UNIVERSIDAD AUTONOMA

DE SAN LUIS POTOSI

Facultad de Ciencias
Nudos en Sistemas Din
amicos.
TESIS
que para obtener el ttulo de

Licenciado en Matem
aticas
P R E S E N T A:

Claudio Alejandro Garca Grimaldo

Director de tesis:
Dr. Hugo Cabrera Ibarra.

Abril del 2015.

San Luis Potos, S.L.P., Mexico

Indice general
1. Conceptos preliminares.
1.1. Biologa. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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2. Modelo de Ovillos

INDICE GENERAL

Introducci
on.
En la Teora de nudos ha habido un gran avance encuanto a clasificacion de los nudos y se ha encontrado
que resultados obtenidos en esta materia estan relacionados con otras areas de las matematicas. As mismo
en los ultimos treinta a
nos, se ha encontrado puntos de contacto con areas que se han creido ajenas a las
matem
aticas. Tal es el caso de la Biologa en donde una aproximacion al estudio de las enzimas, desde un
punto de vista topol
ogico, al emplear la teora de nudos para entender el mecanismo de ciertas enzimas
en moleculas de
acido desoxirribonucleico. Enfocaremos nuestra atencion en esta parte, la cual se conoce
como la .aproximaci
on topol
ogica a enzimologa.
Algunos Bi
ologos moleculares se dieron cuenta de que, ademas de la molecula lineal de ADN, esta podxa
tomar una forma cerrada in vivo, formando con esto una molecula de ADN anudada. Junto con esto se
encontr
o que la estructura 3-dimensional de la molecula influa en su funcion dentro de la celula, es decir,
dos moleculas circulares anudadas de ADN podan tener distintas funciones si la to pologa asociada a cada
molecula no es la misma.
Un ejemplo de la importanciade la topologa en las moleculas de ADN, es que los enlaces entre las moleculas
de ADN concatenadas, tienen que se completamene eliminados con el fin de que se pueda llevar a cabo la
partici
on de los cromosomas. Otro ejemplo es, en donde fue analizado el anudamiento del ADN producido
por la Topoisomerasa I del E. coli y la forma como esta actua; como resultado se probo que se produce
cada nudo, desde el punto de vista biologico, teoricamente posible. Existen otras enzimas que manipulan topol
ogicamente al ADN para que algunos procesos vitales puedan llevarse a cabo. Por el momento
los cambios efectuados por las enzimas no pueden ser observados in vivo por lo que es necesario utilizar
metodos indirectos para detectarlos y poder deducir su mecanismo de como estos cambios son producidos.
De aq se penso que, si realizaban los cambios en moleculas circulares se visualizaran facilmente dichos
cambios, lo cual es cierto.
Con lo anterior se propone un modelo, llamado Modelo de ovillos, que explica como es la acci
on de la
enzima Tn3, la ventaja de este modelo es que puede ser aplicado a otras enzimas. Tambien se muestra el
enfoque topol
ogico usado para resolver el problema de modelar Tn3, el cual esta basado en la idea de que
el mecanismo de una enzima puede ser deducido al conocer tanto el sustrato como los productos obtenidos
despu,es de la acci
on de la enzima en cuestion.
Una meta importante de esta exposicion es mostrar la manera en que se dio la interaccion entre biologa
y matem
aticas en el Modelo de Ovillos. Aunque antes de esto daremos algunos conceptos preliminares de
biologa y de Teora de nudos.

INDICE GENERAL

Captulo 1

Conceptos preliminares.
1.1.

Biologa.

La molecula de ADN d
uplex consiste de dos cadenas helicoidales construidas de az
ucar y fosforo, adem
as,
adherida a cada molecula de az
ucaresta uno de los cuatro nucleotidos base: Adenina, Citosina, Guanina y
Timina; se puede pensar en el ADN como dos cuerdas entrelazadas que, a su vez, pueden estar entrelazadas
con otras moleculas de ADN.
Cuando enzimas del tipo recombinasas o topoisomerasas act
uan en el ADN circular, usualmente promueven
al menos uno de los siguientes estados: superenrollamiento, concatenacion y/o anudamiento, en particular
aqu trabajaremos con recombinasas. Una enzima recombinasa es una protena que encuentra una secuencia
de ADN especfica en el genoma de una celula, corta la secuencia en ese sitio, elimina la secuencia indeseada y
lula.
c
vuelve a unir el ADN. La secuencia eliminada es degradada por la misma cA
Dado que la estructura
de las moleculas de ADN es importante, se planteo la siguiente pregunta: puede ser determinado el
mecanismo de una enzima con s
olo analizar los cambios topologicos inducidos en la molecula?
Para detectar los cambios promovidos por una enzima en el ADN se crea en el laboratorio sustrato de
ADN circular, de tal manera que las moleculas del sustrato contienen la estructura deceada para que la
enzima act
ue y se produsca la reacci
on buscada. Despues de que la enzima act
ua en el ADN se producen
en el cambios topol
ogicos y/o geometricos, los cuales pueden ser observadosmediante ciertas tecnicas, con
estas se logra una separaci
on de los productos de tal manera que moleculas que tienen el mismo n
umero
de cruces se agrupar
an y aquellas que tengan un n
umero distinto se separaran. Una vez separados los
productos se usa una microscopa electronica paa determinar con exactitud el tipo de los nudos y catetanos
que se encuentran en cada banda, obteniendo de esta manera los productos de la acci on de la enzima.
Es importante notar que, asumimos ciertas propiedades que simplifican el modelo; en este caso asumimos
que el mecanismo de la enzima es constante, es decir, que la enzima siempre hace lo mismo; tambien
asumimos que la acci
on es independiente de la geometra y la topologa del sustrato.

CAPITULO 1. CONCEPTOS PRELIMINARES.

Captulo 2

Modelo de Ovillos
Antes de empezar a explicar el modelo de ovillos recordemos la afirmacion del capitulo 2, la suma conexa
no es conmutativa, para poder verificarlo tenemos la siguiente propocicion. Aqu nos referiremos a O como
el conjunto de todos los n-ovillos
2.0.1 Proposici
on. La suma conexa de ovillos, (O, #) es un grupo no conmutativo.
2.0.2 Demostraci
on. Lo primero que tenemos que ver es si #