Manual do programa Ugene

ministrado no 1Mini-Curso de
Bioinformtica.

Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira

O Programa Ugene uma ferramenta poderosa de edio de sequncias,

reunindo funcionalidades de diversos programas em um s. Contudo sua
utilizao complexa, para isso foi montado um pequeno manual de instruo de
como fazer o alinhamento e edio de sequncias com vrios primers diferentes.
Para o programa e as sequncias utilizadas podem ser obtidas no site
http://www.bioinformatics013.blogspot.com.br, basta procurar os links do
programa e do material que foi utilizado durante o curso:

Site.

Postagem para o Ugene

Postagem para o Material usado.

Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira

Para fazer o download de ambos basta clicar na foto e uma nova janela ou
aba ser aberta.
Quando clicar para baixar o Ugene a janela aberta mostrar diversas opes
do Download, no caso do Windows, baixe a primeira opo FULL.

Clicando na foto do material abrir uma janela ou aba onde devemos clicar
em File ou Arquivo (depende da verso do seu navegador) e selecionar a opo
DOWNLOAD.

Aps baixar e instalar o Ugene, descompacte o arquivo Material.rar em uma

pasta no computador.

Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira

Abra o Ugene e temos a tela inicial do programa.

Clique em File>OPEN (ctrl+o) ou no smbolo de abrir

Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira

Abra a pasta Material, depois a pasta ab1 e depois a pasta 118464. Dentro
da mesma selecione todas as sequencias e clique em Abrir ou Open.

A tela inicial ir mostrar as sequncias abertas bem como outras

informaes.

Diminua a exibio de todas as sequncias clicando no sinal de menos da

sequncia.

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Ficando assim:

Nesta tela temos a visualizao das sequncias:

E o Cromatograma:

Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira

Clique na lupa para visualizar melhor o sinal do sequenciamento.

Selecione todas as sequncias com os diferentes primers que sero unidas

atravs do mtodo de assembly com o programa CAP3.

Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira

Primeiro exportar as sequncias. Depois de selecionadas, clique com o

boto direito do mouse v na opo Export/Import > export sequences.

Vai abrir a seguinte janela:

Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira

Em Export to file, o ultimo nome ser o nome do arquivo que vamos

exportar no formato FASTA>/118464_H4b_016_LVR_2013-04-29.new.fa.
Deixe as opes como esto marcadas e clique em export.

Feito isso, passamos para o Assemble das sequncias com o programa

CAP3.
Selecione o arquivo 118464_H4b_016_LVR_2013-04-29.new (caso j no
esteja selecionado), v em TOOLS>DNA ASSAMBLE>CONTIG
ASSEMBLE WITH CAP3.

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Na janela que ir abrir clique em ADD.

Selecione o arquivo .fa gerado no nosso exemplo

118464_H4b_016_LVR_2013-04-29.new.fa. Clique em Abrir ou Open.

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Clique em RUN.

Foi gerado o arquivo 118464_H4b_016_LVR_2013-04-29.new.cap.ace.

Que so todas as sequncias comparadas, alinhadas, revertidas (ver-compl) e
unidas em uma sequncia consenso (contig).

Clique com o boto direito sobre o contig > Export/Import > Export
alignment to sequence format.

Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira

Coloque o nome da amostra que est sendo utilizada na caixa Export to

file. O formato fica FASTA. Export.

Agora temos a lista com todas as sequncias mais o contig.

Para retirar s o contig basta clicar com o boto direito sobre o Contig >
Export/Import > Export sequences.

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Modifique o local do arquivo para salvar a sequncia.

Ache a pasta utilizada para salvar suas sequencias. No exemplo estamos

utilizando Material > ab1 > 118464.

Alterado o NOME do arquivo e o LOCAL de salvar, basta clicar em

Export para salvar a sequncia que desejamos.

Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira

Obtemos assim somente a sequncia que queremos alinhada com os

primers.

Renomeie a amostra clicando com o boto direito do mouse sobre o contig

> Edit > Rename.

Use o nome da amostra.

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Verificando se a sequncia a correspondente ao organismo e gene

estudado alm da direo da sequncia (direto ou reverso). Basta ir em Analyze
> Query NCBI BLAST database ou clicando no smbolo na parte superior
.

Abrir a janela, basta clicar em Search.

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Analisando os resultados, na parte inferior tem um quadro com todos os

resultados (blast result), basta expandir a visualizao.

Pode ser visto tambm apenas deixando o cursor do mouse sobre a

sequncia.

Copie o cdigo de acesso do NCBI (accession).

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V em File > Access remote database... Para baixar a sequncia com o

cdigo de acesso copiado previamente.

Cole o nmero de acesso em Resource ID > OK.

A sequncia quando for baixada dever ser exportada. Clique sobre a

sequencia Export/Import > Export sequence. Altere o caminho e nome e
Export.

Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira

Repita o processo de alinhamento e salvar com todas, abra todas mais o

prottipo baixado da internet.

Renomeie os Contig caso no esteja com o nome da sequncia.

Ficando assim.

Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira

Exporte as sequencias como alinhamento. Export/Import > Export

sequences as alignment.

Vai abrir a seguinte janela, mude o nome do arquivo para, usei

ALINHAMENTO, e Export.

Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira

Aps Mande alinhar em Tools > Multiple alignment > (selecione o de sua
preferncia no exemplo utilizamos o MAFFT). Ou clique no cone acima
.

Sequencia Alinhada

Exporte terminado de alinhar suas sequncias. FIM!

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