La aplicacin natural versus la sinttica:

Antes del desarrollo de la qumica orgnica como ciencia, solo las sustancias
(orgnicas) obtenidas directamente de las plantas y animales yacan disponibles
para usos como los tratamientos contra enfermedades, colorantes en las prendas
de vestir, limpieza y perfume de nuestros cuerpos, entre otros. Extractos de la
planta del opio (Papaver somniferum), por ejemplo, han sido usados desde el siglo
XVII para aliviar el dolor. El importantsimo tinte purpura llamado prpura de Tiro
obtenido un molusco en el medio este, ha sido conocido desde la antigedad.
Aceites destilados de la bergamota, laurel, rosa, y lavanda, han sido empleados
por siglos en la fabricacin de perfumes.
Muchos de estas sustancias naturalmente obtenidos, fueron primeramente usados
sin algn conocimiento de su composicin qumica. Sin embargo, con el desarrollo
de la qumica orgnica, los qumicos han aprendido como controlar las estructuras
de sus componentes. Las propiedades curativas de las limas y otras frutas ctricas,
por ejemplo, fueron conocidas por siglos, pero el estructura qumica de la vitamina
C, el ingrediente activo, no fue determinado hasta 1933. Hoy en da existe un
revivido inters por los remedios tradicionales, y un largo esfuerzo se est
haciendo para identificar medicinalmente la importancia qumica de los
componentes encontrados en las plantas.
Una vez que una estructura es conocida, los qumicos orgnicos tratan de
sintetizar el componente en el laboratorio. Si los materiales con que trabajar no
son costosos y el proceso es lo suficiente simple; entonces, ser mucho ms
econmico sintetizar un componente que el proceso que requiere extraerlo de un
recurso natural. En el caso de la vitamina C, una completa sntesis fue lograda
recin en 1933 y fue ms barato sintetizarlo de la glucosa que extraerlo de un
recurso natural. Mundialmente, ms de 80 millones de componentes son
sintetizados cada ao.
Algunas personas solo consumen vitaminas nicamente extradas de los recursos
naturales, asumiendo que lo natural es de alguna manera mejor. Aunque el hecho
de comer naranjas es ciertamente mejor para ti que tomar una tableta de
vitamina C, la diferencia yace en las muchas otras sustancias que aparte de la
vitamina estn tambin presentes en ese fruto. La vitamina C es exactamente la
misma, sea natural o sinttico, al igual que el NaCl producido al reaccionar sodio y
cloro en el laboratorio es idntico al encontrado en el ocano.

La aplicacin del petrleo:

Muchos alcanos existen naturalmente a travs de las plantas y animales, pero los
depsitos de gas natural y del petrleo son las fuentes ms abundantes de alcanos
en el mundo. El gas natural consiste principalmente de metano, junto a pequeas
cantidades de etano, propano y butano. El petrleo es un complemento lquido de
combinacin de hidrocarbonos que deben ser separados o refinados, en
diferentes fracciones antes de que puedan ser usados. La refinacin del petrleo
comienza con las destilacin para separar el aceite crudo en tres principales
fracciones segn los puntos de ebullicin: la gasolina (p.e 30-200C), kerosene
(p.e 175-300 C ) y el gas leo ( p.e 275-400 C). El residuo es luego largamente
destilado bajo baja presin hasta recuperar los lubricantes, ceras y asfalto.
La destilacin del petrleo es solo el comienzo del proceso de fabricacin de la
gasolina. Ha sido largamente conocido que los alcanos no ramificados se queman
menos suavemente en los motores que los ramificados, como medidos por el
componente octano. Heptano, un alcano de cadena lineal y particularmente un
combustible pobre, es asignado como un octano de clasificacin 0, mientras el
2,2,4-trimetilpentano, un alcano ramificado comnmente conocido como
isooctano, se le es asignado una clasificacin de 100. La gasolina de destilacin
recta con su alto porcentaje de alcanos no ramificados, es por tanto un
combustible pobre. Los qumicos petroleros, empero, han ideado mtodos para
remediar el problema. Uno de estos mtodos, llamado el craqueo cataltico,
implica obtener la fraccin de kerosene (C 11-C14) y craquearlo en pequeas
molculas (C3-C5) a una alta temperatura. Estos pequeos hidrocarbonos son
luego catalticamente recombinados a C7-C10 molculas de cadenas ramificadas
que son perfectamente apropiadas para ser usadas como combustible de
automviles.

Aplicacin de la mostracin de frmulas moleculares:

Las formas moleculares son crticas para la apropiada funcin de las biomolculas.
La ms pequea diferencia puede causar que dos componentes se comporten
diferentes o causar efectos fisiolgicos diferentes en el cuerpo. Es por eso que los
qumicos son capaces de tanto la forma molecular con gran precisin como
visualizar estas formas de maneras tiles .
Las formas tridimensionales de las molculas son determinadas por cristalografa
de rayos X, una tcnica que nos permite ver las molculas dentro de un cristal
usando las ondas de los rayos X en vez de las de la luz. La figura molecular
obtenida por este proceso, luce al principio como una serie de manchas oscuras
espaciadas contra un fondo ms luminoso en una pelcula fotogrfica. Despus de
la computarizada manipulacin de los datos, las reconocibles molculas pueden
ser dibujadas. Relativamente las pequeas molculas como la morfina son
generalmente mostradas en un formato de circunferencias adheridas que
enfatizan toda la forma.
Las enormes molculas biolgicas como lo son las enzimas y otras protenas
tienen la mejor visualizacin en las computadoras donde sus estructuras pueden
ser alargadas, rotadas o de otra forma; manipuladas para una mejor vista. Una
molcula de inmunoglobulina, por ejemplo, es tan larga que pequeos detalles
pueden ser vistos en adheridas circunferencias o espacios llenos. Sin embargo,
una hendidura dentro de la molcula es visible si el modelo se hace girar en la
manera correcta