P A R T E

Microbiologa mdica bsica

Bailey & Scott. Diagnstico Microbiolgico 2009. Editorial Mdica Panamericana

CAPTULO

Taxonoma microbiana

a taxonoma es un rea de la ciencia biolgica que

comprende tres disciplinas distintas, pero muy
interrelacionadas, que incluyen la clasificacin, la
nomenclatura y la identificacin. Cuando se la aplica a
todos los seres vivos la taxonoma proporciona un medio
uniforme para clasificar, denominar e identificar los organismos. Esta uniformidad permite que los bilogos de
todo el mundo utilicen un nombre comn para cada organismo que estudian dentro de sus disciplinas particulares.
El idioma comn que proporciona la taxonoma minimiza la confusin sobre los nombres y permite centrar la
atencin en problemas y fenmenos cientficos de relevancia. La importancia de esta contribucin no slo se
comprende en la filogenia (antecedentes evolutivos de los
organismos) sino tambin en casi todas las otras disciplinas de la biologa, incluida la microbiologa.
En el diagnstico microbiolgico la clasificacin, la
nomenclatura y la identificacin de los microorganismos
desempean un papel central porque proporcionan el
diagnstico exacto y oportuno de las enfermedades infecciosas. Debido a la importante contribucin de la taxonoma al diagnstico microbiolgico a continuacin se describen con algn detalle las tres reas que constituyen la
taxonoma.

CLASIFICACIN
La clasificacin es la organizacin de microorganismos
que comparten caractersticas morfolgicas, fisiolgicas
y genticas similares en grupos especficos o taxones. El
sistema de clasificacin es jerrquico y consiste en las
siguientes designaciones de taxones:

Especie
Gnero (compuesto por especies similares)
Familia (compuesta por gneros similares)
Orden (compuesto por familias similares)
Clase (compuesta por rdenes similares)
Divisin (compuesta por clases similares)
Reino (compuesto por divisiones similares)

ESPECIE
La especie es el grupo taxonmico ms elemental y
puede definirse como una coleccin de cepas bacterianas
que comparten muchas caractersticas fisiolgicas y
genticas, y como grupo difieren de manera notable de
otras especies bacterianas. En ocasiones se reconocen
subgrupos taxonmicos dentro de una especie, denominados subespecies. Adems, los grupos ubicados por

debajo de los niveles de subespecie que comparten caractersticas especficas, pero relativamente menores, pueden designarse como biotipo, serotipo o genotipo.
Aunque estos subgrupos pueden tener cierta importancia
taxonmica y en ocasiones utilidad prctica, su valor en
el diagnstico microbiolgico por lo comn es limitado.

GNERO
El gnero es el siguiente taxn ms alto y comprende
especies diferentes que comparten varias caractersticas
importantes pero difieren lo suficiente como para seguir
manteniendo su estatus como especies individuales.
Todas las especies bacterianas pertenecen a un gnero y
la relegacin de una especie a un gnero particular se
basa en varias caractersticas genticas y fenotpicas
compartidas entre las especies. Sin embargo, los microorganismos no poseen la multitud de caractersticas fsicas exhibida por los organismos ubicados ms arriba en
la escala, como las plantas y los animales. Por ejemplo,
raras veces dejan algn registro fsil y exhiben una enorme capacidad de entremezclar el material gentico entre
especies y gneros supuestamente no relacionados. Por
estas razones es difcil establecer de manera fiable la pertenencia de los microorganismos para poder clasificarlos
en taxones ms altos que el nivel de gnero. Por consiguiente, aunque para la clasificacin de las plantas y los
animales se utiliza la agrupacin de gneros similares en
familias comunes y de familias similares en rdenes
comunes y as sucesivamente, estas designaciones de
taxones ms altos (es decir, divisin, clase, orden, familia) no suelen ser tiles para clasificar las bacterias.

NOMENCLATURA
La nomenclatura, o sea la denominacin de los microorganismos segn reglas y normas establecidas, proporciona
los nombres aceptados por los cuales los microorganismos
son reconocidos en todo el mundo. Dado que el gnero y
la especie son los grupos de mayor inters para los microbilogos, la explicacin de las reglas que rigen la nomenclatura microbiana se limitar a estas dos designaciones
taxonmicas. En este sistema de nomenclatura binomial
(dos nombres), a cada microorganismo se le asigna un
nombre de gnero y especie derivado del latn o del griego. En otros trminos, cada microorganismo tiene un
nombre cientfico que consiste en dos partes: la designacin del gnero, que siempre se escribe con mayscula, y
la designacin de la especie, que nunca se escriben con
mayscula. Ambos componentes se usan siempre de
manera simultnea y se escriben en itlica en la escritura

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Bailey & Scott. Diagnstico Microbiolgico 2009. Editorial Mdica Panamericana

Captulo 1 Taxonoma microbiana

RECUADRO 1-1

Papel de la taxonoma en el diagnstico microbiolgico y las enfermedades infecciosas

Establece y mantiene los registros de las caractersticas fundamentales de los microorganismos clnicamente relevantes
Facilita la comunicacin entre tcnicos, microbilogos, mdicos y cientficos mediante la asignacin universal de nombres tiles para
microorganismos de importancia clnica. Esto es esencial para:

Establecer una asociacin entre enfermedades o sndromes particulares y microorganismos especficos

Acumular conocimientos con respecto al tratamiento y la evolucin de enfermedades asociadas con microorganismos especficos
Establecer los patrones de resistencia a los agentes antimicrobianos y reconocer patrones cambiantes
Entender los mecanismos de resistencia antimicrobiana y detectar los mecanismos nuevos exhibidos por un microorganismo particular
Reconocer microorganismos patgenos nuevos y emergentes
Reconocer cambios en los tipos de infecciones o enfermedades causados por microorganismos familiares
Designar modificaciones de las tecnologas disponibles para el desarrollo de nuevos mtodos que optimicen la deteccin y la identificacin
de agentes infecciosos, as como la deteccin de resistencia microbiana a agentes antiinfecciosos
Desarrollar teraputicas antiinfecciosas nuevas

impresa o subrayados en la escritura manual. Por ejemplo,

los estreptococos incluyen Streptococcus pneumoniae,
Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae y
Streptococcus bovis, entre otros. De manera alternativa, el
nombre puede abreviarse utilizando la primera letra
mayscula de la designacin del gnero seguida por un
punto (.) y el nombre completo de la especie, que nunca se
abrevia, como S. pneumoniae, S. pyogenes, S. agalactiae y
S. bovis. Con frecuencia puede utilizarse una designacin
informal (p. ej., estafilococos, estreptococos, enterococos)
para denominar a un grupo particular de microorganismos,
pero estas designaciones no se escriben con mayscula ni
en itlica.
Cuanto se obtiene ms informacin con respecto a la
clasificacin y la identificacin una especie particular
puede trasladarse a un gnero diferente o se le puede asignar el nombre de un gnero nuevo. Las reglas y los criterios
para estos cambios exceden el alcance de este captulo pero
estos cambios estn documentados en el International
Journal for Systematic Bacteriology. En el laboratorio de
diagnstico los cambios de nomenclatura se introducen de
manera gradual para que los mdicos y los laboratoristas
tengan amplias oportunidades de reconocer que a un patgeno familiar se le asign un nombre nuevo. Para lograrlo
se utiliza la designacin del gnero nuevo pero se contina
empleando la designacin anterior entre parntesis, por
ejemplo, Stenotrophomonas (Xanthomonas) maltophilia o
Burkholderia (Pseudomonas) cepacia.

IDENTIFICACIN
La identificacin microbiana es el proceso por el cual se
delinean las caractersticas importantes de un microorganismo. Una vez establecidas estas caractersticas el perfil
se compara con los de otros microorganismos caracterizados con anterioridad para que el microorganismo en
cuestin pueda clasificarse dentro del taxn ms apropiado (clasificacin) y se le pueda asignar un nombre de
gnero y especie apropiado (nomenclatura); ambos son
aspectos esenciales del papel que desempea la taxono-

ma en la microbiologa diagnstica y en las enfermedades infecciosas (Recuadro 1-1).

MTODOS DE IDENTIFICACIN
Se utiliza una variedad amplia de mtodos y criterios para
establecer la identidad de un microorganismo. Estos
mtodos por lo comn pueden separarse en dos categoras generales: caractersticas genotpicas y caractersticas fenotpicas. Las caractersticas genotpicas se relacionan con la composicin gentica del microorganismo,
lo que incluye la naturaleza de sus genes y los cidos
nucleicos constitutivos (en el captulo 2 puede hallarse
ms informacin sobre gentica microbiana). Las caractersticas fenotpicas se basan en rasgos que exceden el
nivel gentico e incluyen los que se observan con facilidad y otros cuya deteccin puede requerir procedimientos analticos extensos. Los ejemplos de las caractersticas utilizadas como criterios para la identificacin y la
clasificacin bacteriana se muestran en el Cuadro 1-1. En
la taxonoma microbiana moderna por lo general se utiliza una combinacin de varios mtodos para que el microorganismo sea caracterizado de la forma ms completa
posible y su clasificacin y la asignacin de su nombre se
lleven a cabo de la forma ms apropiada.
Si bien los criterios y los ejemplos que se mencionan
en el cuadro 1-1 estn en el contexto de la identificacin
microbiana con propsitos de clasificacin, los principios
y las prcticas de clasificacin guardan un paralelismo
exacto con los enfoques utilizados en microbiologa diagnstica para la identificacin y la caracterizacin de los
microorganismos encontrados en el contexto clnico.
Felizmente, debido a los esfuerzos y los logros previos de
los taxonomistas, para identificar agentes infecciosos los
microbilogos no tienen que utilizar varios esquemas de
clasificacin e identificacin laboriosos. En lugar de eso
extraen las caractersticas importantes del microorganismo en las que basan sus mtodos de identificacin para
poder identificarlo de manera oportuna y til desde el
punto de vista clnico (vase cap. 14). En cierto sentido la
microbiologa diagnstica utiliza versiones simplificadas

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Parte I MICROBIOLOGA MDICA BSICA

Cuadro 1-1 Criterios de identificacin y caractersticas para la clasificacin microbiana

Ejemplos de criterios fenotpicos

Principios

Morfologa macroscpica

Caractersticas de los patrones de crecimiento microbianos en los medios de cultivo artificiales

como se observan cuando se inspeccionan a simple vista. Los ejemplos de estas caractersticas
incluyen el tamao, la textura y la pigmentacin de las colonias bacterianas

Morfologa microscpica

Tamao, forma, inclusiones intracelulares, apndices celulares y disposicin de las clulas cuando
se las observa con la ayuda del microscopio

Caractersticas de tincin

Capacidad del microorganismo para reproducir un color particular con la aplicacin de colorantes
y reactivos especficos. La tincin por lo comn se utiliza junto con la morfologa microscpica
como parte del proceso de identificacin bacteriana. Por ejemplo, la tincin de Gram para las
bacterias es un criterio fundamental para la identificacin

Requerimientos ambientales

Capacidad de un microorganismo para crecer a diferentes temperaturas, en presencia de oxgeno y

otros gases, a diversos niveles de pH o en presencia de otros iones y sales como NaCl

Requerimientos nutricionales

Capacidad de un microorganismo de utilizar varias fuentes de carbono y nitrgeno como sustratos

nutritivos cuando crece en condiciones ambientales especficas

Perfiles de resistencia

Exhibicin por parte de ciertos microorganismos de una resistencia inherente caracterstica a antibiticos especficos, metales pesados o toxinas

Propiedades antignicas

Determinar los perfiles de los microorganismos con varios mtodos serolgicos e inmunolgicos
tiles para establecer la relacin entre diversos grupos microbianos

Propiedades subcelulares

Establecimiento de los constituyentes moleculares de la clula que son tpicos de un taxn (o grupo particular de microorganismos) con diversos mtodos analticos. Por ejemplo, componentes de la pared
celular, componentes de la membrana celular y contenido enzimtico de la clula microbiana

Ejemplos de criterios genotpicos

Principios

Relacin de la composicin de
bases del DNA

El DNA est constituido por cuatro bases (guanina, citosina, adenina y timina). El grado en que el DNA
de dos microorganismos est compuesto por citosina y guanina (es decir, contenido de G + C) en
relacin con su contenido total de bases puede utilizarse como indicador de la relacin o falta de
relacin. Por ejemplo, un microorganismo con un contenido de G + C del 50% no se relacionar
estrechamente con un microorganismo cuyo contenido de G + C sea del 25%

Anlisis de la secuencia de
bases de los cidos
nucleicos (DNA y RNA)

El orden de las bases a lo largo de una cadena de DNA o RNA se conoce como secuencia de bases
y el grado de semejanza (homologa) de las secuencias entre dos microorganismos puede determinarse en forma directa o indirecta con diversos mtodos moleculares. El grado de similitud de
las secuencias puede ser una medida del grado de relacin entre los microorganismos

de los mtodos fenotpicos y genotpicos empleados por

los taxonomistas para identificar los microorganismos.
Esto no significa que la identificacin de todos los microorganismos de importancia en clnica sea fcil y directa
ni tampoco que los microbilogos slo puedan identificar
y reconocer microorganismos ya caracterizados y con
nombres asignados por los taxonomistas. De hecho, es
bien sabido que el laboratorio de microbiologa clnica es
el lugar en el que se detectan por primera vez agentes
infecciosos desconocidos o no caracterizados y que, por
ende, tiene una responsabilidad creciente como centinela
para investigar la etiologa de las enfermedades infecciosas emergentes.

LECTURAS ADICIONALES
Balows A, Turper HG, Dworkin M, et al, editors: The prokaryotes: a handbook on the biology of bacteria: ecophysiology,
isolation, identification, applications, vols 1-4, New York,
1992, Springer Verlag.
Brock TD et al, editors: Biology of microorganisms, Englewood
Cliffs, NJ, 1994, Prentice Hall.
Krieg NR, Holt JG, editors: Bergeys manual of systematic bacteriology, vol 1, Baltimore, 1984, Williams & Wilkins.
Garrity GM, editor: Bergeys manual of systematic bacteriology, ed 2, New York, 2005, Springer.

Bailey & Scott. Diagnstico Microbiolgico 2009. Editorial Mdica Panamericana