CnpruLo 26

Anonio l;azenoAraqfo

I
U

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Artum B[cemdBracho

lntroduccin: la biologa molecular

y la reconstruccin filgentica

Hace apenas medio siglo que se propuso el modelo de la doble hlice de

DNA y, en estas pocas dcadas, la biologa molecular se ha convertido en
uno de los campos ms provocadores de la investigacin cientfica, ya que
su rpido desarrollo ha permitido no slo describir procesos celulares inditos, sino que tambin ha provocado verdaderas revoluciones conceptuales
dentro de las ciencias naturales. Sin duda alguna, la biologa evolutiva ha
sido una de las reas ms beneficiadas, ya que pudo implementar nuevas herramientas que permiten escudriar en lo ms ntimo de las relaciones filogenticas, generando hiptesis que hubieran sido imposibles con los mtodos convencionales.
En realidad, la aplicacin de las tcnicas moleculares al estudio de problemas evolutivos data de hace 100 aos. En 1904 el fisilogo George H.
Nuttall public un libro donde resuma los resultados obtenidos de la comparacin de sueros sanguneos entre diferentes animales, con la intencin
de reconstruir las relaciones evolutivas que dichos organismos guardaban
entre s. "Cuando no se dispone de evidencia paleontolgica", escribi Nuttall,
"la relacin filogentica entre los animales puede ser deducida basndose en
la similitud de las estructuras de las formas actuales". Sin embargo, no fue
sino hasta 1965 cuando Emile Zuckerkandly Linus Pauling publicaron un
trabajo en donde mostraban cmo la comparacin de secuencias de aminocidos o de nucletidos permita no slo la construccin de filogenias
moleculares, sino tambin, en algunos casos, datar los procesos de especiacin, incluso cuando se careca de informacin paleontolgica. Durante
cerca de 10 aos, este enfoque permiti no solamente comparar protenas
como las hemoglobinas, el citocromo c, las ferrodoxinas y otras ms, sino
tambin construir rboles evolutivos que podan incluir organismos tan
distintos entre s como las bacterias y los hongos, lo cual hubiera sido imposible con los criterios morfolgicos tradicionales.

Fuerhdia '1965 cuan-

do Emile Zuckerkandl

y Linus Pauling publi(aron un trabajo en

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795

796

PARTE

VII

EL ORIGEN DE LAS CLULAS

Sin embargo, estos cambios han abierto nuevos debates, sobre todo en
Ia apreciacin del alcance y los lmites de las metodologas moleculares.
Algunos ejemplos de esta controversia se dan en la caracterizacin de las
primeras clulas, el origen de los diferentes componentes de la clula eucarionte, y en la validez de los sistemas taxonmicos tradicionales. Es claro
que el desarrollo pleno del potencial de las filosenias moleculares depender no slo de refinamientos metodolgicos que permitan mejorar los algoritmos que se usan para reconstruir la historia evolutiva con datos moleculares, sino tambin del anlisis crtico de su armazn terico, que incluye
varios conceptos centrales adoptados directamente por la biologa molecular de la teora evolutiva clsica.
El reconocimiento de que los genomas son documentos histricos extremadamente ricos de los cuales se puede extraer informacin evolutiva ha
incrementado el rango de estudios filogenticos a niveles insospechados. El
desarrollo de las tcnicas de anlisis de los cidos nucleicos, que ha permitido la secuenciacin de genomas completos, combinado con el rpido
desarrollo de la informtica, ha llevado no slo a un crecimiento explosivo
de informacin en los bancos de datos y nuevas herramientas sofisticadas
para su anlisis, sino tambin al reconocimiento (e que diferentes macn>
molculas pueden funcionar como cronmetros moleculares en la reconstruccin de filogenias universales.
El trabajo de este tipo ms destacado ha sido la comparacin evolutin
de las subunidades pequeas del RNA ribosomal (rRNA), que permiti h
construccin de un rbol trifurcado sinraz en el que todos los organismc
conocidos quedaron agrupados en uno de los tres linajes celulares: Bacfe
rio, Archaea y Eucarya (Woese y cols., 1990). Aunque este tipo de anlisb
se puede criticar por su carcter reduccionista, es evidente que la identificacin de estos tres linajes no es una ilusin provocada por el uso de urn
sola molcula como marcador evolutivo (figura 26-1). Por ejemplo, en 1999
tres rupos de trabajo demostraron, en forma independiente, que la repre
sentacin rfica del contenido total de secuencias (es decir, fenograrnr

ii
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Archaea

Genomas de DNA

Figura 26-1, Reconstruccin filogentica de los

tres dominios celulares,
basada en 165 rRNA y su
extrapolacin al pasado

prebitico.

Mundo de RNA

Origen de la vida

Eucarya

cApTULo

26

LA

BrolocA MoLEcULAR y

LA EVoLUctru

crruraR

797

TEMpRANA

del contenido de secuencias) en los genomas completos secuenciados,

mostr cmo no slo los tres dominios, sino incluso las distintas lneas
biolgicas que las constituyen, se pueden identificar sin problemas (Snel y
cols., 1999; Tekaia y cols., 1999a; Fitz-Gibbon y House, 1999). Por otro
lado, tambin es cierto que la consruencia entre los rboles de rRNA y
otras molculas no siempre es ideal, ya que se han encontrado topolosas
que se escapan de lo esperado (Rivera y Lake, 1992; Gupta y Golding, 1993).
Sin embargo, una variedad importante de rboles filogenticos construidos
con las DNA- y RNA-polimerasas, los factores de elongacin, las subunidades hidroflicas de MPasas, las protenas ribosomales y un nmero cada
vez ms grande de enzimas biosintticas, ha confirmado una y otra vez la
existencia de los tres principales linajes celulares (Doolittle y Brown, 1994;

Doolittle, 1999).

Una variedad impor-

tante de rboles filogenticos construidos

con l9s DNA- y RNAplimerara, los faeto
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El cenancestro o el ltimo ancestro comn

de los linajes celulares
Aunque los tres linajes celulares estn separados por una enorme distancia evolutiva, es evidente que todos ellos provienen de un ancestro comn.
Sin embargo, tanto la distancia filogentica que existe entre los tres linajes, como las diferencias moleculares que los separan, llevaron a Woese y
Fox (1977) a sugerir que el ancestro comn era una entidad mucho ms
simple que cualquier procarionte, en donde operaba una versin an rudimentaria de la expresin de la informacin gentica. Es decir, Woese y
Fox supusieron que en el punto de la trifurcacin de los tres linajes celulares haba existido una entidad biolgica hipottica a la que llamaron
progenote y en la cual, a diferencia de lo que ocurre con los orgianismos
contemporneos, la separacin entre genotipo y fenotipo an no se haba
completado del todo.
No era fcil aceptar esta idea. Es evidente que los orgianismos contemporneos debieron haber sido precedidos por sistemas mucho ms simples,
pero la probabilidad de que el ltimo ancestro comn de las eubacterias, las
arqueobacterias y el nucleocitoplasma de los eucariontes fuera un progenote resultaba difcil de conciliar con la similitud y la complejidad de los procesos moleculares bsicos de cada uno de los linajes. Por otra parte, aunque
se pueden proponer esquemas evolutivos que conduzcan a la separacin simultnea de tres o ms linajes, los procesos de especiacin suelen ser dicotmicos, es decir, de un rupo ancestral se derivan dos. Por ltimo, el grupo de Wolfram Zillig, un biloo molecular alemn, demostr mediante
reacciones inmunolgicas cruzadas que las subunidades de las RNA-polimerasas DNA-dependientes de los eucariontes eran ms parecidas en nmero y estructura a las de las arqueobacterias, que cualquiera de ellas a la de
las eubacterias. Ello sugera la existencia de una afinidad evolutiva entre las
arqueobacterias y el nucleocitoplasma, es decir, que ambos tenan un origen comn. Sin embargo, el rbol de los 16/185 rRNA obtenido por Woese y Fox carece de ra2, es decir, no posee una polaridad que nos indique
el orden temporal en que divergieron los tres linajes. En otras palabras,

Aunque los tres linajes

celulares estn separados por una enorme

distancia evolutiva, es
evidente que todo
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ancestro comn.

Woese y Fox supusie-

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798

PARTE

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VII

EL ORIGEN DE LAS CLULAS

la representacin grfica de las relaciones entre las secuencias de los rRNA

no permite deducir cul de Ios tres fenotipos es el ms antiguo.
La comparacin de las diferencias y similitudes que existen entre los
tres linajes permite, en principio, conocer no slo Ia relacin evolutiva
que guardan entre ellos, sino tambin las caractersticas de su ancestro,
al que Walter Fitch design como cenancestro. Aunque hace una dcada
Ias bases de datos no posean lariquezade nuestros das, tenan la informacin suficiente para intentar asomarse a los rasgos del ltimo ancestro. A
pesar de las limitaciones de esta metodologa (que incluyen, en forma destacada, el problema del transporte horizontal de genes), los resultados
fueron notables: todo indicaba que el cenancestro posea, entre otros, a) un
sistema de transcripcin y traduccin de tipo moderno, que inclua ribosomas con protenas, factores de transcripcin y una RNA-polimerasa DNAdependiente oligomrica; b) metabolismo energtico dependiente de MPasas
asociadas a membranas; c) biosntesis de aminocidos, nucletidos y coenzimas, y d) presencia de un genoma de DNA (Lazcano y cols., 1992). Es de-

cir, todo indica que el ltimo ancestro comn a los tres linajes celulares
(y, por lo tanto, a todos los seres vivos) tena la complejidad equivalente a
Ia de cualquier procarionte contemporneo y no era un progenote (Lazcano, 1995).
La reconstruccin de estadios ancestrales ha adquirido una perspectiva
totalmente novedosa gracias a la disponibilidad, a partir de 1995, de un nmero creciente de genomas celulares completamente secuenciados. Como
haban afirmado desde 1965 Zuckerkandl y Pauling, la historia evolutiva de
un orsanismo est contenida en su genoma. Sin embargo, a menudo esta
informacin es difcil de interpretar, debido a una serie de fenmenos biolgicos que van desde la falta de preservacin de la estructura primaria de
los enes, hasta Ia existencia de niveles de redundancia de las secuencias cu-

ya naturaleza no entendemos del todo, pasando por el transporte horizontal, una de las peores pesadillas que tienen que enfrentar los bilogos evolutivos.

Como se muestra en la figura 26-2, en principio sera fcil detectar

el conjunto de genes del cenancestro, ya que ste estara definido por el
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Figwa 26-2. Los genes del cenancestro se pueden definir por el conjun-

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representan los genomas de las
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CAPITULO

26

LA BIoLoGA MOLECULAR Y LA EVoLUCIN CELULAR TEMPRANA

conjunto de secuencias presentes en la interseccin de los conjuntos que

representan los genomas de las Archaea,las Bacteria y los Eucory. Sin
embargo, en Ia prctica esta reconstruccin se ha visto limitada por, a) eI
hecho de que los genomas secuenciados no reflejan a la diversidad biolgica real; b) los distintos niveles de conservacin de los genes, que distan
mucho de ser los mismos para todas las secuencias; c) los problemas en
la anotacin e identificacin de las secuencias presentes en las bases de
datos; d) la presencia de secuencias altamente conservadas cuya funcin
es an completamente desconocida por no disponer de datos experimentales; e) la prdida polifiltica, es decir, independiente, de secuencias,
funciones y rutas metablicas que han sufrido diversos organismos, sobre
todo parsitos y simbiontes, y fl el transporte lateral de los genes, que en
algunos casos pueden traspasar las fronteras que separan a los srandes
dominios.
Ante un inventario de dificultades como ste, parecera ser imposible
definir con precisin los rasgos del ltimo ancestro comn; sin embargo,
los resultados son alentadores. Por ejemplo, el transporte horizontal de
secuencias es un fenmeno real (que subyace, por ejemplo, en Ia bien conocida resistencia a antibiticos que se observa con una frecuencia cadavez
ms alarmante entre muchos patgenos de humanos y animales) que
puede oscurecer la reconstruccin del pasado evolutivo. Sabemos, por
ejemplo, que incluso los operones del rRNA pueden llegar a sufrir este fenmeno, pero el hecho de que se mantenga la identidad de los srupos de
microorganismos sugiere que existen limitaciones biolgicas al intercambio de genes. A pesar de la promiscuidad con la que los seres vivos han
intercambiado genes a lo largo de la evolucin, la reconstruccin del pasado es posible (Snel y cols., 1999; Tekaia y cols., 1999a; Fitz-Gibbon y
House, 1999).

La descripcin tripartita del mundo viviente desarrollada por Woese y

sus colaboradores ha sido rcchazada por varios investigadores, que alegan que los dos grupos procariontes (es decir, las eubacterias y las arqueobacterias) son en realidad uno solo, ya que, independientemente de
las diferencias al nivel molecular, ambos son procariontes (Mayr, 1990;
Margulis y Guerrero, 1991; Cavalier-Smith, 7992). Adems, debido a su
naturaleza cladista, los rboles filogenticos moleculares no permiten
representar los procesos de anastomosis que se dieron entre los linajes
durante la formacin de los diferentes componentes de la clula eucarionte. As, Margulis y Guerrero (1991) han argumentado que, si bien la
cladstica molecular es la principal herramienta en la reconstruccin filoentica, las clasificaciones taxonmicas no se pueden basar nicamente en la comparacin evolutiva de macromolculas, sino tambin
en la informacin que brindan las rutas metablicas, la citologa, la
morfologa ultraestructural, los datos bioqumicos, los ciclos de vida y,

799

800

PARTE

VtI

EL ORIGEN DE LAS CELULAS

cuando estn disponibles, el reistro paleontolgico y la evidencia eoqumica.

En 1967, Lynn Margulis propuso que las clulas eucariontes eran en
realidad minsculas comunidades microbianas que haban resultado de una
serie de procesos endosimbiticos, es decir, que las clulas nucleadas haban
sido precedidas por procariontes que luego se asociaron simbiticamente.

Aunque la idea de que mitocondrias y cloroplastos eran descendientes de

bacterias de vida libre haba circulado en algunos medios cientficos desde
finales del siglo XIX, Margulis (1967) no slo revivi en forma independiente la teora endosimbitica, sino que la articul y apoy con una serie
de evidencias morfolgicas, bioqumicas, genticas e incluso geolgicas tan

contundentes que sus puntos de vista terminaron por ser aceptados incluso por sus crticos ms severos.

Cuando Marsulis propuso por primera vez su teora endosimbitica,

no estaba clara la naturaleza biolgica del hospedero que haba alojado
a las bacterias que luego se convirtieron en mitocondrias, cloroplastos y
undulipodia, es decir, no se tena una idea precisa sobre el origen del nucleocitoplasma. Los micoplasmas, parsitos intracelulares que carecen
de pared celular, parecan ser buenos candidatos, debido a su metabolismo

estrictamente fermentativo (como el del citoplasma eucarionte) y a que

la ausencia de pared hubiera facilitado la entrada de los endosimbiotes. La
idea de la endosimbiosis fue ganando cada vez ms adeptos y pronto se

convirti en una de las bases de la clasificacin de los seres vivos en cinco

reinos. As, a pesar de que para entonces era cada vez ms evidente la
existencia de algunas diferencias en los procesos de replicacin y expresin gentica entre los procariontes y los eucariontes, hacia mediados de
la dcada de 1970 la mayora de los bilogos consideraban que todos los
componentes de las clulas nucleadas provenan de un mismo linaje
bacteriano.
Las filogenias moleculares han determinado, sin lusar a dudas, el origen endosimbitico de los plstidos y la mitocondria. Sin embargo, un
nmero importante de rboles filogenticos sugiere que buena parte del
nucleocitoplasma eucarionte se origin de una clula arqueobacteriana
(y no de una bacteria tipo micoplasma) cuyos descendientes conforman
al grupo monofiltico de los eucariontes (Goarten-Boekels y Gogiarten,
1994). Como afirmaron Woese y cols., aunque la presencia de endosimbiontes es de importancia central para los eucariontes, es innegable que
stos tienen una nica filogenia principal (Wheelis y cols., L992). Mientras este punto de vista asume una continuidad absoluta entre el nucleocitoplasma y su antepasado directo, los argumentos holistas de Margulis
y Guerrero (1991), Cavalier-Smith (1992) y otros ms, ponen nfasis en
la emergencia evolutiva de un nuevo tipo de clula como un resultado
de procesos endosimbiticos. Por lo tanto, el proceso principal de transicin a eucariontes fue la adquisicin evolutiva de simbiontes intracelulares y, en consecuencia, se puede afirmar que la rama de los eucariontes
de los tres linajes celulares propuesta por Woese no representa a las c-

O,fN,TO

26

LA BIoLoGA MoLECULAR Y LA EVOLUcIru

ceIumR

TEMPRANA

Hs

eucariontes en su conjunto, sino nicamente parte de su compleja

Sstoria.

Aunque en los ltimos aos la relacin entre la biologa molecular y el esrdio de las filogenias celulares ha enfrentado un nmero enorme de crticas y conflictos, el rpido desarrollo de las bases de datos de secuencias
moleculares ha proporcionado una visin nica de la evolucin de las clulas procariontes y eucariontes, abriendo nuevas perspectivas en varios
campos de las ciencias naturales. La evolucin molecular result originalmente de la unin de la biologa molecular con las ideas neodarwinistas,
pero actualmente se ha transformado en un campo con vida e identidad
propias. Sin embargo, su desarrollo pleno requiere no slo del desarrollo
de tcnicas de secuenciacin macromolecular menos caras y ms rpidas
y de algoritmos y computadoras ms poderosas para la reconstruccin de
hiptesis filogenticas, sino, sobre todo, del incremento del conocimiento de su objeto de estudio, as como definiciones ms precisas de su armazn conceptual.
Al igual que ocurre en otras reas del conocimiento, pocas tareas resultan tan complejas y difciles como la reconstruccin del pasado biolgico.
Si bien es cierto que en el marco de la teora evolutiva es fcil aceptar la
existencia de sistemas ancestrales ms simples de los cuales descendemos
los organismos actuales, su estudio no es una tarea fcil, sobre todo si,
como ocurre en el caso del cenancestro, hay que remontarse a pocas
precmbricas. La reconstruccin de estadios ancestrales es una tarea
multi e interdisciplinaria que tiene que recurrir a actitudes eclcticas que
apelen a metodologas que van desde las discusiones sobre el medio ambiente primitivo, hasta la anotacin automatizada de las secuencias de glenomas
completos.
Los resultados pueden ser confusos. Por ejemplo, la conservacin de
las secuencias de las ATPasas implica la existencia de membranas de lpidos y fosfolpidos, aunque no podemos saber cul era la naturaleza qumica de estas ltimas. A pesar de estas dificultades, resulta asombroso que
existan secuencias, estructuras y funciones, como las que participan en la
expresin de la informacin gentica, que se han conservado a lo largo de
miles de millones de aos. La lectura de estas crnicas moleculares que se
han mantenido desde pocas precmbricas nos permite asomarnos, aunque sea en forma limitada, al interior de los procesos biolgicos de las clulas que antecedieron a todas las formas de vida que existen hoy en nues-

tro planeta.

Cavalier-Smith, T., "The number of symbiotic origins of organelles", Biosgstems,

28(r-3):91-106, 1992.

801