alzheimer, mdico alemn que dio su nombre a la enfermedad, describi por primera vez la
enfermedad como cambios inusuales en el tejido cerebral. 1
Hoy en da se conocen esos cambios como placas seniles o neurticas, formadas por
depsitos insolubles de la protena -amiloide alrededor de las neuronas y ovillos
neurofibrilares, formados por depsitos dentro de las propias neuronas cuyo principal
componente es la protena tau. Adems se han descubierto otras alteraciones asociadas a la
enfermedad, como prdida de neuronas, alteraciones cerebro vasculares y cambios en las
concentraciones de neurotransmisores.2
Una de las caractersticas de la enfermedad de Alzheimer es la formacin en el cerebro de
placas seniles neurticas. El mayor componente de esas placas es el pptido -amiloide,
producto de la proteolisis de APP (Protena Precursora amiloidea). El gen que codifica al APP
da lugar a cuatro formas alternativas o isoformas con 695, 714, 751 y 770 aminocidos,
todas ellas amiloidognicas. El APP puede hidrolizarse en tres puntos por tres enzimas
proteolticos. La -secretasa hidroliza al APP en la regin del -amiloide, impidiendo con ello
la formacin del amiloide y segregando una protena extracelular de 90 - 100 kDa. 3

1 Cecilia Gonzlez de Ordua et al., ltimos Avances En El Diagnstico Molecular y Por

Imagen De La Enfermedad De Alzheimer.
2 Ibid.
3 Kelley and Petersen, Alzheimers Disease and Mild Cognitive Impairment.
Pgina
4

Este proyecto tiene como finalidad buscar las principales Kinasas involucradas en dicha
enfermedad, y los diferentes medicamentos que puedan contrarrestarlas. Algunas de las
Kinasas son las siguientes, protena precursora de amiloide; SFK, la quinasa Src familia de
las Src; A, -amiloide; CDK5, quinasa dependiente de ciclina quinasa-5; GSK3, la
glucgeno sintasa quinasa-3; Markk, MARK quinasa; PhK, fosforilasa quinasa; PKA, protena
quinasa dependiente de AMPc; PKB, la protena quinasa B; PKC, la protena quinasa
C; PKN, la protena quinasa N; TPK, protenas tirosina quinasas; TTBK1 / 2, tau-tubulina
quinasa.4
La bsqueda de tratamientos para la enfermedad de Alzheimer, est entrando en su tercera
dcada, slo los inhibidores de la colinesterasa y un modulador de glutamato, la memantina,
han mostrado una eficacia suficiente para lograr la aprobacin reglamentaria. Porque ni los
inhibidores de la colinesterasa ni memantina parece alterar la historia natural de la
enfermedad. 5

4 Martin et al., Tau Protein Kinases.

5 Suh, Kenneth S. Suslick, and Yoo-Hun Suh, Therapeutic Agents for Alzheimers
Disease.
Pgina
5

3. ANTECEDENTES

2004 DOCKING AND SCORING IN VIRTUAL SCREENING FOR DRUG DISCOVERY:

METHODS AND APPLICATIONS. Douglas B. Kitchen
Artculo relacionado con los enfoques computacionales de las molculas pequeas 'dock',
de las estructuras de macromoleculares, y su complementariedad en los diferentes sitios de
unin. En este artculo se examinan los conceptos clave y las caractersticas de pequea
molcula de protena de acoplamiento. En los proyectos de investigacin de diferentes
enfermedades, se vio la necesidad de conocer la estructura tridimensional de las protenas,
para as lograr determinara los frmacos que mejor relacin tengan con dichas protenas,
para esto, se utiliza la herramienta de Docking con el fin de determinar la estructura
geomtrica de las protenas y frmacos por medio de metodlogas computacionales, para
lograr una mayor y mejor acercamiento a la efectividad de los frmacos actuando en los
sitios diana de las protenas.

Pgina
6

2005. Therapeutic Agents for Alzheimer's Disease. Artculo relacionado con un grupo de
medicamentos aprobados por la FDA que estn disponibles comercialmente para el
tratamiento de la enfermedad de Alzheimer .
Entre ellos, tacrina (Cognex), donepezil (Aricept), rivastigmina (Exelon), galantamina
(Reminyl) y memantina (Nemenda; Forest) son o bien acetilcolinesterasa o antagonistas de
N-metil-D-aspartato. En artculo, se comparan los cinco frmacos con otras molculas que se
encuentran actualmente en ensayos clnicos. Estos incluyen antioxidantes, quelantes de
metales, inhibidores de la monoaminooxidasa, anti-inflamatorios no esteroideos, as como
otros inhibidores de la AChE y NMDA. Adems, los enfoques de qumica mdica hacia el
diseo de mejores productos farmacuticos. La enfermedad del Alzheimer se caracteriza por
el deterioro neurolgico; esto ha hecho que se incremente la bsqueda de medicamentos
que se puedan usar para contrarrestar la enfermedad, para esto se ha propuesto analizar la
estructura de medicamentos por medio de mtodos computacionales y as reconocer su
eficiencia, con el fin de desarrollarlos, probarlos y por ultimo distribuirlos

2007. Structure-Based Drug Design: Docking and Scoring Romano T. Kroemer.

Artculo relacionado con la introduccin a ligando - receptor de acoplamiento. Proporciona
una visin general de los diferentes mtodos y algoritmos empleados para lograr los
acoplamientos, para as ejecutar aplicaciones de la estructura virtual de ligando-receptor. La
necesidad de obtener una bsqueda rpida de molculas pequeas que sean de inters
biolgico y de vital importancia, ha desencadeno la utilizacin de herramientas que utilizan
colecciones y bibliotecas de compuestos en su forma tridimensional de formas virtuales,
para generar acoplamientos entre diferentes compuestos, y as lograr de dichos
acoplamientos, permitan del descubrimiento de nuevos frmacos.

2010 STITCH 2: base de datos de red de interaccin de molculas pequeas y

protenas Michael Kuhn.
Artculo relacionado con la creacin de una red de interacciones, STITCH busca integrar los
datos de la bibliografa y basas de datos, para lograr una relacin diana-medicamento. La red
resultante puede ser explorada de forma interactiva o usando como la base para anlisis a
gran escala. Con el fin de observar los efectos de las pequeas molculas en los
organismos, se desarrollo STITCH como una herramienta de bsqueda de las interacciones
de los productos qumicos en la web de una forma interactiva como por ejemplo, la
bsqueda de un identificador nico o mltiples estructuras qumicas.
Pgina
7

2011. Identification of Potential Inhibitors against Acetylcholinesterase Associated With

Alzheimer's Diseases: A Molecular Docking Approach. Jagmohan Sharma.
Articulo relacionado con los Inhibidores de la colinesterasa (ChE-Is), los cuales, son el
estndar de la terapia para el tratamiento de pacientes con Enfermedad de Alzheimer. En
este trabajo se realizo el nuevo enfoque, utilizando herramientas como CORINA, la cual es
una aplicacin cientfica que se basa en generar estructuras en 3D,especialmente de
molculas medicinales,y el programa de acoplamiento molecular para identificar la afinidad
de unin y mecanismo de interaccin entre la ChE-Is con las protenas diana. Este enfoque
debera ser til para entender la selectividad de la molcula de frmaco dado en el
tratamiento de la enfermedad de Alzheimer.

2011. In Silico Theoretical Molecular Modeling for Alzheimers Disease: The NicotineCurcumin Paradigm in Neuroprotection and Neurotherapy.
Pradeep Kumar
Articulo relacionado con la agregacin de amiloide--pptido (AP) considerada como el
marcador patolgico clave de la enfermedad de Alzheimer. Tambin con los atributos
moleculares relacionados con las interacciones de unin especficas, de forma covalente y
no covalente, obtenidos mediante una biblioteca de compuestos dirigidos y simulaciones
estticas. Este trabajo proporciona un enfoque matemtico in silico, que constituye una
plantilla in vitro y la experimentacin in vivo. En el futuro esto podra permitir a
neurocientficos adoptar este enfoque in silico para el desarrollo de nuevas intervenciones
teraputicas en la neuroproteccin.

2011. STITCH 3: zooming in on proteinchemical interactions, Michael Kuhn

Artculo relacionado con la utilidad de STITCH. Para facilitar el estudio de las interacciones
entre las protenas y los productos qumicos, se ha creado STITCH, una base de datos
agregados de las interacciones que conectan ms de 300 000 sustancias qumicas y
protenas 2,6 millones de 1133 organismos. La informacin sobre las interacciones qumicas
de las protenas, se extiende sobre una gran variedad de bases de datos y en la literatura,
por lo que es difcil obtener una visin general de las interacciones conocidas de cualquier
producto qumico dado de inters. Para mejorar este problema, se ha desarrollado STITCH
Pgina
8

un depsito combinado de datos que capturas tanto como sea posible la disposicin de
conocimientos sobre las asociaciones qumicas de protenas.

4. MARCO TEORICO

La enfermedad de Alzheimer se caracteriza por una prdida progresiva de memoria y

funciones cognitivas. A nivel neuropatolgico, esta enfermedad se define como el acmulo
extracelular de placas seniles formadas por protena -amiloide y maraas neurofibrilares
intracelulares formadas por protena tau hiperfosforilada, que originan muerte neuronal
regionalizada y prdida de conexiones sinpticas en regiones selectivas del cerebro. 6
La enfermedad, fue descubierta en conjunto por Kraepelin y Alzheimer; Es una enfermedad
clnico-patolgica degenerativa crnica y progresiva, que se presenta con deterioro de la
memoria, la orientacin, el habla, y otras funciones relacionadas con la personalidad y
capacidad visual-espacial. Esta demencia neurodegenerativa, se caracteriza por fallo en la
consciencia en combinacin con amiloidosis cerebral, cambios fibrilares intraneuronales,
prdida neuronal y sinptica y deficiencias en los neurotransmisores. 7

6 MARA CASCALES ANGOSTO and PILAR GONZLEZ GONZLEZ, Factores Implicados En

La Patognesis De La Enfermedad De Alzheimer. Estrs Oxidativo.
7 Ibid.
Pgina
9

Para dar una explicacin a la aparicin de la enfermedad del Alzheimer se optaron dos vas
como principales precursoras de dicha enfermedad, las cuales son la va de la -amiloide
(Figura 1) y la va de la protena tau (Figura 1.1). La protena precursora amiloidea al ser
procesada por una va amiloidognica origina el beta amiloide, el cual se deposita en las
placas seniles y causa efectos txicos directos sobre las neuronas. En el cromosoma 17 se
encuentra el gen que codifica la sntesis de la protena Tau. Mutaciones en este gen
provocan una fosforilacin irreversible de la protena que impiden su funcin normal y
facilitan su autoagregacin, formando los ovillos neurofibrilares 8

Figura 1 va -amiloide

8 Gra Menndez, Padrn Prez, and Llibre Rodrguez, Pptido Beta Amiloide, Protena Tau
y Enfermedad De Alzheimer.
9 Kaj Blennow, Mony J de Leon, and Henrik Zetterberg, Alzheimers Disease.
Pgina
10

Figura 1.1 va tau10

Hoy en da se tiene en estudio la va -amiloide, solo se conoce con certeza que es una de
las primeras causas de la enfermedad, por otro lado, en la va tau se conoce que es asociada
a los microtbulos expresada principalmente en las neuronas y que desempea un papel
crucial en la estabilizacin del citoesqueleto neuronal y se tienen identificadas un grupo de
kinasas implicadas en dicha enfermedad, las cuales se clasifican en tres grupos segn su
estructura, las funciones, la regulacin, la participacin en la fosforilacin de tau y la
neurodegeneracin relacionada con la enfermedad del Alzheimer. Estos grupos son los
siguientes.
PDPK: se caracterizan por ser quinasas serina y treonina de orientacin antes de un
residuo de prolina. En el cual se encuentran las siguientes quinasas, la glucgeno sintasa
quinasa 3 (GSK3), ciclina dependiente de la protena quinasa.5 (CDK5), esta es activada por
mitgenos-protenas quinasa (MAPK), tales como p38 y terminales quinasas(JNK).
No PDPK: comprende tau-tubulina quinasa 1/2 (TTBK1 / 2), la casena quinasa 1/1/1 /2
(CK1/1/1/2), DYRK1A / 2, microtbulos de regulacin afinidad-quinasas (MARK),
fosforilasa quinasa (PHK), PKA, PKB / Akt, PKC, la protena quinasa N (PKN) y Ca2 + /
calmodulina dependiente de la protena quinasa II (CaMKII).
TPK: en este grupo se encuentran las Kinasas de la familia Src quinasa (SFK) miembros
tales como Src, linfocitos especficos de la protena tirosina quinasa (LCK), la quinasa de
10 Ibid.
Pgina
11

tirosina bazo (SYK) y Fyn se TPK implicado en la fosforilacin de tau en los residuos de
tirosina. Los residuos de tirosina de la protena tau tambin puede ser fosforilada por la
quinasa c-Abl o gen Abl relacionada (Arg) quinasa. 11
Este proyecto se enfoca en esta ltima va, la cual tiene cuatro dominios, regin
aminotermilal, dominio rico en purinas, regin unida a microtbulos (tubulina), y un dominio
carboxiterminal. La va tau se esquematiza en la figura 2.
Una consecuencia significativa de la hiperfosforilacin de la protena tau, en la enfermedad
de Alzheimer, es la disminucin de la capacidad de unirse a los microtbulos y promover su
ensamblaje. La protena tau hiperfosforilada contribuye a una desestabilizacin del
entramado microtubular, a la alteracin del transporte axonal y a la formacin de maraas
neurofibrilares lo que lleva a muerte celular.se afecta la estructura y funcin de la molcula,
debido al aumento de la resistencia a la protelisis y a la disminicion de la afinidad por los
microtbulos, favoreciendo la dimerizacin de tau y su interaccin con otras protenas. Estos
cambios en la fosforilacin de tau se observan en otras enfermedades, las taupatas, como
resultado de isquemia cerebral, apoptosis o estrs celular.12
En la va tau, especficamente sobre el dominio rico en purinas actan diferentes Kinasas
PDPK (prolines targeting protein kinases), las cuales son la MAPK, GSK3, CDK5. Estas son
las Kinasas objeto de este proyecto, ya que se busca intervenir en el proceso de desarrollo
de la enfermedad antes de que pueda ocurrir dao neuronal.
CDK5: es esencial para el desarrollo del sistema nervioso central (SNC) y est involucrado
en la regulacin de la dinmica del citoesqueleto neuronal, crecimiento neurtico, transporte
vesicular y las funciones sinpticas.
La forma ms activa de CDK5, es el complejo cdk5/p25, capaz de inducir un aumento de la
fosforilacin de tau y la neurodegeneracin CDK5 fosforila tau en 11 sitios, y todos estos
sitios se encuentran fosforilados en los cerebros de los pacientes con enfermedad del
Alzheimer. Su estructura qumica se puede observar en la figura 1.3 13

11 Martin et al., Tau Protein Kinases.

12 MARA CASCALES ANGOSTO and PILAR GONZLEZ GONZLEZ, Factores Implicados
En La Patognesis De La Enfermedad De Alzheimer. Estrs Oxidativo.
13 Martin et al., Tau Protein Kinases.
Pgina
12

C 19 H 26N 6 O
354,45 g.mol -1

Figura 1.3 CDK5.

GSK3: Estas involucrada en la proliferacin celular, las funciones neuronales, la
oncognesis, el desarrollo embrionario, la apoptosis y las vas de la respuesta inmune. La
fosforilacin de tau por GSK3 produce en 42 sitios y 29 de ellos se encuentran fosforilados
en cerebros. Si estructura qumica se puede observar en la figura 1.4 14
C 12 H 12N 4 O 4 S
308,31 g.mol -1

Figura 1.4 GSK3

MAPK: (p38, Erk1 / 2 y JNK1/2/3) estn implicadas en la fosforilacin de tau anormal en los
sitios especficos encontrados en los cerebros. Su estructura qumica se puede observar en
la figura 1.415

14 Ibid.
15 Ibid.
Pgina
13

C 14 H 8N 2 O
220,23 g.mol -1

Figura 1.4 MAPK

Las protenas tau son una de las dos clases principales de protenas asociadas a
microtbulos que se encuentran en cerebro. Por unin simultnea a diversas molculas de
tubulina no polimerizadas, estas protenas aceleran el proceso de nucleacin en la
polimerizacin de la tubulina. Las protenas tau modificadas se encuentran implicadas en la
formacin de las maraas neurofibrilares de la enfermedad de Alzheimer 16. Es esta la
principal importancia para atacar la va tau antes de que se genere las maraas
neurofibrilares y con esta la enfermedad

VA TAU

16 MARA CASCALES ANGOSTO and PILAR GONZLEZ GONZLEZ, Factores Implicados

En La Patognesis De La Enfermedad De Alzheimer. Estrs Oxidativo.
Pgina
14

CK
II

PKA
PKC
MAR
K

GS
K3
Cd
K5

Mar
aa
s
Neu
rof
brila
Fila
res
men
(NF
tos
T)
helic
oida
les
emp
arej
ados

Fila
men
tos
heli
coid
ales
emp
arej
Hiperfosforilaci
ado
n
MAP
K
GSK
3

Reg
WNT
GSK3
P1N1
ulac
in
equ
TMAO
PKA
ilibr
io
qui
nas
Unin a
as
microtbulos PP1
Carboximetila
cin
PP2A

Luego de identificar las vas determinantes de la enfermedad del Alzheimer se han adoptado
diferentes tratamientos para contrarrestarlas, los frmacos ms usados en dichos
Figura de
2, los
Estructura
la inhibidores
protena Tau
y mecanismos que conducen
a como:
su fosforilacin,
tratamientos,
cuales sede
tiene
de ACETYLCHOLINESTERASE
tales
autoensamblaje de tau fosforilada, formacin de filamentos helicoidales emparejados (PHF) y
maraas neurofibrilares (NTF). CKII, caseina quinasa; cdk5, quinasa dependiente de ciclina 5;
Pgina
GSK3, glucgeno sintasa quinasa 3
15; MAPK, protena quinasa activada por mitgenos; PDPK,
protenas quinasa dirigidas a prolina; no PDPK, protenas quinasa no dirigidas a prolina; PIN1,
prolil isomerasa (carabina); PKA, protena quinasa A; PKC, protena quinasa C; PP1 y PP2A,

Tacrine: Fue el primer medicamento aprobado por la FDA AD, pero ya no se utiliza en la
prctica, por presentar severos efectos secundarios. Este agente inhibe AChE
reversiblemente de una manera no competitiva; de estructura qumica (Figura 3)17
Fi

gura 3. tacrine

Donepezil hydrochloride: Es una piperidina basada en inhibidor de AChE, aprobado por la

FDA y est en uso para el tratamiento de la enfermedad del Alzheimer. Es significativamente
ms selectivo hacia la AChE. En comparacin con otros medicamentos los efectos
secundarios, son generalmente leves y transitorios entre ellos, nuseas, diarrea, vmitos,
estreimiento, dolor de cabeza, mareos y trastornos del sueo, de estructura qumica (Figura
4)18.

Figura 4. Donepezil hydrochloride

Galantamine: Es un inhibidor competitivo AChE 50 veces ms eficaz que los dems. Los
efectos adversos en la fase de escalada de dosis incluyen nuseas, vmitos, diarrea, y dolor
de cabeza. Con estructura qumica (Figura 5)19.

17 Suh, Kenneth S. Suslick, and Yoo-Hun Suh, Therapeutic Agents for Alzheimers
Disease.
18 Ibid.
19 Ibid.
Pgina
16

Figura 5. Galantamine.
Rivastigmine Tartrat: Es un inhibidor reversible AChE cerebral con selectividad elevada. Su
uso ha sido aprobado en al menos 40 pases de todo el mundo. Tiene efectos adversos tales
como gastrointestinal, como nuseas, vmitos, anorexia y prdida de peso. Con estructura
qumica (Figura 6)20.

.
Figura 6. Rivastigmine tartrat.
Para analizar la interaccin protena -frmaco, se utilizar herramientas como STITCH y
STRING las cuales son bases de datos con las que se puede simular la interaccin de forma
directa como indirecta derivadas de cuatro fuentes: contexto genmico, experimentos de alto
rendimiento, coexpresin y conocimientos previos. A partir de ste se puede ver la
interaccin de las protenas de la siguiente manera.

20 Ibid.
Pgina
17

Figura 7. Interacciones en STRING.

En la imagen tomada de STRING. Las lneas representan la existencia de los siete tipos de
pruebas utilizadas en la prediccin de las asociaciones. Una lnea roja indica la presencia de
pruebas de fusin, una lnea verde representa la zona de evidencia, una lnea azul
representa coocurrencia, una lnea purpura representa evidencia experimental, una lnea
amarilla evidencian textmining, una lnea de color azul claro representa las pruebas de base
de datos, y una lnea negra representa coexpresin.
Al tener una idea del nivel y tipo de interaccin entre protenas y los frmacos. Se busca
encontrar que parte de dicha protena es la que tiene interaccin con el frmaco, para lo cual
se utilizar la herramienta de Docking.
Docking perimite realizar modelado molecular, es decir, es un mtodo que predice la
conformacin preferida de una molcula, al estar unida a otra, con el fin de formar un
complejo estable; esta herramienta hace uso de ordenadores para realizar clculos
cientficos que ayuden a la creacin de nuevos y mejores medicamentos. De la utilizacin de
Docking se tiene lo siguiente (Figura 7).

Pgina
18

Figura 7. Imagen de protena en Docking.

Para poder realizar el modelado utilizando Docking, es necesario descargar las estructuras
de las protenas utilizando PDB.
PDB (Protein Data Bank o AP) es una coleccin mundial de datos sobre la estructura
tridimensional (o estructura 3D) de macromolculas biolgicas: protenas esencialmente,
y cidos nucleicos . Estas estructuras son principalmente determinadas por cristalografa de
rayos X o espectroscopia de NMR
Cada modelo se hace referencia en el banco por un identificador nico a 4 caracteres, el
primero es siempre un carcter numrico, los tres siguientes son caracteres
alfanumricos. Este identificador se denomina "cdigo pdb".
Un ejemplo de una estructura tridimensional se puede observar en la figura 8

Pgina
19

Figura 8. Imagen protena PDB

Luego de tener la molcula en formato PDB forma cristalina, el primer paso que se debe
seguir es observar todos los tomos que conforman dicha molcula para ello utilizamos el
UCSF Chimera el cual permite mediante la opcin acciones ACTION del men de
herramientas seguida de Atom/Bonts y show visualizar cada uno estos tomos y su
distribucin dentro de la molcula. A la hora de trabajar en DOCKING solo nos interesan los
aminocidos el resto de sustancias presentes dentro de la molcula se consideran
sustancias de desecho por ejemplo las molculas de agua, los iones, y los ligandos. La
molcula debe pasar por un proceso de extraccin de dichos tomos para lo cual se debe
elegir la opcin select del men de herramientas seguida de structure dicha opcin genera
un men desplegable en el cual se encuentra la opcin solvent sta opcin nos permite
seleccionar todos los tomos de solvente en este caso agua que se encuentran en la
molcula, luego de seleccionados nos dirigimos a la opcin Atom/Bonts del men de
acciones, seguida de delete as eliminaremos cada uno de los tomos de solvente. Del
mismo modo se procede para eliminar los iones y ligandos, solo se reemplaza la opcin
solvent por la opcin Ions y se elimina de la misma manera.

Pgina
20

5. JUSTIFICACIN

En la actualidad, uno de los tratamientos ms usados para controlar los sntomas el

Alzheimer son los medicamentos inhibidores de la colinestererasa, la cual tiene como
funcin la hidrlisis de neurotransmisores, estos inhibidores retardan la degradacin
metablica de la acetilcolina; existen cuatro medicamentos llamados inhibidores de la
colinesterasa, los cuales son21:
Aricept
Nombre genrico: donepezil
Ao aprobado por la FDA: 1996
Eficaz para: Etapa temprana, moderada y severa de la enfermedad de Alzheimer
Cmo funciona: Aricept evita la degradacin de la acetilcolina en el cerebro.
Los efectos secundarios ms comunes: Diarrea, mareos, prdida de apetito, calambres
musculares, nuseas, cansancio, dificultad para dormir, vmitos, prdida de peso.
Otros: Aricept, tambin puede tener un efecto limitado en la desaceleracin de la progresin
del deterioro cognitivo leve (MCI por sus siglas en ingls) del Alzheimer. Los resultados del
estudio publicado en abril del 2005 por la revistaP 2 de 4 mdica: New England Journal of
Medicine indic que durante el primer ao de una prueba de tres aos, las personas con
MCI y tratados con Aricept tenan un menor riesgo de progresin del Alzheimer en
comparacin con los participantes que tomaron la vitamina E o un placebo (una pldora
inactiva). Sin embargo, al final del estudio, no hubo diferencias entre los tres grupos a
excepcin de aquellos con el gen ApoE4. El efecto de Aricept dur de dos a tres aos para
estos participantes. Estudios previos han indicado que aquellos que poseen el gen ApoE4
tienen una mayor probabilidad de desarrollar Alzheimer que la poblacin en general.
Cognex
Nombre genrico: tacrina
21 Gateway Center Drive, ALZHEIMERS DISEASE RESEARCH.
Pgina
21

Ao aprobado por la FDA: 1993 (Cognex an est disponible, pero ya no es comercializado

activamente por el fabricante, debido a los graves efectos secundarios.)
Eficaz para: Etapa temprana y moderada de la enfermedad de Alzheimer
Cmo funciona: Cognex evita la degradacin de la acetilcolina en el cerebro.
Los efectos secundarios ms comunes: Estreimiento, diarrea, gases, prdida de apetito,
dolores musculares o dolor, nusea, malestar estomacal, congestin nasal, vmitos, prdida
de peso, con posible dao heptico.
Exelon
Nombre genrico: rivastigmina
Ao aprobado por la FDA: 2000
Eficaz para: Etapa temprana y moderada de la enfermedad de Alzheimer
Cmo funciona: Exelon previene la degradacin de la acetilcolina y butyrylcholine (una
sustancia qumica similar a la acetilcolina) en el cerebro.
Los efectos secundarios ms comunes: Nuseas, diarrea, aumento de la frecuencia de
las deposiciones, vmitos, debilidad muscular, prdida de apetito, prdida de peso, mareos,
somnolencia y malestar estomacal.
Otros: En 2007, la FDA aprob el ExelonPatch (sistema transdrmico de rivastigmina) para
absorber este medicamento a travs de un parche para la piel como una opcin para la
cpsula oral.
Razadyne
Nombre genrico: galantamina
Ao aprobado por la FDA: 2001
Eficaz para: Etapa temprana y moderada de la enfermedad de Alzheimer
Cmo funciona: Razadyne evita la descomposicin de la acetilcolina y estimula los
receptores nicotnicos para liberar ms acetilcolina en el cerebro.
Los efectos secundarios ms comunes: nuseas, vmitos, diarrea, prdida de peso,
mareos, dolor de cabeza, cansancio

Pgina
22

Otros: Este medicamento se conoca anteriormente como Reminyl. 22

Con la realizacin de este proyecto se pretende dejar una amplia documentacin acerca del
tratamiento farmacolgico de la enfermedad del Alzheimer, estudiando como estos
frmacos interactan con las Kinasas que intervienen en el desarrollo de dicha enfermedad y
evaluando el comportamiento inhibitorio de algunos frmacos al interactuar con stas. Esto
permitir un tratamiento ms eficiente de la enfermedad y la optimizacin de los procesos de
estudio de interaccin protena- medicamento.
Para el desarrollo de lo anterior se realizar una extensa bsqueda bibliogrfica en bases de
datos certificadas que proporcionen los conocimientos bsicos sobre el comportamiento de
las Kinasas en el sistema neurolgico humano, la utilizacin de las diferentes herramientas
bioinformticas y los frmacos empleados actualmente en el tratamiento de la enfermedad,
para luego proceder a la ejecucin de la interaccin frmaco-Kinasa, visualizando
grficamente dicha interaccin y analizando los marcadores que estos programas arrojan
para determinar la posible efectividad de los frmacos.
.

22 Ibid.
Pgina
23

6. METODOLOGIA

Este proyecto tiene como finalidad la bsqueda de frmacos que acten como inhibidores de
la accin de Kinasas que intervienen en la enfermedad del Alzheimer.
6.1. Primera Etapa: Bsqueda de Kinasas
Identificar mnimo tres Kinasas; se partir de las dos vas que tienen mayor implicacin en la
enfermedad del Alzheimer, que son la va -amiloide, que contiene la GSK3 (glucgeno
sintasa Kinasa), y en la va tau, en la cual se encuentran las siguientes Kinasas, EERK2, p38
ERK2, JNK, p38, GSK3,ERK2, JNK,p38, GSK3 GSK3. Entre estas se escogern tres,
segn lo reportado en la literatura tengan mayor relevancia en el desarrollo y/o presencia de
la enfermedad.
6.2. Segunda etapa: Bsqueda de medicamentos y de sus efectos inhibitorios
A partir de la utilizacin de bases de datos se buscar encontrar los diferentes medicamentos
aprobados internacionalmente, en este caso se har uso de Drugbank facilitar dicha
bsqueda, a los medicamentos encontrados se les evaluar el efecto inhibitorio (STITCHSTRING) que tienen sobre las Kinasas definidas para realizar el anlisis con respecto al
impacto que tienen en el bloqueo de la enfermedad. Comnmente se utilizan para el
tratamiento de la enfermedad: Donepezil, Rivastigmina, galantamina, Tacrina.
6.3. Tercera etapa: Identificacin de dominios
Por medio de herramientas bioinformticas como Prosite, se identificarn los dominios y
dentro de ellos las secuencias especficas de interaccin entre el medicamento y las
protenas, de tal forma que con la informacin obtenida se puedan establecer segundos usos
de medicamentos existentes en el tratamiento de la enfermedad del Alzheimer.
6.4. Etapa final: Modelo y anlisis
Pgina
24

Se utilizar la herramienta de Docking para modelar la interaccin entre el compuesto

qumico y la protena problema, obtenidos a partir de las herramientas STITCH- STRING,
para un posterior anlisis de los resultados y de su efectividad.

ANALISIS DE LA INTERCCION ENTRE

FARMACOS Y KINASAS INVOLUCRADAS
EN LA ENFERMEDAD DEL ALZHEIMER
EMPLEANDO HERRAMIENTAS DE
DOCKING

Enfermedad
del Alzheimer

Kinasas
involucradas en
la enfermedad

Tratamiento
farmacolgico
de la

Va Tau y va

Interaccin
frmacoprotena

amiloid

A partir

STITCH

STRING

Diseo de
medicamentos

Pgina
25

Docking
Anlisis
y

ACTIVIDAD
1

Pgina
26

SEMANAS *
9
10