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Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Docente: Prof. Ing. Beniamino Castagnolo Studente:

Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica

di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Docente: Prof. Ing. Beniamino Castagnolo Studente:
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Docente: Prof. Ing. Beniamino Castagnolo Studente: Michele Franchini

Ing. Beniamino Castagnolo Studente: Michele Franchini esame di Sistemi elettronici per la formazione delle immagini

esame di Sistemi elettronici per la formazione delle immagini

Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Introduzione Negli ultimi anni si sono evidenziate

Politecnico di Bari

Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica

di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Introduzione Negli ultimi anni si sono evidenziate alcune
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Introduzione Negli ultimi anni si sono evidenziate alcune

Introduzione

Negli ultimi anni si sono evidenziate alcune direttrici che hanno guidato lo sviluppo delle tecniche di presentazione dei dati di medical imaging:

la consapevolezza che una

migliore possibilità di diagnosi

non basta se non si traduce in un impatto concreto sulle terapie

basta se non si traduce in un impatto concreto sulle terapie le procedure di intervento guadagnano

le procedure di intervento guadagnano importanza rispetto alla diagnosi pura

La modellazione 3D è un approccio multidisciplinare che unisce teoria dei sistemi, ingegneria meccanica ed elettronica, conoscenze mediche, anatomia, ortopedia e radiologia.

dei sistemi, ingegneria meccanica ed elettronica, conoscenze mediche, anatomia, ortopedia e radiologia. Michele Franchini

Michele Franchini

Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Esempi applicativi applicazione 1 surgery planning

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Esempi applicativi applicazione 1 surgery planning
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Esempi applicativi applicazione 1 surgery planning

Esempi applicativi

applicazione 1 surgery planning
applicazione 1
surgery planning
Esempi applicativi applicazione 1 surgery planning riduzione aumento della dei tempi precisione
Esempi applicativi applicazione 1 surgery planning riduzione aumento della dei tempi precisione

riduzione

aumento della

dei tempi

precisione

di intervento

dell’intervento

applicazione 2 post-surgery guide
applicazione 2
post-surgery guide
dell’intervento applicazione 2 post-surgery guide comparazione fra diverse fasi evolutive della patologia

comparazione fra

diverse fasi evolutive della patologia

applicazione 2 post-surgery guide comparazione fra diverse fasi evolutive della patologia Michele Franchini

Michele Franchini

Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Medical imaging - Tecniche disponibili CT (16/64/256)

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Medical imaging - Tecniche disponibili CT (16/64/256)
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Medical imaging - Tecniche disponibili CT (16/64/256)

Medical imaging - Tecniche disponibili

CT (16/64/256) immagini morfologiche MRI
CT (16/64/256)
immagini
morfologiche
MRI
PET/SPECT immagini funzionali FMRI
PET/SPECT
immagini
funzionali
FMRI
tecniche ibride PET/CT
tecniche ibride
PET/CT
(16/64/256) immagini morfologiche MRI PET/SPECT immagini funzionali FMRI tecniche ibride PET/CT Michele Franchini
(16/64/256) immagini morfologiche MRI PET/SPECT immagini funzionali FMRI tecniche ibride PET/CT Michele Franchini
(16/64/256) immagini morfologiche MRI PET/SPECT immagini funzionali FMRI tecniche ibride PET/CT Michele Franchini
(16/64/256) immagini morfologiche MRI PET/SPECT immagini funzionali FMRI tecniche ibride PET/CT Michele Franchini

Michele Franchini

Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Set di slice 2D centinaia di slice

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Set di slice 2D centinaia di slice sequenziali difficoltà
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Set di slice 2D centinaia di slice sequenziali difficoltà

Set di slice 2D

di Elettrotecnica ed Elettronica Set di slice 2D centinaia di slice sequenziali difficoltà nella gestione ed
di Elettrotecnica ed Elettronica Set di slice 2D centinaia di slice sequenziali difficoltà nella gestione ed
di Elettrotecnica ed Elettronica Set di slice 2D centinaia di slice sequenziali difficoltà nella gestione ed

centinaia di slice sequenziali

Elettronica Set di slice 2D centinaia di slice sequenziali difficoltà nella gestione ed analisi dei dati

difficoltà nella gestione ed analisi dei dati

Set di slice 2D centinaia di slice sequenziali difficoltà nella gestione ed analisi dei dati Michele

Michele Franchini

Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Passaggio al 3D Il generico passaggio dall’utilizzo

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Passaggio al 3D Il generico passaggio dall’utilizzo di
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Passaggio al 3D Il generico passaggio dall’utilizzo di

Passaggio al 3D

di Elettrotecnica ed Elettronica Passaggio al 3D Il generico passaggio dall’utilizzo di estesi set di
di Elettrotecnica ed Elettronica Passaggio al 3D Il generico passaggio dall’utilizzo di estesi set di
di Elettrotecnica ed Elettronica Passaggio al 3D Il generico passaggio dall’utilizzo di estesi set di

Il generico passaggio dall’utilizzo di estesi set di slice 2D ad un unico modello 3D

ha dato una concreta risposta tecnologica ai problemi precedentemente

elencati, e richiede il supporto di una visione più ingegneristica che, per formazione, manca al personale medico.

il supporto di una visione più ingegneristica che, per formazione, manca al personale medico. Michele Franchini

Michele Franchini

Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Algoritmi di volume rendering Fra i diversi

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Algoritmi di volume rendering Fra i diversi approcci al
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Algoritmi di volume rendering Fra i diversi approcci al

Algoritmi di volume rendering

Fra i diversi approcci al volume rendering quelli più sfruttati sono:

VRT MIP
VRT
MIP

visualizzazione diretta (Alpha compositing) o indiretta

(Texture-based)

colormap modificabili in colore e trasparenza

effetti di illuminazione virtuale per un migliore rendering di strutture spaziali complesse e dettagli fini

visualizzazione delle intensità maggiori (o minori) in un volume di dati lungo la line of sight

• visualizzazione delle intensità maggiori (o minori) in un volume di dati lungo la line of

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Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica VRT - Algoritmo texture-based Fase 1 segmentazione

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica VRT - Algoritmo texture-based Fase 1 segmentazione Fase 2
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica VRT - Algoritmo texture-based Fase 1 segmentazione Fase 2

VRT - Algoritmo texture-based

Fase 1 segmentazione
Fase 1
segmentazione
Fase 2 triangular mesh
Fase 2
triangular mesh
Fase 3 texture mapping
Fase 3
texture mapping
Fase 2 triangular mesh Fase 3 texture mapping La segmentazione serve a separare zone di interesse

La segmentazione serve a separare zone di interesse (strutture eterogenee) nelle slice.

La superficie di un oggetto segmentato può essere rappresentata in più modi (set di voxel o poligoni). Le moderne GPU utilizzano mesh di triangoli.

Un metodo tipico per calcolare le mesh è

l’algoritmo marching cubes , che suddivide ogni

cella composta da 8 voxel (cubo) in oggetti interni ed esterni ad essa, utilizzando una delle 15 possibili combinazioni. Ognuna delle superfici di

separazione può essere suddivisa in triangoli.

Una texture è infine applicata sulla superficie di ogni triangolo. Eventualmente può seguire una fase di smoothing fra le texture adiacenti.

superficie di ogni triangolo. Eventualmente può seguire una fase di smoothing fra le texture adiacenti. Michele

Michele Franchini

Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica VRT - Alpha-compositing Questo algoritmo non richiede

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica VRT - Alpha-compositing Questo algoritmo non richiede
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica VRT - Alpha-compositing Questo algoritmo non richiede

VRT - Alpha-compositing

Questo algoritmo non richiede necessariamente una fase preliminare di

segmentazione.

La densità dei tessuti (espressa in HU,

Hounsfield Units) viene mappata rispetto all’opacità (alpha è un parametro di

opacità: 0 se l’oggetto è opaco, 1 se è

completam. trasparente).

In seguito tramite thresholding si fornisce una migliore definizione dei contorni o una visualizzazione semitrasparente delle

strutture.

L’aspetto del rendering è determinato dalla curva di densità; questa può essere tracciata manualmente o si possono usare

curve presettate e controllare il risultato

volta per volta.

tracciata manualmente o si possono usare curve presettate e controllare il risultato volta per volta. Michele
tracciata manualmente o si possono usare curve presettate e controllare il risultato volta per volta. Michele
tracciata manualmente o si possono usare curve presettate e controllare il risultato volta per volta. Michele

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Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica VRT - Rendering con VolView Esempi di

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica VRT - Rendering con VolView Esempi di transfer functions
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica VRT - Rendering con VolView Esempi di transfer functions

VRT - Rendering con VolView

Esempi di transfer functions e diversi tresholding su dataset CT:

ossa
ossa
con VolView Esempi di transfer functions e diversi tresholding su dataset CT: ossa vasi principali pelle
vasi principali
vasi principali
con VolView Esempi di transfer functions e diversi tresholding su dataset CT: ossa vasi principali pelle
pelle
pelle
con VolView Esempi di transfer functions e diversi tresholding su dataset CT: ossa vasi principali pelle
con VolView Esempi di transfer functions e diversi tresholding su dataset CT: ossa vasi principali pelle

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Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica MIP È una tecnica particolare di ray

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica MIP È una tecnica particolare di ray -tracing che
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica MIP È una tecnica particolare di ray -tracing che

MIP

È una tecnica particolare di ray -tracing che ben si adatta ad immagini tomografiche anche particolarmente rumorose. L’immagine è generata attraversando il volume di interesse con raggi ideali e riportando sul piano di proiezione il valore

della massima intensità incontrata.

La tecnica MIP è computazionalmente

più veloce della VRT ma spesso i risultati 3D non forniscono un buon senso di

profondità dei dati originali bidimensionali.

spesso i risultati 3D non forniscono un buon senso di profondità dei dati originali bidimensionali. Michele
spesso i risultati 3D non forniscono un buon senso di profondità dei dati originali bidimensionali. Michele
spesso i risultati 3D non forniscono un buon senso di profondità dei dati originali bidimensionali. Michele
spesso i risultati 3D non forniscono un buon senso di profondità dei dati originali bidimensionali. Michele

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Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica MIP - Noduli polmonari La tecnica MIP

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica MIP - Noduli polmonari La tecnica MIP viene utilizzata
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica MIP - Noduli polmonari La tecnica MIP viene utilizzata

MIP - Noduli polmonari

La tecnica MIP viene utilizzata per:

- Noduli polmonari La tecnica MIP viene utilizzata per: • programmi di screening del tumore polmonare

programmi di screening del tumore polmonare che utilizzano la

tomografia, dato che esalta la natura dei noduli, facendoli emergere rispetto al tessuto polmonare.

il rendering di immagini PET

angiografiche (vasi in genere) o immagini neuronali.

i noduli sono evidenti e

risaltano

fatto di bronchi e bronchioli

background

sul

neuronali. i noduli sono evidenti e risaltano fatto di bronchi e bronchioli background sul Michele Franchini

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Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Applicazione 1 - Rendering meningioma default del

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Applicazione 1 - Rendering meningioma default del software
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Applicazione 1 - Rendering meningioma default del software

Applicazione 1 - Rendering meningioma

ed Elettronica Applicazione 1 - Rendering meningioma default del software VolView: il dataset viene

default del

software VolView: il dataset viene visualizzato nelle tre direzioni spaziali

schermata

di

Effettuiamo

zona interessata.

il

cropping della

un ulteriore riquadro fornisce in automatico la ricostruzione

3D del modello anatomico. il modello 3D può essere manipolato nello spazio, ottenendo tutte le possibili visuali

anatomico. il modello 3D può essere manipolato nello spazio, ottenendo tutte le possibili visuali Michele Franchini

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Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Shading superficiale Lo shading permette di apprezzare

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Shading superficiale Lo shading permette di apprezzare le
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Shading superficiale Lo shading permette di apprezzare le

Shading superficiale

Lo shading permette di apprezzare le rugosità della superficie

Shading ON
Shading ON
Shading OFF
Shading OFF
superficiale Lo shading permette di apprezzare le rugosità della superficie Shading ON Shading OFF Michele Franchini

Michele Franchini

Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Trasformazioni dell’istogramma l’istogramma della

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Trasformazioni dell’istogramma l’istogramma della
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Trasformazioni dell’istogramma l’istogramma della

Trasformazioni dell’istogramma

l’istogramma della sezione 3D permette di ottenere diverse visualizzazioni: a seconda della densità della zona riusciamo a distinguere più dettagli se cambiamo la colormap

a distinguere più dettagli se cambiamo la colormap eventuali strutture interne messe vengono in risalto
a distinguere più dettagli se cambiamo la colormap eventuali strutture interne messe vengono in risalto
a distinguere più dettagli se cambiamo la colormap eventuali strutture interne messe vengono in risalto
a distinguere più dettagli se cambiamo la colormap eventuali strutture interne messe vengono in risalto

eventuali

strutture interne messe

vengono

in risalto

anche

più dettagli se cambiamo la colormap eventuali strutture interne messe vengono in risalto anche Michele Franchini
più dettagli se cambiamo la colormap eventuali strutture interne messe vengono in risalto anche Michele Franchini

Michele Franchini

Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Confronto VRT-MIP VRT MIP in questo specifico

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Confronto VRT-MIP VRT MIP in questo specifico caso la
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Confronto VRT-MIP VRT MIP in questo specifico caso la

Confronto VRT-MIP

VRT
VRT
MIP
MIP

in questo specifico caso la tecnica MIP permette di

apprezzare anche dettagli più fini come eventuali

strutture interne filamentose del tumore

di apprezzare anche dettagli più fini come eventuali strutture interne filamentose del tumore Michele Franchini

Michele Franchini

Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Applicazione 2 - Tumor volumetric changes Tramite

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Applicazione 2 - Tumor volumetric changes Tramite il
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Applicazione 2 - Tumor volumetric changes Tramite il

Applicazione 2 - Tumor volumetric changes

Tramite il pacchetto software 3D Slicer è

possibile verificare la variazione di volume della massa tumorale già visualizzata con il software VolView.

Il meningioma è un tumore benigno

caratterizzato da una lenta crescita, il che rende difficile seguirne l’evoluzione temporale se non a distanza temporale

considerevole (anni).

Il dataset utilizzato è lo stesso della

precedente applicazione, questa volta però integrato da un ulteriore set acquisito a

distanza temporale di un anno.

un ulteriore set acquisito a distanza temporale di un anno. Baseline Giugno 2006 Follow-up Giugno 2007

Baseline Giugno 2006

un ulteriore set acquisito a distanza temporale di un anno. Baseline Giugno 2006 Follow-up Giugno 2007

Follow-up Giugno 2007

un ulteriore set acquisito a distanza temporale di un anno. Baseline Giugno 2006 Follow-up Giugno 2007

Michele Franchini

Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Caratteristiche del dataset Tecnica di acquisizione: MR

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Caratteristiche del dataset Tecnica di acquisizione: MR
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Caratteristiche del dataset Tecnica di acquisizione: MR

Caratteristiche del dataset

Tecnica di acquisizione: MR Axial 3D SPGR T1

Agente di contrasto: Gadolinio (Gd) (ioni paramagnetici) Voxel dimension: 0.94mm x 0.94mm x 1.20mm FOV: 240mm Matrix: 256 x 256 Scan time: 8 mins

Prerequisiti per il buon funzionamento dell’algoritmo:

i contorni del tumore devono essere ben definiti (pre-processing contrasto)

non adatto a masse tumorali che presentano necrosi evolutive nel tempo (necessità di omogeneità nella tonalità dei tessuti)

che presentano necrosi evolutive nel tempo (necessità di omogeneità nella tonalità dei tessuti) Michele Franchini

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Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Tumor volumetric changes inserimento dati e selezione

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Tumor volumetric changes inserimento dati e selezione set
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Tumor volumetric changes inserimento dati e selezione set

Tumor volumetric changes

inserimento

dati e selezione set di scans (baseline e

follow- up)

dati e selezione set di scans ( baseline e follow- up ) definizione di un VOI

definizione di

un VOI

(volume of interest)

follow- up ) definizione di un VOI (volume of interest) visualizzazione del modello 3D in base

visualizzazione del modello 3D in base al VOI selezionato

definizione di un VOI (volume of interest) visualizzazione del modello 3D in base al VOI selezionato

Michele Franchini

Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Tumor volumetric changes segmentazione (threshold

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Tumor volumetric changes segmentazione (threshold range)
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Tumor volumetric changes segmentazione (threshold range)

Tumor volumetric changes

segmentazione (threshold range) selezione della metrica (intensity difference change detection , più veloce)
segmentazione
(threshold range)
selezione della
metrica
(intensity
difference change
detection , più
veloce)
(intensity difference change detection , più veloce) esaltazione della sagoma della massa tumorale Michele

esaltazione della sagoma della massa tumorale

(intensity difference change detection , più veloce) esaltazione della sagoma della massa tumorale Michele Franchini

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Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Tumor volumetric changes controllo risultati (slice per

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Tumor volumetric changes controllo risultati (slice per
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Tumor volumetric changes controllo risultati (slice per

Tumor volumetric changes

controllo risultati (slice per slice o 3D) growth/shrinkage
controllo risultati
(slice per slice o 3D)
growth/shrinkage
risultati (slice per slice o 3D) growth/shrinkage nella specifica analisi condotta la crescita è risultata
risultati (slice per slice o 3D) growth/shrinkage nella specifica analisi condotta la crescita è risultata

nella specifica analisi condotta la crescita è risultata dell’1% circa. conviene effettuare più analisi e

mediare

condotta la crescita è risultata dell’ 1% circa. conviene effettuare più analisi e mediare Michele Franchini

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Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Tumor volumetric changes Vantaggi: • visione

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Tumor volumetric changes Vantaggi: • visione
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Tumor volumetric changes Vantaggi: • visione

Tumor volumetric changes

Vantaggi:

visione d'insieme dell'evoluzione

del tumore

facile valutazione su quali siano le direzioni di sviluppo della massa tumorale

del tumore • facile valutazione su quali siano le direzioni di sviluppo della massa tumorale Michele
del tumore • facile valutazione su quali siano le direzioni di sviluppo della massa tumorale Michele

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Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Sviluppi futuri Un futuro possibile vede alcune

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Sviluppi futuri Un futuro possibile vede alcune direzioni di
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Sviluppi futuri Un futuro possibile vede alcune direzioni di

Sviluppi futuri

Un futuro possibile vede alcune direzioni di sviluppo più in evidenza di altre:

Stereo rendering

Interazione

Automazione

Le odierne capacità di visualizzazione stereoscopica offerte dai monitor permetteranno di poter esplorare i modelli con ancora più realismo

Migliore interazione con i modelli da parte del personale medico tramite telecamere che rilevano i movimenti delle mani

Operazioni chirurgiche guidate in automatico grazie alla maggiore precisione dei dati ricavati dai modelli 3D

chirurgiche guidate in automatico grazie alla maggiore precisione dei dati ricavati dai modelli 3D Michele Franchini

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Politecnico di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Bibliografia e Software utilizzati Testi consultati: •

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di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Bibliografia e Software utilizzati Testi consultati: •
di Bari Dipartimento di Elettrotecnica ed Elettronica Bibliografia e Software utilizzati Testi consultati: •

Bibliografia e Software utilizzati

Testi consultati:

Schroeder-Martin-Lorensen - The visualization toolkit: an object-oriented approach to 3D graphics, 3° ed. - Kitware Inc., 2002 - pp. 420-426

Suetens - Fundamentals of medical imaging, 2° ed. - Cambridge, 2009 - pp. 190-205

Prokop-Galanski - Spiral and multislice computed tomography of the body - Elsevier, 2008 - pp. 65-74

Software:

VolView versione 3.4

3D Slicer versione 4.1.0

the body - Elsevier, 2008 - pp. 65-74 Software: • VolView versione 3.4 • 3D Slicer

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