20150522200524 (1)

ACTIVIDADES DE
PRCTICA
BIOLOGIA CELULAR Y MOLECULAR
Biologa
2015-10
Ms. Pablo Chuna

Mogolln
Actividades de Prctica
P.Ch.M.
UNIVERSIDAD PRIVADA ANTENOR ORREGO

FACULTAD DE MEDICINA HUMANA
ESCUELA PROFESIONAL DE MEDICINA HUMANA
GUA DE PRCTICA DE
BIOLOGA CELULAR Y MOLECULAR
CICLO ACADMICO 2015-10
Trujillo Per
2015
Pablo Chuna Mogolln.

Gua de Prcticas de Biologa Celular y Molecular 2015-10
1 ed. Trujillo. 50p.
Ninguna parte o la totalidad de esta publicacin, puede ser
reproducida, almacenada transmitida por ningn medio, ya
sea electrnico, mecnico, ptico, de grabacin o por
fotocopia, sin autorizacin escrita del autor.
Derechos reservados 2015
Primera edicin: Enero 2015

Impresa en Trujillo
P.Ch.M.
ANLISIS GENTICO USANDO HERRAMIENTAS

BIOINFORMTICAS
TUBERCULOSIS DROGORRESISTENTE
12
1. OBJETIVOS
1. Identificar mutaciones como polimorfismos de un solo nucletido (SNPs)
2. Navegar en herramientas bioinformticas online para traducir el ADN en una secuencia
polipeptdica y, comparar y contrastar secuencias polipeptdicas silvestre y variantes.
3. Determinar si las secuencias aminoacdicas obtenidas presentan mutacin silenciosa,
mutacin de cambio de sentido o sin sentido.
4. Hipotetizar si los SNP obtenidos podran causar resistencia a rimfapicina.
2. INTRODUCCIN
Tuberculosis (Tb) es una infeccin bacteriana mortal, que afecta principalmente los
pulmones, y es causada por Mycobacterium tuberculosis (MTb). La transmisin de Tb ocurre
cuando una persona afectada con tuberculosis tose, estornuda o aerosoliza la bacteria y luego
sta es inhalada por otra persona.
En todo el mundo, 8.8 millones de nuevos casos de Tb fueron diagnosticados y 1.5 millones
de personas murieron de Tb en el ao 2010, la mayora de nuevos casos y muertes ocurren en
pases en desarrollo. Se estima que para el ao 2020 cerca de 100 millones de personas
puedan contraer la infeccin, 200 millones desarrollar la enfermedad y 50 millones podran morir
a causa de sta. Se cree que un tercio de la poblacin mundial est infectada con M.
tuberculosis. Sin embargo, 90% de estos infectados no desarrollaran un caso activo de Tb. Para
aquellos que desarrollan Tb activa, los sntomas incluyen dolor en el pecho, tos prolongada,
sangre en el esputo, fiebre, sudor nocturno y, prdida de peso. Sin un tratamiento efectivo, 66%
de personas con Tb activa morirn.
Debido a que es causada por una bacteria, la Tb puede ser tratada usando antibiticos, y en
la actualidad existen 8 clases de drogas disponibles para tratar Tb. Dos antibiticos que son
comnmente usados para tratar la Tb son isoniazida y rifampicina. Sin embargo, hay una
creciente prevalencia de cepas multidrogorresistente (MDR) con ~650,000 casos en el 2010.
Infecciones MDR-Tb son resistentes tanto a isoniazida como rifampicina. Las cepas
extradrogorresistentes y totalmente drogorresistentes (XDR, TDR) muestran resistencia a
isoniacida, rifampicina, a una fluoroquinolona y a una o ms de las 3 siguientes drogas antituberculosas inyectables: capreomicina, kanamicina y amikicina.
Las colonias de M. tuberculosis son de muy lento crecimiento, por lo que el tratamiento
recomendado para un nuevo caso de Tb es 6 meses de una combinacin de 2-4 diferentes tipos
de antibiticos. Para MDR-Tb, el tratamiento con al menos 4 efectivos antibiticos tomara de 18
a 24 meses. Es importante cumplir el tratamiento mdico, una interrupcin del tratamiento por
parte de las personas afectadas, puede conducir a la aparicin de cepas resistentes. Algunas
mutaciones aleatorias podran permitir a estas cepas de MTb sobrevivir, reproducirse y generar
una segunda infeccin que es resistente a los antibiticos usados para tratar la primera
infeccin.
El genoma de M. tuberculosis es aproximadamente de 4 millones de pares de bases con
4,000 genes. Una cepa tipo silvestre de M. tuberculosis no tiene algn gen que confiera
resistencia a antibiticos, hacindola susceptible a todas las 8 clases de antibiticos para
tuberculosis. Otras cepas de M. tuberculosis, sin embargo, podran tener mutaciones tales como
P.Ch.M.

polimorfismos de un solo nucletidos (SNPs) lo cual podra generar resistencia a ciertos
antibiticos. Una vez, que una bacteria es resistente a un antibitico particular, aquel antibitico
no es ms efectivo en matar la bacteria o curar la infeccin.
Un SNP es una sustitucin de un nico par de bases que puede observarse cuando se
comparan secuencias de ADN similares del mismo gen bien entre organismos, cepas o
cromosomas homlogos (Fig. 1.) Un SNP que puede codificar para la misma secuencia
aminoacdica como su homlogo es llamado un polimorfismo sinnimo, o una mutacin
silenciosa. Un SNP que codifica para una diferente secuencia de aminocidos es llamado
polimorfismo no sinnimo. Un polimorfismo no sinnimo puede o bien causar cambio de sentido,
el cual resulta en un cambio de aminocido, o sin sentido, que resulta en un codn stop. (Fig. 2.)
Alelo 1
Alelo 2
A G G T C T A T T
A G G T G T A T T
Fig. 1. Ejemplo de un polimorfismo de simple nucletido (SNP)

Alelo tipo silvestre
ARNm transcrito
Secuencia de aminocidos (original)
A G G T C T A T T
U C C A G A U A A
Serina Arginina Stop
Original
Polimorfismo sinnimo
ARNm transcrito
A G G T C C A T T
U C C A G G U A A
Serina Arginina Stop
Mutacin silenciosa
Polimorfismo no sinnimo
ARNm transcrito
A G G T G T A T T
U C C A C A U A A
Serina Treonina Stop
M. cambio de sentido
Polimorfismo no sinnimo
ARNm transcrito
A G G A C T A T T
U C C U G A U A A
Serina Stop
M. sin sentido
Fig. 2 Posibles consecuencias de SNPs

Recuerde que el orden de aminocidos en un polipptido determina la forma tridimensional
del polipptido y, consecuentemente la estructura y funcin de la protena.
Los antibiticos actan sobre sitios de unin particulares en una protena diana que afectan la
funcin de la protena. Debido a que la protena deja de trabajar, la bacteria no podra llevar a
cabo sus funciones normales y morir. Por ejemplo, rifampicina un antibitico contra Tb- se
une e inhibe a la subunidad beta (rpoB) de la enzima RNA polimerasa.
Las bacterias que son resistentes a rifampicina pueden tener una mutacin en el gen que
codifica rpoB lo que altera el sitio donde se une la rifampicina a la RNA polimerasa. Por lo tanto,
la rifampicina no es capaz de unirse a la polimerasa, por lo que puede continuar trabajando, y la
bacteria vive!
En esta prctica, a usted se le asignarn la secuencias de ADN del gen de rpoB de una cepa
silvestre de Mycobacterium tuberculosis (wild-type MTb) y la secuencias del rpoB de cepas
variantees de MTb (VariantX MTb). Su trabajo es identificar algn SNPs en la secuencia gnica
variante, determinar la secuencia de aminocidos tanto de los alelos wild-type MTb y variantX
Mtb y si el polimorfismo es sinnimo o no sinnimo. Usted luego debe evaluar crticamente que
efecto podra tener el SNP sobre el hecho de conferir resistencia a antibiticos a las cepas
variantes de M. tuberculosis.
P.Ch.M.

3. MATERIALES Y EQUIPOS
Laptop con acceso a internet

Secuencia gnica de rpoB de Wild-type MTb (alelo tipo silvestre)
Secuencia gnica de rpoB de variant MTb (alelo variante)
Cdigo gentico y propiedades de aminocidos
4. PROCEDIMIENTO
A cada pareja de estudiantes se le asignar un documento digital conteniendo un segmento
(nucletidos 1168-1429) de los 3519 nucletidos de la secuencia de ADN del gen rpoB
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000962.3) de una cepa de Mycobacterium tuberculosis
silvestre (wild-type MTb strain), con 3 de las 8 posibles variantes de M. tuberculosis (variant Mtb
strains). La secuencia de ADN del gen rpoB de MT silvestre (MTb H37Rv) fue obtenida de
tubercuList (http://tuberculist.epfl.ch) y las secuencias variantes fueron creadas usando
polimorfismos reportados en TB Drug Resistance Mutation Database (Sandgren et al., 2009)
http://www.plosmedicine.org/article/fetchObject.action?uri=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
med.1000002&representation=PDF
Parte A: Identificando SNPs
1) Abra el documento digital que ha sido asignado a su grupo.
2) Utilizaremos los programas bioinformticos, para hacer la tarea ms fcil y rpida.
3) El ClustalW se puede correr on-line en muchos sitios y tambin se puede descargar uno,
cualquiera de ellos:
http://www.genome.jp/tools/clustalw/
http://www.pedb.org/scripts/clustalw.php
http://www.ebi.ac.uk/clustalw/
http://www.es.embnet.org/cgi-bin/clustalw.cgi
a. Ingrese a Internet y, vaya al ClustalW en http://www.genome.jp/tools/clustalw/
b. En el ClustalW, ubquese en Enter your sequences haga click en DNA.
c. Copia y pega las secuencias de ADN asignadas en el gran recuadro vaco. Asegrese
que incluya las etiquetas de las secuencias (sequence labels). Ej. >wild-type_Tb para la
secuencia del Mtb silvestre; >VariantA_Tb para la secuencia variante A de MTb.
d. Haga click en Execute Multiple Alignment.
e. En la pgina que aparece, seleccione en el encabezado superior clustalw.aln
f. Observe el alineamiento de las cuatro secuencias. Estrellas (***) indican bases que son
idnticas. Un espacio vaco indica un SNP.
4) Imprima la hoja de los SNPs y coloque sus resultados en el Cuadro de la parte E.
Parte B: Traduciendo DNA en aminocidos
Existen websites que los cientficos usan para traducir una secuencia de DNA en una secuencia
de aminocidos, entre ellos:
http://exon.gatech.edu/genemark/genemarks.cgi
http://linux1.softberry.com/berry.phtml
Gene MarkS
1) Ingrese a GeneMarkS en http://exon.gatech.edu/genemark/genemarks.cgi
a. Ubique los datos originales de tus secuencias de ADN: wild-type Tb y variantes.
b. Copia y pega las secuencia wild-type Tb y variantes en el recuadro grande. Asegrese
de incluir la etiqueta de la secuencia (sequence label). Ej. >wild-type_Tb para la
secuencia del Mtb silvestre; >VariantA_Tb para la secuencia variante A de MTb.
c. Debajo de Output options marque los recuadros Protein sequence and Gene
nucleotide sequence
d. Haga click en Start GeneMarkS.
P.Ch.M.

e. En la pgina que aparece, haga click en gms.out.faa para obtener la secuencia del
polipptido.
f. Usted obtendr un resultado similar al recuadro de abajo.
La secuencia de aminocidos es dada con el cdigo de una sola letra para los 20
aminocidos. Ej. H = His = Histidina; K = Lis = Lisina; M = Met = Metionina.
Luego, usted debe copiar y pegar las secuencias de aminocidos en un documento Word.
a. Abra un documento en Word.
b. En GeneMarkS, copie las secuencias de aminocidos wild-type y variantes (Ctrl-C)
c. Pegue las secuencias en el documento Word (Ctrl-V)
d. Dele una etiqueta como: >WT_rpoB_polypeptide para la secuencia polipeptdica wildtype, >X_rpoB_polypeptide. (Sustituye X con la letras variantes asignadas) para las
secuencias polipeptdicas de las cepas variantes
Imprima la hoja de las secuencias de aminocidos.
2)
3)
Softberry
a. Vaya a Softberry en http://linux1.softberry.com/berry.phtml
b. En la columna de la izquierda, ubique Operon and Gene Finding in Bacteria.
c. Haga click en FGENESB Gene Finding in Bacteria.
d. Retorne a los datos originales asignados por su profesor.
e. Copia y pega la secuencia gnica wild-type TB en el recuadro vaco. Asegrese de
incluir la etiqueta de la secuencia (sequence label). Ej. >wild-type_TB.
f. En el campo Choose closest organism, seleccione con el mouse BACTERIAL generic.
g. Haga click en Process.
h. Usted conseguir un resultado similar al recuadro de abajo.
i.
Abra un documento en Word. Copia y pega la secuencia de aminocidos en este

documento. Dale una etiqueta como:: >WT_rpoB_protein.
j. Repita los mismos pasos para las protenas variantes.
k. Retorne a Softberry, click en back arrow, y borre la secuencia WT (Ctrl-A seleccione all,
luego presione delete).
l. Pega la secuencia variante. Dale una etiqueta como: >X_rpoB_protein. (Sustituya X
con las letras variantes asignadas)
P.Ch.M.

Parte C: Identificando Polimorfismos Sinnimos y No Sinnimos
1) A fin de determinar si el SNP de las secuencias variantes podran afectar la estructura y la
funcin de la protena. Usted necesitar alinear las secuencias de aminocidos, y
determinar si el SNP causa un polimorfismo sinnimo o no sinnimo en la protena variante.
a. Ingrese a ClustalW at http://www.genome.jp/tools/clustalw/
b. En Enter your sequences haga click en Protein.
c. Copia y pega la secuencia aminoacdica de wild-type TB y variantes del documento
Word obtenidos en la parte B. Asegrese que cada secuencia tenga una etiqueta como:
> y un nombre.
d. Haga click en Execute Multiple Alignment
e. En la pgina que aparece, seleccione en el encabezado superior clustalw.aln
f. Observe el alineamiento de las cuatro secuencias. Estrellas (***) indican aminocidos
que son idnticos. Dos puntos(:), un punto (.) y un espacio vaco indican un cambio de
aminocido. Una serie de guiones (----) indican prdida de aminocido.
2) Imprima la hoja de los SNPs y coloque sus resultados en cuadro de la parte E.
Parte D: Hipotetizando Resistencia a Antibiticos
Un SNP en la regin del gen que codifica el sitio de unin de la rifampicina en la protena
target (rpoB) podra cambiar la estructura de la protena (enzima RNA polimerasa) de tal manera
que la rimfapicina no puede unirse a la subunidad beta de la enzima. Si esto sucede, la bacteria
con la mutacin podra considerarse ser resistente a rifampicina.
Su tarea ahora es hipotetizar si los alelos de las bacterias variantes de Tb que trabaj son o
no resistentes a rifampicina.
Pero, primero usted necesita informacin adicional para realizar su tarea
El sitio de unin para rifampicina est localizado entre los aminocidos 36 y 67.
Aminocidos con las mismas propiedades podran causar que la protena se pliegue en su
forma original.
Aminocidos con propiedades diferentes u opuestas podran causar cambio de forma de la
protena.
Fig 1. Rifampicina. a. Presentacin del frmaco rifampicina 300mg.

b. Unin de rifampicina
(rojo y amarillo) por unin cercana al centro activo (rosado) de la RNA polimerasa. c. Frmula
estructural de rifampicina,
Parte E: Comparando todas las variantes de los genes rpoB MTb de los grupos de Clase
Llene la tabla 1 con los resultados obtenidos de los dos grupos de clase.
P.Ch.M.

5. ACTIVIDADES COMPLEMENTARIAS
1. Ingrese al NCBI books (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books), coloque en el recuadro Genes
and Disease haga click en Search, en la parte inferior presione next, en esa segunda
pgina, ubique el libro N26: Genes and Disease.
2. Haga click sobre el libro y busque en la parte inferior el captulo 19, haga click all.
3. En la nueva ventana ubique Blood and Lymph Diseases, y se abre una nueva pgina, deber
ubicar debajo del texto Anemia, sickle cell, haga click all.
4. En la parte derecha de la pgina abierta, haga click en Genome view para visualizar donde
est localizado el gen en el cromosoma. Ir a Homo sapiens Annotation release 106 y haga
click en
. En la ventana que se abre, ubique en el lado izquierdo, el cromosoma 11, haga
click all, busque en que sitio se ubica el gen de globina beta (HBB gene).
5. A los estudiantes se le asignar un documento digital conteniendo la secuencia de ADN del
gen de globina humana (hemoglobin subunit beta - Homo sapiens), adems 10 de las 662
variantes mapeadas de protena NP_000509 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/4504349).
La secuencia completa de ADN de la globina (HBB) se obtuvo de:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000011.8 y las secuencias variantes se obtuvieron
de dbSNP Short Variations: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp3D.cgi?rsnum=11549405
6. La secuencia del ARNm se obtuvo de: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_000518 . A
mitad de la pgina abierta busque CD y haga click en NP_000509.1 para obtener la protena
codificada. Arriba de esa secuenciase encuentra CDS, ubique CCDS7753.1 para conocer la
localizacin en el cromosoma del CCDS sequence data, adems puede ver la localizacin
exacta de los 3 exones y la secuencia traducida. Muevan el mouse sobre la secuencia de
aminocidos y observe que sucede en la secuencia de nucletidos.
7. La actividad consiste en realizar las 5 partes (A-E) que se desarrollaron para el caso de
resistencia de M. tuberculosis. Llene la tabla 2 con los resultados obtenidos .
6. BIBLIOGRAFA
Castillejos M. de J. et al. Implicaciones de los polimorfismos de un solo nucletido en
Mycobacterium tuberculosis y humanos en el manejo clnico de la tuberculosis. Rev. Inst.
Nal. Enf. Resp. Mex. 2006: 19 (1): 38-46.
http://www.medigraphic.com/pdfs/iner/in-2006/in061e.pdf
Koch A., et al. The impact of drug resistance on Mycobacterium tuberculosis physiology:
what can we learn from rifampicin ?. Emerging Microbes and Infections (2014) 3:1-11.
http://www.nature.com/emi/journal/v3/n3/pdf/emi201417a.pdf
Machado P. et al. La contribucin de los polimorfismos humanos del eritrocito en la
proteccin contra la malaria. Rev Pan-Amaz Saude 2010; 1(4):85-96.
http://scielo.iec.pa.gov.br/pdf/rpas/v1n4/es_v1n4a13.pdf
Peuea O.A. Hemoglobina: una molcula modelo para el investigador. Vol. 36 N 3, 2005
(Julio-Septiembre). http://www.scielo.org.co/pdf/cm/v36n3/v36n3a12
Cuevas V., Zenteno R. Tuberculosis drogorresistente: mecanismos moleculares y mtodos
diagnsticos. Enferm Infecc Microbiol Clin. 2010;28(9):621628.
http://apps.elsevier.es/watermark/ctl_servlet?_f=10&pident_articulo=13184027&pident_usua
rio=0&pcontactid=&pident_revista=28&ty=98&accion=L&origen=elsevier&web=www.elsevie
r.es&lan=es&fichero=28v28n09a13184027pdf001.pdf
From sequence to protein:
http://www.tok.ro/toksite/downloads/Bioinformatika/Konyvek/feherje%20konyvek/Protein%20
Structure%20and%20Function.pdf
P.Ch.M.

ANEXOS
SECUENCIAS DE ADN DEL GRUPO 1: Secuencias del gen de la subunidad (rpoB)
de la RNA Polymerasa de Mycobacterium tuberculosis
>wild type rpob gene sequence of Mtb H37Rv

ATGGAGCGGGTGGTCCGGGAGCGGATGACCACCCAGGACGTGGAGGCGATCACACCGCAGACGTT
GATCAACATCCGGCCGGTGGTCGCCGCGATCAAGGAGTTCTTCGGCACCAGCCAGCTGAGCCAATTC
ATGGACCAGAACAACCCGCTGTCGGGGTTGACCCACAAGCGCCGACTGTCGGCGCTGGGGCCCGGC
GGTCTGTCACGTGAGCGTGCCGGGCTGGAGGTCCGCGACGTGCACCCGTCGCACTACGGCCGGAT
GTGCCCGATCGAAACCCCTGAGGGGCCCAACATCGGTCTGATCGGCTCGCTGTCGGT
>VariantA rpoB gene sequence
GATCAACATCCGGCCGGTGGTCACCGCGATCAAGGAGTTCTTCGGCACCAGCCAGCTGAGCCAATTC
>VariantB rpoB gene sequence
ATGTACCAGAACAACCCGCTGTCGGGGTTGACCCACAAGCGCCGACTGTCGGCGCTGGGGCCCGGC
>VariantC rpoB gene sequence
ATGGACCAGAACAACCCGGTGTCGGGGTTGACCCACAAGCGCCGACTGTCGGCGCTGGGGCCCGG
CGGTCTGTCACGTGAGCGTGCCGGGCTGGAGGTCCGCGACGTGCACCCGTCGCACTACGGCCGGAT
SECUENCIAS DE ADN DEL GRUPO 2: Secuencias del gen de la subunidad (rpoB)

de la RNA Polymerasa de Mycobacterium tuberculosis
>wild type rpob gene sequence of Mtb H37Rv

>VariantD rpoB gene sequence
ATGGACCAGAACAACCCGCTGTCGGGGTTGACCGACAAGCGCCGACTGTCGGCGCTGGGGCCCGG
CGGTCTGTCACGTGAGCGTGCCGGGCTGGAGGTCCGCGACGTGCACCCGTCGCACTACGGCCGGAT
P.Ch.M.

>VariantE rpoB gene sequence
GGTCTGTCACGTGAGCGTGCCGTGCTGGAGGTCCGCGACGTGCACCCGTCGCACTACGGCCGGATG
TGCCCGATCGAAACCCCTGAGGGGCCCAACATCGGTCTGATCGGCTCGCTGTCGGT
>VariantF rpoB gene sequence
GATCAACATCCGGCCGGTGGTCGCCGCGATCAAGGAGTTCTTCGGCACCAGCCAGCTGAGCTAATTC
SECUENCIAS DE ADN, ARN Y PROTENA DE LA GLOBINA HUMANA (HBB)

ADN: Secuencia completa del gen de HBB en formato FASTA
La secuencia completa de nucletidos del gen de globina humana (5 3). Las letras maysculas
en negro corresponden a la secuencia que va a codificar una ARNm maduro (exones). Las letras
minsculas de color celeste indican los intrones. Las letras de color rojo corresponden a ATG el
codn de inicio (AUG en el ARNm) y TAA el codn stop (UAA en el ARNm). Las secuencias de color
morado: ATAAAA y AATAAA corresponden a la caja tata y seal de poliadenilacin. Las letras de
color marrn son secuencias no codificantes (De: Lawn RM . Efstratiadis A., OConell C., et al.
[1980]. The nucleotide sequence of the human -globin gene. Cell 21: 647651.)
>ref|NC_000011.8|NC_000011:c5204877-5203272 Homo sapiens chromosome 11, (1606 nt)
5 cataaaagtcagggcagagccatctattgcttACATTTGCTTCTGACACAACTGTGTTCACTAGCAACCTCAAACAGACACC
ATGGTGCATCTGACTCCTGAGGAGAAGTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGAAGTTGGT
GGTGAGGCCCTGGGCAGgttggtatcaaggttacaagacaggtttaaggagaccaatagaaactgggcatgtggagacagagaagactctt
gggtttctgataggcactgactctctctgcctattggtctattttcccacccttagGCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCT
TTGAGTCCTTTGGGGATCTGTCCACTCCTGATGCTGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCATGGCAAGAAAGT
GCTCGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCAC
TGTGACAAGCTGCACGTGGATCCTGAGAACTTCAGGgtgagtctatgggacgcttgatgttttctttccccttcttttctatggttaagtt
catgtcataggaaggggataagtaacagggtacagtttagaatgggaaacagacgaatgattgcatcagtgtggaagtctcaggatcgttttagtttc
ttttatttgctgttcataacaattgttttcttttgtttaattcttgctttctttttttttcttctccgcaatttttactattatacttaatgccttaacattgtgataa
caaaaggaaatatctctgagatacattaagtaacttaaaaaaaaactttacacagtctgcctagtacattactatttggaatatatgtgtgcttatttgc
atattcataatctccctactttattttcttttatttttaattgatacataatcattatacatatttatgggttaaagtgtaatgttttaatatgtgtacacatat
tgaccaaatcagggtaattttgcatttgtaattttaaaaaatgctttcttcttttaatatacttttttgtttatcttatttctaatactttccctaatctctttctt
tcagggcaataatgatacaatgtatcatgcctctttgcaccattctaaagaataacagtgataatttctgggttaaggcaatagcaatatctctgcatat
aaatatttctgcatataaattgtaactgatgtaagaggtttcatattgctaatagcagctacaatccagctaccattctgcttttattttatggttgggata
aggctggattattctgagtccaagctaggcccttttgctaatcatgttcatacctcttatcttcctcccacagCTCCTGGGCAACGTGCTGGTCT
GTGTGCTGGCCCATCACTTTGGCAAAGAATTCACCCCACCAGTGCAGGCTGCCTATCAGAAAGTGGTGGCTGGTG
TGGCTAATGCCCTGGCCCACAAGTATCACTAAGCTCGCTTTCTTGCTGTCCAATTTCTATTAAAGGTTCCTTTGTTCC
CTAAGTCCAACTACTAAACTGGGGGATATTATGAAGGGCCTTGAGCATCTGGATTCTGCCTAATAAAAAACATTTA
TTTTCATTGC aatgatgtatttaaattatttctgaattttactaaaaagggaatgtgggaggtcagtgcatttaaaacataaagaaatgatga 3
10
P.Ch.M.

ARN: Secuencia del ARNm de HBB en formato FASTA
>gi|28302128|ref|NM_000518.4| Homo sapiens hemoglobin, beta (HBB), mRNA (444 nt)
ACATTTGCTTCTGACACAACTGTGTTCACTAGCAACCTCAAACAGACACCATGGTGCATCTGACTCCTGAGGAGAA
GTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGAAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGCTGCTGG
TGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGGGGATCTGTCCACTCCTGATGCTGTTATGGGCAACCCT
AAGGTGAAGGCTCATGGCAAGAAAGTGCTCGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACAACCTCAAGGGC
ACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTGCACGTGGATCCTGAGAACTTCAGGCTCCTGGGCAAC
GTGCTGGTCTGTGTGCTGGCCCATCACTTTGGCAAAGAATTCACCCCACCAGTGCAGGCTGCCTATCAGAAAGTGG
TGGCTGGTGTGGCTAATGCCCTGGCCCACAAGTATCACTAAGCTCGCTTTCTTGCTGTCCAATTTCTATTAAAGGTT
CCTTTGTTCCCTAAGTCCAACTACTAAACTGGGGGATATTATGAAGGGCCTTGAGCATCTGGATTCTGCCTAATAAA
AAACATTTATTTTCATTGC
Protena: Secuencia de la cadena polipeptdica de HBB en formato FASTA
>gi|4504349|ref|NP_000509.1| beta globin [Homo sapiens], (147 aa)
MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGL
AHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKY
Secuencias del gen de la de la globina (HBB) humana y sus variantes

>normal HBB human sequence
ATGGTGCATCTGACTCCTGAGGAGAAGTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGAAGTTGGTG
GTGAGGCCCTGGGCAGGCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGGGGATCTGTCCACT
CCTGATGCTGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCATGGCAAGAAAGTGCTCGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGG
CTCACCTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTGCACGTGGATCCTGAG
AACTTCAGGCTCCTGGGCAACGTGCTGGTCTGTGTGCTGGCCCATCACTTTGGCAAAGAATTCACCCCACCAGTGCA
GGCTGCCTATCAGAAAGTGGTGGCTGGTGTGGCTAATGCCCTGGCCCACAAGTATCACTAA
>VariantA HBB gene sequence
ATGGTGCATCTGACTCCTGAGGAAAAGTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGAAGTTGGTG
>VariantB HBB gene sequence
ATGGTGCATCTGACTCCTGAGGAGAAGTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGGAAAGGTGAACGTGGATGAAGTTGGTG
11
P.Ch.M.

>VariantC HBB gene sequence
ATGGTGCATCTGACTCCTGAGGAGAAGTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAAAGTGGATGAAGTTGGTG
>VariantD HBB gene sequence
GTGAGGCCATGGGCAGGCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGGGGATCTGTCCACT
>VariantE HBB gene sequence
GTGAGGCCCTGGGCAGGCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGGGGATCTGTCCACC
>VariantF HBB gene sequence
CCTGATGCTGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCATGGCAAGAACGTGCTCGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGG
>VariantG HBB gene sequence
CTCAACTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTGCACGTGGATCCTGAG
>VariantH HBB gene sequence
CTCACCTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTGCAAGTGGATCCTGAG
12
P.Ch.M.
>VariantI HBB gene sequence
AACTTCAGGCTCCTGGGCAACGTGCTGGTCTGTGTGCTGGCCCATCACTTTGGCAAAGAATTAACCCCACCAGTGCA
>VariantJ HBB gene sequence
GGCTGCCTATCAGAAAGTGGTGGCTGGTGTGGCTAAAGCCCTGGCCCACAAGTATCACTAA
Tabla 1 Comparacin de todas las variantes de los genes rpoB MTb
MTb
Variantes
Mutacin
Silenciosa,
cambio de
sentido, Sin
sentido en la
secuencia de
aminocidos
Cambio de
aminocido
entre tipo
silvestre y
variante (De
__ a ___ o
no cambia)
Polimorfismo
sinnimo o
no sinnimo
Propiedades
qumicas del
aminocido
que cambia
Est el
cambio de
aminocido
en el sitio de
unin de la
rimfapicina
(entre 36-67
aa)
Inferencia:
podra esta
variante ser
resistente a
rifampicina ?
A
B
C
D
E
F
Observaciones: ...
..
13
P.Ch.M.
Tabla 2. Comparacin de todas las variantes de los genes HBB
HBB
Variantes
Mutacin silenciosa,
cambio de sentido, sin
sentido en la secuencia de aminocidos
Cambio de
aminocido entre tipo
silvestre y variante (De
__ a ___ o no cambia)
Polimorfismo
sinnimo o no
sinnimo
Propiedades
qumicas del
aminocido que
cambia
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
Observaciones: ...
..
14
P.Ch.M.

20150522200524 (1)

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