INSTITUTO POLITCNICO NACIONAL

ESCUELA SUPERIOR DE CMPUTO

Prctica 3:
Molecular Dynamics in NAMD
NOMBRE: Aguirre Cruz Eder Jonathan
MATERIA: Bioinformatics
PROFESOR: Rosas Trigueros Jos Luis
GRUPO: 3CM1
FECHA DE REALIZACIN: 04 03- 2016
FECHA DE ENTREGA: 11 03- 2016

MARCO TERICO
Qu es NAMD?
NAMD (Not (just) Another Molecular Dynamics program) es un software
para dinmica molecular en paralelo diseado para simulaciones de alto
desempeo de sistemas biomoleculares. NAMD es un cdigo paralelo de dinmica
molecular diseado para simulaciones de altas prestaciones de grandes sistemas
biomoleculares. Las simulaciones de dinmica molecular computan las trayectorias
atmicas resolviendo las ecuaciones del movimiento numricamente, utilizando
campos de fuerza empricos, como el campo CHARMM, que aproxima la fuerza
atmica real en sistemas de biopolmeros.

Utilizacin
Para ejecutar NAMD se debe cargar las variables de entorno mediante el mdulo
correspondiente con la instruccin: module load namd/$versio. A continuacin, se
debe usar la instruccin charmrun y especificar el nmero de procesadores, el
nombre
del
ejecutable
y
el
fichero
de
entrada: charmrun
+pnmero_de_procesadores $NAMDHOME/namd2 input. El directorio de trabajo
debe contener los ficheros .params, .psf y .pdb que tienen informacin sobre los
parmetros del forcefield, la conectividad de los tomos y la estructura
tridimensional del sistema a simular.
El software VMD es el interfaz grfico de NAMD. Este programa de visualizacin
permite no solamente el anlisis de trayectorias, sino tambin la preparacin de los
ficheros de entrada, as como la ejecucin de scripts en tcl con funcionalidades muy
diversas.
En el directorio /usr/local/examples de todas las mquinas se encuentra un fichero
de ejemplo (namd_par.lsf) para enviar trabajos al gestor de colas y que carga
automticamente el mdulo necesario.

MATERIAL Y EQUIPO

1 Computadora o Laptop (2GB RAM, 500GB Disco Duro)

Procesador de textos
Conexin a internet
Software VMD 1.9.2
Software NAMD 2.9

DESARROLLO DE LA PRCTICA
Para poder realizar la prctica #3, se llevaron a cabo las siguientes
instrucciones:

1.- Abrir la consola de VMD y dirigirse al directorio 1-1-build de la carpeta

NAMD_2.9_Win32-multicore

2.- Se crea un nuevo archivo llamado ubqp.pdb en donde se escriben las

coordenadas de la protena solo con tomos de hidrogeno.

3.- Se borra del men principal de VMD la protena 1UBQ.pdb

4.- Se crea el paquete psfgen que contiene los comandos necesarios para crear el
psf archivo de la protena 1UBQ con tomos de hidrgeno y sin agua

5.- Con la lnea de cdigo source ubq.pgn, estas ejecutarn el paquete en el

psfgen ubq.pgn archivo y generar el PSF y el archivo pdb de la protena con
hidrgenos. Su sistema deber tener 1231 tomos y 631 coordenadas acertadas.

6.- la lnea de cdigo source wat_sphere.tcl, ser la que situar a la ubiquitina en

la ms pequea posible esfera de agu a que sumerge completamente la protena.

7.- La salida del script wat sphere.tcl ser el centro y el radio de la esfera del agua.
8.- Se escribe en la consola de VMD package require solvate solvate ubq.psf
ubq.pdb -t 5 -o ubq wb. El paquete pondr la protena (ubq.psf y ubq.pdb) en una
caja de agua. La opcin -t crear las dimensiones de la caja de agua de tal
manera que hay una capa de agua de 5 A en cada direccin desde el tomo con
la mayor coordinacin en esa direccin. La opcin -o crea los archivos de salida
UBQ wb.pdb y wb.psf UBQ de ubiquitina con la caja de agua.

9.- Salida de los paquetes

10.- Se escribe en la consola set everyone [atomselect top all] measure minmax
$everyone Este anlisis de todos los tomos en el sistema le da el mnimo y
mximos valores de x, y, z a las coordenadas de la totalidad de la protena-agua
del sistema.

11.- Valores de los tomos en el origen del sistema.

CONCLUSIONES
NAMD es un software que en conjunto con VMD, logran realizar mejores
interpretaciones con diferentes enfoques a sistemas ms complejos y extensos que
involucran protenas, molculas, etc. NAMD es una herramienta muy til en cuanto
a las necesidades ms complejas y completas para el estudio de un sistema
bastante extenso, ya que dicho software nos brinda la oportunidad de poder obtener
resultados con mayor grado de dificultad.
Si bien NAMD es un software muy poderoso y muy til para resolver problemas de
sistemas biomoleculares de mucho mayor nivel, resulta ser un poco engorroso de
manipular en la consola de VMD, ya que debido a su gran alcance, es difcil poder
saber cada una de las funciones que NAMD puede llegar a hacer o encontrar la
funcin que se est buscando para una determinada representacin.

BIBLIOGRAFA
CSUC. (2016). Obtenido de http://www.csuc.cat/es/personal/namd
Theorical and computacional . (20 de Marzo de 2006). Obtenido de
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
Wikipedia. (2 de Diciembre de 2014). Obtenido de https://es.wikipedia.org/wiki/NAMD