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1Principios fsicos
o 1.1Colectividad microcannica (NVE)
o 1.2Ensamble cannico (NVT)
2Potenciales en dinmica molecular
o 2.1Potencial Lennard Jones
3Software
4Referencias
5Vase tambin
6Enlaces externos
Principios fsicos[editar]
Colectividad microcannica (NVE)[editar]
La forma ms simple de dinmica molecular ocurre en el colectividad microcannica. En l,
el sistema est aislado: su volumen no se altera (V) y no intercambia masa (N) ni energa
(E) con el entorno. Para un sistema de N partculas con coordenadas y velocidades , se
puede plantear el siguiente par de ecuaciones diferenciales de primer orden
La funcin de energa potencial son las atracciones y repulsiones que sienten los
tomos entre s debido a los enlaces qumicos, interacciones electrostticas, van
der Waals, etc. de las molculas. A tambin se le conoce como campo potencial
de fuerza y es una funcin de las coordenadas de las partculas . Normalmente
proviene de clculos de qumica cuntica y/o experimentos espectroscpicos. Sin
embargo, el campo de fuerza generalmente tiene una forma funcional que lo hace
pertenecer a la mecnica clsica.
La trayectoria de las partculas es discreta en el tiempo. Normalmente se elige un
paso de tiempo suficientemente pequeo (p.ej. 1 femtosegundo) para evitar
errores numricos de discretizacin. Para cada paso de tiempo, se integra la
posicin y velocidad con un mtodo simplctico como la integracin de Verlet.
Dadas las posiciones iniciales (p.ej. la estructura de rayos X de una protena) y las
velocidades iniciales (p.ej. aleatorias y Gaussianas), es posible calcular todas las
posiciones y velocidades en el futuro.
La colectividad NVE es difcil de realizar experimentalmente. Por ello,
generalmente se utiliza la colectividad NVT o NPT en las simulaciones. Sin
embargo, las simulaciones NVE son importantes para verificar que un campo de
fuerza combinado con un algoritmo de integracin conserva la energa del
sistema.
Software[editar]
En la actualidad existen varios programas capaces de llevar a cabo las
simulaciones de DM, y a su vez existen varios campos de fuerza, que en general
pueden utilizarse con diversos
Referencias[editar]
1. Volver arriba Feynman, Richard (1963). Lectures on Physics.