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STRUTTURA e

FUNZIONE DELLE
PROTEINE

Figure 2-26 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

PROTEINE
50% DEL PESO SECCO DI UNA CELLULA
STRUTTURA

FUNZIONE

intelaiatura citoscheletrica

catalisi
enzimatica
riconoscimento
trasporto
deposito
movimento
difesa

strutture cellulari
impalcatura di sostegno extracellulare

es. actina

gusci sferici cavi


(es. capside dei virus)
es. tubulina
Figure 4-23 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Figure 4-9 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

I chimici del primo novecento


si chiedevano se le proteine
fossero polimeri o aggregati
di molecole piccole ed
eterogenee

Figure 2-29 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Ultracentrifuga analitica (Svedberg, 1926)

Figure 2-30 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Tutte le proteine contengono 1 o pi catene


polipeptidiche
Proteine MONOMERICHE (1 catena polipeptidica)

Proteine MULTISUBUNITA (2 o pi catene


polipeptidiche diverse dette SUBUNITA)
Proteine OLIGOMERICHE o MULTIMERICHE
costituite da 2 o pi subunit identiche
(PROTOMERI)

Proteine SEMPLICI
(costituite esclusivamente da aminoacidi)
Proteine CONIUGATE o COMPLESSE
(costituite da aminoacidi + componenti non
peptidici, detti GRUPPI PROSTETTICI)

La struttura delle proteine ne


determina la funzione
Le proteine sono singole catene, non ramificate di
monomeri aminoacidici
Ci sono 20 differenti amino acidi
La sequenza degli amino acidi di una proteina ne determina
la sua struttura tridimensionale (conformazione)
A sua volta, la struttura di una proteina ne determina la
funzione

Gli aminoacidi presenti nelle proteine sono tutti:


a-aminoacidi

Sono tutti:
L-aminoacidi
Le lettere L e D specificano la configurazione
assoluta intorno al carbonio a

ENANTIOMERI (immagini speculari non sovrapponibili)

*
*
*
*
*

*a pH neutro
Figure 4-3 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Figure 4-1 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Il legame peptidico pi corto di un legame ammidico ed


ha un carattere parziale di doppio legame
(delocalizzazione del legame p, tautomeria, risonanza).
Il legame peptidico un legame rigido, planare.

La limitazione alla rotazione intorno al


legame C-N porta ad isomerismo geometrico e cos un
legame peptidico pu avere configurazione sia cis che
trans
Negli organismi viventi la quasi totalit dei legami
peptidici nella configurazione trans

Figure 4-2 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Per un peptide formato da 4


diversi aminoacidi sono possibili
4! (4x3x2x1) combinazioni
diverse, se ciascun residuo
presente una sola volta.
Altrimenti sono possibili 44
combinazioni diverse

Per un peptide lungo n aminoacidi


sono possibili 20n combinazioni
diverse

Prima proteina sequenziata INSULINA (Sanger,


1955)
Attualmente le sequenze di milioni di proteine sono
presenti in enormi banche dati (database)

Quattro livelli di struttura


determinano la forma di una proteina
Per vedere ques ta im m agine
occorre QuickTim e e un
decom pres s ore Photo - JPEG.

Primaria: la sequenza lineare degli amino acidi


Secondaria: lorganizzazione di parti di una catena
polipeptidica (esempio: la elica o il foglietto )
Terziaria: la struttura tridimensionale completa di una
catena polipeptidica
Quaternaria: lassociazione di due o pi polipeptidi in una
struttura complessa multi-subunit

LIVELLI STRUTTURALI DELLE PROTEINE

Struttura primaria

si riferisce allo scheletro covalente della


catena polipeptidica (sequenza dei suoi residui
aminoacidici)

Comparazione sequenze
Hum aglobina:
Bovis:
Pig:

mvlspadktn vkaawgkvga hageygaeal


mvlsaadkgn vkaawgkvgg haaeygaeal
vlsaadkan vkaawgkvgg qagahgaeal

ermflsfptt ktyfphfdls hgsaqvkghg kkvadaltna vahvddmpna


ermflsfptt ktyfphfdls hgsaqvkghg akvaaaltka vehlddlpga
ermflgfptt ktyfphfnls hgsdqvkahg kvadaltka vghlddlpga

lsalsdlhah klrvdpvnfk llshcllvtl aahlpaeftp avhasldkfl


lselsdlhah klrvdpvnfk llshsllvtl ashlpsdftp avhasldkfl
lsalsdlhah klrvdpvnfk llshcllvtl aahhpddfnp svhasldkfl
asvstvltsk yr
anvstvltsk yr
anvstvltsk yr

In molte posizioni presente lo stesso


aminoacido

Lomologia delle sequenze suggerisce


relazioni funzionali ed evolutive tra le
proteine

LIVELLI STRUTTURALI DELLE PROTEINE

Struttura secondaria
indica una struttura regolare e ricorrente della
catena polipeptidica in una direzione dello spazio
(segmenti di catena polipeptidica con una
precisa conformazione):
Eliche (a, 310, p)
Foglietti
Ripiegamenti ( turns)

Le strutture secondarie sono mantenute da legami idrogeno tra atomi di


residui aminoacidici, in particolare tra latomo di H legato allN peptidico
ed un atomo di O di un gruppo carbonilico di un altro piano peptidico .

Figure 4-10 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Figure 4-10ac Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Nelle proteine, salvo rare eccezioni, presente solo


lelica destrorsa (con andamento in senso antiorario)
Ogni giro dellelica tenuto unito a quelli adiacenti da 3
o 4 legami idrogeno

La sequenza aminoacidica modifica la stabilit della aelica.


L a-elica destabilizzata da:
Presenza di numerosi residui aminoacidici acidi (Glu e
Asp) vicini o basici (Lys, Arg, His) vicini
Presenza di catene laterali con elevato ingombro sterico
(Asn, Thr, Ser, Lys) vicine
Limitazioni alla a-elica: presenza di residui di Pro e Gly

Figure 4-10df Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Figure 4-14 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

STRUTTURE SECONDARIE

organizzazioni spaziali della catena principale


-segmento polipeptidico
-particolarmente stabili
-le principali sono eliche, foglietti
Se non possibile individuare una struttura regolare,
la struttura viene definita impropriamente casuale
(random coil)

PROTEINE FIBROSE
(catene polipeptidiche disposte in fasci o foglietti)
PROTEINE GLOBULARI
(catene polipeptidiche ripiegate che assumono
forma globulare o sferica)

PROTEINE FIBROSE
(catene polipeptidiche disposte in fasci o foglietti)

La molecola di cheratina a un dimero di due subunit identiche e


le lunghe eliche a di ogni subunit formano unelica superavvolta

pi eliche a avvolte su se stesse possono


formare unelica superavvolta coiled coil
(es cheratina)

Figure 4-13 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Proteine fibrose extracellulari


Spesso le proteine extracellulari si stabilizzano
attraverso legami crociati (ponti disolfuro) intracatena
o intercatena.
Un enzima catalizza la loro formazione nel reticolo
endoplasmatico, unendo due gruppi-SH delle catene
laterali di due residui di Cys, che vengono a trovarsi
vicini nella proteina ripiegata.

I ponti disolfuro di solito non si formano nel citosol,


dove una alta concentrazione di agenti riducenti li
riconverte in gruppi-SH della cisteina

Figure 4-26 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

1 aminoacido ogni 3
Gly (apolare)

Tripla elica del collagene, formata da tre catene proteiche allungate


che si avvolgono una sullaltra (resistenza alla trazione pari a quella
dellacciaio)
Figure 4-25a Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Le
striature
derivano
dalla
disposizione regolare e ripetitiva
delle molecole di collagene nella
fibrilla

Figure 4-25b Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Un filamento di actina composto di subunit proteiche


identiche.

Su ogni molecola ci sono siti di legame complementari a siti presenti su


altre molecole dello stesso tipo.
La serie delle subunit proteiche con andamento elicoidale continua
spesso per migliaia di molecole (pu raggiungere dimensioni di alcuni
mm nei filamenti citoscheletrici cellulari)
Figure 4-22 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

PROTEINE GLOBULARI
(catene polipeptidiche ripiegate che assumono
forma globulare o sferica)

Figure 4-27 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Funzioni proteiche
La funzione proteica generalmente richiede cambiamenti conformazionali.
Le funzioni di molte proteine richiedono il legame reversibile di altre molecole
(ligandi) a siti specifici della proteina (sito di legame) affini al ligando stesso
per dimensioni, forma, carica e carattere idrofobico o idrofilico.
Il legame caratterizzato da due propriet: affinit e specificit

Le proteine sono flessibili e possono subire modificazioni conformazionali a


seguito del legame con il ligando (adattamento indotto).
In un sistema multisubunit una modificazione conformazionale che avviene in
una subunit pu influenzare la conformazione delle altre.
Le interazioni proteine-ligandi possono essere regolate dal legame di uno o pi
altri ligandi specifici che possono causare alterazioni strutturali capaci di
modificare il legame del primo ligando (modificazioni allosteriche)

Tre tipi di legami non covalenti favoriscono il processo di


ripiegamento delle proteine

Figure 4-4 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Figure 4-28b Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Figure 4-6 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Forze di natura idrofoba favoriscono il ripiegamento delle proteine in una


conformazione compatta

Figure 4-5 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Struttura tridimensionale delle proteine


1. La struttura di una proteina determinata dalla sua
sequenza aminoacidica
2. La funzione di una proteina dipende dalla sua
struttura tridimensionale (conformazione nativa)

3. La struttura tridimensionale di una proteina unica o


praticamente unica
4. La struttura tridimensionale di una proteina
stabilizzata da interazioni non covalenti
Le proteine si dispongono nella conformazione di
energia minima

Figure 2-31 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Figure 4-7 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

L informazione per il folding della


proteina contenuta nella sequenza

Proteine denaturare al calore, con acidi, o chimici perdono la


struttura terziaria e secondaria e la funzione biologica.

Il processo
reversibile

Le proteine si sono evolute per svolgere la loro funzione nelle


particolari condizioni ambientali della cellula
In ambienti diversi possono andare incontro a variazioni strutturali,
anche di notevole entit, che possono portare alla perdita della loro

funzione
La perdita della struttura 3D detta denaturazione. La maggior

parte delle proteine si denatura al calore, ma anche a pH estremi,


solventi organici, soluzioni di urea o altri caotropi e detergenti
Le proteine di batteri termofili e archea si sono evolute in modo da

funzionare alle temperature di sorgenti calde (circa 100C)

La struttura terziaria generata dal ripiegamento e dalla


conformazione della catena polipeptidica.

La struttura quaternaria lorganizzazione di polipeptidi


in ununica unit funzionale che consiste di pi di una
subunit polipeptidica.

Rappresentazioni grafiche differenti


della stessa proteina

Figure 4-28a Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Conformazione, modificazione e
degradazione delle proteine
Una catena polipeptidica appena sintetizzata deve
conformarsi e spesso subire modificazioni chimiche per
generare la proteina finale

Tutti i polipeptidi con la stessa sequenza aminoacidica


assumono, in condizioni standard, la stessa conformazione
(lo stato nativo), che la pi stabile conformazione che la
molecola pu assumere.

Le chaperonine assistono le proteine nella fase di


folding, prevenendo il legame con ligandi inappropriati.

Table 4-2 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Tutte le proteine contengono 1 o pi


catene polipeptidiche
Proteine MONOMERICHE (1 catena
polipeptidica)
Proteine MULTISUBUNITA (2 o pi catene
polipeptidiche diverse dette SUBUNITA)
Proteine OLIGOMERICHE o
MULTIMERICHE costituite da 2 o pi
subunit identiche (PROTOMERI)

Figure 4-20 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

PROTEINE MOTRICI

Ci sono proteine capaci di


camminare lungo un filamento o
una fibra grazie a cambiamenti
conformazionali
Il passaggio da una
conformazione (delle tre
possibili) allaltra secondo una
sequenza ordinata richiede un
apporto energetico in modo da
rendere il ciclo praticamente
irreversibile ed il movimento
direzionale

Figure 4-41 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Una proteina motrice allosterica,


alimentata dalla idrolisi di ATP,
compie movimenti direzionali.
Molte proteine motrici generano
movimenti direzionali con un
meccanismo di questo genere.
Esempi:
miosina, proteina motrice
muscolare che corre lungo i
filamenti actinici generando la
contrazione
chinesina, proteina responsabile
dei movimenti cromosomici alla
mitosi
Figure 4-42 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Nelson Cox, I PRINCIPI DI BIOCHIMICA DI LEHNINGER 5/E, Zanichelli editore S.p.A. Copyright 2010

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Aggregati di proteine che collaborano nello svolgimento di una funzione


specifica costituiscono delle vere e proprie macchine proteiche in cui
possibile coordinare lattivit di parecchie catene polipeptidiche diverse
tramite movimenti interni al complesso (alimentati da idrolisi di ATP)
Complessi multienzimatici (gli enzimi adatti vengono posizionati nella
sede in cui sono necessari per svolgere in sequenza reazioni concatenate)
Esempi: sintesi proteica sul ribosoma, replicazione del DNA
Figure 4-43 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

CODICE DI REGOLAZIONE DELLA PROTEINA


(PTMs, post translational modifications)
Modificazioni covalenti controllano il destino ed il
comportamento delle proteine

Figure 4-44a Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Struttura nativa, funzionalmente attiva


I cambiamenti conformazionali regolano la funzionalit della
proteina
Cambiamenti conformazionali anomali possono determinare
laggregazione delle proteine a dare aggregati insolubili (es
fibre amiloidi)
(Meccanismo alla base di varie malattie neurodegenerative,
tra cui il morbo di Alzheimer e il morbo di Huntington)

Le malattie da prioni sono causate da proteine rare la cui


conformazione anomala infettiva, cio trasmissibile.
Le piu note sono la encefalopatia spongiforme ovina (scrapie)
e bovina (BSE, o morbo della mucca pazza)

Figure 4-8 Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Figure 4-8a Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

Nellencefalo ospite la
PrP anomala
induce la conversione di
molecole di PrP normali alla
forma anomala (PrS): questa
forma tende ad associarsi in
aggregati
proteici
che
compromettono la funzione
cerebrale

Figure 4-8b Essential Cell Biology ( Garland Science 2010)

PrP
PrPc

PrS
PrPSc

Prof.ssa Marilena Formato

Per una nuova didattica delle discipline scientifiche


Cagliari 31-03-2008