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Ingeniera Enzimtica.
Grupo: 4BV1
Equipo:
Integrantes:
Garca Schacht Brenda Lizeth
Zamora Zecua Leonardo
Profesor:
M. en C. David Lule Chable
Contenido
INTRODUCCIN.............................................................................................. 2
DESARROLLO.................................................................................................. 2
CONCLUSIN.................................................................................................. 4
Estructura 1ria 2ria 3ria y 4ria.......................................................................4
Dominios de la enzima................................................................................... 4
Secuencia gentica........................................................................................ 4
Condiciones optimas...................................................................................... 4
A.E. vs Temp & A.E. vspH............................................................................ 4
Sustratos, cofactores, coenzimas productos..................................................4
Tipo de inhibicion e inhibidores......................................................................4
Parametros cineticos Km y Vmax teoricos.....................................................4
Definicion de su actividad enzimatica............................................................4
Cmo se mide experimentalmente su A.E......................................................4
Referencias..................................................................................................... 5
ESTRUCTURA SECUNDARIA
Con ayuda de otra herramienta bioinformtica se proces la secuencia de
aminocidos elegida y se obtuvo un anlisis de la estructura secundaria
debida a las interacciones entre aminocidos. El anlisis indica la presencia
dominante de estructuras -hlices seguidas de lminas beta formando a lo
largo del polipeptido con 3 giros importantes en la estructura final y 479
residuos expuestos.
Estructura Terciaria
Las fosfatasas alcalinas existen en forma de dmero, cada monmero se
presenta unido a 2 tomos de Zinc y un tomo de Magnesio. El sitio activo
de cada monmero se encuentra entre los aminocidos 111-119 donde
dentro de la estructura se encuentran 2 tomos de Zinc y la Arginina 166.
ESTRUCTURA CUATERNARIA
Por ltimo, se accedi a la base de datos Protein Data Bank donde se
encontr el modelo de la estructura cuaternaria de la enzima, la cual fue
cristalizada y conservada con L-Fenilalania para su estudio.
Dominios de la enzima
Como tal todo el polipeptido forma un monmero que corresponde a un
dominio de la enzima, esto es debido a que como se observa en la imagen
el polipeptido presenta varias estructuras en toda la estructura.
Secuencia gentica
Obtenida de NCBI correspondiente al ARNm que codifica a la fosfatasa
alcalina humana tipo 1
GCATGTCTGGAGGGCATCATCCCAGTTGAGGAGGAGAACCCGGACTTCTGGAACCGCGAGGCAGCCGAGG
CCCTGGGTGCCGCCAAGAAGCTGCAGCCTGCACAGACAGCCGCCAAGAACCTCATCATCTTCCTGGGCGA
TGGGATGGGGGTGTCTACGGTGACAGCTGCCAGGATCCTAAAAGGGCAGAAGAAGGACAAACTGGGGCCT
GAGATACCCCTGGCCATGGACCGCTTCCCATATGTGGCTCTGTCCAAGACATACAATGTAGACAAACATG
TGCCAGACAGTGGAGCCACAGCCACGGCCTACCTGTGCGGGGTCAAGGGCAACTTCCAGACCATTGGCTT
GAGTGCAGCCGCCCGCTTTAACCAGTGCAACACGACACGCGGCAACGAGGTCATCTCCGTGATGAATCGG
GCCAAGAAAGCAGGGAAGTCAGTGGGAGTGGTAACCACCACACGAGTGCAGCACGCCTCGCCAGCCGGCA
CCTACGCCCACACGGTGAACCGCAACTGGTACTCGGACGCCGACGTGCCTGCCTCCGCCCGCCAGGAGGG
GTGCCAGGACATCGCTACGCAGCTCATCTCCAACATGGACATTGACGTGATCCTAGGTGGAGGCCGAAAG
TACATGTTTCGCATGGGAACCCCAGACCCTGAGTACCCAGATGACTACAGCCAAGGTGGGACCAGGCTGG
ACGGGAAGAATCTGGTGCAGGAATGGCTGGCGAAGCGCCAGGGTGCCCGGTATGTGTGGAACCGCACTGA
GCTCATGCAGGCTTCCCTGGACCCGTCTGTGACCCATCTCATGGGTCTCTTTGAGCCTGGAGACATGAAA
TACGAGATCCACCGAGACTCCACACTGGACCCCTCCCTGATGGAGATGACAGAGGCTGCCCTGCGCCTGC
TGAGCAGGAACCCCCGCGGCTTCTTCCTCTTCGTGGAGGGTGGTCGCATCGACCATGGTCATCATGAAAG
CAGGGCTTACCGGGCACTGACTGAGACGATCATGTTCGACGACGCCATTGAGAGGGCGGGCCAGCTCACC
AGCGAGGAGGACACGCTGAGCCTCGTCACTGCCGACCACTCCCACGTCTTCTCCTTCGGAGGCTACCCCC
TGCGAGGGAGCTCCATCTTCGGGCTGGCCCCTGGCAAGGCCCGGGACAGGAAGGCCTACACGGTCCTCCT
ATACGGAAACGGTCCAGGCTATGTGCTCAAGGACGGCGCCCGGCCGGATGTTACCGAGAGCGAGAGCGGG
AGCCCCGAGTATCGGCAGCAGTCAGCAGTGCCCCTGGACGAAGAGACCCACGCAGGCGAGGACGTGGCGG
TGTTCGCGCGCGGCCCGCAGGCGCACCTGGTTCACGGCGTGCAGGAGCAGACCTTCATAGCGCACGTCAT
GGCCTTCGCCGCCTGCCTGGAGCCCTACACCGCCTGCGACCTGGCGCCCCCCGCCGGCACCACCGACGCC
GCGCACCCGGGGCGGTCCGTGGTCCCCGCGTTGCTTCCTCTGCTGGCCGGGACCCTGCTGCTGCTGGAGA
CGGCCACTGCTCCCTGAGTGTCCCGTCCCTGGGGCTCCTGCTTCCCCATCCCGGAGTTCTCCTGCTCCCC
ACCTCCTGTCGTCCTGCCTGGCCTCCAGCCCGAGTCGTCATCCCCGGAGTCCCTATACAGAGGTCCTGCC
ATGGAACCTTCCCCTCCCCGTGCGCTCTGGGGACTGAGCCCATGACACCAAACCTGCCCCTTGGCTGCTC
TCGGACTCCCTACCCCAACCCCAGGGACTGCAGGTTGTGCCCTGTGGCTGCCTGCACCCCAGGAAAGGAG
GGGGCTCAGGCCATCCAGCCACCACCTACAGCCCAGTGGGTACCAGGCAGGCTCCCTTCCTGGGGAAAAG
AAGCACCCAGACCCCGCGCCCCGCTGATCTTTGCTTCAGTCCTTGAATCACCTGTGGGACTTGAGGACTC
GGGATCTTCAGGACGCCTGGAGAAGGGTGGTTTCCTGCCACCCTGCTGGCCAAGGAGGCTCCTGGGGTGG
GGATCACCAGGGGGATTTTGACACAGCCTTCGGCTGCCCCCCACTAAGCTAATTCCACACCCCTGTACCC
CCCCAGGGGGCCCTCTGCCTCATGGCAAAGGCTTGCCCCAAATCTCAACTTCTCAGACGTTCCATACCCC
CACATGCCAATTTCAGCACCCAACTGAGATCCGAGGAGCTCCTGGGAAGCCCTGGGTGCAGGACACTGGT
CGAGAGCCAAAGGTCCCTCCCCAGACATCTGGACACTGGGCATAGATTTCTCAAGAAGGAAGACTCCCCT
GCCTCCCCAGGGCCTCTGCTCTCCTGGGAGACAAAGCAATAATAAAAGGAAGTGTTTGTAATCCCAGCAC
TTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATGGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACC
CCTTATCTATGCGCCTGTAGTCCCAGCTACCCAGGAGGCTGAAGCAGGATAATCGCTTGAACCCGGGCGG
CGGAGATTGCAGTGAGCCGAGGTCATGCCACTGCACTGCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGATTCTGCCTCA
AAAATAAAC
Condiciones ptimas
Todas las iso-enzimas tienen un pH ptimo (9-10) similar afinidad por los
sustratos, y son metaloprotenas dependientes de zinc y magnesio.
Temperatura 37C.
A.E. vs pH
En un estudio hecho por Herman
Van Belle. (1976), se consider
para el experimento un rango de
tmperatura de 30-58 C y lo
experimentos fueron llevados a
30C. Puede observarse que el pH
ptimo es con el buffer de etanol
amida a pH 10.3 +/- 0.1 en una
concentracin de 0.9 mol/L.
La actividad enzimtica alcanzada
Mtodo
A 5 tubos de ensayo y se aaden los reactivos que se detallan en la Tabla 1.
Se agitan suavemente e incuban en bao termostatizado a 30 C los
tiempos indicados.
Referencias
Juan Antonio Vlchez Aguilera, 2011. Isoenzima de fosfatasa alcalina
placental-like, importancia clnica como marcador en tumores de tipo
germinal. Servicio de Anlisis Clnicos, Hospital Universitario Virgen de la
Arrixaca, Murcia, Espana.
Laura A. Palomares, 2001. Aplicaciones de la Bioingeniera en la
produccin de portenas recombinantes por clulas de insecto. Instituto
de Biotecnologa, UNAM.
Laura A. Palomares et al. 2003. Novel Insect Cell Line capable of complex
N-glicosylation and sialytion of recombinant proteins. School of Chemical
and Biomolecular Engineering and the Boyce Thompson Institute, Cornell
University and Instituto de Biotecnologa UNAM.
Herman Van Belle. (1976). Alkaline Phosphatase. I. kinetics and inhibition
by levamisole of
Berk P, Korenblat K. Approach to the patient with jaundice or abnormal
liver tests. In: Goldman L, Schafer AI, eds. Cecil Medicine. 24th ed.
Philadelphia, Pa: Saunders Elsevier; 2011:chap 149.
American Cancer Society. (2016). Cncer de hgado. 08/03/2016, de
American
Cancer
Society
Sitio
web:
http://www.cancer.org/acs/groups/cid/documents/webcontent/002309pdf.pdf
Caracterizacin electrofortica y cintica de las isoenzimas oseas,
heptica e intestinal de fosfatasa alcalina de rata, Cecilia Guglielmi,
Laboratorio de Biologa sea y metabolismo mineral Facultad CS.
Mdicas - UNR - rosario argentina.
http://www.ebi.ac.uk/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
http://www.expasy.org/
http://www.proteinmodelportal.org/
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do