DROGAS QUE INTERACTAN CON EL DNA

Otro receptor con el que las drogas interactan es el DNA.

DNA: polinucletido que transporta la informacin gentica en las
clulas.
Este receptor es vital para el funcionamiento de los organismos vivos
las drogas que interactan con DNA sin muy txicas para las
clulas normales.

DROGAS

ANTICANCER

ANTIVIRALES

CLULAS CANCEROSAS

Adiferencia de las clulas

normales sufren una
rpida, anormal y
descontrolada divisin
celular o mitosis
==> necesitan DNA o
precursores. Ej.:
Leucemia, Linfoma

Tumores slidos : son los ms comunes,

tienen una pequea proporcin de clulas de
divisin rpida ==> las drogas que interactan
con DNA son menos eficaces

TOXICIDAD: es observada en aquellas partes del cuerpo donde hay

una rpida divisin celular: tracto gastrointestinal, mucosa, mdula
sea (MO) y cabello.

ESTRUCTURA Y PROPIEDADES DEL DNA

El modelo de Watson y Crack (1953) fue la culminacin del trabajo de

varios cientficos a lo largo de aos.
Chargaff (1952):

A
G = 1 SIEMPRE, SIN IMPORTAR LA
y
T
C
COMPOSICIN DE BASES DEL DNA

Todd (1953) : 4-desoxirribonucletidos conteniendo dos bases

pricas (Adenina y Guanina) y dos bases
pirimidnicas (Citosina y Timina) se unen por enlaces del grupo 5
fosfato de un nucletido al 3 OH del nucletido adyacente para
formar enlaces fosfodister 3,5 .

 Los primeros Rayos X del DNA fibroso mostraron una fuerte

reflexin meridional a 3.4 de distancia sugiriendo que las
bases estn apiladas unas sobre otras (1947).
Gulland (1947) concluy por mtodos electrotitrimtricos que
las bases de nucletidos estn unidas por puentes de H.
Wilkins concluy por Rayos X que el DNA es una molcula
helicoidal capaz de adoptar una variedad de conformaciones.
Watson y Crick recolectaron estos datos y propusieron que hay pares
de bases unidos especficamente por puentes H:
AT y GC que explican los resultados anteriormente observados.

Estos pares de bases estn apilados a 3.4 de distancia.

Adems, la rotacin a la derecha de estos pares de bases adyacentes
a aproximadamente 36 forma una doble hlice con 10 pares de
bases por turno.
En la doble hlice, las bases estn dispuestas a lo largo del eje de la
hlice, con los esqueletos azcar-fosfato serpenteando en una
orientacin antiparalela hacia la periferia.

Los dos enlaces glicosdicos que conectan los pares de bases a los
anillos azcar, no estn directamente opuestos unos a otros, por lo
que los enlaces azcar-fosfato de la doble hlice no estn
idnticamente espaciados a lo largo del eje de la hlice.
Como resultado de esto, los surcos que se forman entre los
esqueletos no son de la misma medida.
Mayor Groove: es el surco ms grande
Minor Groove: es el ms pequeo

TAUTOMERIZACIN
La tautomerizacin de las bases depende de la constante dielctrica del
medio y del pKa de los respectivos heterotomos .
Un cambio en la tautomerizacin podra tener consecuencias desastrosas
debido a que los puentes H se ven afectados.
Formas ms estables:
AyC forma amino
GyC forma ceto

FORMAS DEL DNA

El DNA existe en una gran variedad de tamaos y formas.
Tamao: de micrometros a varios centmetros.
En clulas somticas humanas, cada uno de los 46 cromosomas tiene
una sola molcula de DNA doble hlice de 4 cm de largo. Entonces si
ponemos en fila los 46 cromosomas mediran alrededor de 2 metros de
largo!
Cmo pueden empaquetarse en el ncleo que mide slo 0.5 m de
dimetro?
Con la ayuda de Histonas: protenas pequeas y bsicas que por
interacciones electrostticas pliegan al DNA en una forma compacta y
ordenada llamada Cromatina.

DNA

Monocatenario
Bicatenario
Tricatenario

Las molculas de DNA se retuercen alrededor de s mismas y se

enrollan.

DNA

Superenrollado: > energa

Desenrollado: < energa

Si se corta una de las cadenas del DNA superenrollado ste se

convierte en relajado.

TOPOSIOMERASAS

Son Enzimas nucleares que catalizan la conversin de la forma

superenrrollado de DNA en la forma relajada.
Estas enzimas resuelven los problemas topolgicos del DNA como:
plegamiento, desplegamiento, encadenado, desencadenado, anudado y
desanudado que normalmente se producen durante la: replicacin,
transcripcin, recombinacin y otros procesos .
TOPOLOGA: estudio de las propiedades de las figuras con
independencia del tamao y forma. Las distintas formas de una figura
dibujada en una superficie elstica estirada y comprimida son
equivalentes en Topologa.

DNA TOPOISOMERASA I
Cataliza la ruptura transitoria de DNA bicatenario y permite que la
cadena sana pase a travs de la cadena unida a la enzima, resultando
as en la relajacin del DNA.

DNA TOPOISOMERASA II
(en el caso de las bacterias se llama DNA girasa) cataliza la ruptura
de ambas cadenas de DNA y luego la unin de los extremos
separados.

El mecanismo de ruptura de la cadena de DNA es similar para

Topoisomerasa I y Topoisomerasa II
Interviene un grupo tirosilo de la enzima.

CONFORMACIONES DEL DNA

DNA: Tiene 3 conformaciones helicoidales
A: giro a la derecha
B: giro a la izquierda
Z: giro a la izquierda
Cada conformacin involucra una doble hlice formada por dos
cadenas de polinucletidos antiparalelas con sus bases apareadas
por puentes de H de Watson y Crack, pero las formas de las hlices
son diferentes.

Las formas A y B difieren en las distancias requeridas para hacer un

giro completo, de manera que los azcares se tuercen o inclinan en el
ngulo de inclinacin de los pares de bases respecto del eje de la hlice
y difieren del espacio entre los surcos.
La forma predominante es la B, pero en algunos ambientes ricos en
agua predomina la A.

DNA A: Nucletidos confinados mas apretadamente, 11 nucletidos por

vuelta ( mas corto que B).

DNA B: 10 nucletidos por vuelta

DNA Z: 12 pares de bases por vuelta y giro a la izquierda.

CLASES DE DROGAS QUE INTERACCAN CON EL DNA

En general, hay tres clases de drogas que tienen importancia clnica:

- INTERCALADORES: se insertan entre los pares de bases de la

doble hlice.
- ALQUILANTES: reaccionan covalentemente con las bases del DNA
- STRAND BREAKERS (drogas que rompen el DNA): generan
radicales reactivos que producen la ruptura de las cadenas de
polinucletidos.

La droga ideal, para interactuar con DNA sera una molcula nopeptdica (que pueda difundir a travs de las membranas sin ser
degradadas por peptidasas) que est dirigida a una determinada
secuencia y tamao del sitio del DNA.
Sin embargo, las protenas son las nicas drogas capaces de
reconocer sin ambigedades, una secuencia de DNA.

INTERCALADORES:
Mecanismo de Accin
Molculas planas, aromticas o heteroaromticas se unen al DNA
insertndose (intercalndose) y apilndose entre los pares de bases
de la doble hlice.
Intercalacin: interaccin no-covalente en la cual la droga es
sostenida rgida y perpendicularmente al eje de la hlice haciendo
que los pares de bases se separen verticalmente distorsionando el
esqueleto azcar-fosfato.
La intercalacin es un proceso energticamente favorable.

Fuerzas que intevienen:

Van der Waals
Hidrofbicas
Preferencia:
Entre pirimidinas-3-5-purinas mas que entre 3 purinas-5pirimidinas.
La intercalacin interfiere fundamentalmente con la accin de las
DNA-topoisomerasas que alteran el grado de enrollamiento del DNA y
de las DNA polimerasas que catalizan la elongacin del DNA y
corrigen errores.

DNA-Topoisomerasa I
Es el blanco para el agente antitumoral Camptotecina

DNA-Topoisomerasa II
Es el blanco para una variada clase de drogas antitumorales:
antraciclinas, antracenodionas, acridinas, actinomicinas y elipticinas.
Hasta ahora el mecanismo postulado implica que la droga que causa
dao en el DNA inducido por Toposiomerasa interfiere con la reaccin
de ruptura unin.
Es el blanco para una variada clase de drogas antitumorales:
antraciclinas, antracenodionas, acridinas, actinomicinas y elipticinas.
Hasta ahora el mecanismo postulado implica que la droga que causa
dao en el DNA inducido por Toposiomerasa interfiere con la reaccin
de ruptura unin.

Ejemplos de Intercaladores de DNA

Acridinas

Actinomicinas

Antraciclinas

A) Acridinas: AMSACRINA
Acridinas, productos secundarios de los colorantes de anilina;
usados en el siglo XIX contra Malaria.
En los aos 60-70 se prepararon varios anlogos de la 9anilinoacridina para probar su actividad antitumoral.
Se pens que era necesario colocar un grupo dador de electrones en
el anillo anilino. Se seleccion un grupo sulfonamido, que sera
parcialmente aninico a pH fisiolgico, en el que R=H y R= NHSO2Me

Mecanismo de accin:
Se intercala entre las bases del DNA, el anillo anilino se dispone en
ngulo recto al plano de la Acridina en el surco menor e interacta con
una protena reguladora del DNA.
La Amsacrina carece de un amplio espectro de accin debido a su baja
solubilidad en agua.
Se pens que el pKa relativamente alto del compuesto (8.02 para el
nitrgeno de la Acridina) era importante para limitar su distribucin in
vivo por lo que se disearon anlogos con mejor solubilidad y mayor
capacidad de unin al DNA pero con pKa mas bajo.

Este compuesto tiene una actividad antileucmica superior a la

Amsacrina y un mayor espectro de accin.

B) Actinomycin D o Dactinomycin: es un derivado de Actinomycin

Actinomycin D

Actinomycin D (Dactinomycin) fue el 1 antibitico cromopptido

aislado de una cepa de Streptomyces.

Actinomycin

Mecanismo de Accin
Se une al DNA bicatenario y, dependiendo de la concentracin, inhibe la
sntesis del DNA-dirigida por RNA. La iniciacin de la cadena de RNA no
est impedida, pero s la elongacin.
El cromforo Fenoxazona se intercala entre las bases del DNA.

Y el sustituyente peptdico cclico establece enlaces de H e

interacciones hidrofbicas fuertes con el DNA.
La unin depende de la presencia de Guanina, el grupo 2-amino de la
Guanina es importante en la formacin de un complejo Droga-DNA.
Las fuerzas de stacking son las responsables primarias del
reconocimiento y unin de una base Guanina a la Actinomycin.

Los sustituyentes peptdicos que se ubican en el surco menor bloquean

la progresin de la RNA polimerasa a lo largo del DNA.

C) DoxorubIcin y DaunorubyIcin: Antraciclinas.

Los ATB antitumorales DoxorubIcin y DaunorubIcin se aislan de
diferentes especies de Streptomyces.

A pesar de que slo difieren estructuralmente en un OH, tienen grandes

diferencias en su actividad antitumoral.
DOXORUBICIN: Activo contra leucemia y amplia variedad de tumores
slidos.
DAUNORUBICINA: slo activo contra leucemia.
Mecanismo de accin: actinomicina

Hay una controversia sobre si el mecanismo de accin de estas drogas

actinomicines intercalacin o rotura de las cadenas de DNA. La mayora
de la droga se encuentra en el ncleo donde se intercala con el DNA
doble hlice y forma un complejo ternario DROGA-DNA-Topoisomerasa
II inhibiendo la replicacin-transcripcin.
ALQUILANTES DEL DNA
La diferencia entre los alquilantes e intercaladores del DNA es que; los
intercaladores se unen al DNA por interacciones no covalentes
(reversibles)

los

alquilantes

por

interacciones

covalentes

(irreversibles).
Un agente alquilante biolgico es segn Ross, un compuesto que puede
reemplazar un hidrgeno por un grupo alquilo en condiciones
fisiolgicas (pH 7.4, 37C, medio acuoso). Estas alquilaciones son
descriptas en trminos de reacciones de sustitucin de N,O y S de
nuclefilos heteroatmicos con agentes alquilantes electroflicos.
Las dos formas de sustitucin electroflica mas comn son:
-SN1 cursa en dos etapas con formacin un in carbenio intermediario.
-SN2 reaccin concertada.

Las cinco clases de Agentes Alquilantes mas usados en quimioterapias

anticncer son:
Mostazas Nitrogenadas
Etileniminas
steres de cidos metanosulfnicos
Nitrosoureas
Triazenos
1.- Mostazas Nitrogenadas:
La mostaza de azufre, se us como gas txico en las dos guerras
mundiales. Los soldados muertos tenan leucopenia, disolucin del
tejido linfoide y ulceracin del tracto gastrointestinal, por lo que se
pens que actuaba sobre las clulas de divisin rpida.

Como las mostazas de azufre eran muy txicas, se examinaron las

mostazas de N, menos reactivas como agentes alquilantes.
Para el DNA, los sitios nucleoflicos ms reactivos son:
N-7 de Guanina > N-3 de Adenina > N-1 Adenina> N-1 Citosina

Numeracin :

Purinas (A y G)

Pirimidinas (CyT))

Las mostazas Nitrogenadas tienen un nuclefilo capaz de asistir la

reaccin asistencia anquimrica

En el caso de las mostazas nitrogenadas, que son agentes alquilantes

bifuncionales, el DNA sufre cross linking inter e intracatenario.
Los compuestos capaces de generar cross link con el DNA son muchos
mas efectivos que los alquilantes simples.
El prototipo de mostaza nitrogenada es la Mechloretamina

Usado en el tratamiento de Linfoma de Hodgkin.

Es un agente alquilante bifuncional que reacciona con el N-7 de dos

Guaninas diferentes en el DNA por el mecanismo antes por el
mecanismo antes mencionado.

La formacin del in amonio en N-7 hace a la Guanina mas acdica y

desplaza el equilibrio a su forma tautmera que impide el apareamiento
normal con Citosina.

Adems de la formacin del cross link entre cadenas, es posible que el

segundo cloroetilo de la mostaza nitrogenada reaccione con un amino
tiol de una protena resultando un cross link: DNA-Protena.
Ambas reacciones explicaran los efectos citotxicos y mutagnicos.
La Mechloretamina es inestable a la hidrlisis por lo que se busc un
anlogo ms estable.
Sustituyendo el grupo metilo por un grupo atractor de electrones como
un sustituyente arilo, hace al nitrgeno menos reactivo.
Los sustituyentes arilo simples no eran suficientemente solubles en
agua por lo que se les agreg un carboxilato:

Pero este compuesto es demasiado estable y no muy activo.

Se trat entonces de atenuar el efecto atractor de electrones del
carboxilato separndolo del fenilo con metilenos:

Es un buen antitumoral.
Es un buen antitumoral.

Como la L-fenillalanina es precursor de la Melanina, haciendo una

mostaza nitrogenada que tuviera L-fenilalanina probablemente se
acumulara en los melanomas. Desafortunadamente no result activo
para melanomas pero si para Mielomas.

2.- Etileniminas:
Son una extensin de las Mostazas Nitrogenadas.
Las Etileniminas protonadas son muy reactivas (son iones aziridinio) y
no seran drogas efectivas, cuando se le agregan grupos atractores de
electrones, el pKa del nitrgeno baja hasta un punto en el que la
aziridina no est protonada a pH fisiolgico y son mucho menos
reactivas.
Se requieren dos grupos etilenimino por molcula para que haya
actividad antitumoral.

3- Metanosulfonatos:
El grupo metanosulfonato es un excelente grupo saliente. El mas
importante de los compuestos de esta clase de de drogas anticncer es
el bifuncional: Busulfan (n=4).
Compuestos con n=1 a 8 tienen actividad, pero la mxima es con n=4.
Alquila la posicin N-7 de la Guanina y forma cross-links.

4.- N-Nitrosoureas:

Son compuestos lipoflicos, atraviesan la barrera Hemato-Enceflica por

lo que se usan para tumores cerebrales.

Mecanismo de accin:

El compuesto 6.39 es un in metildiazonio que es un metilante

poderoso, mientras que 6.40 es cido isocinico que es un agente
carbamoilante. Se demostr que los productos alquilantes, no los
carbamoilantes son los responsables de la actividad anticncer.

Para demostrar que el agente metilante es el metildiazonio y no el

diazometano, se realiz un estudio que demuestra que, en condiciones
fisiolgicas, 1-deuteriotrimetil-3-nitro-1-nitrosoguanidina 6.41 alquila
nuclefilos con el grupo trideuteriometilo intacto, y si el diazometano
hubiera

sido

el

agente

alquilante,

hubieran

resultado

grupos

dideuteriometilo .

Los anlogos 2-cloroetil sustitudos reaccionan con el DNA para formar

un cross link entre cadenas (Guanina de una cadena y Citosina de otra)

STRAND BREAKERS (drogas que rompen el DNA)

Este tipo de drogas se intercalan primero con el DNA bajo ciertas
condiciones y luego reaccionan para generar radicales que reaccionan
y cortan el DNA.
1-Antraciclinas: Doxo y Daunorubicina
Son intercaladotes y tambin causan ruptura del DNA dependiente de
oxgeno:

6.67 es un radical SEMIQUINONA.

Si X=H :DAUNORUBICINA
Si X=OH: DOXORUBICINA

Ambos, el Hidroxirradical (OH ) y el radical 6.67 pueden romper el DNA.

Hay otro mecanismo, que depende de Fe +++

2.- Bleomycin (BLM)

Bleomicina es una mezcla de varios antibiticos glipcopeptdicos
asilados de Streptomyces verticillus cuyo mayor componente es la
Bleomycin A2 (6.71).

La porcin pirimidina, B-aminoalanina y B hidroxi imidazol forman un

complejo estable con Fe II que interacta con oxgeno para dar el
complejo ternario 6.72 que es el responsable de la ruptura del DNA por
formacin de radicales.

3.- Antibiticos Enediyno

Tienen un rasgo estructural comn: anillo macrocclico que contiene al
menos un doble enlace y dos triples enlaces.
En un primer momento se intercalan en el DNA y luego generan
radicales y rompen el DNA.

Especies activas:
Para Calichemicinas y Esperamicinas:

Para Dinemicina A por RSH , NADPH o nuclefilo

Para Neocarzinostatina por RSH: