UNIVERSIDAD COLEGIO MAYOR DE

NUESTRA SEORA DEL ROSARIO

FACULTAD DE CIENCIAS NATURALES Y
MATEMTICAS
PROGRAMA DE REFUERZO ACADMICO

20 de Agosto de 2015
BIOINFORMTICA BSICA
TALLER 3. Bases de datos biolgicas

1. NCBI Education
1.1. Ingrese a la pgina principal del NCBI y de click sobre el hipervnculo Education o
ingrese a http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/.
1.2. Explore las diferentes herramientas que aparecen disponibles en esa pgina.

1.3. Abra el hipervnculo que lo lleva a la pgina de las herramientas educativas

(Educational Tools) y seleccione el explorador de aminocidos (Amino Acid Explorer).

1.4. Explore la pgina y comente brevemente para qu cree usted que puede serle til una
pgina como sta?
Para buscar determinadas propiedades, estructura, sustitutos, interacciones, expresin,
visualizacin en 3D del amino cido requerido.

2. NCBI Bookshelf

2.1. Ingrese a la pgina del NCBI que le permite buscar informacin en libros relacionados
con medicina (Bookshelf) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/

2.2. Busque dos libros que le sean de ayuda durante este semestre en cualquiera de las
2.3. asignaturas que est cursando. Adjunte el ttulo de los libros en el documento a
entregar.
Molecular Biology of the Cell. 4th edition. - Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al.
Molecular Cell Biology. 4th edition. - Lodish H, Berk A, Zipursky SL, et al.

3. Secuencias tipo FASTA

3.1. Busque en internet, qu es el formato FASTA?
El formato FASTA es el formato ms comn de secuencia de ADN, ARN y Protenas. Es un
formato de solo texto (se puede escribir o leer en un bloc de notas). Hay unas lneas de
descripcin y unas lneas donde esta nuestra secuencia. La secuencia mxima de las lneas del
formato FASTA es de 80 caracteres de longitud, es decir que cuando llegamos a 80 se empieza
una nueva lnea.
3.2. A qu tipo de molculas corresponden cada una de las letras de las siguientes
secuencias?
3.2.1. ATGGTGCATCTGACTCCTGAG
Nucletidos
3.2.2. MVHLTPEEKS
Aminocidos

4. Informacin acerca de un gen

4.1. Ingrese a la pgina principal del NCBI y, activando la opcin Gene en la pestaa de
opciones, realice una bsqueda del gen para la cadena beta de la hemoglobina (beta
hemoglobin) de humano.

4.2. Cul es el smbolo oficial de este gen?

HBB
4.3. Qu otros nombres alternativos recibe este gen?
hemoglobin, beta, CD113t-C; beta-globin
4.4. Haga un breve resumen de este gen segn la informacin presentada en la pgina
Hemoglobin, beta (HBB) o tambin conocido como CD113t-C; beta-globin que est pertenece
en el organismo (Homo Sapiens), pertenece al linaje y (Eukaryota; Metazoa; Chordata;
Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates;
Haplorrhini; Catarrhini; Hominidae; Homo). La beta globin mutante produce anemia. La
ausencia de la cadena beta causa beta-zero-thalassemia. Reducidas cantidades detectadas de
beta globin causa beta-plus-thalassmia.
5. Descargas de secuencias de nucletidos
5.1. Ingrese a la pgina principal del NCBI, y activando la opcin Nucleotide en la pestaa
de opciones realice una bsqueda del gen para la cadena beta de la hemoglobina
(HBB)
5.1.1. Cuntos resultados genera la bsqueda?
Genera (2837) resultados.
5.1.2. Active los filtros en la parte derecha que corresponden a Refseq (secuencias de
referencia o validadas) y Homo sapiens (humanos). Cuntos resultados genera
ahora la bsqueda?
Genera (16) resultados.

5.1.3. Ingrese al archivo FASTA de ARN mensajero (mRNA) de la hemoglobina beta de

humano, copie y pegue en el documento adjunto la secuencia de nucletidos.

5.1.4. Cuntas pares de bases tiene el ARNm?

Hay (626 bp)
5.1.5. Complemente: NM_ 000518.4
6. Descargas de secuencias de protenas
6.1. Ingrese a la pgina principal del NCBI, y activando la opcin Protein en la pestaa de
opciones realice una bsqueda de la protena beta de la hemoglobina (HBB)
6.1.1. Cuntos resultados genera la bsqueda?
Genera (2490) resultados.
6.1.2. Active los filtros en la parte derecha que corresponden a Refseq (secuencias de
referencia o validadas) y Homo sapiens (humanos). Cuntos resultados genera
ahora la bsqueda.
Genera (3) resultados.

6.1.3. Ingrese al archivo FASTA de protena de la hemoglobina beta de humano, copie

y pegue en el documento adjunto la secuencia d/e aminocidos.

6.1.4. Cuntos aminocidos tiene la protena?

Tiene (147 aa)
6.1.5. Complemente segn la secuencia descargada: NP_000509.1

7. Bsqueda por nmero de acceso

7.1. En la pgina principal del NCBI, realice una bsqueda de la protena con el nmero de
acceso NP_001092.1

7.2. A qu protena corresponde el nmero de acceso?, a cul especie corresponde?

actin, cytoplasmic 1 [Homo sapiens]

7.3. Ingrese al archivo FASTA de protena copie y pegue en el documento adjunto la
secuencia de nucletidos.

7.4. Complemente:
7.4.1. NG__:007992.1
7.4.2. NM__:001101.3
7.4.3. NP__:001092.1
7.5. Qu utilidad tiene este sistema de codificacin?
Supongo que es una forma de clasificacin y referencia, para ubicar determinadas protenas de
forma rpida y eficiente para ser usada en trabajos acadmicos o determinado grupo estudio.
8. Descarga de secuencias
8.1. Realice una bsqueda de la secuencia de ARNm para la colgeno tipo VI alfa 1
(COL6A1) en humanos
8.1.1. Cul es el nmero de acceso?
NM_001848.2
8.1.2. Cuntos nucletidos tiene la secuencia?
Tiene (4,246 bp)

8.1.3. Adjunte la secuencia en formato FASTA

9. Escriba un documento reflexivo de al menos 250 palabras que contenga como se ha

sentido esta semana, cmo se sinti en clase y qu aprendi hoy.
Enve el documento a travs de la plataforma Moodle, las 8 primeras preguntas a la actividad
Taller 3 Bioinformtica: Bases de datos biolgicas y la ltima pregunta a la actividad 3.
Documento reflexivo.

Probablemente todos los seres orgnicos que hayan vivido nunca sobre esta tierra han descendido de
alguna nica forma primordial, a la que se infundi vida por primera vez... Esta opinin sobre el origen de
la vida tiene su grandeza... porque mientras este planeta ha ido dando vueltas de acuerdo con la ley fija
de la gravedad, a partir de un inicio tan sencillo han evolucionado y siguen evolucionando formas sin fin,
las ms bellas y las ms maravillosas.
Charles Darwin, 18591

1 El origen de las especies, Charles Darwin, 1859.