LA BIOINFORMATICA TOOLBOX.

Profesor:

Integrantes:

ngel Santos.

Desire Lucena C.I.: 18.679.833 E-43

Jos Lpez
Seccin: B

C.I.:

6.852.364 E-43

 Qu es la toolbox?
La Bioinformatics Toolbox. Es un software que, como su nombre lo
indica, constituye una caja de herramientas que

ofrece a los bilogos

moleculares computacionales y otros cientficos de la investigacin

un

entorno abierto, en el que puedan explorar las ideas, prototipos de nuevos

algoritmos, y construir aplicaciones en la investigacin de medicamentos, la
ingeniera gentica, as como tambin proyectos relativos a la genmica y la
protemica. Proporciona acceso a los formatos de datos, tcnicas de anlisis
y visualizaciones especializadas para la secuencia genmica y protemica y
anlisis de microarrays. La mayora de las funciones de Bioinformtica
Toolbox se implementan en el lenguaje abierto MATLAB , lo que le permite
personalizar los algoritmos o desarrollar el suyo propio.
Para qu se utiliza?
La Caja de Herramientas de Bioinformtica proporciona tcnicas
estadsticas para la deteccin de picos, la imputacin de valores de datos
faltantes, y la observacin de caractersticas. Puede utilizar los datos-chip
para identificar factores de transcripcin; analizar los datos de RNA-Seq
para identificar los genes expresados diferencialmente; identificar variantes
de nmero de copias y SNPs en los datos de microarrays y clasificar los
perfiles de protenas a partir de datos de espectrometra de masas; as como
tambin tcnicas de visualizacin para Next Generation Sequencing (NGS),
espectrometra de masas, y la ontologa de genes. Uso de las funciones del
cuadro de herramientas, puede leer los datos genmicos y protemicos de
los formatos de archivo estndar como SAM, FASTA, CEL, y CDF; adems
de las bases de datos en lnea, como la Expresin Gnica Omnibus y NCBI
GenBank . Usted puede explorar y visualizar estos datos con los
navegadores de secuencias, heatmaps espaciales y clustergrams.

 Cules son las funciones ms importantes?

Formatos y bases de datos.
Puedes acceder directamente a las bases de datos pblicas en
Internet y copiar la secuencia y la informacin de la expresin gnica con el
comando (Getgenbank), ejemplo: S = getgenbank('M10051').
Para leer los datos generados a partir de los instrumentos de
secuenciacin de genes (scfread , joinseq , traceplot ), ejemplo: joined =
joinseq(seq1,seq2).
Escribir formatos de datos. Las funciones para obtener los datos
de la Web incluyen la opcin de guardar los datos en un archivo. Sin
embargo, hay una funcin para escribir datos en un archivo utilizando el
formato FASTA (fastawrite), ejemplo:fastawrite('p53coding.txt','Coding region
for p53',codingSeq).
Manipulacin de datos estadsticos.
Puede manipular y analizar sus secuencias para obtener una
comprensin ms profunda de la fsica, qumica, y las caractersticas
biolgicas de sus datos. Con el comando: ( seqtool).
Determinar diversas estadsticas sobre una secuencia (aacount,
basecount, codoncount, dimercount, nmercount , ntdensity , codonbias,
cpgisland, oligoprop ).
Para qu cree Ud. Que puede ser utilizada la toolbox?
Sirve para que los mdicos y cientficos puedan automatizar
controles y monitorear procesos de investigacin y desarrollo, la observacin
de datos estadsticos e investigacin.