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COSE DA STUDIARE

-struttura polimerasi
-promotore
DNA footprinting
I quanti domini la pol tocca il DNA: due
Codice genetico diverso da metilazione
Fattore e paradosso
Regolazione basale e regolativa
b. subitilis e il controllo temporale
sporulazione, perch la studiamo e perch importante
lac, concetti generali, cos un operone, la regolazione allosterica, CRP allsoteria e
cooperativita, struta e domini, 3 mutaiozni, cosa ci apsetat dalla mutazione C
terminale del repressore di lac (mi aspetto un mutande di topo null)
operatore di lac palindromi
cooperativit nei fattori di trascriiozne, cosa succede quando cambia la conformaiozne
dovuta a una small molecule (rapporto tra legame specifico e aspeticifo)
piccoi esercizi su lac
controllo positivo
ingresso dei fattori RBP funzione della fosforilazione della CTD sulla polimerasi
eucariotica
enhancer (moduli e fattore di trascriizoni che legano distalemtne)
meccanismi di attivazione dei fattori di trascriizone (analogie e differenze tra yap e
catenina)
homeobox, controllo combinatoriale, regola della dominanza posteriore, la
combinazione di diversi geni dovuti alla loro espressoni in domini via posteriori
omeodomini (esempi di porteine e com fatto)
trasformazioni omeotiche cos sono e perch sono importanti slide 11
pax

ESEMPI DOMANDE PICCOLO

Ordine di assemblaggio del complesso di inizio :


D-B-F-RNApol.-E-H;
RNApol.-D-B-F-E-H;
D-B-F-E-H-RNApol.;
B-F-E-H-D-RNApol.

La formazione della coda di poli-A:

-- Richiede uno stampo di poli-T;


-- E' promossa da polimerasi2 quando raggiunge la sequenza di
poliadenilazione;
-- Richiede il taglio dell'mRNA;
-- E' direttamente polimerizzata dalla poliA-binding-protein;
Avviene grazie a CPSF che scalza la polimerasi2.

Nel caso in cui la regolazione del processamento di un miRNA avvenisse a livello di


DROSHA:

Vedrei cambiare i livelli di pri-miRNA e non di pre-miRNA;


Vedrei cambiare i livelli di pre-miRNA e non di pri-miRNA;
Vedrei cambiare i livelli di pre-miRNA e anche di pri-miRNA;
Vedrei cambiare il livelli di miRNA maturo ma non di pre-miRNA;
Avrei pi trascritto primario;
Avrei meno trasduzione dell'RNA bersaglio.

REGOLAZIONE DI REGOLATORI TRASCRIZIONALI MEDIATA DA


DEGRADAZIONE.
Cappello introduttivo:La regolazione mediante degradazione un meccanismo
universale con cui le proteine vengono eliminate. In caso di fattori di
trascrizione questo corrisponde ad una logica regolatoria in quanto elimino un
segnale, spengo un sistema o ne prevengo l'attivazione e lo faccio in modo
unidirezionale per cui un prossimo ciclo,, tipicamente deve avvenire mediante
risintesi della proteina regolatoria. E' quindi un meccanismo fortemente che si
presta molto bene a fini regolazioni, perch regolando l'emivita di un certo
fattore posso regolarne la stabilit e quindi effettivamente essere molto
regolatorio su un certo fenomeno biologico. Durante il corso abbiamo affrontato
alcuni tipi di regolazione mediante proteasoma e degradazione:
Nel caso di HIF questo meccanismo si verifica quando le cellule ecc...
Corrisponde ad un meccanismo di risposta all'ossigeno ovviamente per cui ecc...
Nel caso di -catenina questo corrisponde ad un sistema che normalmente
viene costantemente degradato, come HIF. Se volete sono anche queste un
esempio generale di default repression, per certi aspetti, anche se non nel
modo in cui abbiamo descritto. La -catenina si accumula quando ecc...
C' un complesso. In alcune malattie non a caso abbiamo la distruzione del complesso
di degradazione oppure la mutazione del sito di fosforilazione N-terminale determinata
da ecc...

Nel caso di YAP e TAZ anche: questi vengono in parte ancorati a delle proteine
ancora tipo e in parte degradati e quindi verrai a spegnere un segnale
potenzialmente oncogenico, pro-proliferativo che deve avvenire solo in tempi,
modi e cellule ben definiti.

Nel caso delle SMADs la situazione un po' diversa, un classico esempio in

cui io vado a spegnere il sistema perch anche qui le cellule devono mantenere
la proporzionalit del ecc...
Questo si realizza grazie alla fosforilazione ma anche, in parte, grazie alla
degradazione oppure di ubiquitinazione regolativa che permette costantemente di
contare tutto questo.

REGOLAZIONE DEI FATTORI CHE CONTROLLANO LA TRASCRIZIONE MEDIANTE


TAGLIO PROTEOLITICO.
NOTCH in cui ecc... (eucarioti)
SONIC CUBITUS ecc... (eucarioti)
- Fattore sigma in risposta a shock termico e sporulazione ecc... (procarioti)