SEMANA N 15

1 Respecto a los aminocidos:

a Cuntos aminocidos presentes en la naturaleza se han
reportado hasta el momento?
En lso sistemas biolgicos existen 300 aminocidos en la naturaleza
b Cuntos y cules aminocidos forman parte de las protenas?,
qu caractersticas tienen en comn?
Veinte aminocidos son incorporados naturalmente en polipptidos y se
llaman aminocidos proteinognicos o estndar, estos 20 los ms
conocidos y los que forman parte de las protenas. Los 9 aminocidos
que son vitales para el cuerpo son conocidos como esenciales, no
incluirlos en la dieta alimenticia limita el desarrollo y uno de los mayores
problemas que enfrenta un cuerpo con falta de aminocidos es el hecho
que las clulas que mueren no pueden generar tejidos nuevos. Para los
seres humanos los aminocidos esenciales son: Valina, Leucina, Treonina,
Lisina, Triptfano, Histidina, Fenilalanina, Isoleucina, Arginina y Metionina.
Dentro de los 20 ms conocidos tambin figuran los no esenciales, es
decir aminocidos que pueden ser sintetizados por el cuerpo y son:
Alanina, Prolina, Glicina, Serina, Cistena, Asparagina, Glutamina,
Tirosina, cido asprtico y cido glutmico.
CARACTERISTICAS COMUNES
Apolares neutros; dado su carcter hidrofobico estos a.a participan en el
mantenimiento de la estructura tridimensional de la protenas. Cadena R
hidrocarbonadas dos tipos: Aromticos ( hidrocarburos, cclicosinstaurados). Absorcin de la luz. Alifaticos o alcanos; (no aromaticos,
metanos). OH ; parcialmente polares y S : enlaces disulfuro (fig) Polares
neutros: grupos funcionales capaces de formar enlaces de H. (OH)(fig).
Aminocidos cidos : conservan sus cadenas laterales un grupo
carboxilato -. Aminocidos bsicos : a un pH fisiolgico llevan una carga
+ por lo que forman enlaces ionicos con los a.a cidos. Neutros: las
cadenas laterales no llevan cargas positivas y negativas
c Cmo se clasifican los aminocidos segn:
- el tipo de cadena lateral
Dado que los diferentes aminocidos difieren unos de otros por su cadena lateral,
podemos clasificarlos segn el tipo de cadena lateral que posean.

Aminocidos alifticos
En esta grupo se encuadran los aminocidos cuya cadela lateral es aliftica, es
decir una cadena hidrocarbonada.

Glicina, Gly, G

Alanina, Ala, A

Valina, Val, V

Leucina, Leu, L

Isoleucina, Ile,
I

Aminocidos aromticos
La prolina tambien
tiene
una
cadena
lateral de naturaleza
aliftica, pero difiere
de
los
dems
aminocidos en que
su cadana lareral est
unida tanto al carbono
alfa como al nitrgeno
del grupo amino.

En esta grupo se encuadran los aminocidos cuya cadela

lateral posee un anillo aromtico. La fenialalanina es una
alanina que lleva unida un grupo fenlico. La tirosina es
como la fenilalanina con un hidroxila en su anillo
aromtico, lo que lo hace menos hidrofbico y mas
reactivo. El triptfano tiene un grupo indol.

Prolina, Pro, P

Fenilalanina, Phe,
F
Tirosina, Tyr, Y

Triptfano, Trp, W

Aminocidos azufrados

Aminocidos hidroxilados

Hay dos aminocidos cuyas cadenas

laterales poseen tomos de azufre, son
la cistena, que posee un grupo
sulfhidrilo, y la metionina, que posee un
enlace tioster.

Otros dos aminocidos tienen cadenas

alifticas hodroxiladas, la serina y la
treonina. El grupo hidroxilo hace de
estos
aminocidos
mucha
ms
hidroflicos y reactivos.

Cisteina, Cys, C

Serina, Ser, S

Treonina, Thr, T

Metionina, Met, M

Aminocidos bsicos
Dentro de los aminocidos con cadenas laterales muy polares encontramos tres
aminocidos bsicos: lisina,arginina e histidina.

Lisina, Lys, K

Arginina, Arg, R

Histidina, His, H

Aminocidos cidos y sus amidas

En este grupo encontramos dos aminocidos con cadenas laterales de naturaleza
cida y sus amidas correspondientes. Estos son el cido asprtico y el cido
glutmico (a estos aminocidos se les denomina normalmente aspartato y
glutamato par resaltar que sus cadenas laterales estn cargadas negativamente a
pH fisiolgico). Los derivados sin carga de estos dos aminocidos son la
asparragina y la glutamina que contienen un grupo amida terminal en lugar del
carboxilo libre.

cido
Asp, D

asprtico, Asparragina,
N

Asn, cido
Glu, E

glutmico,

Glutamina, Gln, Q

- las propiedades de la cadena lateral

La estructura bsica de un aminocido esta compuesta por un carbono
central (alfa), unido a un grupo carboxilo (COOH), un grupo amino (NH2), un
hidrgeno y una cadena lateral R, que es la que distingue un aminocido de
otro.

Si el aminocido se encuentra en solucin acuosa y pH 7, los grupos

carboxilo y amino se ionizarn, es decir, el hidrgeno del grupo carboxilo
pasa al grupo amino, y como consecuencia se formar un dipolo en la
molcula.
- la capacidad de sntesis del organismo
El aporte diettico deficitario de aminocidos provoca alteraciones tanto
fsicas como mentales, entre ellas: reduccin del metabolismo energtico,
alteraciones en el sueo, fatiga crnica, alteraciones digestivas, defectos
cutneos, ansiedad y afectacin emocional, obesidad, malnutricin y
retencin sangunea de residuos txicos (4). Estos procesos inducen
alteraciones en el estado de salud y bienestar del individuo que las padece.
Por tanto, ya que es necesario ingerir todos los aminocidos necesarios,
tanto en cantidades suficientes como en adecuada proporcin, las dietas
desequilibradas pueden compensarse con la administracin de suplementos
de aminocidos
2 Respecto a niveles de organizacin de las protenas:
a Qu estructuras puede presentar una protena? Explique cada
una de ellas.
Estructura primaria
Una cadena polipeptdica consiste en una cadena lineal de aminocidos
unidos por enlaces peptdicos. El primer puesto de la cadena corresponde al
grupo amino terminal, y la estructura primaria es la secuencia en la que estn
situados todos los constituyentes hasta llegar al carboxilo terminal. Esta
secuencia est codificada genticamente
Existen cadenas polipeptdicas de cualquier nmero de aminocidos, sin que
exista una solucin de continuidad entre pptidos y protenas. Por convencin,
se suele considerar protena a quellos polipptidos con un peso molecular del
orden de 10.000 o ms.
Estructura secundaria
La estructura secundaria es la forma en la que la cadena polipeptidica se
pliega en el espacio. En una protena, cada tramo de cadena polipeptdica
tiene distinta estructura secundaria. Existen varias formas definidas de
estructura secundaria, las ms importantes de las cuales son las llamadas
hlice a y hoja plegada b.

Las estructuras secundarias definidas estn mantenidas por puentes de

hidrgeno formados exclusivamente entre los grupos amino y carboxilo que
constituyen el esqueleto de la cadena polipeptdica. Consecuentemente, los
parmetros estructurales (distancias, ngulos) sern iguales,
independientemente de la protena y de los aminocidos que formen la
estructura
Estructura terciaria
La estructura terciaria de la protena es la forma en la que se organizan en el
espacio los diferentes tramos de la cadena polipeptdica, que pueden tener
una estructura secundaria definida, como las hlices u hojas o no tenerla. La
estructura terciaria est mantenida por enlaces inicos y de puentes de
hidrgeno entre las cadenas laterales de los aminociodos, enlaces
hidrofbicos y eventualmente puentes disulfuro.
Estructura cuaternaria
La estructura cuaternaria de una protena es la forma en la que se asocian las
distintas subunidades constituyentes, si es que existen. Es decir, para poder
hablar de estructura cuaternaria es necesario que la protena est formada
por varias subunidades. Como ejemplos de protenas con estructura
cuaternaria se puede considerar la hemoglobina, las inmunoglobulinas o la
miosina.
b Qu fuerzas estabilizan la estructura tridimensional de una
protena?
Pueden ser covalentes y No covalentes.
Los enlaces covalentes pueden deberse a (1) la formacin de un puente
disulfuro entre dos cadenas laterales de Cys, o a (2) la formacin de un enlace
amida (-CO-NH-) entre las cadenas laterales de la Lys y un AA dicarboxlico (Glu
o Asp).
Los enlaces no covalentes pueden ser de cuatro tipos: (1) fuerzas
electrostticas entre cadenas laterales ionizadas, con cargas de signo
opuesto, (2) puentes de hidrgeno, entre las cadenas laterales de AA
polares (3) interacciones hidrofbicas entre cadenas laterales apolares y (4)
fuerzas de polaridad debidas a interacciones dipolo-dipolo
3 Qu condiciones afectan el plegamiento correcto de las protenas?
En condiciones fisiolgicas, el proceso de plegamiento de una protena globular
est claramente favorecido termodinmicamente, esto es, el incremento de
energa libre global del proceso debe ser negativo (aunque alguno de sus pasos
puede ser positivo). Este cambio se consigue equilibrando una serie de

factores termodinmicos como la entropa conformacional, las interacciones

carga-carga, los puentes de hidrgeno internos, las interacciones hidrofbicas y
las interacciones de van der Waals.
4 Cmo est formado el sistema de control de plegamiento en los
organismos?
correcto plegamiento de las protenas como su adecuado ensamblaje en
complejos requiere el concurso de unas protenas especiales, conocidas como
protenas celadoras o carabinas moleculares, debido a que su papel es vigilar
y eventualmente corregir el plegamiento. (Se est imponiendo, para
denominarlas, la castellanizacin de su nombre ingls: chaperonas, procedente
de chaperones).
5 Qu es la amiloidosis?
Amiloidosis es un trmino genrico, utilizado para hacer referencia a un grupo
de enfermedades de etiologa diversa y pronstico y tratamiento variables, con
una caracterstica comn: todas ellas estn causadas por el depsito
extracelular de un material, denominado material amiloide. Este material, de
naturaleza proteica, insoluble y resistente a la protelisis, fue bautizado por
Virchow debido a su afinidad por colorantes yodados, similar a la del almidn.
6 A qu se denomina precursor amiloide?
El precursor srico del amiloide AA es un componente normal del suero
humano que se comporta como una protena reactiva en la fase aguda y que
aumenta en las inflamaciones, infecciones, traumatismos, ciruga, tumores
diseminados y otras condiciones patolgicas
7 Cules son las caractersticas generales de los amiloides?
Al margen de la diversidad estructural de los precursores, los amiloides poseen
propiedades
de apariencia microscpica y sub-microscpica, as como
tintoreales yespectroscpicas comunes, lo cual sugiere que comparten
elementos estructurales fundamentales Al microscopio ptico los depsitos
tisulares de amiloide tienen aspectohialino y homogneo y producen una
caracterstica birrefringencia verde manzana cuando sonobservados al
microscopio de luz polarizada, una vez teidos con Rojo Congo .La unin
delcolorante rojo Congo a los amiloides determina un cambio en sus
propiedades pticas, lo cualpuede usarse para cuantificar los agregados
mediante espectroscopia convencional.
Otra caracterstica comn de los amiloides es la de unir al colorante tioflavina
T, lo cual modifica las propiedades de fluorescencia de esta molcula .Al
microscopioelectrnico, los depsitos de amiloide estn compuestos por
manojos de fibras no ramificadas,de aspecto recto y rgido, de longitud
variable, pero con dimetro en el orden de los 75 a los 120.

8 Mencione las estructuras proticas involucradas en las amiloidosis

humanas conocidas.
Tipo de plegamiento
(Estructura secundaria)
Inmunoglobulinas (Todo-beta)
Prealbmina (alfa+beta)
Lisozima (alfa+beta)
Cistatina(alfa+beta)
No estructurado en condiciones nativas
No estructurado en condiciones nativas (segmento 1-120) y alfa hlice (121230)
Protena periplsmica de unin (alfa+beta)
9 Qu modelos se postulan para el posible mecanismo de conversin
del estado nativo al estado fibrilar de una protena amiloidea?
En base a la informacin estructural obtenida mediante diversos mtodos biofsicos,
se propusieron tres modelos bsicos, con sus variantes, que explican las propiedades
identificadas en algunos tipos particulares, desde la perspectiva de los posibles
mecanismos de conversin del estado de plegamiento inicial, representado por el
estado nativo del precursor, en el estado fibrilar [95]. Uno de estos modelos,
denominado de replegamiento, postula que el estado nativo y el fibrilar del
precursor son esencialmente diferentes, siendo el primero una entidad definida por
las interacciones mediadas por las cadenas laterales de sus residuos constituyentes,
mientras que en el segundo son las interacciones intra e intermoleculares,
dependientes del esqueleto peptdico, las determinantes. Para que esta transicin
ocurra, la protena debe desplegarse totalmente para luego adoptar el estado fibrilar,
rico en estructura beta.
Un tercer grupo de modelos, reunidos bajo la denominacin comn de modelos de
ganancia de interacciones, propone que la formacin de la fibra amiloide requiere
un reajuste estructural en el precursor que se limita a un segmento menor de su
estructura, mientras que el resto de la molcula conserva su estado nativo