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modernos
Rresumen
Las comparaciones de las secuencias de ADN entre los neandertales y los
humanos actuales han demostrado que las acciones neandertales ms
variantes genticas con los no africanos que con los africanos. Esto podra ser
debido al cruce entre neandertales y humanos modernos cuando los dos
grupos se reunieron con posterioridad a la aparicin de los humanos modernos
fuera de frica. Sin embargo, tambin podra ser debido a la estructura de la
poblacin que es anterior al origen de los ancestros neandertales en frica.
Nosotros medimos el grado de desequilibrio de ligamiento (LD) en los genomas
de los europeos de hoy en da y encontrar que el ltimo flujo de genes de los
neandertales (o sus familiares) en los europeos probablemente ocurri 37,00086,000 aos antes del presente (BP), y lo ms probable hace 47,000-65,000
aos. Esto apoya la hiptesis reciente cruce y sugiere que el entrecruzamiento
puede haber ocurrido cuando los humanos modernos que llevan las tecnologas
del Paleoltico superior encontrados neandertales en su expansin fuera de
frica.
Resumen autor
Uno de los descubrimientos clave del anlisis del genoma del Neandertal es
que los neandertales comparten variantes genticas ms con los no africanos
que con los africanos. Esta observacin es consistente con dos hiptesis: cruce
entre neandertales y humanos modernos despus de los humanos modernos
surgieron de frica o estructura de la poblacin en los ancestros de los
neandertales y los humanos modernos. Estas hiptesis hacen diferentes
predicciones acerca de la fecha del ltimo intercambio de genes entre los
ancestros de los neandertales y modernos no africanos. Estimamos que esta
fecha midiendo el grado de desequilibrio de ligamiento (LD) en los genomas de
los europeos de hoy en da y encontrar que el ltimo flujo de genes de los
neandertales europeos probablemente ocurri en 37,000-86,000 aos antes
del presente (BP), y lo ms probable 47.000 hace aos -65,000. Esto apoya la
hiptesis reciente cruce y sugiere que se produjo el entrecruzamiento cuando
los humanos modernos que llevan las tecnologas del Paleoltico superior
encontrados neandertales en su expansin fuera de frica.
Introduccin
Una cuestin muy debatida en la evolucin humana es la relacin entre los
humanos modernos y los neandertales. Los seres humanos modernos aparecen
en el registro fsil de frica hace unos 200.000 aos. Neandertales aparecen
en el registro fsil europeo hace unos 230.000 aos [1] y desaparecen hace
unos 30.000 ao. Ellos vivan en Europa y Asia occidental, con una gama que
se extenda hasta el este de Siberia [2] y por el sur hasta el Medio Oriente. La
superposicin de los neandertales y los humanos modernos en el espacio y el
tiempo sugiere la posibilidad de cruzamiento. Las pruebas, tanto para [3] y en
contra de cruzamiento [4], se han propuesto basado en el anlisis del ADN
humano moderno. Aunque el ADN mitocondrial de mltiples neandertales ha
demostrado que los neandertales quedan fuera del rango de variacin humana
moderna [5], [6], [7], [8], [9], [10], bajos niveles de flujo de genes puede no ser
excluidos [10], [11], [12].
El anlisis de la secuencia preliminar del genoma Neandertal revel que el
genoma Neandertal comparte ms alleles con el no africano que con genomas
subsaharianos africanos [13]. Una hiptesis que podra explicar esta
observacin es una historia de flujo gnico de Neandertals en la gente
moderna, por lo visto cuando ellos encontraron el uno al otro en Europa y el
Oriente Medio [13] (la Figura 1). Una hiptesis alternativa es que las
conclusiones son explicadas por la estructura antigua demogrfica en frica
[13], [14], [15], [16] por el cual la poblacin hereditaria a Neandertal y
antepasados modernos humanos fue subdividida. Si esta subestructura
persistiera hasta que la gente moderna que lleva tecnologas Superiores
Paleolticas se ampliara de frica de modo que la poblacin moderna humana
que emigr fuera genticamente ms cercana a Neandertals, la gente fuera de
frica hoy compartira variantes ms genticas con Neandertals que pueblan
en frica subsahariana [13], [14], [15] (la Figura 1). La subestructura antigua
en frica es una alternativa plausible a la hiptesis de flujo reciente gnico.
Hoy, Africanos subsaharianos abrigan los linajes profundos que son
compatibles con una poblacin sumamente estructurada hereditaria [17], [18],
[19], [20], [21], [22], [23], [24], [25], [26], [27]. Tambin han ofrecido pruebas
para la estructura antigua en frica basada en la diversidad sustancial en la
geometra neurocranial entre la temprana gente moderna [28]. As, es
importante probar formalmente si la subestructura podra explicar pruebas
genticas para Neandertals ms estrechamente siendo relacionado con no
africanos que a Africanos.
Manera directa para distinguir la hiptesis de flujo reciente del gene de la hiptesis de la
estructura antigua es inferir la fecha de cuando los antepasados de los neandertales y una
moderna poblacin no africanos ltimo intercambian genes. En el caso de flujo gentico
reciente, la fecha no se espera ser mucho ms viejo que hace 100.000 aos,
correspondiente a la poca de los humanos modernos lo ms temprano posible
documentados fuera de frica [29]. En el escenario de la antigua estructura, la fecha del
ltimo ancestro comn se espera que al menos 230.000 aos, ya que los neandertales
deben haber separado de los seres humanos modernos por aquel momento basado en el
registro fsil de Neandertal de Europa [1].<br> <br>En las poblaciones humanas actuales,
el grado de LD entre dos polimorfismos de nucletido nico (SNPs) compartido con los
neandertales puede ser el resultado de dos fenmenos. La primera es "no aditivo LD" [30]
cuya amplitud refleja tramos de ADN heredado de la ancestral poblacin de neandertales
y humanos modernos as como LD que ha surgido debido a los cuellos de botella y la
deriva gentica en los seres humanos modernos desde que separ de los neandertales.
En segundo lugar, si el flujo de genes de neandertales a los humanos modernos ocurri,
hay "adicin LD" [30], que reflejar los tramos de material gentico heredado por los seres
humanos modernos a travs del mestizaje con neandertales. El grado de LD entre
polimorfismos de nucletido nico (SNPs) compartido con neandertales as reflejar, al
menos en parte, el tiempo que neandertales o sus antepasados y los seres humanos
modernos o sus antepasados ltimo intercambian genes entre s.<br> <br>La estrategia
de usar LD para estimar fechas de eventos de flujo gnico ha sido previamente exploradas
por varios grupos [31] [32] [33] [34] [35]. Nuestra metodologa es conceptualmente similar
a la metodologa desarrollada por Moorjani et al., pero est enfrentando un problema
tcnico ms difcil puesto que la metodologa desarrollada por Moorjani et est adaptada
para las adiciones relativamente recientes. En las poblaciones recientemente secundario
que no han experimentado los cuellos de botella recientes, adicin LD extiende sobre
escalas del tamao en que LD no adicin hace una contribucin insignificante. As, uno
puede deducir el tiempo de flujo gentico basado en espaciamientos entre marcadores
que son ms grandes que la escala de LD no adicin Aditivos ms viejo sin embargo
(como pudo haber ocurrido en el caso de los neandertales), LD no adicin ocurre casi en
la misma escala de tamao como adicin LD Para tener en cuenta para esto, estudiamos
pares de marcadores que estn muy cerca uno del otro, pero determinar de una manera
que minimiza mucho las seales de LD no adicin al tiempo que mejora las seales de
adicin LD As, a diferencia de en el caso de adiciones recientes, no adicin LD podra
sesgar una fecha de adicin obtenida usando nuestros mtodos; sin embargo, se muestra
mediante simulaciones de un conjunto muy amplio de escenarios demogrficos que
nuestro procedimiento de determinacin de marcador hace el sesgo tan pequeas que
nuestras inferencias son cualitativamente inafectados.<br> <br>Nuestra metodologa se
basa en la idea de que si dos alelos, una gentica distancia x (nmero esperado de
eventos de recombinacin de crossover por meiosis), se presentaron en el linaje
Neandertal y el ro en los seres humanos modernos en tiempo tGF, la probabilidad de que
estos alelos no se han roto por la recombinacin desde flujo gnico es proporcional a. Nos
muestran que se espera que el LD a travs de ro pares de alelos decae
exponencialmente con la distancia gentica. La tasa de decaimiento es informativa del
Resultados
Para estudiar como LD decae con la distancia en el genoma, calculamos el
valor medio, de la medida de desequilibrio de acoplamiento la D (la tarifa de
exceso de presencia(acontecimiento) de alleles sacado en dos SNPS
comparados con la expectativa si ellos fueran independientes [36]) entre los
pares de SNPS binned por la distancia gentica x (mirar Mtodos).
Inmediatamente despus del tiempo de ltimo flujo gnico entre Neandertal (o
sus parientes) y antepasados humanos, mucho tiempo extindase LD es
generado, y entonces esperan que ello decaiga en una tarifa constante por
generacin como la nueva combinacin se estropea los segmentos
compartidos con Neandertals. As, en ausencia de nuevos acontecimientos de
LD-generacin (hablado ms lejos debajo), esperan la estadstica a travs de
los pares de introgressed alleles para tener un decaimiento exponencial con la
distancia gentica, y el grado gentico del decaimiento as pueden ser
interpretados en trminos del tiempo de ltimo linaje compartido entre
Neandertals (o sus parientes) y la gente moderna (la Seccin S1 y el Apndice
A en el Texto S1).
Para amplificar la seal de mezcla LD en relacin con LD no mezcla, se
restringi el anlisis de SNPs en el que el alelo "derivada" (el que ha surgido
como una nueva mutacin tal como se determina mediante comparacin con
los chimpancs) se encuentra en neandertales y ocurre en la poblacin
sometida a prueba a una frecuencia de <10%. La justificacin de este umbral
Para aplicar esta correccin estadstica de los datos reales, se estimaron los
tasa de error en el mapa gentico mediante la comparacin de la distribucin
genmica de un conjunto de pruebas de cross-over de 728 meioses detectado
previamente en un pedigr Hutterite euro americano [39] a lo que sera se
espera si el mapa eran perfectos. Por desgracia, el mapa que lo ideal sera que
desee utilizar para el clculo de la fecha de la mezcla de Neandertal no es el
mapa gentico que se aplica a hutteritas hoy, pero el mapa gentico
promediada en el tiempo que se aplica entre el presente y la fecha del flujo de
genes. Obviamente, tal mapa no est disponible, pero la hiptesis de que
mediante la realizacin de nuestros anlisis utilizando un mapa gentico que
se construye a partir de muestras ms estrechamente relacionados con el
pedigr Hutterite que el mapa que nos gustara analizar (el mapa deCODE
pedigr construida en islandeses ), as como un mapa gentico con un
promedio de ms de un perodo demasiado largo de tiempo (el mapa LD
Europea, que mide la recombinacin durante aproximadamente quinientos mil
aos), la que puede obtener una idea de la solidez de nuestras inferencias a las
incertidumbres en la forma en que el Europeo mapa gentico ha cambiado con
el tiempo.
Discusin
La fecha de 37,000-86,000 aos BP es demasiado reciente para ser coherente
con el escenario de "antigua estructura de la poblacin de frica", y apoya
firmemente la hiptesis de que al menos algunas de las seales de los
neandertales estar relacionada con los no africanos ms estrechamente que a
los africanos es debido al flujo de genes reciente. Estos resultados son
concordantes con un trabajo reciente de Yang et al [44] que analiza los
espectros de frecuencia de los alelos conjunta en los africanos, no africanos y