HyperChem: Descripcin (1 Parte). Qumica Fsica.

Curso 2010/2011
1. Partes de la ventana de HyperChem.
2. Descripcin de los usos del Ratn.
3. Iconos de herramientas.
4. Lectura de un fichero y opciones de presentacin.
5. Tcnica bsica de dibujo y seleccin de tomos y molculas.
6. Dibujo del esqueleto 2D de una molcula y transformacin a 3D
7. Trasladar y rotar molculas.
8. Propiedades estructurales de molculas.
1. Partes de la ventana de HyperChem
Barra de
Maximizar
Botn de control
Minimizar
ttulo
Barra de ttulo: Muestra el nombre del
del men
fichero de trabajo.
Menu de Barras: Este men contiene los
Salir
nombre de los diferentes mens de
HyperChem que son: File, Edit, Build,
Select,....
Men de
Barras
Iconos de herramientas: Por debajo del
Iconos de
herramientas
men
de
barras
aparecen
ocho
herramientas en forma de iconos que puede
utilizarse para dibujar, seleccionar, visualizar
y desplazar tomos y molculas.
Espacio
de trabajo
Espacio de trabajo: Este es el espacio
donde HyperChem muestra las molculas
de trabajo.
Linea de estado: La linea de estado
linea de estado
muestra informacin de la operacin que se
Mtodo de clculo
esta realizando en cada momento.
Botones de control del men: Botones de
maximizar, minimizar y cierre de la ventana de HyperChem.
2.Descripcin de los usos del Ratn:
-Pulsar y soltar el botn izquierdo (I-click)
-Pulsar y soltar el botn derecho (D-click). En general el efecto de esta operacin es el contrario
de la anterior.
-Doble pulsacin (rpida) y soltar el botn izquierdo (Doble-click).
-Pulsacin del botn izquierdo y arrastrar el ratn manteniendo pulsado el botn (I-arrastre).
-Pulsacin del botn derecho y arrastrar el ratn manteniendo pulsado el botn (D-arrastre).
-Pulsacin de los botones izquierdo y a continuacin derecho y arrastre del ratn (ID-arrastre).
-Pulsacin de los botones derecho y a continuacin izquierdoy arrastre del ratn (DI-arrastre).
3. Iconos de herramientas:
El cursor del ratn cambia de forma dependiendo de donde
esta situado en la ventana, as como de la funcin activa. Para ver los
cambios del cursor
1. I-click en el icono de la herramienta de dibujo
2. Mover el cursor por el espacio de trabajo. El cursor toma la
forma de la herramienta de dibujo.
3. I-click el icono de la herramienta de seleccin.
El color del fondo de pantalla o espacio de trabajo puede modificarse
con objeto de resaltar la imagen representada. Por defecto dicho
color es negro, para cambiarlo vaya en el men a File/Preferences y
en la pestaa Windows Color, elija white (blanco)

Dibujo
Seleccin
Rotacin ejes X, Y
Rotacin eje Z
Traslacin ejes X, Y
Traslacin eje Z
Zoom
Plano de corte Z

4. Lectura de un fichero y opciones de presentacin:

1. Mueva el puntero a File en el menu de barras.
2. I-click en File. El menu de File se abre apareciendo una serie de opciones
3. I-click en Open. Aparece la caja de dilogo de Open-File. En nombre de archivo escriba:
c:\Programas\HYPER6\SAMPLES\AROMATIC
Aparece una lista de ficheros. Seleccione (I-click) C60.HIN y pulse abrir. Usando los cursores del teclado
6,7, 8 y 9, la molcula puede rotar en el espacio de la ventana.

4. I-click en el menu Display y selecciones Labels. Elija Symbol, y a continuacin OK.

5. Elija de nuevo Labels en el menu Display, y elija none.
6. Elija Rendering en el menu Display. Elija Balls and cylinders en la lista y click en OK
Como ejercicio elegir otras opciones en Rendering y/o leer otras molculas. Para leer una molcula
nueva:
7. Seleccione New en el menu File. Si el programa le pregunta si quiere saving changes to the file,
(guardas los cambios del fichero) I-click No.
8. Repita los pasos 1-3.
9. Elija Rendering en el menu Display y seleccione Sticks. Solo en este modo se pueden dibujar
molculas, representando de forma adecuada el orden de enlace.
5. Tcnica bsica de dibujo y seleccin de tomos y molculas: Dibujo de tomos:
1. Abra la caja de dilogo de Element Table. Para ello existen dos posibilidades:
Seleccione en la barra de menu Build y en esta Default Element.
Doble-click en el icono de la herramienta de dibujo.
Seleccione (I-click) el tomo de C, marque (I-click) sobre Allow ions (permitir iones) y deje sin
marcar Explicit hydrogens (Hidrgenos explcitos). Cierre la caja de dilogo con I-click en el botn V que
aparece en la parte superior derecha de la caja.
2. I-click en la herramienta de dibujo y mueva el cursor a travs de la ventana de trabajo. I-click
en cualquier lugar de la ventana de trabajo. Aparece un pequeo crculo que representa un tomo de
carbono aislado. Dibuja algunos tomos ms en diferentes localizaciones del espacio de trabajo.
3. Vamos a dibujar un enlace entre dos tomos: Para ello, mueva el cursor hasta la localizacin
del primer tomo del enlace (puede ser un tomo previamente dibujado o un tomo que se vaya a dibujar
en el momento). Pulsar el botn izquierdo del ratn y sin soltarlo arrastrar el ratn (I-arrastre) hasta la
localizacin del segundo tomo (de nuevo puede estar o no previamente dibujado). Suelte el botn del
ratn. Una lnea representa el enlace entre los dos tomos.
4. Comenzando en un rea vaca dibujar seis enlaces hasta formar un anillo.
5. Para borrar un tomo o enlace D-click sobre el tomo o enlace que quiere borrar.
Seleccin de tomos y enlaces:
6. I-click en el men Select. Se abre el men de seleccin. Si Atoms no esta seleccionado
(marcado con el smbolo T), I-click en Atoms para seleccionarlo. A continuacin asegrese de que en el
mismo men no est seleccionado Multiple Selections. De esta forma al seleccionar un tomo o enlace
se elimina la seleccin anterior.
7. I-click en la herramienta de Seleccin:
8. I-click en uno de los tomos. Esta operacin marca al tomo resaltndolo en el espacio de
trabajo.
Por defecto la seleccin de un tomo o molcula marca de color verde a dicha seleccin. Esto
puede modificarse, eligiendo un color diferente o mediante un trazo ms grueso de la regin
seleccionada. Para ello, vaya a File/Preference y pulse sobre la pestaa Selection Color. La opcin Thick
line, permite una mejor visualizacin de la seleccin en pantallas de baja resolucin.
9. I-click en el centro de uno de los enlaces creados. Con esta operacin el enlace es marcado y
el tomo anterior deja de estar seleccionado.
10. D-click en el rea libre del espacio de trabajo. Todos los tomo o enlaces se deseleccionan.
11. Para seleccionar grupos de tomos, sitese con el ratn en un punto libre de tomos y
enlaces de la regin de trabajo y a continuacin, ID-arrastre (pulsar botn izd. a continuacin derch. y
mueva el ratn mantenindolos pulsados) diagonalmente el ratn. HyperChem muestra un rectngulo
que representa el rea de seleccin. Suelte los botones del ratn. Todos los tomos encerrados en el
rea de seleccin aparecen marcados.
12. Para seleccionar ms de un grupo de tomos, seleccionar Multiple Selections en el menu de
Select. Cuando esta opcin est activa, la seleccin de un nuevo grupo de tomos se aade a la
anterior.
13. Para deseleccionar todos los tomos, D-click en cualquier rea vaca del espacio de trabajo.
14. En el menu File selecciona New. Aparece una ventana que le pregunta si quiere guardar los
cambios efectuados. Elija No. HyperChem elimina todos los tomos y enlaces de la ventana.
6. Dibujo 2D de una molcula y transformacin a 3D
1. Con el espacio de trabajo limpio, Doble-click en la herramienta de dibujo. Aparece la caja de
dilogo de Element Table. Marque (T) Allow ions (permitir iones) y deje sin marcar Explicit Hydrogens.
Cuando Explicit Hydrogens esta desactivado y se dibuja una molcula, los hidrgenos son aadidos
automticamente por el programa, completando la valencia de cada tomo. Si esta opcin esta activa los
hidrgenos tambin debe ser dibujados.

2. Elija Carbono, y cierre la caja de dilogo (V).

3. Dibuje aproximadamente una cadena de 4 tomos de C
conectada a un anillo de 6 tomos, teniendo en cuenta, que no son
importantes ni los ngulos, ni las distancias de enlace (ver Figura
contigua).
En la molcula dibujada, todos los enlaces son de orden uno.
Supongamos que la molcula que se desea construir es la 1-hidroxi-3fenil-2-propeno. Es decir, necesitamos definir un doble enlace, sustituir
uno de los tomos de C por O y definir el anillo como aromtico.
Para cambiar el orden de enlace:
4. I-click en el centro del tercer enlace de la cadena a partir del anillo. El orden de enlace
aumenta de simple a doble. I-click en el enlace de nuevo. El doble enlace aumenta a triple enlace. Dclick en el enlace. El enlace disminuye de nuevo a doble enlace. Practicar esta operacin. La molcula
que se va a construir requiere un doble enlace, as que finalmente dejar un doble enlace en dicha
posicin.
Para hacer un anillo aromtico:
5. Doble-click en cualquiera de los enlaces del anillo. Aparece una lnea discontinua a lo largo de
todo el anillo que indica que es aromtico
Para cambiar un tomo de C por uno de O:
6. En el menu Display seleccione Labels. I-click en Symbol y a continuacin en OK.
7. Doble-click en el icono de la herramienta de dibujo para abrir la caja de dilogo de Element
Table. Elija Oxigeno y a continuacin cierre la caja de dilogo. I-click sobre el ltimo tomo de carbono
de la cadena aliftica. El smbolo del tomo del C cambia al de O.
Con esta modificacin el esqueleto de la molcula de 1-hydroxi-3-phenil-2-propeno esta completo,
aunque los tomos de H aun no han sido aadidos.
Para convertir estructuras 2D en 3D:
8. En el menu Build Selecionar Add H & Model build.
HyperChem automticamente aade H y construye en 3D la molcula
(la construccin de la estructura 3D puede efectuarse tambin con
Doble-click en la herramienta de seleccin). Si los hidrgenos no
aparecen, seleccionar en el menu Display la opcin Show Hydrogens.
La molcula debe aparecer como en la figura contigua.
9. En el menu Display seleccione Labels, elija None y cierre la
caja pulsando (I-click) sobre OK.
7. Trasladar y rotar molculas
Translacin XY: Esta herramienta sirve para mover molculas o los
tomos seleccionados en el plano de la pantalla del ordenador.
1. I-click en la herramienta de traslacin XY. I-arrastre el ratn. Esto desplaza la molcula a
travs de la ventana de trabajo.
Translacin Z: Los ejes XY son los del plano de la pantalla del ordenador el eje Z es el perpendicular a
dicha pantalla.
2. Abra el men Display, elija Rendering y pulse sobre la pestaa Sticks. Seleccione en la caja
de dilogo que aparece la opcin Perspective. Con esta opcin la molcula aparece en perspectiva, es
decir los tomos ms cercanos se observan de mayor tamao. La herramienta de traslacin en el eje Z
solo est activa cuando la opcin Perspective esta seleccionada. I-click en OK.
3. I-click en la herramienta de traslacin en el eje Z. I-arrastre el ratn lentamente. La molcula
se mueve acercndose o alejndose del observador. Contine acercndola hasta que la molcula
desaparece. La molcula desaparece porque atraviesa el plano de corte del eje Z, que corresponde a la
posicin del observador. Por encima de este plano nada puede ser observado, ya que tericamente est
detrs de nosotros.
4. Presione la barra espaciadora del teclado para re-centrar la molcula en el espacio de trabajo.
Zoom: Esta herramienta aumenta o disminuye el tamao de la molcula situada en el espacio de
trabajo.
5. I-click en la herramienta de Zoom. I-arrastre el ratn. Para centra de nuevo la molcula
presione la barra espaciadora del teclado.
Rotacin XY: Para rotar la molcula a lo largo del eje X, Y o de ambos ejes:
6. I-click en la herramienta de rotacin XY. I-arrastre el ratn horizontalmente. La molcula rota

alrededor del eje Y. I-arrastre el ratn verticalmente. La molcula rota alrededor del eje X. I-arrastre el
ratn diagonalmente. La molcula rota alrededor de los ejes X-Y. Los cursores del teclado ejercen la
misma funcin.
Rotacin Z:
7. I-click en la herramienta de rotacin en el eje Z. I-arrastre el ratn horizontalmente hacia la
derecha en el espacio de trabajo. La molcula se rota en el sentido de las agujas del reloj. I-arrastre el
ratn horizontalmente hacia la izquierda. La molcula rota en direccin contraria a las agujas del reloj.
Nota: Esta operacin no tiene efecto cuando se mueve el ratn en sentido vertical.
Deje la molcula situada en una posicin inclinada.
Plano de corte Z:
La herramienta de plano de corte Z permite mirar en el interior de la molcula cortando a esta en
lonchas. El espacio en el que se visualiza una molcula est limitado por dos planos paralelos a la
pantalla del monitor, uno posterior, por detrs del cual no se ve nada, y otro delantero ms ac del cual
tampoco se muestra nada. HyperChem muestra nicamente las molculas incluidas entre dichos planos.
Para cambiar los lmites de los planos de corte Z:
8. Doble-click en la herramienta de plano de corte Z. Las barras de desplazamiento Back y Front
controlan la posicin de los planos de visin posterior y delantero respectivamente. Site el ratn sobre
una de las barras de desplazamiento, por ejemplo Front. I-arrastre el ratn para desplazar el botn de la
barra hasta cortar la molcula. I-click en OK. La molcula se muestra seccionada por la nueva posicin
del plano de corte.
9. Doble-click en la herramienta de plano de corte Z. Modifique la posicin de los planos para
permitir que la molcula completa quede dentro del espaci de visin.
La misma operacin puede efectuarse con el ratn, seleccionando con I-click la herramienta de
plano de corte Z. Mediante I-arrastre el ratn en el espacio de trabajo se modifica la posicin del plano
frontal. Con D-arrastre el ratn en el espacio de trabajo se modifica la posicin del plano posterior.
Limpiar el rea de trabajo. En el menu de File Seleccione New.
10. Cuando termine este ejercicio, abra el menu Display, elija Rendering y pulse sobre la
pestaa Sticks, y desactive la opcin Perspective.
Ejercicios prcticos:
1. Lea el fichero de una molcula, por ejemplo Antraceno, y a continuacin aada el de otra
molcula usando la opcin Merge del men de File. A continuacin en el men Select elija la opcin
Molecules.
Seleccione una de las molculas usando la herramienta de seleccin y punteando (I-click) sobre
ella. A continuacin elija cualquiera de las herramientas de traslacin (menos traslacin Z o plano de
corte Z). El empleo de I-arrastre del ratn acta sobre las dos molculas. Sin embargo la funcin Darrastre del ratn acta nicamente sobre la molcula seleccionada.
2. Dibuje una cadena de 8 tomos de C y a continuacin con Add H & Model Build (menu Build)
construya la molcula en 3D. A continuacin en el men Select elija la opcin Atoms. Selecciones solo
una parte de la cadena (ID-arrastre), por ejemplo un grupo terminal CH2-CH3. Seleccione la herramienta
de rotacin Z y usando D-arrastre del ratn gire nicamente la parte de la cadena seleccionada.
8. Propiedades estructurales de molculas
1. En el menu Display seleccione Labels, elija Number y cierre la caja
pulsando (I-click) sobre OK.
2. Crear un esqueleto 2D tal como el de la Figura contigua. Asegrese de
que la numeracin de los tomos coincide con la de la Figura, en caso contrario
repita el dibujo de la molcula.
3. Doble-click en el anillo para transformarlo en aromtico.
4. Transformar el tomo 8 en uno de N y el 9 en uno de O.
5. Construya la estructura 3D de la molcula (doble click en la
herramienta de seleccin), (ver Figura inferior).
Informacin sobre tomos:
6. I-click en la herramienta de seleccin. En el men de Select
asegrese de que est activa la opcin Atoms, y desactiva multiple selections.
I-click sobre el tomo de oxgeno. El tomo aparece resaltado, lo que indica
que est seleccionado.
En la lnea de estado aparece diferente informacin sobre el tomo
seleccionado: Nmero y tipo (O2) del tomo seleccionado, el mtodo de clculo
utilizado (mm+) y la carga del tomo (0). Por ltimo nos aparecen las
coordenadas x, y, z (en D) del tomo con respecto al centro de masas de la molcula dibujada.
7. Seleccione otro tomo y compare las caractersticas mostradas en la lnea de estado.

Medida de la distancia de enlace:

Si selecciona un enlace en vez de un tomo, en la lnea de estado se muestra informacin de dicho
enlace. HyperChem tiene una base de datos de distancias de enlaces entre tomos con tipos de
hibridacin diferentes. Cuando una distancia de enlace no aparece en su base de datos, HyperChem
promedia los radios covalentes de los dos tomos.
8. I-click en el enlace carbono-oxgeno. El enlace es resaltado y la distancia de enlace aparece
en la lnea de estado. I-click en el menu Edit y selecciona la opcin Set bond length. Esta opcin permite
modificar la longitud del enlace, si bien, al reconstruirla de nuevo, retoma el valor anterior. No altere el
valor que aparece por defecto.
Manteniendo el enlace seleccionado, I-click en el men Build y seleccione la opcin Constrain
bond length. Nos aparece una ventana donde podemos seleccionar que; o bien que esta longitud de
enlace la fije el programa mediante clculos, o bien podemos fijarla nosotros, en caso de que
dispongamos de este dato experimental, por ejemplo mediante Rayos X. Cierre la ventana sin modificar
la distancia que aparece.
Medida de ngulos de enlace:
Para medir un ngulo de enlace debe seleccionar tres tomos contiguos o dos enlaces contiguos. Para
ello asegrese de que en el menu Select estn activas las opciones atoms y multiple selections.
9. I-click sobre el enlace C-O y a continuacin I-click sobre el enlace O-H. Esta operacin puede
efectuarse de diferentes formas, por ejemplo pueden marcarse con I-click los tres tomos contiguos o
partiendo del C, con I-arrastre, llevar el cursor hasta el tomo de H. En cualquier caso, los enlace son
resaltados y el ngulo de enlace aparece en la lnea de estado. Cuando se seleccionan tres tomos
consecutivos, en el menu Build se activa la opcin Constrain Bond Angle, y en el menu Edit se activa set
bond angle, las cuales permiten modificar el ngulo de enlace si fuera necesario, como en el caso
anterior. Cierre la ventana sin modificar la distancia que aparece. Medir otros ngulos de enlace de la
estructura. Para ello deseleccione primero el ngulo que est seleccionado.
Medidas de ngulos de torsin y modificacin de la conformacin de una molcula:
Para medir el ngulo de torsin o ngulo diedro, es necesario seleccionar 4 tomos consecutivos.
10. Seleccione los tomos 6, 5, 7 y 8(ver Figura de la pgina anterior). En la linea de estado se
muestra el valor del ngulo de torsin. Elija en el menu Edit la opcin set bond torsion, y modifique el
ngulo que aparece y escriba 0.
11. Elimine la seleccin anterior y seleccione ahora los tomos 5(C), 6(C), 9(O) y el 18(H). Elija
en el menu Edit la opcin set bond torsion, y modifique el ngulo que aparece y escriba 0.
12. De nuevo, elimine la seleccin anterior y seleccione ahora los tomos 15(H), 7(C), 8(N) y 17
(H). Elija en el men Edit la opcin set bond torsion, y modifique el ngulo que aparece y escriba 0.
Se ha construido un confrmero tal que el N esta orientado hacia el H unido al O.
Enlaces de Hidrgeno:
Un puente de hidrgeno se forma cuando la distancia hidrgeno-donador es menor que 3.2 D y
el ngulo entre los tomos donador y aceptor en menor que 120.
13. D-click en una regin vaca del espacio de trabajo para eliminar las selecciones previas. En
el menu Display active la opcin Show Hydrogen Bonds, y a continuacin, en el menu Display elija la
opcin Recompute H Bonds. HyperChem muestra el enlace de hidrgeno como una lnea discontinua.
Medidas de distancias entre tomos no contiguos:
14. Asegrese que en el men Select est activa la opcin Multiple Selections. D-click en una
superficie vaca del rea de trabajo para eliminar previas selecciones. I-click, consecutivamente, sobre
dos tomos cuales quiera no enlazados. La distancia entre los tomos aparece en la lnea de estado.
Clculo de momentos de inercia:
15. HyperChem calcula automticamente los momento de inercia de una molcula. En el men
Display elija la opcin Show Inertial exes. Se muestran los ejes de inercia de la molcula y los momentos
son mostrados en la lnea de estado, en u. m. a.HD2. Para transformarlos en gr cm2, es necesario dividir
por el nmero de Avogadro y multiplicar por 10-16. El centro de masa esta situado en el centro de
coordenadas.

9) Aplicaciones avanzadas
Molculas quirales:
Borre la molcula anterior y dibuje la molcula CH3 - CH(OH)(NH2).
Construye la molcula a continuacin (ver Figura contigua).
1. En el menu Display seleccione Labels, elija Chirality y cierre la
caja pulsando (I-click) sobre OK. Aparece una R sobre el tomo quiral.
2. Site el ratn sobre el tomo quiral y con la herramienta de dibujo
seleccionada pulse en el teclado mayscula () y sin soltar esta tecla, pulse
I-Click. La molcula se transforma en el ismero ptico S.
Orbitales Moleculares
Borre la molcula anterior y dibuje la molcula de cido frmico (HCOOH).
Construye la molcula a continuacin.
1. Seleccione Dysplay/Labels/Charge. La densidad de carga sobre cada tomo es cero. A
continuacin seleccione Setup/Semi Empirica/PM3/Options. Compruebe que Total Charge = 0 y que spin
multiplicity = 1, dejando las dems opciones como estn. A continuacin vaya a Compute/Single Point.
Tras unos instantes de clculo, el programa muestra la densidad de carga sobre cada tomo. En la barra
de estado aparece la entalpa de formacin de la molcula.
2. En el men Compute/Orbitals, el programa muestra el diagrama de Orbitales Moleculares de
la molcula (el color verde indica OM ocupado, el rosa desocupado y el rojo seleccionado). Se puede
seleccionar un OM, pulsando (I-click) sobre la lnea que lo representa. Si en la caja de dilogo pulsa
sobre plot, se representa el orbital correspondiente. Puede cerrar la caja de dilogo y rotar la molcula
para visualizar la forma del orbital. D-click para eliminar la representacin del orbital. Vaya a Seleccione
Dysplay/Labels/None, para indicar que no muestre la densidad de carga.
Energa de solvatacin
1. Con la molcula de cido actico en el espacio de trabajo, elija Setup/Periodic Box. Introduzca
en Periodic Box Size, x = 14, y = 8 y z = 14. En dicha caja pueden introducirse un mximo de 52
molculas de agua. Pulse OK y rote la caja para visualizar la imagen.
2. Vaya al men Setup/Molecular Mechanics/MM+ y pulse OK. Aparece una ventana de dilogo
en la que el programa pide que acepte que va a recalcular el tipo de tomo (OK).
3. Vaya al men Compute/Geometry Optimization. Asegrese que esta seleccionado el algoritmo
Polar-Ribiere, con la condiciones de RMS gradient = 0.08 kcal/mol, or 3000 maximun cycles. A
continuacin pulse OK.
El programa intenta optimizar la energa del sistema buscando un mnimo de energa. Cuando el
programa obtenga una solucin vaya al men Display/Recompute H Bonds.
Base de datos (Cristales)
Borre la molcula anterior.
1. En el men Database seleccione Crystals, y elija Simples. Elija NaCl, pulsando sobre OK.
Introduzca en Number of unit cells 333. Para transferir la estructura cristalina a Hyperchem, elija el
men HyperChem y a continuacin Put. Cierre la caja de dilogo, indicando que no desea guardar la
estructura.
2. En el men Display seleccione Rendering/Balls. Rote la estructura para visualizar la red
cristalina
3. Vaya al men File/Merge, y lea el fichero Organics/Aspirin. Seleccionando la molcula es
posible rotarla con respecto al cristal. El empleo de diferentes mtodos de clculo permite simular la
adsorcin.
Base de datos (cidos Nucleicos)
1. Vaya a Databases/Nucleic Acids, Aparece una caja de dilogo desde la que pueden aadirse
a la ventana de trabajo adeninas, Guaninas etc, eligiendo la conformacin en la secuencia. Pulse varias
veces y cierre la caja de dilogo.