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EPIGENETICA

IL NOSTRO FENOTIPO (QUELLO CHE


SIAMO FISICAMENTE NELLE
NOSTRE CAPACITA, FUNZIONI E
COMPORTAMENTO) ANCHE SE
DERIVA PRINCIPALMENTE DAL
NOSTRO PROGRAMMA GENETICO
DETERMINATO ANCHE
DALLEPIGENETICA.
LEPIGENETICA LO STUDIO DEI
FATTORI CHE DETERMINANO
CAMBIAMENTI STABILI ED
EREDITABILI, MA REVERSIBILI,
NELLESPRESSIONE DEI GENI SENZA
CAMBIAMENTI NELLA SEQUENZA
ORIGINALE DEL DNA
Bentivegna-Epigenetica

EPIGENETICA
E la scienza che studia variazioni ereditabili
della cromatina che regolano lespressione
genica.
Le modificazioni epigenetiche non cambiano la
sequenza del DNA.
Il genoma contiene 2 tipi di informazione:

Bentivegna-Epigenetica

Informazione genetica
Istruzioni per la sintesi di
proteine e RNA.
E stabile

Informazione epigenetica
Istruzioni su come, quando e
dove deve essere usata
linformazione genetica.
E dinamica
Bentivegna-Epigenetica

Bentivegna-Epigenetica

Bentivegna-Epigenetica

DNA is wrapped around a core of proteins called histones that act


as spools around which DNA winds.

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CONTROLLO EPIGENETICO
DELLA TRASCRIZIONE

DNA methylation
Histones deacetylation
H3 K9 and K27 methylation

DNA demethylation
Histones acetylation
H3 K4 methylation
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Epigenetic Modifications
DNA Methylation
Histone Modification (e.g. Acetylation, methylation)
Non-coding RNAs (e.g. microRNA)

All Regulate Gene Expression


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Epigenetic Modification: Non-coding RNAs

RNA which is not used for making


proteins (non-coding RNA) can be
cleaved and
used to inhibit protein-coding
RNAs
siRNAs, microRNAs (~22
Nucleotides; fine tune gene
Expression)

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Epigenetic-Regulated Phenomena
Cellular Differentiation
Totipotent cells become pluripotent cells of the embyro which
differentiate into specific lineages
X-chromosome Inactivation
Gene expression on one of the female X-chromosomes is
downregulated
DNA methylation and histone modifications
Imprinting
Epigenetic marking of a locus on the basis of parental origin
Results in monoallelic gene expression

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IMPRINTING GENOMICO
non segue lereditarieta mendeliana.

espressione monoallelica: due alleli identici per sequenza


nucleotidica, ma di diversa origine parentale, sono regolati ed
espressi in modo differente nello stesso nucleo.
-puo essere tessuto-specifico: WT1 BIALLELICO NEL RENE; IN

PLACENTA E CERVELLO VIENE ESPRESSO L'ALLELE MATERNO


--KCNQ1 ESPRESSIONE MATERNA, ESPRESSIONE BIALLELICA SOLO
NEL CUORE; UBE3A espressione materna in SNC, biallelica in SP

puo variare con lo sviluppo (es. H19)

si stima che il numero dei geni soggetti ad imprinting sia di 0.11% sul numero totale
meccanismo epigenetico reversibile: nel corso della
gametogenesi si ha lo switch o conversione.

Gene non imprinted: espressione biallelica

Gene imprinted: espressione monoallelica


A

A
B

Locus A (H19)
in 11p15:
espressione
allele materno

Espressione differenziata degli alleli in


base alla loro origine parentale
Espressione monoallelica (emizigosi).
Lallele imprinted quello silenziato

La modulazione dellespressione epigenetica

Locus B (IGF2)
in 11p15:
espressione
allele paterno

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limprinting genomico cambia in modo


caratteristico durante
il ciclo della vita di un organismo

1) Erasure: genome-wide demethylation in


primordial germ cell. In the new
generation, both maternal and paternal
imprintsareapparentlyerasedin
gamete-producing cells.

2) Establishment: de novo methylation (DNMT3a o


b)in mature germ cell
Then, all chromosomes are re-imprinted
according to the sex of the individual in which
they reside.
In ovociti: metilazione di alleli che devono essere
espressi dal cr. Paterno
Fig. 15.15
in spermatozoi: metilazione di alleli che
devono
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essere espressi dal cr. materno
Copyright 2002 Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings

ERASURE: Demetilazione di tutto il


genoma delle cellule germinali
primordiali di entrambi i sessi durante
la prima fase embrionale.

ESTABLISHMENT (DNMT3a o b):


Ricomincia una metilazione de novo
MAINTENANCE (DNMT1): Dopo la
fertilizzazione la metilazione imposta
nella linea germinale deve essere
mantenuta: il problema che dopo la
fertilizzazione c una nuova onda di
demetilazione e una di metilazione de
novo dopo limpianto.
Erasure, establishment and maintenance of methylation imprints at imprinting centres during germ cell and embryonic
development. Imprinting control elements 1 (IC1) and IC2 are shown as examples. Grey indicates modification and white
indicates no modification at the corresponding alleles. Parental chromosomes are marked according to their sex in blue
(male) or red (female). The reading (transcriptional interpretation of the primary imprints) in the developing embryo is
indicated by arrows.
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1) TRAPIANTO PRONUCLEARE NEL TOPO


Barton S, Surani M, Norris M (1984).Nature, 311: 374-376

Produzione in vitro di zigoti ginogenetici (2 pronuclei femminili) o


androgenetici (2 pronuclei maschili) e successivo trapianto in topi
pseudogravidi

CONCEPIMENTI UNIPARENTALI INDOTTI


NEL TOPO
Ginogenote

(Ectoderma, endoderma e mesoderma)

Androgenote

alcuni geni a espressione paterna:


sviluppo di annessi embrionali

Alcuni geni a espressione materna:


sviluppo di embrione

In entrambi i casi la gravidanza non pu procedere!

PRIMA PROVA DELLESISTENZA DELLIMPRINTING


GENOMICO
Questi esperimenti hanno dimostrato la indispensabilit di
entrambi i contributi genomici parentali per un corretto
sviluppo dellembrione: alcuni geni a espressione paterna
sono coinvolti nello sviluppo dei tessuti di sostegno
dellembrione, mentre alcuni geni a espressione materna
sono deputati allo sviluppo dellembrione.
Teoria del gene egoista: conflitto di interessi tra i
genitori.

Degenerazione proliferativa del


trofoblasto in assenza di svil di
tess embrionali. Corrispettivo h
dellembrioneandrogen

b. diploidia uniparentale gino- o parteno-genetico


(M/M): Teratoma ovarico

E un tumore disembriogenetico che colpisce lovaio: 3 foglietti


embrion degenerati e parzialm differenz.
Tessuti differenziati disorganizzati, strutture extraembrionali
assenti. Corrispettivo h dellembrione ginogenetico

Attivazione spontanea di un
ovocita
oocita
attivato

Duplicazione genoma
femminile

c. fenotipi nelle triploidie


Triploidia: 3 set genomici aploidi (69
cromosomi)
23M + 23P + 23P (set in pi paterno)
placenta macrocistica e ipertrofica (mola
parziale); feto notevolmente iposviluppato
(Feto microcefalico); aborto precoce
23M + 23M + 23P (set in pi materno)
Differenziazione discreta dei tessuti fetali
tessuti annessiali carenti; placenta
iposviluppata; evoluz fino a secondo trim

d. fenotipi nelle disomie uniparentali


La disomia uniparentale (UPD) consiste nellorigine uniparentale di
entrambi i cromosomi di una determinata coppia di omologhi

Disomia uniparentale (UPD)

Non disgiunzione in I div meiotica

ETERO

Non disgiunzione in II div meiotica

ISO

Engel nel 1980 suggeriva che una


quota di genomi apparentemente
normali (2n=46) fosse di fatto
dovuta ad un processo chiamato
complementazione gametica
Meccanismi diversi creano UPD.
Paradossalmente il meglio
documentato nasce dalla perdita
di un cromosoma in un
concepimento trisomico e quindi
per successione di 2 errori.

ETERO

ISO

RESCUE (salvataggio) DELLA TRISOMIA:

gamete paterno

perdita
cromosomica

zigote
trisomico
gamete materno

rescue
di
trisomia

UPD
(etero)

zigote
trisomico
15,15,15

ND
15
15
(0)
46
Cromosomi
(normale)

2 volte su 3

15
15
15
15

Tetrasomia
morte cellulare

zigote
trisomico
15,15,15

ND
15
15
(0)

46 cromosomi con UPD

1 volta su 3

15
15
15
15

Tetrasomia
morte cellulare

zigote
trisomico

15,15,15
Perdita anafasica

cellule
trisomiche

15
15
15

15
15

UPD

embrione a mosaico

RESCUE (salvataggio) DELLA MONOSOMIA:


La complementazione gametica pensata da Engel implica
ancora 2 errori, ma in questo caso sono entrambi meiotici:

gamete nullisomico
+
gamete disomico

zigote 2n

COMPLEMENTAZIONE GAMETICA
gamete paterno

mitosi

zigote con
UPD

gamete materno

UPD
(etero)

ETERODISOMIA

RESCUE DI MONOSOMIA
gamete paterno

duplicazione
cromosomica

zigote
monosomico

gamete materno

rescue
di
monosomia

UPD
(iso)
ISODISOMIA

UPD segmentale

normale

Ricombinazione
mitotica

segregazione
mitotica
zigote
normale

UPDpat
parziale
UPDmat
parziale

CONSEGUENZE DELLA DISOMIA


UNIPARENTALE

Nessuna conseguenza fenotipica

Malattia recessiva: smascheramento di alleli


recessivi (iso=omo). Es: CF, emofilia e talassemie...

Patologie da geni imprinted. Es: PW-AS

CARATTERISTICHE DEI
GENI IMPRINTED
Contengono CpG island soggette a metilazione (DMRs)
La cromatina che li contiene presenta specifiche
modificazioni istoniche
Sono organizzati in cluster
Sono regolati in cis da Imprinting Center

la metilazione del DNA il meccanismo molecolare chiave


dellimprinting
La metilazione marca i geni che devono essere imprinted in
modo differenziale nella cellula uovo e nello spermatozoo e
leredit di questa marcatura porta allespressione genica
differenziale

DMRs (differential methylated regions): sono marcate


nelle cellule germinali e vengono mantenute in tutte le fasi
dello sviluppo; alcune DMRs mostrano cambiamenti durante
lo sviluppo e acquisiscono metilazioni tessuto-specifiche
associabili allespressione tessuto-specifica

GENI IMPRINTED: FUNZIONI


Coinvolti in molti aspetti dello sviluppo:
Crescita feto-placentare
Proliferazione cellulare
Sviluppo neurale
Alterazioni del normale pattern dellimprinting:
IUGR
PNGR
morte embrionale
anomalie neonatali
cancro
disordini neuro-comportamentali

MECCANISMIDICONTROLLODELLIMPRINTING
Vari elementi interagiscono per regolare lespressione dei cluster dei

geni imprinted
PROMOTER METHYLATION
Meccanismo pi frequente: Metilazione del promotore ricco in
CpG (DMRs)
MetilCpG Binding Protein (MBP) + Dnmt1 formano complessi con

Istone Deacetilasi: chiusura della cromatina

BOUNDARIES (o insulator): sequenze di DNA localizzate


tra due elementi di controllo (es:promotore ed enhancer) che
non permettono la loro interazione. Sito di legame di fattori di
controllo (CTCF)

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La mancanza di un imprinting genetico corretto che


coinvolge i geni del cromosoma 15 causa

SINDROME DI
ANGELMAN

SINDROME DI
PRADER-WILLI

Due sindromi complesse che influenzano lo stato ormonale, il


metabolismo e la capacit di movimento.

LA GENETICA DELLE MALATTIE DI


E DI
Le due malattie sono di
solito causate da una
microdelezione
che
colpisce
il
braccio
lungo del cromosoma
15 ma, mentre nella
PWS
il
cromosoma
colpito quello di
origine paterna, nella
AS quello di origine
materna. Il fatto che le
due malattie siano
clinicamente
molto
diverse imputabile al
fatto
che
i
geni
presenti in quella stessa regione genomica
sono espressi diversamente nei cromosomi ereditati dalluno o dallaltro genitore.
Mentre la AS causata dalla mancata espressione del solo gene UBE3A, la PWS
causata dalla mancata espressione di pi geni.

PW

Aspetti clinici:

microbrachicefalia
lingua protusa allesterno
spazio tra i denti
ritardo mentale grave
riso ingiustificato
epilessia

mani e piedi piccoli


ipogonadismo
obesit
ritardo mentale medio
facies caratteristica
problemi comportamentali

Genetica Umana Medica

2010 - Copyright Elsevier srl - Tutti i diritti riservati

Figura 14.2 Rappresentazione dei geni imprinted della regione critica 15q11-q13.Ilcentrodellimprintinghauna
struttura bipartita (si veda la Figura 5.6)eregolalespressionedimoltigeni(peresempioSNRPN,MAGEL2,
NDN), espressi sul cromosoma paterno e identificati con i quadratini colorati in blu, e due geni (UBE3A e ATP10A)
espressi sul cromosoma materno e rappresentati con ovali di colore rosa. (Modificata da: Maher ER., Hum Mol
Genet 2005, 14: 133-138.).

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Figura 6.5 Strutturadelcentrodellimprintingdellaregione15q11-q13. Si tratta di una struttura bipartita costituita


da PWS-SRO (regione Prader-Willi; 4,3 kb, include il promotore e il primo esone di SNRPN) e AS-SRO (regione
Angelman; 0,88 kb, localizzato a 35 kb a monte di SNRPN), dove SRO sta per Shortest Region of deletion
Overlap eindicailcentrodellimprinting. Sullallelematerno(Mat)lunitregolatriceAS-SRO inattiva PWS-SRO,
insiemeallespressionedituttiigenidaessodipendenti;sullallelepaterno(Pat)lunitregolatricePWS-SRO
silenzia AS-SROpermettendolespressionedituttiigeni,esclusoUBE3Acheespressosolodallallelematerno
(i geni sono rappresentati dalle palline nere; le frecce indicano che il gene espresso, il lucchetto indica la
metilazioneequindilinattivazione).(ModificatadaShemer R, Hershko AY, Perk J. The imprinting box of the
Prader-Willi/Angelman syndrome domain. Nat Genet 2000, 26: 440-443.).

Sindrome di PW

Sindrome AS

Diagnosi/testing
1) Test FISH per le delezioni
2) Test PCR per la presenza di imprinting materno
e paterno
3) Polimorfismi del DNA per controllare UPD

Il sodio bisolfito converte le


citosine non metilate in uracile. Le
citosine metilate sono protette da
questa modificaz da parte del
sodio bisolfitoPCR con primer
specifici per la forma metilata e
non-metilata.