Saccharomyces cerevisiae

Beer is proof that God loves us and wants us to be happy.

Benjamin Franklin

En algn momento entre 10.000 y 15.000 aos atrs, un granjero en la

mesopotamia (Irak) descubri que el agua donde haba dejado sus granos en
remojo tena un gusto raro. Al otro da se despert habiendo realizado dos
importantes descubrimientos:
-Cerveza
-Resaca
Los registros escritos ms antiguos donde se habla de la produccin de cerveza
provienen de Sumeria hace 6.000 aos. Las primeras recetas de pan levado son
egipcias y datan de hace 5.000 aos. Antes de eso, el pan era duro y seco. El
pan hecho con levadura, en comparacin era maravilloso, liviano y sobre
todo, muy rico. El secreto?
Saccharomyces cerevisiae

Saccharomyces cerevisiae es un eucariota

Hongo, ascomicete

Unicelular pero puede formar pseudohifas

S. cerevisiae se divide por gemacin (budding de ah:

budding yeast)

Budding resulta en dos clulas de tamao diferente, la

madre (clula vieja) y la hija (clula nueva)

El nmero de divisiones no es infinito; las clulas madre

envejecen y dejan de dividirse luego de 30-40
divisiones

La levadura tiene:

Pared celular, de glucanos, mananos y protenas

Membrana plasmtica
Ncleo con nucleolo
Vacuola, como organela de almacenamiento e
hidrlisis

Aparato secretorio completo: ER, Golgi, etc.

Peroxisomas

Mitocondria

Una levadura es alrededor de 4-7m largo

Gentica en S.cerevisiae

S. cerevisiae posee 16 cromosomas nucleares

Adems, posee el genoma mitocondrial y un
plsmido, el crculo de 2 micrones.
Cada cromosoma posee centrmero y telmeros.
El genoma haploide posee ~12 MB y se termin de
secuenciar en 1996 (el primer genoma eucariota
secuenciado)

S.cerevisiae / Sch. Pombe

S.cerevisiae

Sch. pombe

Clula

Elipsoide de revolucin
5x4x4 m

cilndrica
(n) 8-15 x 4 m
(2n) 13-23 x 5

Pared celular

Glucanos (1-3, 1-6), mananproteina,quitina

Tamao genoma (Mb)

12

13.8

N.Cromosomas

16

N genes

6,034

4,824

Genes con intrones

5%

43%

Gen

1.5 Kb-1 exn

3 Kb- 3 exones

Por qu S.cerevisiae es un buen sistema modelo de biologa celular y molecular?

Unicelular
Funciones celulares conservadas (Yeast Human): complementacion interespecfica
Cada clula es todo el organismo (a diferencia de los cultivos de clulas de mamferos)
Tamao adecuado (dimetro ~5 m) para microscopa de luz visible
Fcil de cultivar:
Medios sintticos controlables
Crece rpido (tiempo de duplicacin 90 minutos): los experimentos son rpidos
Se puede producir gran cantidad de biomasa
Manipulacin gentica fcil y desarrollada:
ciclos estables haploides y diploides
fcil de transformar
fcil de obtener mutantes y de clonar los genes mutados
muy alta eficiencia de recombinacin homloga: knock-outs, knock-ins, mutagnesis dirigida, etc.
Enorme disponibilidad de recursos y tcnicas
Genoma secuenciado (1996) y compacto:
~12 106 pares de bases, con ~6000 genes
~5% genes con intrones
Promotores cortos! Entre 200 y 1000 pb (el ms largo es el del gen FLO11, que es de 2.8 kb).
Bioqumica muy desarrollada.

S.cerevisiae en el rbol de los eucariotas

P.falciparum (agente de la malaria)

A.thaliana

D.discoideum

H.sapiens
D.melanogaster
C.elegans

Archaebacteria

S.cerevisiae
S.pombe

T.cruzi (agente del chagas)

Bacteria

Baldauf, Science 2003

Este rbol est basado en un consenso a partir de datos moleculares y ultraestructurales

Similitud entre funciones bsicas en levaduras y en eucariotas superiores

Caminos biosintticos y catablicos, y su regulacin

Biosntesis y degradacin de organelas
Ciclo celular y divisin celular
Replicacin del ADN, recombinacin y reparacin
Regulacin transcripcional y activacin
Caminos de transduccin de seales: receptores acoplados a protena
G, cascadas de MAP kinasas, PKCs, IP3, Ca+2, cAMP, etc.
Secrecin y endocitosis
Efectos regulatorios mediados por estructura de la cromatina:
silenciamiento, epigentica
Priones
Respuestas al estrs

El ciclo de vida de S.cerevisiae

ASCO

Sexo/MATING en S.cerevisiae
factor a

factor

Arresto en G1
(START)

Cigota
a/

Sexo en S.cerevisiae (cont)

adhesin

fusin

fusin
nuclear

Nolan et al, MBC 2006

Determinacin gentica del tipo sexual en S.cerevisiae

El tipo sexual est determinado por qu alelo se expresa en el locus MAT (mating type) ubicado
en el cromosoma III
El locus MAT codifica factores de transcripcin, o sea, protenas cuya funcin es la de controlar la
expresin de otros genes.
El MATa codifica al activador transcripcional a1 y a la protena de funcin desconocida a2.
El MATalfa cofica al activador 1 y al represor 2
El locus MAT funciona como un regulador maestro controlando la expresin de muchos genes.

Chr III

Chr III

Expresin gnica que determina el tipo sexual

factor a
a

factor
Arresto en G1
(START)
Cigota
a/

El material gentico

Posee alrededor de 6200 genes, pero la anotacin todavia contina.

Debido a una duplicacin ancestral del genoma, muchos de los genes poseen una copia
muy parecida, en algunos casos con aparentemente la misma funcin, en otros
claramente cada copia se especializ.
Slo un muy pequeo nmero de genes posee intrones. Sin embargo, aproximadamente
el 50% de los mRNAs sufree splicing Eso es porque los genes con intrones resulta que son
genes que se expresan mucho: la mayora de los genes de protenas ribosomales tiene
intrones.

Anlisis completo del organismo...

En un esfuerzo conjunto de la comunidad de S.cerevisiae, se pretende determinar la funcin de
todos y cada uno de los genes.
Para esto hay multiples proyectos y varios approaches diferentes:
Anlisis por microarrays para determinar el patrn de expresin de todos los genes en mltiples
condiciones experimentales o para determinar todos los sitios de unin en el genoma de todos
los factores de transcripcin
Colecciones genmicas completas disponibles para la investigacin:
de mutantes de delecin de cada uno de los genes
de fusiones C-terminales con GFP a cada gen para estudios de localizacin
de fusiones C-terminales con eptopes para purificacin
Varios mtodos para analizar el fenotipo y mecanismo de accin de mutantes
Diferentes proyectos de determinacin de interacciones protena-protena: 2-hbridos,
espectroscopa de masa, interacciones genticas.

Nomenclatura en S.cerevisiae
Los genes se nombran con 3 letras seguidos de hasta 3 nmeros:
CDC28, HSP12, ACT1, STE5A veces el nombre es una abreviatura, a veces no
Genes wild type se escriben en mayscula e itlica
Mutantes recesivos se escriben en minscula itlica: tps1, rho1, cdc28
Alelos mutantes se designan con un guin seguido de un nmero: tps1-1, rho1-23, cdc28-2
Si la mutacin fue construida por delecin, esto se designa y se incluye el marcador de
seleccin usado para la delecin: ste5::HIS3
El producto del gen, la protena, se designa con mayscula la primera letra slamente, y sin
itlica (a veces se agrega una p luego del nombre: Tps1p, Rho1p, Cdc28p
Los genes de los que lo nico que se conoce es la secuencias se nombran con un cdigo
que habla de su ubicacin en el genoma:YDR518C, YML016W..., donde:

Y es por yeast

La segunda letra corresponde al cromosoma (D=IV, M=XIII....)

L o R es por el brazo cromosmico left o right (el cromosoma se pone con su brazo
corto a la izquierda)

El nmero de 3 dgitos corresponde al nmero de ORF contando desde el centrmero

C o W corresponde a Crick o Watson, indicando la cadena superior o inferior,

respectivamente
Algunos genes especiales no siguen esta nomenclatura: HO, MATa, MAT

Marcadores genticos y cepas

Los marcadores genticos se utilizan (entre otras cosas) para:
1-seleccionar
2-seguir

diploides (las cepas haploides deben llevar distintos marcadores)

cromosomas cuando uno hace cruces genticos

3-seleccionar

cepas transformadas con plsmidos o integraciones de genes en el genoma

Los marcadores ms utilizados son: HIS3, URA3, TRP1, LEU2, LYS2, ADE2
ADE2 es especialmente til porque la mutacin ade2 hace que las cepas se pongan rojas en
medio con baja adenina
URA3 es especialmente til porque se puede contra-seleccionar: matar a aquellas clulas que
poseen el gen normal (wild-type).
Tambin se usan marcadores que confieren resistencia a antibiticos:
Resistencia a G418 (neomicina), kanR; resistencia a higromicina, hygB
Una de las cepas ms comunes es la W303, cuyo genotipo se escribe as:
MATa leu2-3/112 ura3-1 trp1-1 his3-11/15 ade2-1 can1-100

De cmo hacer trabajar a la gentica para uno: ms genes

1-Generacin de mutantes por:
a.Mutagnesis al azar
b.Mutagnesis dirigida
c.Delecin dirigida
2-Mtodos para aislar el gen mutado: clonado por complementacin
3-Mtodos para estudiar al gen de inters:
a.Reporteros transcripcionales
b.Reporteros de localizacin y nivel intracelular
c.Fusin a eptopes para purificacin (TAP tag)
2-Cmo usar la gentica para:
a.Dado un gen involucrado en un proceso de inters, aislar otros genes que codifiquen para
protenas involucradas en este u otro proceso celular paralelo o relacionado.
b.Organizar el modo de accin de varios genes involucrados en un mismo proceso, por
ejemplo, transduccin de una seal.
Supresores multicopia
Mutaciones supresoras
Interacciones sintticas entre genes
Doble hbrido