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Enzima

Estructura de la triosa fosfato isomerasa. Conformacin en forma de


diagrama de cintas rodeado por el modelo de relleno de espacio de la
protena. Esta protena es una eficiente enzima involucrada en el proceso de
transformacin de azcares en energa en las clulas.
Las enzimas son molculas de naturaleza proteica que catalizan reacciones
qumicas, siempre que sean termodinmicamente posibles: una enzima
hace que una reaccin qumica que es energticamente posible (ver Energa
libre de Gibbs), pero que transcurre a una velocidad muy baja, sea
cinticamente favorable, es decir, transcurra a mayor velocidad que sin la
presencia de la enzima. En estas reacciones, las enzimas actan sobre unas
molculas denominadas sustratos, las cuales se convierten en molculas
diferentes denominadas productos. Casi todos los procesos en las clulas
necesitan enzimas para que ocurran a unas tasas significativas. A las
reacciones mediadas por enzimas se las denomina reacciones enzimticas.
Debido a que las enzimas son extremadamente selectivas con sus sustratos
y su velocidad crece slo con algunas reacciones, el conjunto (set) de
enzimas sintetizadas en una clula determina el tipo de metabolismo que
tendr cada clula. A su vez, esta sntesis depende de la regulacin de la
expresin gnica.
Como todos los catalizadores, las enzimas funcionan disminuyendo la
energa de activacin (G) de una reaccin, de forma que se acelera
sustancialmente la tasa de reaccin. Las enzimas no alteran el balance
energtico de las reacciones en que intervienen, ni modifican, por lo tanto,
el equilibrio de la reaccin, pero consiguen acelerar el proceso incluso
millones de veces. Una reaccin que se produce bajo el control de una
enzima, o de un catalizador en general, alcanza el equilibrio mucho ms
deprisa que la correspondiente reaccin no catalizada.
Al igual que ocurre con otros catalizadores, las enzimas no son consumidas
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por las reacciones que catalizan, ni alteran su equilibrio qumico. Sin


embargo, las enzimas difieren de otros catalizadores por ser ms
especficas. Las enzimas catalizan alrededor de 4.000 reacciones
bioqumicas distintas. No todos los catalizadores bioqumicos son protenas,
pues algunas molculas de ARN son capaces de catalizar reacciones (como
la subunidad 16S de los ribosomas en la que reside la actividad peptidil
transferasa). Tambin cabe nombrar unas molculas sintticas denominadas
enzimas artificiales capaces de catalizar reacciones qumicas como las
enzimas clsicas.
La actividad de las enzimas puede ser afectada por otras molculas. Los
inhibidores enzimticos son molculas que disminuyen o impiden la
actividad de las enzimas, mientras que los activadores son molculas que
incrementan dicha actividad. Asimismo, gran cantidad de enzimas requieren
de cofactores para su actividad. Muchas drogas o frmacos son molculas
inhibidoras. Igualmente, la actividad es afectada por la temperatura, el pH,
la concentracin de la propia enzima y del sustrato, y otros factores fsicoqumicos.
Algunas enzimas son usadas comercialmente, por ejemplo, en la sntesis de
antibiticos y productos domsticos de limpieza. Adems, son ampliamente
utilizadas en diversos procesos industriales, como son la fabricacin de
alimentos, des tincin de jeans o produccin de biocombustibles.

Etimologa e historia
Desde finales del siglo XVIII y principios del siglo XIX, se conoca la
digestin de la carne por las secreciones del estmago y la conversin del
almidn en azcar por los extractos de plantas y la saliva. Sin embargo, no
haba sido identificado el mecanismo subyacente.
En el siglo XIX, cuando se estaba estudiando la fermentacin del azcar en
el alcohol con levaduras, Louis Pasteur lleg a la conclusin de que esta
fermentacin era catalizada por una fuerza vital contenida en las clulas de
la levadura, llamadas fermentos, e inicialmente se pens que solo
funcionaban con organismos vivos. Escribi que "la fermentacin del alcohol
es un acto relacionado con la vida y la organizacin de las clulas de las
levaduras, y no con la muerte y la putrefaccin de las clulas" Por el
contrario, otros cientficos de la poca como Justus von Liebig, se
mantuvieron en la posicin que defenda el carcter puramente qumico de
la reaccin de fermentacin.
En 1878 el fisilogo Wilhelm Khne (18371900) acu el trmino enzima,
que viene del

griego "en levadura", para describir este

proceso. La palabra enzima fue usada despus para referirse a sustancias


inertes como la pepsina. Por otro lado, la palabra "fermento" sola referirse a
la actividad qumica producida por organismos vivientes.
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En 1897 Eduard Buchner comenz a estudiar la capacidad de los extractos


de levadura para fermentar azcar a pesar de la ausencia de clulas
vivientes de levadura. En una serie de experimentos en la Universidad
Humboldt de Berln, encontr que el azcar era fermentado inclusive
cuando no haba elementos vivos en los cultivos de clulas de levaduras
Llam a la enzima que causa la fermentacin de la sacarosa, zimasa En
1907 recibi el Premio Nobel de Qumica "por sus investigaciones
bioqumicas y el haber descubierto la fermentacin libre de clulas".
Siguiendo el ejemplo de Buchner, las enzimas son usualmente nombradas
de acuerdo a la reaccin que producen. Normalmente, el sufijo "-asa" es
agregado al nombre del sustrato (p. ej., la lactasa es la enzima que degrada
lactosa) o al tipo de reaccin (p. ej., la ADN polimerasa forma polmeros de
ADN).
Tras haber mostrado que las enzimas pueden funcionar fuera de una clula
viva, el prximo paso era determinar su naturaleza bioqumica. En muchos
de los trabajos iniciales se not que la actividad enzimtica estaba asociada
con protenas, pero algunos cientficos (como el premio Nobel Richard
Willsttter) argumentaban que las protenas eran simplemente el transporte
para las verdaderas enzimas y que las protenas per se no eran capaces de
realizar catlisis. Sin embargo, en 1926, James B. Sumner demostr que la
enzima ureasa era una protena pura y la cristaliz. Summer hizo lo mismo
con la enzima catalasa en 1937. La conclusin de que las protenas puras
podan ser enzimas fue definitivamente probada por John Howard Northrop y
Wendell Meredith Stanley, quienes trabajaron con diversas enzimas
digestivas como la pepsina (1930), la tripsina y la quimotripsina. Estos tres
cientficos recibieron el Premio Nobel de Qumica en 1946
El descubrimiento de que las enzimas podan ser cristalizadas permita que
sus estructuras fuesen resueltas mediante tcnicas de cristalografa y
difraccin de rayos X. Esto se llev a cabo en primer lugar con la lisozima,
una enzima encontrada en las lgrimas, la saliva y los huevos, capaces de
digerir la pared de algunas bacterias. La estructura fue resuelta por un
grupo liderado por David Chilton Phillips y publicada en 1965. Esta
estructura de alta resolucin de las lisozimas, marc el comienzo en el
campo de la biologa estructural y el esfuerzo por entender cmo las
enzimas trabajan en el orden molecular.
Estructuras y mecanismos

Diagrama de cintas que representa la estructura de una anhidrasa


carbnica de tipo II. La esfera gris representa al cofactor zinc situado en el
centro activo.
Las enzimas son generalmente protenas globulares que pueden presentar
tamaos muy variables, desde 62 aminocidos como en el caso del
monmero de la 4-oxalocrotonato tautomerasa, hasta los 2.500 presentes
en la sintasa de cidos grasos
Las actividades de las enzimas vienen determinadas por su estructura
tridimensional, la cual viene a su vez determinada por la secuencia de
aminocidos Sin embargo, aunque la estructura determina la funcin,
predecir una nueva actividad enzimtica basndose nicamente en la
estructura de una protena es muy difcil, y un problema an no resuelto
Casi todas las enzimas son mucho ms grandes que los sustratos sobre los
que actan, y solo una pequea parte de la enzima (alrededor de 3 a 4
aminocidos) est directamente involucrada en la catlisis. La regin que
contiene estos residuos encargados de catalizar la reaccin es denominada
centro activo. Las enzimas tambin pueden contener sitios con la capacidad
de unir cofactores, necesarios a veces en el proceso de catlisis, o de unir
pequeas molculas, como los sustratos o productos (directos o indirectos)
de la reaccin catalizada. Estas uniones de la enzima con sus propios
sustratos o productos pueden incrementar o disminuir la actividad
enzimtica, dando lugar as a una regulacin por retroalimentacin positiva
o negativa, segn el caso.
Al igual que las dems protenas, las enzimas se componen de una cadena
lineal de aminocidos que se pliegan durante el proceso de traduccin para
dar lugar a una estructura terciaria tridimensional de la enzima, susceptible
de presentar actividad. Cada secuencia de aminocidos es nica y por tanto
da lugar a una estructura nica, con propiedades nicas. En ocasiones,
protenas individuales pueden unirse a otras protenas para formar
complejos, en lo que se denomina estructura cuaternaria de las protenas.
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La mayora de las enzimas, al igual que el resto de las protenas, pueden ser
desnaturalizadas si se ven sometidas a agentes desnaturalizantes como el
calor, los pHs extremos o ciertos compuestos como el SDS. Estos agentes
destruyen la estructura terciaria de las protenas de forma reversible o
irreversible, dependiendo de la enzima y de la condicin.

Especificidad
Las enzimas suelen ser muy especficas tanto del tipo de reaccin que
catalizan como del sustrato involucrado en la reaccin. La forma, la carga y
las caractersticas hidroflicas/hidrofbicas de las enzimas y los sustratos
son los responsables de dicha especificidad. Las enzimas tambin pueden
mostrar un elevado grado de estereoespecificidad, regioselectividad y
quimioselectividad.
Algunas de estas enzimas que muestran una elevada especificidad y
precisin en su actividad son aquellas involucrados en la replicacin y
expresin del genoma. Estas enzimas tienen eficientes sistemas de
comprobacin y correccin de errores, como en el caso de la ADN
polimerasa, que cataliza una reaccin de replicacin en un primer paso,
para comprobar posteriormente si el producto obtenido es el correcto Este
proceso, que tiene lugar en dos pasos, da como resultado una media de
tasa de error increblemente baja, en torno a 1 error cada 100 millones de
reacciones en determinadas polimerasas de mamferos. Este tipo de
mecanismos de comprobacin tambin han sido observados en la ARN
polimerasa en la ARNt aminoacil sintetasa y en la actividad de seleccin de
los aminoacil-tRNAs.
Aquellas enzimas que producen metabolitos secundarios son denominadas
promiscuas, ya que pueden actuar sobre una gran variedad de sustratos.
Por ello, se ha sugerido que esta amplia especificidad de sustrato podra ser
clave en la evolucin y diseo de nuevas rutas biosintticas.

Modelo de la "llave-cerradura"
Las enzimas son muy especficas, como sugiri Emil Fischer en 1894. Con
base a sus resultados dedujo que ambas molculas, enzima y sustrato,
poseen complementariedad geomtrica, es decir, sus estructuras encajan
exactamente una en la otra por lo que ha sido denominado como modelo
de la "llave-cerradura", refirindose a la enzima como a una especie de
cerradura y al sustrato como a una llave que encaja de forma perfecta en
dicha cerradura. Sin embargo, si bien este modelo explica la especificidad
de las enzimas, falla al intentar explicar la estabilizacin del estado de
transicin que logran adquirir las enzimas.

Modelo del encaje inducido

Diagrama que esquematiza el modo de accin del modelo del encaje


inducido.
En 1958 Daniel Koshland sugiere una modificacin al modelo de la llavecerradura: las enzimas son estructuras bastante flexibles y as el sitio activo
podra cambiar su conformacin estructural por la interaccin con el
sustrato. Como resultado de ello, la cadena aminoacdica que compone el
sitio activo es moldeada en posiciones precisas, lo que permite a la enzima
llevar a cabo su funcin cataltica. En algunos casos, como en las
glicosidasas, el sustrato cambia ligeramente de forma para entrar en el sitio
activo. El sitio activo continua dicho cambio hasta que el sustrato est
completamente unido, momento en el cual queda determinada la forma y la
carga final.

Mecanismos
Las enzimas pueden actuar de diversas formas, aunque, como se ver a
continuacin, siempre dando lugar a una disminucin del valor de G :
Reduccin de la energa de activacin mediante la creacin de un ambiente
en el cual el estado de transicin es estabilizado (por ejemplo, forzando la
forma de un sustrato: la enzima produce un cambio de conformacin del
sustrato unido el cual pasa a un estado de transicin, de modo que ve
reducida la cantidad de energa que precisa para completar la transicin).
Reduciendo la energa del estado de transicin, sin afectar la forma del
sustrato, mediante la creacin de un ambiente con una distribucin de
carga ptima para que se genere dicho estado de transicin.
Proporcionando una ruta alternativa. Por ejemplo, reaccionando
temporalmente con el sustrato para formar un complejo intermedio
enzima/sustrato (ES), que no sera factible en ausencia de enzima.
Reduciendo la variacin de entropa necesaria para alcanzar el estado de
transicin (energa de activacin) de la reaccin mediante la accin de
orientar correctamente los sustratos, favoreciendo as que se produzca
dicha reaccin.
Incrementando la velocidad de la enzima mediante un aumento de
temperatura. El incremento de temperatura facilita la accin de la enzima y
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permite que se incremente su velocidad de reaccin. Sin embargo, si la


temperatura se eleva demasiado, la conformacin estructural de la enzima
puede verse afectada, reduciendo as su velocidad de reaccin, y slo
recuperando su actividad ptima cuando la temperatura se reduce. No
obstante, algunas enzimas son termolbiles y trabajan mejor a bajas
temperaturas.
Cabe destacar que este efecto entrpico implica la desestabilizacin del
estado basal, y su contribucin a la catlisis es relativamente pequea.

Estabilizacin del estado de transicin


La comprensin del origen de la reduccin del valor de G en una reaccin
enzimtica requiere elucidar previamente cmo las enzimas pueden
estabilizar su estado de transicin, ms que el estado de transicin de la
reaccin. Aparentemente, la forma ms efectiva para alcanzar la
estabilizacin es la utilizacin de fuerzas electrostticas, concretamente,
poseyendo un ambiente polar relativamente fijado que pueda orientarse
hacia la distribucin de carga del estado de transicin. Ese tipo de
ambientes no existen ni se generan en ausencia de enzimas

Dinmica y funcin
La dinmica interna de las enzimas est relacionada con sus mecanismos de
catlisis. La dinmica interna se define como el movimiento de diferentes
partes de la estructura de la enzima, desde residuos individuales de
aminocidos, hasta grupos de aminocidos o incluso un dominio proteico
entero. Estos movimientos se producen a diferentes escalas de tiempo
medido en segundos. Casi cualquier residuo de la estructura de la enzima
puede contribuir en el proceso de catlisis por medio de movimientos
dinmicos. Los movimientos de las protenas son vitales en muchas
enzimas. Dichos movimientos podrn ser ms o menos importantes segn si
los cambios conformacionales se producen por vibraciones pequeas y
rpidas o grandes y lentas, y dicha importancia depender del tipo de
reaccin que lleve a cabo la enzima. Sin embargo, aunque estos
movimientos son importantes en el proceso de unin y liberacin de
sustratos y productos, an no est claro si estos movimientos ayudan a
acelerar los pasos qumicos de las reacciones enzimticas. Estos nuevos
avances tambin tienen implicaciones en la comprensin de los efectos
alostricos y en el desarrollo de nuevos frmacos.

Modulacin alostrica

Transicin alostrica de una enzima entre los estados R y T, estabilizada por


un agonista, un inhibidor y un sustrato.
Los sitios alostricos son zonas de la enzima con capacidad de reconocer y
unir determinadas molculas en la clula. Las uniones a las que dan lugar
son dbiles y no covalentes, y generan un cambio en la conformacin
estructural de la enzima que repercute en el sitio activo, afectando as a la
velocidad de reaccin. Las interacciones alostricas pueden tanto inhibir
como activar enzimas, y son una forma muy comn de controlar las enzimas
en las clulas

Cofactores y coenzimas
Cofactores
Algunas enzimas no precisan ningn componente adicional para mostrar
una total actividad. Sin embargo, otras enzimas requieren la unin de
molculas no proteicas denominadas cofactores para poder ejercer su
actividad Los cofactores pueden ser compuestos inorgnicos, como los
iones metlicos y los complejos ferrosulfurosos, o compuestos orgnicos,
como la flavina o el grupo hemo. Los cofactores orgnicos pueden ser a su
vez grupos prostticos, que se unen fuertemente a la enzima, o coenzimas,
que son liberados del sitio activo de la enzima durante la reaccin. Las
coenzimas incluyen compuestos como el NADH, el NADPH y el adenosn
trifosfato. Estas molculas transfieren grupos funcionales entre enzimas.
Un ejemplo de una enzima que contiene un cofactor es la anhidrasa
carbnica, en la cual el zinc (cofactor) se mantiene unido al sitio activo,
Estas molculas suelen encontrarse unidas al sitio activo y estn implicadas
en la catlisis. Por ejemplo, la flavina y el grupo hemo suelen estar
implicados en reacciones redox.
Las enzimas que requieren un cofactor pero no lo tienen unido son
denominadas apoenzimas o apoprotenas. Una apoenzima junto con
cofactor(es) es denominada holoenzima (que es la forma activa). La mayora
de los cofactores no se unen covalentemente a sus enzimas, pero s lo
hacen fuertemente. Sin embargo, los grupos prostticos pueden estar
covalentemente unidos, como en el caso de la tiamina pirofosfato en la
enzima piruvato deshidrogenasa. El trmino "holoenzima" tambin puede
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ser aplicado a aquellas enzimas que contienen mltiples subunidades, como


en el caso de la ADN polimerasa, donde la holoenzima es el complejo con
todas las subunidades necesarias para llevar a cabo la actividad enzimtica.

Coenzimas

Modelo tridimensional de esferas de la coenzima NADH.


Las coenzimas son pequeas molculas orgnicas que transportan grupos
qumicos de una enzima a otra. Algunos de estos compuestos, como la
riboflavina, la tiamina y el cido flico son vitaminas (las cuales no pueden
ser sintetizados en cantidad suficiente por el cuerpo humano y deben ser
incorporados en la dieta). Los grupos qumicos intercambiados incluyen el
ion hidruro (H-) transportado por NAD o NADP+, el grupo fosfato
transportado por el ATP, el grupo acetilo transportado por la coenzima A, los
grupos formil, metenil o metil transportados por el cido flico y el grupo
metil transportado por la S-Adenosil metionina.
Debido a que las coenzimas sufren una modificacin qumica como
consecuencia de la actividad enzimtica, es til considerar a las coenzimas
como una clase especial de sustratos, o como segundos sustratos, que son
comunes a muchas enzimas diferentes. Por ejemplo, se conocen alrededor
de 700 enzimas que utilizan la coenzima NADH.
Las coenzimas suelen estar continuamente regenerndose y sus
concentraciones suelen mantenerse a unos niveles fijos en el interior de la
clula: por ejemplo, el NADPH es regenerado a travs de la ruta de las
pentosas fosfato y la S-Adenosil metionina por medio de la metionina
adenosiltransferasa. Esta regeneracin continua significa que incluso
pequeas cantidades de coenzimas son utilizadas intensivamente. Por
ejemplo, el cuerpo humano gasta su propio peso en ATP cada da.

Termodinmica

Grfica de las energas de las diferentes fases de una reaccin qumica. Los
sustratos precisan mucha energa para alcanzar el estado de transicin,
pero una vez alcanzado, se transforman en productos. La enzima estabiliza
el estado de transicin, reduciendo la energa necesaria para formar los
productos.
Al igual que sucede con todos los catalizadores, las enzimas no alteran el
equilibrio qumico de la reaccin. Generalmente, en presencia de una
enzima, la reaccin avanza en la misma direccin en la que lo hara en
ausencia de enzima, slo que ms rpido. Sin embargo, en ausencia de
enzima, podra producirse una reaccin espontnea que generara un
producto diferente debido a que en esas condiciones, dicho producto
diferente se forma ms rpidamente.
Adems, las enzimas pueden acoplar dos o ms reacciones, por lo que una
reaccin termodinmicamente favorable puede ser utilizada para favorecer
otra reaccin termodinmicamente desfavorable. Por ejemplo, la hidrlisis
de ATP suele ser utilizada para favorecer otras reacciones qumicas.
Las enzimas catalizan reacciones qumicas tanto en un sentido como en el
contrario. Nunca alteran el equilibrio, sino nicamente la velocidad a la que
es alcanzado. Por ejemplo, la anhidrasa carbnica cataliza su reaccin en
una u otra direccin dependiendo de la concentracin de los reactantes,
como se puede ver a continuacin:

CO2 + H2O H2CO3 (en tejidos; alta concentracin de CO2)


H2CO3

CO2 + H2O (en pulmones; baja concentracin de CO2)

Si el equilibrio se ve muy desplazado en un sentido de la reaccin, es decir,


se convierte en una reaccin muy exergnica, la reaccin se hace
efectivamente irreversible. Bajo estas condiciones, la enzima nicamente
catalizar la reaccin en la direccin permitida desde un punto de vista
termodinmico.

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Cintica

Mecanismo para una reaccin catalizada por una enzima con un nico
sustrato. La enzima (E) une un sustrato (S) y genera un producto (P).
La cintica enzimtica es el estudio de cmo las enzimas se unen a sus
sustratos y los transforman en productos. Los datos de equilibrios utilizados
en los estudios cinticos son obtenidos mediante ensayos enzimticos.
En 1902, Victor Henri propuso una teora cuantitativa sobre la cintica
enzimtica, pero sus datos experimentales no fueron muy tiles debido a
que la importancia de la concentracin del ion de hidrgeno an no era
considerada. Despus de que Peter Lauritz Srensen definiera la escala
logartmica del pH e introdujera el concepto de "tampn" (buffer) en
1909, el qumico alemn Leonor Michaelis y su postdoctoral canadiense
Maud Leonora Menten repitieron los experimentos de Henri confirmando su
ecuacin, que actualmente es conocida como cintica de Henri-MichaelisMenten (o simplemente cintica de Michaelis-Menten). Su trabajo fue
desarrollado ms en profundidad por George Edward Briggs y J. B. S.
Haldane, quienes obtuvieron las ecuaciones cinticas que se encuentran tan
ampliamente extendidas en la actualidad.
La mayor contribucin de Henri fue la idea de dividir las reacciones
enzimticas en dos etapas. En la primera, el sustrato se une
reversiblemente a la enzima, formando el complejo enzima-sustrato
(tambin denominado complejo Michaelis). En la segunda, la enzima
cataliza la reaccin y libera el producto.
Curva de saturacin de una reaccin enzimtica donde se muestra la
relacin entre la concentracin de sustrato y la velocidad de la reaccin.

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Las enzimas pueden catalizar hasta varios millones de reacciones por


segundo. Por ejemplo, la descarboxilacin no enzimtica de la orotidina 5'monofosfato tiene una vida media de 78 millones de aos. Sin embargo,
cuando la enzima orotidina 5'-fosfato descarboxilasa est presente en el
medio, ese mismo proceso tarda apenas 25 milisegundos Las velocidades
de las enzimas dependen de las condiciones de la solucin y de la
concentracin de sustrato. Aquellas condiciones que desnaturalizan una
protena, como temperaturas elevadas, pHs extremos o altas
concentraciones de sal, dificultan o impiden la actividad enzimtica,
mientras que elevadas concentraciones de sustrato tienden a incrementar la
actividad. Para encontrar la mxima velocidad de una reaccin enzimtica,
la concentracin de sustrato se incrementa hasta que se obtiene una tasa
constante de formacin de producto (vase la curva de saturacin
representada en la figura de la derecha). La saturacin ocurre porque,
cuando la concentracin de sustrato aumenta, disminuye la concentracin
de enzima libre, que se convierte en la forma con sustrato unido (ES). A la
mxima velocidad (Vmax) de la enzima, todos los sitios activos de dicha
enzima tienen sustrato unido, y la cantidad de complejos ES es igual a la
cantidad total de enzima. Sin embargo, Vmax es slo una de las constantes
cinticas de la enzima. La cantidad de sustrato necesario para obtener una
determinada velocidad de reaccin tambin es importante. Este parmetro
viene dado por la constante de Michaelis-Menten (Km), que viene a ser la
concentracin de sustrato necesaria para que una enzima alcance la mitad
de su velocidad mxima. Cada enzima tiene un valor de Km caracterstico
para un determinado sustrato, el cual puede decirnos cmo de afn es la
unin entre el sustrato y la enzima. Otra constante til es kcat, que es el
nmero de molculas de sustrato procesadas por cada sitio activo por
segundo.
La eficiencia de una enzima puede ser expresada en trminos de kcat/Km, en
lo que se denomina constante de especificidad, que incorpora la constante
de velocidad de todas las fases de la reaccin. Debido a que la constante de
especificidad contempla tanto la afinidad como la capacidad cataltica, es un
parmetro muy til para comparar diferentes enzimas o la misma enzima
con diferentes sustratos. El valor mximo terico de la constante de
especificidad es denominado lmite de difusin tiene un valor de 10 8-109 (M-1
s-1). Llegados a este punto, cada colisin de la enzima con su sustrato da
lugar a la catlisis, con lo que la velocidad de formacin de producto no se
ve limitada por la velocidad de reaccin, sino por la velocidad de difusin.
Las enzimas que poseen esta propiedad son llamadas enzimas
catalticamente perfectas o cinticamente perfectas. Ejemplos de este tipo
de enzimas son la triosa fosfato isomerasa, la anhidrasa carbnica, la
acetilcolinesterasa, la catalasa, la fumarasa, la beta-lactamasa y la
superxido dismutasa.

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Inhibicin

Los inhibidores competitivos se unen reversiblemente al enzima, evitando la


unin del sustrato. Por otro lado, la unin del sustrato evita la unin del
inhibidor. As pues, sustrato e inhibidor compiten por la enzima.

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Tipos de inhibicin segn la clasificacin introducida por W. W. Cleland.


Los inhibidores son molculas que regulan la actividad enzimtica,
inhibiendo su actividad. A grandes rasgos, pueden clasificarse en
reversibles e irreversibles. Las irreversibles se unen covalentemente a la
enzima sin posibilidad de revertir la modificacin, siendo tiles en
farmacologa. Algunos de los frmacos que actan de este modo son la
eflornitina, utilizada para tratar la tripanosomiasis africana, la penicilina y la
aspirina.
Las reversibles se unen de forma reversible a la enzima, pudiendo
clasificarse a su vez, segn la forma en que intervienen en la reaccin, en
competitivas, acompetitivas y mixtas. Habitualmente, por su amplia
presencia en multitud de procesos, se habla tambin de inhibicin no
competitiva, que en realidad no es ms que una variante de la ya
mencionada inhibicin mixta. Sin embargo, por sus caractersticas se suele
presentar como opuesta a la competitiva, con la que es comparada
frecuentemente.
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En la inhibicin competitiva, el sustrato y el inhibidor no se pueden unir a


la misma enzima al mismo tiempo, como se muestra en la figura de la
derecha. Esto generalmente ocurre cuando el inhibidor tiene afinidad por el
sitio activo de una enzima en el cual tambin se une el sustrato; el sustrato
y el inhibidor compiten para el acceso al sitio activo de la enzima. Por
ejemplo, el metotrexato es un inhibidor competitivo de la enzima
dihidrofolato reductasa, que cataliza la reduccin de dihidrofolato a
tetrahidrofolato. La similitud entre las estructuras del cido flico y el
metotrexato permite que se establezca una inhibicin de tipo competitivo.
Este tipo de inhibicin se puede superar con concentraciones
suficientemente altas del sustrato, es decir, dejando fuera de competicin al
inhibidor. En la inhibicin competitiva la velocidad mxima de la reaccin no
vara, pero se necesitan concentraciones ms elevadas de sustrato para
alcanzar una determinada velocidad, incrementndose as la K m aparente.
En la inhibicin acompetitiva el inhibidor no puede unirse a la enzima
libre, sino nicamente al complejo enzima-sustrato (ES). Una vez formado el
complejo con el inhibidor (EIS) la enzima queda inactiva. Este tipo de
inhibicin es poco comn, pero puede darse en enzimas multimticas.
La inhibicin no competitiva es una forma de inhibicin mixta donde la
unin del inhibidor con la enzima reduce su actividad pero no afecta la
unin con el sustrato. Como resultado, el grado de inhibicin depende
solamente de la concentracin de inhibidor, independientemente de la
concentracin de sustrato, con lo que vara el valor de la V max aparente. Sin
embargo, como el sustrato an puede unirse a la enzima, el valor de K m no
vara.
En la inhibicin mixta, el inhibidor se puede unir a la enzima al mismo
tiempo que el sustrato. Sin embargo, la unin del inhibidor afecta la unin
del sustrato, y viceversa. Este tipo de inhibicin se puede reducir, pero no
superar al aumentar las concentraciones del sustrato. Aunque es posible
que los inhibidores de tipo mixto se unan en el sitio activo, este tipo de
inhibicin resulta generalmente de un efecto alostrico donde el inhibidor se
une a otro sitio que no es el sitio activo de la enzima. La unin del inhibidor
con el sitio alostrico cambia la conformacin (es decir, la estructura
terciaria) de la enzima de modo que la afinidad del sustrato por el sitio
activo se reduce.

La coenzima cido flico (izquierda) y el frmaco anti-cancergeno


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metotrexato (derecha) son muy similares en estructura. Como resultado, el


metotrexato es un inhibidor competitivo de muchas enzimas que utilizan
folato.
En muchos organismos, los inhibidores pueden actuar como parte de un
mecanismo de realimentacin. Si una enzima produce una sustancia en
demasiada cantidad en el organismo, esta misma sustancia podra actuar
como un inhibidor de la enzima al inicio de la ruta que lo produce,
deteniendo as dicha produccin cuando haya una cantidad suficiente de la
sustancia en cuestin. Este sera una forma de realimentacin negativa. Las
enzimas que se encuentran sujetas a este tipo de regulacin suelen ser
multimricas y poseer sitios alostricos donde se unen sustancias
reguladoras. Las grficas que representan la velocidad de la reaccin frente
a la concentracin de sustrato de estas enzimas no son hiprboles, sino
sigmoidales (forma de S).
Usos de los inhibidores
Debido a que los inhibidores modulan la funcin de las enzimas, suelen ser
utilizados como frmacos. Un tpico ejemplo de un inhibidor que es utilizado
como frmaco es la aspirina, la cual inhibe las enzimas COX-1 y COX-2
implicadas en la sntesis de un intermediario inflamatorio, las
prostaglandinas, con lo que suprime as los efectos derivados, el dolor y la
inflamacin. Sin embargo, otros inhibidores enzimticos actan como
venenos. Por ejemplo, el cianuro es un inhibidor irreversible que se une a los
tomos de hierro y cobre en el sitio activo de la citocromo c oxidasa de
clulas animales (las plantas son resistentes al cianuro), bloqueando as la
respiracin celular.

Funcin biolgica
Las enzimas presentan una amplia variedad de funciones en los organismos
vivos. Son indispensables en la transduccin de seales y en procesos de
regulacin, normalmente por medio de quinasas y fosfatasas Tambin son
capaces de producir movimiento, como es el caso de la miosina al hidrolizar
ATP para generar la contraccin muscular o el movimiento de vesculas por
medio del citoesqueleto. Otro tipo de ATPasas en la membrana celular son
las bombas de iones implicadas en procesos de transporte activo. Adems,
las enzimas tambin estn implicadas en funciones mucho ms exticas,
como la produccin de luz por la luciferasa en las lucirnagas.71 Los virus
tambin pueden contener enzimas implicadas en la infeccin celular, como
es el caso de la integrasa del virus HIV y de la transcriptasa inversa, o en la
liberacin viral, como la neuraminidasa del virus de la gripe.
Una importante funcin de las enzimas es la que presentan en el sistema
digestivo de los animales. Enzimas tales como las amilasas y las proteasas
son capaces de degradar molculas grandes (almidn o protenas,
respectivamente) en otras ms pequeas, de forma que puedan ser
absorbidas en el intestino. Las molculas de almidn, por ejemplo, que son
16

demasiado grandes para ser absorbidas, son degradadas por diversas


enzimas a molculas ms pequeas como la maltosa, y finalmente a
glucosa, la cual s puede ser absorbida a travs de las clulas del intestino.
Diferentes enzimas digestivas son capaces de degradar diferentes tipos de
alimentos. Los rumiantes que tienen una dieta herbvora, poseen en sus
intestinos una serie de microorganismos que producen otra enzima, la
celulasa, capaz de degradar la celulosa presente en la pared celular de las
plantas.
Varias enzimas pueden actuar conjuntamente en un orden especfico,
creando as una ruta metablica. En una ruta metablica, una enzima toma
como sustrato el producto de otra enzima. Tras la reaccin cataltica, el
producto se transfiere a la siguiente enzima y as sucesivamente. En
ocasiones, existe ms de una enzima capaz de catalizar la misma reaccin
en paralelo, lo que permite establecer una regulacin ms sofisticada: por
ejemplo, en el caso en que una enzima presenta una actividad constitutiva
pero con una baja constante de actividad y una segunda enzima cuya
actividad es inducible, pero presenta una mayor constante de actividad.
Las enzimas determinan los pasos que siguen estas rutas metablicas. Sin
las enzimas, el metabolismo no se producira a travs de los mismos pasos,
ni sera lo suficientemente rpido para atender las necesidades de la clula.
De hecho, una ruta metablica como la glucolisis no podra existir sin
enzimas. La glucosa, por ejemplo, puede reaccionar directamente con el ATP
de forma que quede fosforilada en uno o ms carbonos. En ausencia de
enzimas, esta reaccin se producira tan lentamente que sera insignificante.
Sin embargo, si se aade la enzima hexoquinasa que fosforila el carbono 6
de la glucosa y se mide la concentracin de la mezcla en un breve espacio
de tiempo se podr encontrar nicamente glucosa-6-fosfato a niveles
significativos. Por tanto, las redes de rutas metablicas dentro de la clula
dependen del conjunto de enzimas funcionales que presenten.

Control de la actividad
La actividad enzimtica puede ser controlada en la clula principalmente de
estas cinco formas:

1.-Produccin de la enzima (a nivel de la transcripcin o la


traduccin): la sntesis de una enzima puede ser favorecida o desfavorecida
en respuesta a determinados estmulos recibidos por la clula. Esta forma
de regulacin gnica se denomina induccin e inhibicin enzimtica. Por
ejemplo, las bacterias podran adquirir resistencia a antibiticos como la
penicilina gracias a la induccin de unas enzimas llamadas beta-lactamasas,
que hidrolizan el anillo beta-lactmico de la molcula de penicilina. Otro
ejemplo, son las enzimas presentes en el hgado denominadas citocromo
P450 oxidasas, las cuales son de vital importancia en el metabolismo de
drogas y frmacos. La induccin o inhibicin de estas enzimas puede dar
lugar a la aparicin de interacciones farmacolgicas.
17

2.-Compartimentalizacin de la enzima: las enzimas pueden


localizarse en diferentes compartimentos celulares, de modo que puedan
tener lugar diferentes rutas metablicas de forma independiente. Por
ejemplo, los cidos grasos son sintetizados por un conjunto de enzimas
localizadas en el citosol, en el retculo endoplasmtico y en el aparato de
Golgi, y posteriormente, dichos cidos grasos son utilizados por otro
conjunto de enzimas diferentes como fuente energtica en la mitocondria, a
travs de la -oxidacin.

3.-Inhibidores y activadores enzimticos: las enzimas pueden ser


activadas o inhibidas por ciertas molculas. Por ejemplo, el producto final de
una ruta metablica suele actuar como inhibidor de alguna de las enzimas
implicadas en las primeras reacciones de la ruta, estableciendo as una
realimentacin negativa que regula la cantidad de producto final obtenido
por esa ruta. Este mecanismo de realimentacin negativa permite ajustar
efectivamente la velocidad de sntesis de los metabolitos intermedios con la
demanda de la clula, y permite distribuir econmicamente materiales y
energa para evitar exceso o escasez de los productos finales. Este control
enzimtico permite mantener un ambiente relativamente estable en el
interior de los organismos vivos.

4.-Modificacin postraduccional de enzimas: las enzimas pueden


sufrir diversas modificaciones postraduccional como la fosforilacin, la
miristoilacin y la glicosilacin. Por ejemplo, en la respuesta a insulina, se
produce la fosforilacin de multitud de enzimas, como la de la glucgeno
sintasa, que ayuda en el control de la sntesis o degradacin del glucgeno
y permite a la clula responder a las variaciones de los niveles de azcar en
sangre. Otro ejemplo de modificacin postraduccional es la degradacin de
la cadena polipeptdicas. La quimiotripsina, una proteasa digestiva, es
sintetizada en una forma inactiva, quimiotripsingeno, en el pncreas y
transportada en este estado hasta el estmago, donde ser activada. De
este modo se evita que la enzima digiera el pncreas y los dems tejidos
por los que pasa antes de llegar al estmago. Este tipo de precursor inactivo
de una enzima es denominado zimgeno.

5.-Activacin dependiente del ambiente: algunas enzimas pueden


ser activadas cuando pasan de un ambiente con unas condiciones a otro
con condiciones diferentes, como puede ser el paso del ambiente reductor
del citoplasma al ambiente oxidativo del periplasma, el paso de un
ambiente con elevado pH a otro con bajo pH, etc. Por ejemplo, la
hemaglutinina del virus de la gripe es activada mediante un cambio
conformacional que se produce cuando el pH del medio es suficientemente
cido, lo cual ocurre cuando el virus entra en el interior de la clula a travs
de un lisosoma

Implicaciones en enfermedades

18

Estructura tridimensional de la enzima fenilalanina hidroxilasa (PDB 1KW0).


Debido a que es necesario un fuerte control de la actividad enzimtica para
la homeostasis, cualquier fallo en el funcionamiento (mutacin, incremento
o reduccin de la expresin o delecin) de una nica enzima crtica puede
conducir al desarrollo de una enfermedad gentica. La importancia de las
enzimas se pone de manifiesto en el hecho de que una enfermedad letal
puede ser causada por el mal funcionamiento de un nico tipo de enzima de
todos los miles de tipos que existen en nuestro cuerpo.
Un ejemplo de esto es el tipo ms comn de fenilcetonuria. En esta
enfermedad gentica se produce una mutacin de un nico aminocido en
la fenilalanina hidroxilasa, una enzima que cataliza la primera reaccin de la
ruta de degradacin de la fenilalanina y de compuestos relacionados. Al ser
esta enzima inactiva, se acumulan una serie de productos que terminan
dando lugar a la aparicin de retardo mental si no se recibe tratamiento.
--------------------------------------------------------La fenilcetonuria (PKU) es causada por la deficiencia de la enzima
FENILALANINA HIDROXILASA, que interviene en la conversin de fenilalanina
(fen), aminocido esencial, a tirosina (tir) aminocido no esencial.
La deficiencia en la actividad de la enzima fenilalanina hidroxilasa causa
acumulacin plasmtica y tisular de la fenilalanina, que tiene efecto txico.
Otra consecuencia de la deficiencia enzimtica es la disminucin en la
concentracin srica y en los tejidos corporales de tirosina, volvindose un
aminocido esencial en estos pacientes . Lo anterior conduce a disminucin
en la produccin de metionina, razn por la cual los nios afectados
presentan ojos y cabello ms claros que sus hermanos no afectados.
La hiperfenilalaninemia tambin puede ser causada por la deficiencia de la
TETRAHIDROBIOPTERINA (BH4), coenzima de la fenilalanina hidroxilasa, la
tirosina hidroxilasa y la triptofano hidroxilasa, estas dos ultimas enzimas son
necesarias para la sntesis de neutrotransmisores L-Dopa y Serotonina
-----------------------------------19

Otro ejemplo es cuando se produce una mutacin en los genes de la lnea


germinal que codifican las enzimas implicadas en la reparacin del ADN. En
este caso, al no repararse adecuadamente el ADN de las clulas, se
acumulan mutaciones que suelen derivar en el desarrollo de diversos tipos
de cncer hereditarios, como la xerodermia pigmentosa.

Clasificacin y nomenclatura de enzimas


El nombre de una enzima suele derivarse del sustrato o de la reaccin
qumica que cataliza, con la palabra terminada en -asa. Por ejemplo, lactasa
proviene de su sustrato lactosa; alcohol deshidrogenasa proviene de la
reaccin que cataliza que consiste en "deshidrogenar" el alcohol; ADN
polimerasa proviene tambin de la reaccin que cataliza que consiste en
polimerizar el ADN.
La Unin Internacional de Bioqumica y Biologa Molecular ha desarrollado
una nomenclatura para identificar a las enzimas basada en los denominados
Nmeros EC. De este modo, cada enzima queda registrada por una
secuencia de cuatro nmeros precedidos por las letras "EC". El primer
nmero clasifica a la enzima segn su mecanismo de accin. A continuacin
se indican las seis grandes clases de enzimas existentes en la actualidad:
EC1 Oxidorreductasas: catalizan reacciones de oxidorreduccin o redox.
Precisan la colaboracin de las coenzimas de oxidorreduccin (NAD+, NADP+,
FAD) que aceptan o ceden los electrones correspondientes. Tras la accin
cataltica, estas coenzimas quedan modificadas en su grado de oxidacin,
por lo que deben ser recicladas antes de volver a efectuar una nueva
reaccin cataltica. Ejemplos: deshidrogenasas, peroxidasas.
EC2 Transferasas: transfieren grupos activos (obtenidos de la ruptura de
ciertas molculas) a otras sustancias receptoras. Suelen actuar en procesos
de interconversin de monosacridos, aminocidos, etc. Ejemplos:
transaminasas, quinasas.
EC3 Hidrolasas: catalizan reacciones de hidrlisis con la consiguiente
obtencin de monmeros a partir de polmeros. Actan en la digestin de
los alimentos, previamente a otras fases de su degradacin. La palabra
hidrlisis se deriva de hidro 'agua' y lisis 'disolucin'. Ejemplos:
glucosidasas, lipasas, esterasas.
EC4 Liasas: catalizan reacciones en las que se eliminan grupos H 2O, CO2 y
NH3 para formar un doble enlace o aadirse a un doble enlace. Ejemplos:
descarboxilasas, liasas.
EC5 Isomerasas: actan sobre determinadas molculas obteniendo o
cambiando de ellas sus ismeros funcionales o de posicin, es decir,
catalizan la racemizacin y cambios de posicin de un grupo en
determinada molcula obteniendo formas isomricas. Suelen actuar en
procesos de interconversin. Ejemplo: epimerasas (mutasa).
20

EC6 Ligasas: catalizan la degradacin o sntesis de los enlaces


denominados "fuertes" mediante el acoplamiento a molculas de alto valor
energtico como el ATP. Ejemplos: sintetasas, carboxilasas.

Aplicaciones industriales
Las enzimas son utilizadas en la industria qumica, y en otros tipos de
industria, en donde se requiere el uso de catalizadores muy especializados.
Sin embargo, las enzimas estn limitadas tanto por el nmero de reacciones
que pueden llevar a cabo como por su ausencia de estabilidad en solventes
orgnicos y altas temperaturas. Por ello, la ingeniera de protenas se ha
convertido en un rea de investigacin muy activa donde se intentan crear
enzimas con propiedades nuevas, bien mediante diseo racional, bien
mediante evolucin in vitro. Estos esfuerzos han comenzado a tener algunos
xitos, obtenindose algunas enzimas que catalizan reacciones no
existentes en la naturaleza.
A continuacin se muestra una tabla con diversas aplicaciones industriales
de las enzimas:
Aplicacin

Procesado de
alimentos

Enzimas utilizadas

Usos

Amilasas de hongos y
plantas.

Produccin de
azcares desde el
almidn, como por
ejemplo en la
produccin de jarabe
de maz. En la
coccin al horno,
cataliza la rotura del
almidn de la harina
en azcar. La
fermentacin del
azcar llevada a
cabo por levaduras
produce el dixido de
carbono que hace
"subir" la masa.

Proteasas

Los fabricantes de
galletas las utilizan
para reducir la
cantidad de
protenas en la
harina.

La amilasa cataliza la
degradacin del almidn
en azcares sencillos.

Alimentos para bebs Tripsina

21

Para pre-digerir el
alimento dirigido a

bebs.
Elaboracin de
cerveza

Cebada germinada
utilizada para la
elaboracin de malta.

Las enzimas
liberadas degradan
el almidn y las
protenas para
Las enzimas de la cebada
generar azcares
son liberadas durante la
sencillos,
fase de molido en la
aminocidos y
elaboracin de la
pptidos que son
cerveza.
usados por las
levaduras en el
proceso de
fermentacin.

Enzimas de cebada
producidas a nivel
industrial

Ampliamente usadas
en la elaboracin de
cerveza para
sustituir las enzimas
naturales de la
cebada.

Amilasa, glucanasa y
proteasas

Digieren
polisacridos y
protenas en la
malta.

Betaglucanasas y
arabinoxilanasas

Mejoran la filtracin
del mosto y la
cerveza.

Amiloglucosidasas y
pululanasas

Produccin de
cerveza baja en
caloras y ajuste de
la capacidad de
fermentacin.

Proteasas

Eliminan la turbidez
producida durante el
almacenamiento de
la cerveza.

Acetolactatodecarboxilas Incrementa la
a (ALDC)
eficiencia de la
fermentacin
mediante la
reduccin de la
formacin de
22

diacetilo.
Aclarado de zumos
de frutos.

Zumos de frutas

Celulasas, pectinasas

Industria lctea

Renina, derivado del


Produccin de queso,
estmago de animales
usada para hidrolizar
rumiantes jvenes (como
protenas.
terneros y ovejas).
Enzimas producidas por
bacterias

Actualmente, cada
vez ms usadas en la
industria lctea.

Lipasas

Se introduce durante
el proceso de
produccin del queso
Roquefort para
favorecer la
maduracin.

Lactasas

Rotura de la lactosa
en glucosa y
galactosa.

Papana

Ablandamiento de la
carne utilizada para
cocinar.

Amilasas,
amiloglucosidasas y
glucoamilasas

Conversin del
almidn en glucosa y
diversos azcares
invertidos.

Queso de Roquefort.

Digestin de carne

Industria del almidn

Glucosa isomerasa

Glucosa.

Fructosa.

23

Conversin de
glucosa en fructosa
durante la
produccin de jarabe
de maz partiendo de
sustancias ricas en
almidn. Estos
jarabes potencian las
propiedades
edulcorantes y
reducen las caloras
mejor que la
sacarosa y
manteniendo el
mismo nivel de

dulzor.

Amilasas, xilanasas,
celulasas y ligninasas

Degradacin del
almidn para reducir
su viscosidad,
aadiendo apresto.
Las xilanasas
reducen el
blanqueador
necesario para la
decoloracin; las
celulasas alisan las
fibras, favorecen el
drenaje de agua y
promueven la
eliminacin de tintas;
las lipasas reducen la
oscuridad y las
ligninasas eliminan
la lignina para
ablandar el papel.

Celulasas

Utilizadas para
degradar la celulosa
en azcares que
puedan ser
fermentados.

Ligninasas

Utilizada para
eliminar residuos de
lignina.

Industria del papel

Una fbrica de papel en


Carolina del Sur.

Industria del biofuel

Celulosa en 3D.
Detergentes
biolgicos

Utilizadas para
ayudar en la
eliminacin de tintes
Principalmente proteasas,
proteicos de la ropa
producidas de forma
en las condiciones de
extracelular por
prelavado y en las
bacterias.
aplicaciones directas
de detergente
lquido.
Amilasas

24

Detergentes de
lavadoras para
eliminar residuos
resistentes de
almidn.

Lipasas

Utilizadas para
facilitar la
eliminacin de tintes
grasos y oleosos.

Celulasas

Utilizadas en
suavizantes
biolgicos.

Limpiadores de lentes
Proteasas
de contacto

Para eliminar restos


proteicos de las
lentes de contacto y
as prevenir
infecciones.

Industria del hule

Catalasa

Para generar oxgeno


desde el perxido, y
as convertir el ltex
en hule espumoso.

Proteasa (ficina)

Disolver la gelatina
de las pelculas
fotogrficas usadas,
permitiendo as la
recuperacin de su
contenido en plata.

Industria fotogrfica

Biologa molecular

ADN de doble hlice.

25

Utilizadas para
manipular el ADN
mediante ingeniera
gentica. De gran
importancia en
farmacologa,
Enzimas de restriccin,
agricultura, medicina
ADN ligasa y polimerasas
y criminalstica.
Esenciales para
digestin de
restriccin y para la
reaccin en cadena
de la polimerasa.

26