Relações Genes e Ambiente

Prof. MAURO F. REBELO

Laboratório Intermediário de Biologia Molecular Ambiental
IBCCF/UFRJ – Bloco G, G0-060
mrebelo@biof.ufrj.br
2010
Aula #2 – A evolução da Adaptação

Objetivos:
•
Reconhecer a necessidade de adaptações
•
Conhecer os diferentes mecanismos de adaptação
•
Diferenciar adaptação de homeostase
 Pressupostos da vida

•
Meio interno compartimentalizado

•
Meio interno ‘independente’ do meio externo
•
Formação de gradientes entre os dois
 Preservar a informação!

•
Estabilidade é importante para o

funcionamento das coisas
•
O objetivo da célula, desde o início
dos tempos, é manter estabilidade
do seu meio interno independente da
variação de meio externo.
•
Na tentativa de manter a
informação intacta a célula precisa
de um meio interno o mais estável
possível. Homeostase.
•
A vida tem alta resiliência. Essa é a
única forma de resistir a um
ambiente instável: Morrer e
renascer
•
A informação de ‘vidas passadas’
tem de ser passada para a nova vida
(em vida!)
 Homeostase (Homeo= igual; stasis= estado)
•
Claude Bernard (1813-1878),
estabeleceu que “a constância
do ambiente interno é a condição
para a vida livre”.
•
Walter Cannon (1871-1945)
elaborou sobre o tema e cunhou
o termo homeostase.
•
Definição:
É a manutenção de um ambiente
interno estável que é necessário
para o desenvolvimento da vida.
Dessa forma ele inclui aqueles
processos através dos quais
variáveis fisiológicas são
mantidas dentro de limites
estabelecidos em um Equilíbrio
dinâmico. Que de forma inerente
estão associados ao conceito
de retroalimentação
 RETROALIMENTAÇÃO
REGULATÓRIA
•
Mecanismos regulatórios em
circuito
•
Sensor detecta o desvio de uma
variável interna, fornece a
informação para um centro de
controle
•
Analisa a magnitude do desvio e
ativa mecanismos de ação
•
Retroalimentação positiva
–
Mecanismo de ação reforça o
desvio, amplificando este a um
ponto muito distante do valor
específico.
•
Retroalimentação negativa
–
Mecanismo de ação se opõe ao
desvio, levando a variável de
volta a um valor específico.
 Especificações Entrada

TELEOLÓGICOS -
Comparador e Entrada
controlador do controlada
Controle Saída Sinal de
sistema pelo sistema Saída
neuroendócrino do controle

sistema imune
Saída

Entrada Saída
Subsistema
NÃO TELEOLÓGICO - primário

Controle populacional
Sinal de
predador-presa Saída
controle
Subsitema
secundário
 Homeostase X Adaptação
•
Depende exclusivamente do
Repertório: Usa as ferramentas a •
Tem liberdade para criar
disposição com limites testados e
estabelecidos
•
Regulação (x conformação)
•
Tolerância (x resistência)
•
A presença de muitos fenômenos
(ou etapas) para que a adaptação
aconteça, e a pouca compreensão
processos ou fenômenos que levam
até ela, contribuem para o mal uso
do conceito.
 Adaptação não é seleção natural
•
Lewontin, 1978: processo final das
(Bock, 1980 )
mudanças evolutivas através do qual os
•
Adaptação também é um ‘processo’
organismos tentam sempre uma solução
é uma mudança no complexo forma-
melhor para um problema causado pelo
função de uma característica que
ambiente.
reduz a quantidade de energia
•
Bock, 1980: Estado de uma característica
necessária para o organismo
que tem propriedades estruturais (forma) e
preservar de forma eficiente a
funcionais que permitem ao organismo
sinergia do estado adaptativo.
manter uma sinergia eficiente entre o papel
biológico dessa característica e a força
seletiva.
“one thing (the organism) is made to conform to another (the
environment) in a large number of different respects”
Ronald A. Fisher

O micromutacionismo O modelo infinitesimal

•
Darwin acreditava que uma adaptação
precisa só seria possível se ‘o organismo
realizar muitos ajustes ‘automáticos’ ao
ambiente em que vive’
•
a adaptação seria sempre ‘gradual’ e
nunca em ‘saltos’ adaptativos.
•
usavam ferramentas estatísticas que
tinham apenas sido inventadas (a
regressão)
•
Explicava bem adaptação de variáveis
contínuas (como peso ou tamanho).
•
foi rejeitado quando o modelo mendeliano
apareceu
•
Fischer sugeriu que a resposta a seleção
deveria ser analisada através de uma
mecânica estatística.
•
Ao invés de seguir o efeito de genes
individuais em um fenótipo, deveríamos
calcular o efeito agregatório de um
infinito número de genes, cada um não
relacionado com o outro (de forma
aditiva ou epistática), mas tendo um
efeito infinitesimal no fenótipo do
‘caractere’.
 Modelo geométrico de adaptação de Fisher
•
Cada característica de um
organismo é representada por um
eixo em um sistema cartesiano de
coordenadas.
•
O ótimo é a origem
•
Se as mutações são aleatórias
então algumas vezes elas apontam
em direção, e outras vezes na
direção contrária, do fenótipo
desejado.
•
A adaptação é pleiotrópica, ou seja age
•
mutações tem efeitos fenotípicos sob a influência de muitas variáveis e
de diferentes magnitudes tem de considerar que uma mudança de
fenótipo favorável para uma variável
pode ser desfavorável para outra.
 Uma Linda Teoria
•
O cálculo da probabilidades:
–
o caractere tem distribuição
normal na população,
–
o número de caracteres envolvidos
na mudança do fenótipo,
–
a distancia adaptativa a ser
percorrida (do fenótipo original –
selvagem – ao novo fenótipo).
•
A probabilidade diminui muito a
medida que o tamanho da mutação
aumenta.
Problema conceitual: Se um número infinito de genes
pode causar uma infinidade de influências, então... os
problemas ficam impossíveis de se formular (e
também de resolver).
 Uma ‘Linda’ Teoria
•
Uma mutação infinitesimalmente
pequena tem 50% de probabilidade •
Problema conceitual: Se um
de ser favorável, e esse valor número infinito de genes pode
diminui muito quanto o tamanho causar uma infinidade de
da mutação aumenta. influências, então... os
problemas ficam impossíveis de
•
Mas ela pecava por não prever
se formular (e também de
mudanças no ambiente (que muda)
resolver).
durante a adaptação
•
e considerar que a adaptação é
sempre feita com novas
mutações.
•
Na análise de QTL , a base
genética das diferenças
fenotípicas entre populações ou
espécies pode ser analisada
utilizando-se uma ampla a suíte de
marcadores moleculares mapeados.
•
Nos trabalhos de evolução
microbiana, os microorganismos
são introduzidos em um novo
ambiente para se adaptarem, e
ferramentas genéticas e
moleculares são utilizadas para
identificar algumas ou todas as
mudanças genéticas envolvidas
•
produziram grandes quantidades de
dados sobre a evolução (adaptação e
seleção natural) nos anos 80
•
na maior parte das vezes, pequenas
mudanças genotípicas podiam causar
efeitos (adaptativos) de grande
magnitude.
•
mudanças que aconteciam ‘antes’ na
escala adaptativa, em geral
apresentavam um efeito maior de
fitness do que aquelas que aconteciam
‘depois’ na escala adaptativa.
No entanto, não havia uma teoria para explicar
esses dados
 ‘Correr para ficar no mesmo lugar’
•
A Teoria genética da seleção
natural de Fischer tenta capturava a
essência estatística das novas
observações sobre a adaptação, mas
não explicava algumas coisas.
•
Kimura aprimora o modelo notando um
problema: a mutação não tem apenas de
ser favorável, mas tem de escapar a
perda acidental .
•
As mutações maiores tem menores
chances de se perderem por acidente
(em contraponto a maior
probabilidade de adaptação das
pequenas mutações que Fischer
notou antes)
•
Dessa forma, o japonês disse que as
mutações ‘intermediárias’ são
aquelas com maiores chances de
sucesso.
•
No entanto, as conclusões de
Kimura eram válidas apenas para um
‘passo’ de adaptação.
 A seta e o alvo
•
Um ‘evento’ de adaptação pode ter
muitos passos.
•
A adaptação acontece com poucas
mutações que tem grandes efeitos
fenotípicos e muitas mutações que
tem pequenos efeitos fenotípicos.
•
O tamanho das mutações
substituídas no primeiro passo é
sempre menor que no segundo, e no
segundo passo, menor que no
terceiro... um padrão de ‘retornos
negativos’
 O custo da complexidade
•
Espécies mais complexas (aquelas
que tem muitos caracteres)
apresentam menores aumentos de
fitness a cada passo de adaptação,
comparativamente as espécies mais
simples.
•
A distância até o ‘ótimo adaptativo’
cresce de acordo com o número de
caracteres do organismo.
•
E é claro, também aumenta a
probabilidade de efeitos negativos
de uma mutação nos outros
caracteres.
 Evolução nas seqüências
•
O número de seqüências viáveis (3N) é muito
•
Maynard-Smith identificou que as
mais restritivo do que o número de
seqüências de DNA variam não de forma
seqüências possíveis.
‘contínua’ mas sim de forma ‘discreta’.
•
Cada ‘passo’ na caminhada adaptativa
•
Um gene com N bases tem 4N seqüências
representa uma mudança em uma base para
possíveis (e possibilidades para uma
uma das 3N seqüências possíveis.
mutação).
•
O resultado final desse ‘passo’, dará origem
•
Como a probabilidade de uma mutação em
ao passo seguinte, até chegar ao final da
cada base é muito baixa (menor que 10-9), a
etapa adaptativa.
probabilidade de mutações duplas (ou triplas)
em um gene são tão pequenas que podem ser •
A ‘Caminhada pelo DNA’ termina quando uma
desprezíveis seqüência tem mais fitness que todas as
suas outras 3N seqüências vizinhas.
•
(vejam, desprezíveis mesmo considerando
tempo geológico. São realmente pouco •
O importante é que o DNA tem de se
importantes!). adaptar sem passar por intermediários
inviáveis.
 Campos de Fitness
•
Kauffman expandiu o efeito de uma
seqüência para todo um lócus
•
Calculou a probabilidade de cada loci
como pontos em um grid: pontos
próximos representando seqüências
com efeitos levemente diferentes e
pontos distantes representando
seqüências com efeitos muito
diferentes.
•
Como uma paisagem com montanhas
e picos, os campos possuem um ou
mais ‘ótimos’ que devem ser
alcançados pela seqüência selvagem,
através dos passos adaptativos,
sempre aleatórios.
 Teoria dos valores extremos
•
O modelo é realmente didático, e
formidável do ponto de vista
matemático. Mas apresentava
alguns problemas biológicos.
•
1) que os ‘passos’ adaptativos eram
dados de forma ‘gradativa’ em
direção ao ‘pico’ adaptativo ou então
em saltos de tamanho variável e
aleatório. Quando na verdade... não é
bem assim.
•
2) que a seqüência selvagem era uma
seqüência qualquer ou aleatória,
quando na verdade, ela é sempre uma
seqüência de alto fitness que
produz, uma proteína funcional
 Teoria dos valores extremos
•
Isso tem uma grande importância.
Para determinar a probabilidade de
uma sequencia ser funcional ou letal,
precisamos determinar qual é a
distribuição do fitness nas
seqüências, o que é praticamente
impossível de descobrir.
•
Mas Gillespie fez uma descoberta
brilhante... não importa! Justamente
porque estamos partindo de uma
seqüência selvagem de alto fitness,
o que já coloca essa seqüência em
uma posição na cauda da direita de
uma distribuição, QUALQUER que
ela seja
A Teoria dos valores extremos explica o
comportamento dessas probabilidades
independentemente das distribuições iniciais
 Paisagem mutacional

•
Gillespie mostrou que o número de ‘passos’ realizados durante uma ‘caminhada

adaptativa’ por adaptações positivas é relativamente pequeno (de dois a cinco).
•
Pelo menos 50% do ganho de fitness é obtido com apenas 1 passo (parcimônia).
 Paisagem mutacional
altas pressões seletivas e baixas taxas de mutação
•
quando muitos alelos favoráveis são •
A teoria é capaz de fazer previsões,
possíveis, a chance de que um alelo seja mas que são quase impossíveis de
selecionado é proporcional ao efeito serem testadas.
desse alelo no fitness. •
E ninguém sabe ainda como explicar
•
Mutações com grandes efeitos tem o que pode acontecer se o ambiente
maiores chances de serem mudar depois do primeiro passo ou
selecionadas. durante ele.
•
Primeiro porque, depois que essa
‘mutação’ de grande efeito tenha
acontecido, (a chance de uma nova
mutação de maior efeito acontecer
são muuuuuuito pequenas).
A rainha vermelha